genome.fa.s7338.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007338.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00019664_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  236009

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 155 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1881--1958	3	26.0	3	100	0	156	66	0	0	33	0.92
2544--2568	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
7412--7619	75	2.8	76	88	4	289	25	31	23	20	1.98
15381--15428	17	2.9	17	80	17	57	14	0	27	58	1.37
16015--16221	75	2.7	76	84	2	274	24	31	23	20	1.98
21117--21189	31	2.4	31	97	0	137	49	6	10	32	1.65
21323--21381	19	3.1	19	77	17	61	54	0	6	38	1.27
23808--23879	13	5.7	12	72	9	54	40	18	4	37	1.70
31991--32017	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
32593--32644	25	2.1	25	85	7	70	51	0	0	48	1.00
35755--35791	18	2.1	18	89	0	56	13	27	16	43	1.85
37898--37931	17	2.0	17	100	0	68	52	23	5	17	1.66
38488--39112	310	2.0	311	93	0	1065	34	18	22	24	1.96
56767--56807	14	2.6	16	85	14	59	70	0	2	26	0.99
57775--57835	23	2.7	23	82	2	61	34	0	1	63	1.04
61645--61683	19	2.1	19	95	0	69	30	20	10	38	1.86
63600--63625	11	2.4	11	100	0	52	92	7	0	0	0.39
63600--63651	10	5.2	10	77	13	54	84	11	3	0	0.74
63599--63651	18	2.8	18	80	5	61	83	13	3	0	0.79
73324--73360	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
73386--73457	20	3.6	20	74	7	65	30	22	20	26	1.98
73598--73656	22	2.7	22	83	0	82	18	42	18	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75938--76011	20	3.7	20	88	0	112	36	24	21	17	1.95
75919--76032	40	2.9	39	78	3	129	41	22	18	17	1.90
75919--76063	20	7.6	20	77	9	106	42	22	19	15	1.89
76108--76175	20	3.4	20	93	0	118	26	19	23	30	1.98
76690--76767	21	3.7	21	72	6	77	21	34	19	24	1.96
76684--76803	42	2.9	42	79	2	143	21	32	18	27	1.97
76749--76800	21	2.5	21	77	0	59	21	28	21	28	1.98
78330--78382	20	2.7	20	79	5	63	43	26	15	15	1.85
78426--78482	20	2.8	20	97	0	105	28	15	24	31	1.96
78467--78496	15	2.0	15	93	0	51	33	13	16	36	1.88
78482--78749	140	1.9	140	95	0	482	44	14	12	29	1.81
80876--80902	14	1.9	14	100	0	54	7	18	29	44	1.77
81849--81889	20	2.0	20	95	0	73	24	21	31	21	1.98
87036--87364	20	16.5	20	85	3	403	34	26	19	20	1.96
88038--88084	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
88259--88283	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
90587--90912	19	18.4	19	80	15	405	47	17	20	14	1.82
90587--90912	33	9.2	34	82	13	321	47	17	20	14	1.82
90615--90934	161	2.0	157	93	3	552	46	16	21	14	1.83
90615--90934	52	6.0	52	93	4	550	46	16	21	14	1.83
90941--91041	19	5.6	19	85	12	142	14	23	17	43	1.87
91147--91182	13	2.6	14	86	4	56	47	22	0	30	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91177--91249	12	6.0	12	67	20	53	57	16	1	24	1.47
93050--93184	19	7.6	19	76	16	137	45	24	19	10	1.81
93106--93162	14	3.7	14	77	20	60	45	24	21	8	1.80
93087--93179	33	2.8	33	98	0	177	47	22	20	9	1.79
93050--93184	52	2.5	54	75	18	131	45	24	19	10	1.81
93180--93308	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
93180--93271	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
93352--93731	93	4.1	93	98	0	744	46	18	12	22	1.83
93352--93731	185	2.0	186	98	0	744	46	18	12	22	1.83
95435--95524	14	5.7	14	72	23	72	43	23	24	8	1.82
95427--95541	33	3.5	33	93	0	203	46	20	23	9	1.80
95434--95546	19	6.8	18	70	23	79	44	22	23	9	1.82
95558--95612	14	3.6	14	73	21	56	9	27	23	40	1.85
95733--95803	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
95985--96039	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
96185--96378	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
96185--96378	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
96371--96447	21	3.7	20	70	13	57	27	16	23	32	1.96
96433--96484	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
96702--96895	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
96702--96895	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
96888--96964	21	3.7	20	70	13	57	27	16	23	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96087--97122	517	2.0	517	99	0	2063	23	15	23	37	1.93
96950--97001	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
98553--98624	19	3.5	19	76	20	74	33	4	0	62	1.14
99414--99451	17	2.4	17	86	8	53	36	10	5	47	1.61
99360--99575	117	1.9	113	91	4	353	48	8	6	37	1.59
99536--99568	15	2.1	17	88	11	52	33	15	6	45	1.70
99360--99583	116	2.0	113	90	4	351	49	8	6	35	1.60
99820--99855	18	1.9	19	88	5	56	50	0	0	50	1.00
100607--100650	18	2.4	18	92	0	70	50	20	13	15	1.78
102880--102914	2	17.5	2	100	0	70	0	51	0	48	1.00
108994--109084	20	4.6	20	94	0	155	46	9	21	21	1.81
109239--109312	37	2.0	37	82	12	91	47	5	1	45	1.34
116556--116638	27	3.1	27	91	0	139	38	1	12	48	1.48
116657--116684	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
117234--117532	160	1.9	159	93	0	517	42	8	6	43	1.59
117930--117976	20	2.3	20	96	0	85	57	8	17	17	1.63
117718--118190	181	2.6	182	89	0	696	43	14	16	26	1.86
118111--118157	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
118120--118162	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
118922--118994	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
119355--119422	23	3.0	23	88	0	100	33	4	22	39	1.74
118863--119771	427	2.1	430	98	0	1761	40	7	12	38	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119567--119633	30	2.2	29	82	10	73	52	4	0	43	1.21
121844--121913	31	2.2	33	85	7	92	25	17	1	55	1.50
123618--123682	31	2.1	31	91	2	105	33	13	0	52	1.41
123626--123694	30	2.3	31	85	7	88	39	8	0	52	1.33
129209--129247	15	2.5	16	91	4	62	38	30	30	0	1.58
132838--132950	55	2.1	55	87	0	163	42	13	22	22	1.87
132862--132968	55	1.9	55	86	0	151	44	14	21	18	1.86
133630--133780	72	2.1	72	93	0	257	37	13	25	23	1.91
138622--138981	55	6.6	54	86	6	444	27	19	25	28	1.99
138580--138981	165	2.5	164	85	6	532	27	18	24	28	1.98
139160--139189	15	1.9	16	93	6	53	40	33	26	0	1.57
142467--142529	23	2.8	22	76	9	65	41	0	0	58	0.98
142746--142770	12	2.1	12	100	0	50	8	16	40	36	1.77
142870--143046	21	8.4	21	74	14	159	38	19	19	23	1.93
142863--143025	42	3.9	42	90	0	263	36	20	19	23	1.95
142866--143062	63	3.1	63	77	12	217	37	20	19	23	1.95
148161--148191	13	2.5	12	90	10	53	19	0	0	80	0.71
150967--150991	12	2.1	12	100	0	50	24	8	8	60	1.52
151203--151263	21	2.9	21	97	2	113	39	14	24	21	1.91
151842--151898	24	2.3	24	96	3	105	31	26	12	29	1.92
152709--152760	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
152750--152848	21	4.8	20	72	6	72	36	23	19	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152815--153008	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
152815--153008	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
153390--153460	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
153581--153635	14	3.6	14	73	21	56	40	23	27	9	1.85
153581--153651	33	2.2	33	92	0	115	42	25	23	8	1.82
153647--153744	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
153669--153758	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
153652--153766	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
155462--155843	185	2.1	186	98	0	748	22	12	18	46	1.83
155462--155841	93	4.1	93	98	0	744	22	12	18	46	1.83

Tables:   1   2