genome.fa.s74.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000074.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000136_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1055225

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1824--1852	8	3.8	8	90	9	51	93	6	0	0	0.36
1823--1852	15	2.0	15	100	0	60	93	6	0	0	0.35
6072--6116	11	4.1	11	85	5	56	15	11	2	71	1.24
10152--10201	14	3.5	15	78	5	50	76	8	4	12	1.15
10152--10201	22	2.3	21	80	12	57	76	8	4	12	1.15
13586--13641	14	3.9	14	81	4	67	41	5	19	33	1.74
13586--13643	29	2.0	29	93	0	98	41	6	18	32	1.78
13869--13914	22	2.0	22	83	4	56	50	0	2	47	1.13
13932--13980	24	2.0	25	84	4	64	48	0	4	46	1.20
14135--14225	42	2.2	42	84	7	114	50	13	14	21	1.76
15525--15603	36	2.3	34	82	4	95	18	37	10	32	1.85
16811--17352	138	3.9	138	80	5	560	30	12	14	42	1.81
32483--32618	6	23.0	6	69	20	56	75	0	20	4	0.98
32483--32550	10	6.7	10	79	15	77	79	0	17	2	0.86
32486--32549	15	4.3	15	83	15	87	79	0	17	3	0.85
32571--32624	23	2.5	21	80	19	58	72	0	24	3	1.01
38657--38740	34	2.5	34	84	7	109	44	7	1	47	1.38
38691--38770	38	2.0	40	88	4	119	43	8	1	46	1.42
38657--38771	34	3.2	34	77	16	101	45	8	0	45	1.40
38962--38987	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
43255--43389	35	3.9	37	77	19	166	45	8	1	45	1.42
43294--43338	15	3.1	15	75	12	58	48	8	0	42	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43294--43354	28	2.2	28	94	5	108	49	8	0	42	1.32
43260--43390	65	2.1	64	92	5	223	47	7	1	43	1.41
45906--45943	15	2.5	15	95	0	67	39	10	5	44	1.61
58888--58927	4	9.8	4	83	5	53	72	0	2	25	0.97
58887--58927	21	2.0	21	90	0	64	73	0	2	24	0.96
58888--58928	17	2.5	17	88	4	57	73	0	2	24	0.96
58977--59223	110	2.3	109	91	4	392	43	7	2	46	1.45
59550--59924	83	4.6	83	83	5	440	30	16	20	33	1.94
59550--59819	41	6.5	42	70	14	161	31	15	20	32	1.94
59641--59869	42	5.5	41	67	22	122	31	15	20	33	1.93
63139--63172	16	2.1	16	89	10	52	70	2	0	26	1.01
63781--63838	15	3.8	15	79	2	62	44	1	5	48	1.35
65598--65651	14	3.5	14	73	22	54	40	0	0	59	0.98
65592--65658	9	7.6	9	77	14	59	40	0	0	59	0.97
65596--65679	33	2.5	34	96	3	161	40	0	0	59	0.97
68032--68174	25	5.8	24	81	4	169	20	19	23	36	1.95
68032--68174	49	2.9	49	81	3	171	20	19	23	36	1.95
68030--68168	73	1.9	74	89	1	217	20	18	22	38	1.94
68552--68591	6	7.0	6	81	18	50	30	0	0	70	0.88
68554--68598	17	2.6	17	86	10	58	28	0	2	68	1.01
73929--74091	59	2.8	58	84	7	195	30	16	15	38	1.90
89880--89947	18	3.8	18	98	0	127	39	16	17	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91277--91716	81	5.4	80	89	1	594	26	22	12	37	1.90
91333--91718	81	4.8	81	92	1	630	25	24	12	37	1.91
91667--91920	68	3.8	68	86	1	348	28	24	16	30	1.96
92136--92585	59	7.7	59	89	1	654	33	20	14	32	1.92
94167--94257	2	45.5	2	100	0	182	50	0	0	49	1.00
94654--94703	19	2.6	19	90	0	82	22	40	18	20	1.92
94811--94878	20	3.4	20	85	4	93	26	13	19	41	1.88
94842--94887	20	2.4	19	85	7	58	23	19	19	36	1.95
101923--101972	17	2.9	17	87	0	73	42	6	14	38	1.70
107090--107178	29	3.1	30	77	4	85	52	5	14	26	1.64
108975--109003	11	2.5	12	88	11	51	48	0	0	51	1.00
108942--109004	27	2.3	27	80	2	72	39	0	1	58	1.07
109016--109056	20	2.0	20	90	9	66	26	0	4	68	1.10
108986--109044	24	2.4	24	77	8	66	38	0	1	59	1.08
111384--111456	34	2.1	34	87	0	101	50	5	5	38	1.49
111565--111609	14	3.2	14	93	0	81	57	17	0	24	1.40
112871--112898	11	2.5	11	100	0	56	7	32	0	60	1.24
113126--113625	119	4.2	119	87	2	630	25	21	16	37	1.93
113997--114185	103	1.8	103	82	3	247	38	11	17	32	1.86
118836--118878	19	2.1	21	87	8	63	34	13	6	44	1.72
118844--118885	21	2.1	19	86	8	57	35	9	4	50	1.56
119600--119662	17	3.6	16	75	21	63	79	3	14	3	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125343--125391	20	2.5	20	83	6	55	57	8	2	32	1.40
126647--126673	10	2.7	10	100	0	54	62	0	0	37	0.95
127069--127257	91	2.1	91	83	10	246	23	19	19	37	1.94
127291--127374	20	4.1	20	90	3	123	38	22	16	22	1.93
128179--128230	22	2.4	22	96	0	95	36	17	11	34	1.86
128619--128643	9	2.8	9	100	0	50	36	12	0	52	1.39
134620--134657	14	2.6	15	79	8	51	2	15	5	76	1.08
135108--135190	36	2.3	36	79	4	96	31	2	36	30	1.71
135108--135191	35	2.4	35	82	4	98	30	2	36	29	1.70
136515--136610	36	2.7	36	76	9	88	38	10	16	34	1.83
136599--136746	36	4.1	36	77	5	156	31	12	18	38	1.87
136661--136746	35	2.4	36	83	11	106	29	12	19	38	1.89
145281--145325	23	2.0	21	87	8	63	51	6	8	33	1.59
150111--150248	46	3.0	46	87	4	197	20	21	13	44	1.85
150111--150509	20	17.5	26	63	24	145	21	21	13	42	1.88
150173--150314	66	2.2	66	88	2	205	21	23	12	42	1.87
150231--150509	46	6.1	46	88	3	395	22	21	13	41	1.89
150125--150360	112	2.1	112	89	1	357	21	23	12	42	1.87
150231--150512	137	2.1	137	90	3	451	23	21	13	41	1.89
150237--150508	91	3.0	91	90	3	377	22	22	13	41	1.89
165113--165160	20	2.4	20	92	0	78	27	22	10	39	1.87
165153--165232	26	3.3	26	70	20	82	17	20	16	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165111--165206	20	4.5	20	73	14	75	21	25	13	39	1.90
165127--165264	46	3.0	46	86	0	195	22	18	14	44	1.86
170701--170774	30	2.5	29	86	8	96	43	9	16	31	1.79
173903--173973	18	3.9	18	72	17	58	77	0	15	7	0.97
173913--173969	15	3.7	15	75	11	53	78	0	12	8	0.95
173905--173964	21	2.9	21	81	18	65	78	0	13	8	0.96
173905--173972	21	3.1	20	75	19	55	77	0	14	7	0.96
175807--175893	30	3.0	29	77	15	81	41	8	16	34	1.77
181114--181168	21	2.6	21	97	0	101	23	18	32	25	1.97
183290--183329	20	2.2	18	86	13	55	62	10	2	25	1.39
187649--187868	117	1.9	117	88	1	334	32	13	6	47	1.69
189397--189438	13	3.3	13	86	3	59	14	9	0	76	1.02
192283--192322	17	2.4	17	100	0	80	5	25	7	62	1.42
207762--207817	29	1.9	29	100	0	112	28	17	23	30	1.97
223104--223164	18	3.4	18	97	0	113	11	21	27	39	1.88
227317--227364	24	2.0	23	84	11	62	37	16	6	39	1.74
234114--234228	39	2.9	38	81	11	126	45	26	3	24	1.69
235841--235891	21	2.6	19	85	14	61	37	17	3	41	1.68
235886--236199	49	6.4	49	85	3	393	28	22	12	36	1.90
244245--244511	49	5.5	49	78	4	211	28	19	14	37	1.91
244245--244428	97	1.9	97	81	6	221	29	20	14	35	1.92
251738--251830	39	2.4	39	81	1	114	41	21	6	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253036--253061	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
261581--263039	727	2.0	727	98	0	2792	35	14	21	29	1.92
263641--263682	21	2.1	20	86	8	59	21	21	16	40	1.91
267804--267851	18	2.7	18	75	12	53	22	27	14	35	1.93
268298--268356	15	3.8	16	76	10	61	33	1	0	64	1.04
268312--268358	21	2.3	20	79	13	51	34	2	0	63	1.06
270138--270171	7	4.9	7	100	0	68	29	14	0	55	1.40
271548--271605	29	2.0	29	93	0	98	13	15	8	62	1.54
272115--272151	14	2.7	15	84	16	53	18	21	5	54	1.64
272115--272165	26	1.9	27	88	4	77	21	17	5	54	1.63

Tables:   1   2   3   4   5