genome.fa.s7490.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007490.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00020682_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  795028

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3163--3202	20	2.0	20	85	9	55	37	7	2	52	1.43
5436--7055	4	410.5	4	95	3	2923	24	0	25	49	1.52
7707--7765	21	2.8	21	92	0	91	22	6	20	50	1.71
7990--8086	44	2.2	44	88	3	142	35	22	17	24	1.95
8787--9868	540	2.0	540	99	0	2137	31	16	21	30	1.95
10099--10131	7	4.9	7	85	7	50	27	3	0	69	1.03
10099--10131	13	2.4	14	95	5	59	27	3	0	69	1.03
16182--16236	25	2.2	26	83	9	69	43	5	3	47	1.44
16687--16719	14	2.4	14	94	0	57	69	0	3	27	1.03
17680--17706	12	2.2	12	100	0	54	40	18	18	22	1.91
21299--21340	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
21868--21944	35	2.2	35	85	0	100	37	22	1	38	1.62
22066--22099	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
22560--22804	130	1.9	130	93	0	418	37	13	13	35	1.85
24700--24734	18	1.9	18	88	11	54	25	31	8	34	1.86
31560--31636	36	2.1	36	88	4	111	33	23	10	32	1.89
31578--31703	67	1.9	66	83	4	164	29	20	12	37	1.90
31578--31722	67	2.2	67	81	3	159	29	19	13	37	1.89
31672--31774	45	2.3	45	82	0	116	32	15	14	37	1.88
31717--31883	67	2.5	67	86	0	237	33	16	13	37	1.87
31882--32429	137	4.0	137	79	4	557	28	29	15	26	1.96
31910--32428	275	1.9	275	83	2	675	28	29	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35482--35595	22	5.3	21	74	6	113	21	16	22	38	1.93
35460--35614	42	3.7	41	86	7	213	20	19	21	38	1.93
35701--35733	6	5.5	6	100	0	66	33	51	15	0	1.43
36626--36700	6	12.5	6	100	0	150	0	16	50	33	1.45
36784--36849	19	3.3	19	72	12	69	40	21	19	18	1.91
36795--36870	22	3.6	22	75	10	95	42	22	19	15	1.89
36777--36888	41	2.7	41	90	4	163	42	21	18	16	1.89
36834--36893	20	2.9	20	81	13	68	43	20	23	13	1.86
36861--36922	21	3.0	21	73	2	63	38	24	19	17	1.93
37551--37603	24	2.1	24	86	6	70	52	1	1	43	1.23
39964--40013	26	1.9	26	100	0	100	30	4	30	36	1.76
41856--41945	12	8.3	11	71	21	66	41	1	2	55	1.19
41856--41973	31	3.6	33	74	12	109	43	0	2	53	1.20
41855--41980	22	5.7	23	70	21	74	42	1	2	53	1.23
41856--41894	2	21.5	2	80	19	50	46	0	0	53	1.00
43240--43313	33	2.2	33	79	9	80	40	0	6	52	1.28
49919--50049	65	2.0	64	89	1	199	38	9	23	28	1.87
50902--51030	42	3.1	42	78	2	143	24	18	20	35	1.95
51194--51267	30	2.5	29	82	8	103	37	1	1	59	1.14
60451--60493	22	1.9	22	85	4	59	65	4	6	23	1.37
63153--63209	3	18.0	3	82	7	51	1	26	3	68	1.15
62980--63166	92	2.0	91	79	6	198	16	26	6	50	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63153--63211	21	2.8	21	76	0	64	1	27	3	67	1.16
65612--65660	21	2.3	21	85	0	62	34	32	14	18	1.91
65564--65643	42	1.9	42	84	0	106	38	26	16	18	1.92
69826--69887	22	2.7	23	76	11	74	53	6	17	22	1.67
70172--70273	42	2.7	36	74	21	116	20	21	24	33	1.97
70166--70277	21	5.7	20	69	23	76	20	22	24	33	1.97
70196--70305	42	2.6	42	91	2	177	23	21	20	33	1.97
70220--70290	21	3.3	23	75	15	87	22	21	19	36	1.95
70227--70298	21	3.4	21	76	14	76	22	20	19	37	1.94
70146--70312	84	2.1	76	80	13	185	23	22	20	32	1.98
70388--70416	6	5.0	6	95	4	51	31	51	17	0	1.45
71055--71099	21	2.1	21	91	0	72	24	22	24	28	1.99
73093--73145	23	2.3	23	100	0	106	39	15	24	20	1.91
75256--75318	11	5.9	11	75	14	69	57	0	1	41	1.08
75738--75781	21	2.1	21	82	0	52	47	27	0	25	1.52
81422--81496	35	2.1	35	85	0	96	44	22	0	33	1.53
81492--81567	34	2.2	35	80	2	91	36	1	22	39	1.63
88755--88785	14	2.2	14	100	0	62	38	6	6	48	1.55
91586--91627	11	3.8	11	84	9	50	14	11	0	73	1.09
91586--91627	22	1.9	22	85	9	59	14	11	0	73	1.09
95581--95881	150	2.0	150	100	0	602	35	17	14	31	1.91
97273--97331	6	9.5	6	87	7	82	69	3	13	13	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99123--99165	19	2.2	20	83	4	52	51	16	0	32	1.45
101082--101134	21	2.5	21	96	0	97	71	1	9	16	1.21
101082--101134	10	5.0	11	86	9	83	71	1	9	16	1.21
104059--104099	19	2.2	19	86	4	57	68	0	9	21	1.18
104170--104200	16	1.9	16	93	0	53	74	0	0	25	0.82
105851--106014	64	2.6	64	86	3	215	29	19	22	28	1.98
105851--106075	64	3.5	63	81	4	211	31	20	20	27	1.97
106528--106574	15	3.1	15	100	0	94	14	19	31	34	1.92
112778--112941	64	2.6	64	85	3	197	30	19	21	28	1.98
112825--113002	64	2.8	64	86	3	225	32	20	20	25	1.97
113455--113486	15	2.1	15	100	0	64	15	18	31	34	1.93
116296--116403	48	2.2	49	93	1	191	46	10	0	42	1.44
116338--116523	60	3.1	60	94	1	322	46	11	0	41	1.44
116457--116629	58	3.4	48	80	16	211	47	12	0	40	1.41
116554--116580	10	2.7	10	100	0	54	40	18	0	40	1.51
116118--116711	226	2.6	228	87	8	780	45	10	2	41	1.51
116613--116700	21	4.3	21	67	18	60	45	12	0	42	1.42
116506--116711	60	3.5	58	93	2	340	46	12	0	40	1.42
116683--116922	12	18.9	13	74	13	166	43	8	2	46	1.45
116668--116903	38	6.2	39	76	14	183	42	8	2	47	1.45
116668--116903	26	9.3	26	78	12	224	42	8	2	47	1.45
116805--116847	19	2.2	19	83	4	50	46	2	2	48	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116654--116887	98	2.3	103	85	7	298	43	8	1	46	1.43
116712--116986	124	2.3	122	87	6	389	43	7	2	46	1.44
117156--117190	17	2.0	18	94	5	63	37	5	0	57	1.23
121024--121048	8	3.1	8	100	0	50	60	12	0	28	1.32
121068--121116	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
121479--121549	21	3.3	21	70	14	72	28	26	26	18	1.98
121721--121799	20	3.7	20	75	20	79	20	44	16	18	1.87
121715--121819	44	2.4	44	88	6	158	20	43	17	19	1.88
121715--121820	25	4.8	23	76	19	102	19	44	16	18	1.87
125114--125188	30	2.5	30	80	8	82	13	6	16	64	1.48
125214--125265	23	2.3	23	90	6	79	17	19	23	40	1.91
125236--125331	34	2.8	34	80	9	115	20	18	18	41	1.90
126144--126374	20	11.5	20	80	6	225	37	24	18	19	1.94
126164--126360	60	3.3	60	83	2	252	36	24	18	20	1.95
127057--127103	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
127278--127302	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
129599--129782	33	5.2	34	74	16	135	46	17	21	14	1.83
129585--129688	33	3.1	33	83	8	138	46	18	21	14	1.84
129599--129820	19	12.7	19	75	18	232	45	17	21	15	1.85
129627--129814	52	3.6	52	89	5	256	46	16	22	14	1.84
129666--129820	71	2.2	71	97	0	292	45	17	21	15	1.85
129685--129814	33	3.8	33	87	9	197	46	17	21	14	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129810--129928	33	3.4	33	82	15	166	13	24	17	44	1.85
129810--129946	73	1.9	71	96	3	256	13	24	17	44	1.85
129829--129946	19	6.4	19	87	10	174	14	22	16	45	1.84
130053--130089	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
132010--132163	19	8.6	19	76	14	148	46	22	19	11	1.82
132085--132141	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
132028--132158	33	3.8	33	89	5	181	47	22	19	10	1.80
132159--132287	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
132159--132250	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
132335--132896	93	6.1	93	99	0	1108	46	19	12	21	1.83

Tables:   1   2   3   4