genome.fa.s7490.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007490.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00020682_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  795028

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134595--134691	20	5.2	20	72	18	100	46	17	24	11	1.81
134593--134657	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
134642--134698	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
134593--134715	33	3.5	33	90	8	165	46	18	24	10	1.81
134732--134769	14	2.7	14	100	0	76	7	26	23	42	1.81
134753--134830	41	1.9	41	97	0	147	12	25	16	44	1.83
134754--134829	21	3.7	21	83	3	109	11	25	17	46	1.82
134909--134979	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
135161--135215	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
135366--135579	20	10.6	20	83	5	252	19	19	26	34	1.96
135566--135648	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
135546--135644	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
136822--136927	50	2.3	47	82	14	123	32	0	15	51	1.49
137363--137439	40	1.9	39	97	2	145	41	22	10	25	1.85
140155--140227	29	2.5	31	82	6	89	31	17	6	43	1.75
140404--140435	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
142027--142103	32	2.4	32	93	0	136	36	16	9	37	1.81
142690--142737	24	2.0	24	95	0	87	35	16	18	29	1.93
145481--145512	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
146189--146235	18	2.6	18	100	0	94	25	36	21	17	1.94
150494--150585	18	5.1	18	86	0	130	26	32	17	23	1.97
150496--150585	36	2.5	36	92	0	144	26	33	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160689--160853	81	2.0	81	97	0	312	41	21	5	31	1.75
161267--161390	53	2.3	54	82	5	146	30	23	16	29	1.97
167878--167955	31	2.5	31	83	6	88	24	19	20	35	1.95
167901--168051	30	5.0	30	85	4	144	23	21	22	33	1.98
167911--168051	60	2.4	60	86	1	194	21	21	22	33	1.97
167936--168056	60	2.0	60	91	1	199	22	22	23	31	1.98
173743--173874	30	4.4	30	91	0	194	22	21	24	31	1.98
174991--175217	112	2.1	110	89	3	341	29	18	18	33	1.94
183181--183242	22	2.8	22	97	0	115	41	12	17	27	1.86
183766--183999	112	2.1	112	92	0	387	30	17	18	33	1.94
193461--193838	189	2.0	189	97	0	720	35	16	19	27	1.94
194425--194783	177	2.0	177	94	2	623	45	8	3	42	1.52
201920--202016	42	2.3	42	80	3	115	29	22	18	28	1.97
201920--202027	42	2.6	41	79	5	101	29	21	18	30	1.97
208778--208809	12	2.6	12	95	5	55	75	0	25	0	0.81
210568--210596	14	2.1	14	100	0	58	48	0	31	20	1.50
211266--211487	101	2.2	102	84	4	288	33	15	10	40	1.82
211924--212316	138	2.9	137	79	1	430	35	23	15	25	1.94
212286--212538	104	2.4	104	87	1	355	35	26	14	23	1.93
217252--217298	21	2.2	22	84	3	60	40	2	4	53	1.32
219382--219416	12	2.8	13	86	8	54	40	5	8	45	1.58
221179--221211	12	2.6	13	90	4	50	45	6	12	36	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223776--223800	12	2.1	12	100	0	50	24	32	16	28	1.96
237157--237309	60	2.5	59	80	9	175	35	22	2	39	1.68
238755--238859	36	2.9	36	90	4	151	30	35	4	29	1.78
239247--239285	17	2.2	18	86	13	55	76	7	15	0	0.99
239507--239556	24	2.0	25	85	11	68	16	20	0	64	1.30
243322--243374	22	2.3	23	90	3	81	32	37	3	26	1.74
243283--243354	36	2.0	36	97	0	135	29	36	5	29	1.80
244110--244163	10	5.7	10	80	10	51	50	12	0	37	1.41
244123--244203	2	41.0	2	80	2	92	45	3	4	45	1.42
247241--247296	23	2.4	23	76	5	60	26	5	1	66	1.23
247314--247405	40	2.3	39	81	12	107	31	3	3	61	1.28
251528--251889	195	1.9	195	93	0	625	29	20	19	30	1.97
253032--253151	36	3.3	36	70	9	118	26	18	13	41	1.87
253048--253189	72	1.9	76	91	5	238	28	20	12	38	1.89
253317--253402	37	2.4	37	86	2	111	25	19	13	40	1.89
253271--253476	102	2.0	103	94	0	360	31	17	12	38	1.88
253353--253523	65	2.6	65	85	4	211	29	20	10	39	1.86
253271--253642	167	2.2	167	86	1	505	29	18	12	38	1.88
253418--253804	102	3.8	101	84	2	454	29	18	12	38	1.88
253219--253738	269	1.9	269	94	0	914	30	18	12	38	1.88
253599--253671	37	2.0	37	86	0	101	27	19	15	38	1.91
253353--253736	167	2.3	161	79	10	407	30	18	12	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253687--253768	36	2.3	36	86	0	110	24	18	14	42	1.87
253829--253925	34	2.9	34	81	4	115	21	22	14	41	1.89
255103--255156	2	28.0	2	83	7	67	46	1	1	50	1.23
255144--255235	40	2.3	39	81	12	107	31	3	3	61	1.28
255373--255414	17	2.4	18	88	4	59	21	0	7	71	1.09
255375--255432	18	3.2	17	83	9	62	24	0	5	70	1.07
256078--256244	80	2.0	81	95	4	300	32	21	20	25	1.98
257516--257552	2	18.5	2	88	0	56	43	0	5	51	1.24
257516--257558	14	3.1	14	89	0	59	41	0	9	48	1.35
257539--257605	33	2.0	33	100	0	134	29	0	19	50	1.48
265730--265778	25	2.0	25	91	0	80	63	8	2	26	1.34
265723--265774	12	4.4	11	77	15	50	61	7	1	28	1.34
266201--266330	61	2.1	61	85	2	172	40	17	14	27	1.89
267547--267596	21	2.4	21	96	0	91	40	10	24	26	1.86
267518--267632	57	2.0	57	91	0	185	37	13	23	25	1.92
276036--276069	16	2.1	16	100	0	68	26	0	32	41	1.56
277240--277395	36	4.5	35	74	16	155	36	11	21	30	1.89
277317--277425	30	3.5	30	71	20	96	39	11	19	30	1.86
277281--277443	65	2.5	65	90	1	254	39	11	20	28	1.86
280453--280480	14	2.0	14	100	0	56	35	28	14	21	1.92
285242--285312	14	5.5	13	74	16	58	61	4	2	30	1.29
285243--285315	25	2.9	25	85	6	94	61	4	2	31	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285283--285339	11	5.3	11	71	25	50	63	8	1	26	1.34
285739--285866	61	2.1	61	88	2	186	42	16	14	27	1.86
286685--286881	37	5.2	36	76	15	161	41	2	9	46	1.50
286749--286885	38	3.7	37	83	8	138	40	2	9	47	1.48
288091--288145	29	1.9	29	85	3	76	36	5	0	58	1.21
295528--295646	35	3.4	35	70	13	100	27	17	18	36	1.94
298250--298285	18	2.1	17	89	5	54	38	2	16	41	1.63
302848--302896	25	2.0	25	84	8	64	42	4	0	53	1.20
302805--302897	22	4.1	22	70	16	57	43	2	1	53	1.19
303297--303342	13	3.5	13	93	3	65	60	0	0	39	0.97
303305--303343	13	3.0	13	100	0	78	53	0	0	46	1.00
303306--303349	13	3.3	13	93	3	61	54	0	0	45	0.99
308211--308264	20	2.8	20	75	8	58	40	0	5	53	1.24
311668--311734	28	2.4	28	92	5	109	44	14	0	40	1.46
311822--311871	6	8.8	6	82	12	70	0	20	14	66	1.26
311819--311874	15	3.5	15	86	13	85	0	21	12	66	1.25
314532--314714	51	3.4	51	81	12	222	27	15	15	41	1.87
314580--314696	60	2.0	60	98	0	225	27	15	16	41	1.88
329999--330023	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
330840--330889	14	3.3	15	73	21	50	64	2	4	30	1.23
331760--331834	31	2.4	31	82	6	89	42	1	4	52	1.28
332574--332653	11	7.7	10	71	17	56	52	3	0	43	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
332567--332653	31	2.8	30	83	10	104	54	3	0	42	1.17
332571--332620	19	2.5	21	84	9	70	56	2	0	42	1.11
332866--332991	40	3.2	39	85	8	146	38	25	12	23	1.90
332913--332977	20	3.2	20	70	8	60	40	24	15	20	1.91
332928--332991	20	3.2	20	71	8	67	42	25	10	21	1.85
333004--333114	57	1.9	57	87	3	161	25	17	19	37	1.93
333088--333136	21	2.4	20	83	10	64	26	14	24	34	1.94
333208--333274	20	3.3	20	67	10	55	26	16	26	29	1.97
333110--333333	97	2.3	98	91	1	360	26	15	23	34	1.94
333245--333389	57	2.5	58	86	2	211	26	14	24	33	1.94

Tables:   1   2   3   4