genome.fa.s7659.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007659.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00025513_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47187

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195--234	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
360--398	19	2.1	18	85	4	51	35	17	12	33	1.88
92--12071	85	142.9	87	76	15	5348	37	17	12	32	1.87
603--642	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
691--730	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
778--817	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
859--896	19	2.0	19	89	0	58	39	15	13	31	1.86
1110--1149	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
1280--1318	18	2.1	18	90	4	60	38	15	12	33	1.85
1927--1966	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
2007--2146	68	2.1	68	93	4	241	37	16	12	33	1.86
2007--2149	66	2.2	65	91	6	234	37	16	11	34	1.85
2073--2232	83	1.9	83	93	2	277	38	16	12	31	1.86
2156--2300	67	2.2	67	91	6	240	38	15	13	32	1.86
2366--2398	17	1.9	17	100	0	66	48	9	12	30	1.71
2223--2505	81	3.4	84	91	7	445	37	16	12	33	1.86
2451--2490	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
2390--2639	134	1.8	134	89	5	396	40	16	11	32	1.84
2585--2624	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
2604--2919	147	2.1	146	91	6	505	37	17	12	32	1.87
3065--3099	18	1.9	18	88	0	52	37	17	14	31	1.89
3227--3262	18	2.0	18	88	0	54	36	16	13	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3312--3346	18	1.9	18	88	0	52	37	17	14	31	1.89
3395--3429	18	1.9	18	88	0	52	37	17	14	31	1.89
3481--3515	18	1.9	18	88	0	52	37	17	14	31	1.89
3638--3674	18	2.1	18	89	0	56	35	16	13	35	1.88
3798--3837	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
3882--3921	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
3966--4003	19	2.0	19	89	0	58	39	15	13	31	1.86
3955--4074	64	1.9	64	96	3	224	45	17	10	26	1.81
4195--4232	18	2.1	18	90	0	58	34	18	13	34	1.89
4359--4398	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
4446--4484	18	2.1	18	90	4	60	38	15	12	33	1.85
4613--4647	18	1.9	18	88	0	52	37	17	14	31	1.89
4593--4881	148	2.0	136	85	12	379	39	16	10	33	1.83
4747--12071	82	87.8	86	79	14	4936	37	17	11	32	1.86
4913--4952	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
5077--5116	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
5163--5197	17	2.1	17	88	0	52	42	11	14	31	1.81
5488--5525	19	2.0	19	89	0	58	39	15	13	31	1.86
5575--5614	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
5660--5699	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
5746--5785	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
5998--6032	18	1.9	18	88	0	52	37	17	14	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6078--6117	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
6242--6281	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
6564--6603	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
6651--6687	19	1.9	19	88	0	56	43	10	13	32	1.79
6890--6929	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
6802--7074	140	2.0	136	87	11	398	39	17	11	31	1.85
7129--7273	66	2.2	67	97	1	274	37	17	12	32	1.87
7046--7366	151	2.1	152	93	4	553	37	18	11	32	1.87
7346--7383	19	2.0	19	89	0	58	39	15	13	31	1.86
7436--7470	18	1.9	18	88	0	52	37	17	14	31	1.89
7485--7714	84	2.8	86	90	7	361	40	16	11	31	1.84
7330--7628	144	2.0	150	89	8	472	40	16	10	32	1.82
7660--7699	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
7650--7775	62	2.0	62	90	6	200	41	16	9	32	1.81
7565--7860	146	2.0	150	93	5	514	39	16	11	32	1.85
7806--7845	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
7892--7931	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
8285--8323	18	2.1	18	90	4	60	38	15	12	33	1.85
8442--8479	18	2.1	18	90	0	58	34	18	13	34	1.89
8607--8643	18	2.1	18	89	0	56	40	16	13	29	1.86
9019--9053	18	1.9	18	88	0	52	37	17	14	31	1.89
9104--9138	18	1.9	18	88	0	52	37	17	14	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9172--9296	63	2.0	62	89	6	189	41	16	8	33	1.79
9328--9367	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
9415--9454	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
9653--9691	18	2.1	18	90	4	60	38	15	12	33	1.85
9735--9773	18	2.1	19	85	4	53	35	17	12	33	1.88
9817--9856	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
9897--10009	58	2.0	57	91	5	183	39	17	10	31	1.84
9959--9996	18	2.1	18	90	0	58	39	18	7	34	1.80
9812--10091	138	2.0	138	88	9	363	38	17	12	31	1.87
10443--10482	19	2.1	19	85	0	53	35	17	12	35	1.88
10528--10564	19	1.9	19	88	0	56	40	16	13	29	1.86
10611--10650	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
10936--10973	19	2.0	19	89	0	58	39	15	13	31	1.86
11100--11138	18	2.1	18	90	4	60	38	15	12	33	1.85
11181--11219	18	2.1	18	90	4	60	38	15	12	33	1.85
11263--11302	19	2.1	19	85	0	53	35	17	12	35	1.88
11430--11468	18	2.1	19	85	4	53	35	17	12	33	1.88
10899--12071	83	14.1	86	89	7	1788	37	17	11	32	1.87
11516--11555	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
11681--11720	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
11766--11804	18	2.1	18	90	4	60	38	15	12	33	1.85
11935--11973	18	2.1	19	85	4	53	38	17	10	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12081--12118	19	2.0	19	89	0	58	39	15	13	31	1.86
12081--12577	84	6.1	84	87	9	697	37	17	11	33	1.86
12488--12525	19	2.0	19	89	0	58	39	15	13	31	1.86
12520--12654	61	2.1	65	88	8	199	34	20	10	34	1.86
12581--15561	83	35.7	87	86	8	4022	37	17	11	33	1.86
13127--13166	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
13291--13328	19	2.0	19	89	0	58	39	15	13	31	1.86
13780--13819	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
13863--13902	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
14034--14073	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
14878--14917	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
15377--15415	19	2.1	19	85	0	51	35	15	12	35	1.86
15483--15637	66	2.3	68	81	6	181	36	16	12	33	1.87
15617--15656	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
15554--18134	87	29.9	87	87	2	3490	38	17	11	33	1.85
15705--15743	19	2.1	19	90	0	60	38	15	12	33	1.85
15877--15916	19	2.1	19	85	0	53	37	17	10	35	1.83
16052--16090	19	2.0	20	85	5	53	38	15	15	30	1.88
16138--16177	19	2.1	19	85	0	53	37	17	10	35	1.83
15554--18479	261	11.4	260	86	4	3768	37	17	11	33	1.86
16310--16347	19	2.0	19	89	0	58	39	15	13	31	1.86
16395--16434	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16570--16608	18	2.1	18	90	4	60	38	15	12	33	1.85
17351--17388	19	2.0	19	89	0	58	39	15	13	31	1.86
17438--17477	19	2.1	19	85	0	53	35	17	12	35	1.88
18055--18210	67	2.3	68	82	3	181	37	17	12	33	1.87
18190--18229	19	2.1	19	85	0	53	35	17	12	35	1.88
18123--18479	86	4.2	87	82	6	464	36	17	12	34	1.87
19116--19190	35	2.1	35	90	0	114	32	29	29	9	1.88
19220--19287	22	3.0	22	77	10	66	38	19	13	29	1.89
19246--19314	23	3.0	23	86	2	93	39	20	15	24	1.92
21813--21843	7	4.4	7	91	0	53	25	25	32	16	1.96

Tables:   1   2   3