genome.fa.s7704.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007704.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109919_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  612835

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11243--11318	29	2.7	28	71	13	66	67	3	1	27	1.17
12674--12728	3	18.7	3	85	10	69	63	0	0	36	0.95
12661--12716	24	2.3	25	85	11	73	57	0	0	42	0.99
12661--12720	26	2.3	26	86	10	88	56	0	0	43	0.99
17891--17920	15	2.0	15	93	0	51	13	43	26	16	1.85
25092--25117	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
40301--40331	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
40486--40523	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
53022--53081	28	2.1	29	84	6	79	46	3	5	45	1.41
53341--53395	24	2.3	24	77	0	65	52	0	1	45	1.11
53688--53827	71	2.0	70	97	2	264	21	11	28	38	1.88
54866--54963	21	4.7	22	71	19	68	42	2	0	55	1.11
54889--54953	34	1.9	33	85	14	89	49	0	0	50	1.00
54915--54963	23	2.1	24	85	11	66	44	2	0	53	1.12
54971--55057	26	3.2	26	80	15	88	41	1	0	57	1.06
55003--55049	15	3.1	15	75	19	53	38	2	0	59	1.09
54807--55238	147	2.9	146	90	4	634	40	3	0	55	1.16
55172--55253	3	27.3	3	71	26	50	36	1	0	62	1.03
55162--55250	16	5.9	16	69	25	68	37	2	0	60	1.09
55167--55254	9	9.4	9	71	21	58	37	1	0	61	1.04
55167--55256	13	6.0	15	71	24	57	37	1	0	61	1.04
59642--59693	26	2.0	26	92	0	86	32	5	9	51	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66461--66521	31	2.0	31	96	0	113	27	4	27	39	1.77
69902--70782	169	5.2	169	85	3	987	25	17	22	34	1.96
69908--70782	84	10.4	85	82	4	954	25	17	22	34	1.96
69913--70782	253	3.4	252	85	3	1040	25	17	22	34	1.96
72626--72811	86	2.2	86	85	0	248	23	17	25	33	1.96
73151--73235	43	2.0	43	97	2	163	48	21	9	21	1.78
73687--73886	96	2.1	96	88	2	303	31	17	17	34	1.93
77467--77750	142	2.0	142	98	1	552	43	17	10	28	1.83
82536--82651	58	2.0	58	96	1	214	37	13	18	31	1.90
82541--82632	29	3.2	29	64	26	68	36	14	17	31	1.89
82544--82637	30	3.2	30	64	18	79	36	13	18	31	1.90
83754--83795	16	2.5	17	84	7	59	26	4	0	69	1.08
94823--95540	105	7.0	105	89	5	1039	33	24	17	23	1.96
97352--97401	20	2.5	20	87	9	68	18	18	4	60	1.52
97352--97410	20	3.0	20	80	2	66	16	18	5	59	1.55
97604--97645	16	2.5	17	84	7	59	26	4	0	69	1.08
98582--98707	61	2.1	60	90	1	180	37	15	16	30	1.90
100149--100648	43	11.7	44	72	11	321	27	15	5	51	1.65
100193--100582	212	1.8	211	90	2	631	26	15	5	52	1.64
103876--103949	37	2.2	33	80	19	98	12	22	27	37	1.90
103884--103958	37	2.0	37	100	0	150	14	21	26	37	1.92
109551--109671	64	1.9	64	100	0	242	47	10	5	35	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110514--110578	29	2.2	29	78	5	69	30	9	18	41	1.82
114400--114551	42	3.7	42	78	9	118	33	15	19	32	1.92
115943--116117	23	8.1	20	81	13	172	41	13	14	30	1.84
115952--116107	23	7.0	23	89	6	209	42	13	14	29	1.84
118599--118662	20	3.0	20	75	20	67	37	12	18	31	1.88
121825--121974	23	6.8	23	86	6	177	18	19	25	37	1.94
133273--133424	76	2.0	76	100	0	304	42	18	10	28	1.83
135184--135339	77	2.0	79	95	5	282	40	8	16	33	1.80
135363--135425	31	2.0	31	100	0	126	25	22	20	31	1.98
136240--136291	22	2.4	22	87	6	70	48	0	7	44	1.31
136262--136509	35	7.1	35	72	15	140	47	2	7	43	1.43
136266--136423	37	4.3	39	78	14	140	48	1	7	43	1.39
136204--136314	56	2.0	57	84	10	149	49	1	5	43	1.36
136474--136589	33	3.7	29	76	17	88	46	4	6	43	1.48
136651--136712	28	2.1	28	82	5	70	45	1	8	45	1.42
136732--136776	12	3.4	14	76	17	60	15	0	2	82	0.77
136733--136789	25	2.2	25	84	3	69	15	0	3	80	0.84
137529--137566	13	2.7	14	84	12	51	2	21	26	50	1.62
138101--138206	6	17.2	6	70	24	53	18	2	0	77	0.95
138150--138200	8	5.9	8	78	17	57	17	0	0	82	0.67
138141--138197	7	8.0	7	79	16	64	19	0	0	80	0.71
138118--138211	33	2.9	34	80	13	99	22	1	0	76	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138118--138206	37	2.4	37	83	12	103	21	1	0	77	0.83
138100--138196	21	4.6	20	72	18	72	17	3	1	78	0.94
139244--139281	16	2.3	16	83	16	51	7	10	2	78	1.04
141058--141141	2	42.0	2	100	0	168	50	0	0	50	1.00
142671--142714	22	2.0	22	95	0	79	34	0	15	50	1.45
153340--153396	18	3.2	18	80	2	53	22	1	3	71	1.10
153797--153862	9	7.4	9	79	14	59	31	0	0	68	0.90
153818--153849	11	2.9	11	95	0	55	40	0	0	59	0.97
153788--153862	4	19.2	4	72	20	52	29	1	0	69	0.97
154388--154412	11	2.3	11	100	0	50	24	8	20	48	1.76
156903--156977	23	3.3	24	78	9	68	77	6	14	1	1.04
158519--158589	36	2.0	36	88	0	106	25	21	14	39	1.90
158924--159449	106	5.0	106	84	3	688	35	24	18	21	1.95
161078--161103	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
161164--161223	4	15.0	4	74	19	54	23	1	3	71	1.10
161168--161212	18	2.5	18	81	0	54	24	0	4	71	1.05
161640--161692	7	7.1	7	76	19	54	15	3	1	79	0.96
161638--161668	15	2.1	15	100	0	62	19	0	0	80	0.71
161612--161691	38	2.1	39	82	15	96	20	3	2	73	1.10
166051--166093	20	2.2	20	86	0	59	30	20	16	32	1.95
175916--176509	85	7.0	85	85	0	776	36	19	18	26	1.94
176488--176533	24	1.9	24	95	0	83	34	17	15	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176403--176613	109	1.9	109	86	3	300	36	19	17	27	1.94
176532--177145	175	3.5	175	84	0	753	31	19	21	27	1.97
178075--178120	12	3.9	12	72	16	51	65	26	4	4	1.30
178821--178896	10	7.4	10	76	10	64	18	3	0	77	0.92
178867--178904	18	2.1	18	85	9	51	21	0	0	78	0.74
180235--180380	57	2.7	51	76	15	150	46	2	7	43	1.43
194418--194470	18	3.0	18	72	2	54	26	18	24	30	1.98
204083--204205	60	2.0	60	85	3	167	35	15	17	31	1.91
204473--204498	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
205435--205480	20	2.3	20	100	0	92	54	32	6	6	1.52
220501--220577	32	2.4	33	76	6	86	35	16	16	31	1.92
233445--233483	20	2.1	17	86	13	51	58	7	5	28	1.47
236429--236470	21	2.0	21	95	0	75	26	33	2	38	1.69
236707--236745	18	2.2	17	86	4	51	33	35	15	15	1.89
238457--238489	12	2.6	13	85	9	50	36	3	9	51	1.49
249321--249404	43	2.0	43	85	0	114	44	13	23	19	1.85
249412--249442	16	1.9	16	100	0	62	77	3	19	0	0.90
250429--250623	106	1.8	105	82	3	248	34	23	17	24	1.96
251160--251192	12	2.6	13	85	9	50	36	3	9	51	1.49
253028--253057	10	2.8	11	90	10	53	20	20	6	53	1.67
255941--256011	36	2.0	36	86	5	99	29	23	12	33	1.92
256165--256431	138	1.9	137	85	3	367	30	19	11	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256654--256764	30	3.5	30	68	15	78	28	18	16	36	1.92
256468--256799	67	5.0	67	85	4	415	30	17	15	37	1.90
256468--256799	133	2.5	131	84	4	436	30	17	15	37	1.90
256836--257195	135	2.7	133	83	4	411	28	28	16	26	1.97
257401--257450	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
284186--284273	3	28.7	3	78	8	88	38	2	0	59	1.10
284195--284267	19	3.8	19	77	8	76	39	2	0	57	1.13
285441--285486	17	2.7	17	80	12	58	17	4	6	71	1.24
287666--287706	7	6.0	7	81	13	50	14	17	14	53	1.73
287762--287819	26	2.3	25	84	3	80	22	12	8	56	1.62

Tables:   1   2   3