genome.fa.s7713.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007713.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109937_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  584604

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1617--1641	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
3115--3151	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
3515--3570	20	2.8	20	94	0	94	39	17	23	19	1.92
3595--3668	19	4.5	16	83	16	66	13	20	18	47	1.82
3591--3658	19	3.8	19	87	12	101	13	22	17	47	1.82
5672--5789	19	6.5	19	80	10	124	41	23	22	12	1.88
5673--5746	39	1.9	38	88	2	112	37	22	24	14	1.92
5747--5803	14	3.8	14	78	17	69	47	26	17	8	1.77
5728--5808	32	2.5	32	100	0	162	48	24	18	8	1.76
5815--5910	19	5.6	17	72	21	78	11	19	22	45	1.82
5837--5894	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
5820--5910	32	2.8	33	94	3	166	10	18	23	47	1.80
5895--5949	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
6420--6464	18	2.5	18	88	0	72	17	15	40	26	1.90
7781--7818	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
8307--8400	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
8327--8462	41	3.3	42	78	5	118	20	20	20	38	1.94
8287--8401	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
8390--8482	21	4.6	20	79	4	105	18	23	18	39	1.92
8390--8485	41	2.3	41	96	0	174	18	22	17	40	1.91
8835--8902	35	2.0	36	81	13	83	44	30	11	13	1.79
9135--9218	32	2.5	33	84	5	107	40	30	10	17	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20809--20903	27	3.6	27	94	2	158	30	10	15	43	1.81
24600--24694	27	3.6	27	94	2	167	30	11	15	42	1.83
30450--30633	45	4.1	45	88	2	282	39	7	21	30	1.81
37183--37218	18	2.0	18	94	0	63	19	22	30	27	1.98
37198--37319	23	5.2	23	86	2	172	22	18	23	35	1.96
44745--45073	182	1.8	181	89	2	516	43	13	17	26	1.86
47863--47925	21	3.1	21	86	9	94	41	11	28	19	1.85
47956--48020	33	2.0	33	90	0	103	27	0	49	23	1.50
49802--49869	19	3.6	19	97	0	127	33	0	10	55	1.34
50125--51272	200	5.8	200	93	1	1868	35	14	18	31	1.91
54747--54894	80	1.9	78	84	10	203	31	13	11	43	1.80
58366--58396	15	2.1	15	93	0	53	51	29	0	19	1.47
68955--68988	16	2.1	17	88	5	52	35	0	0	64	0.94
69405--69434	12	2.4	13	94	5	53	73	3	0	23	0.98
69409--69455	21	2.2	22	81	11	62	70	8	0	21	1.14
73888--73940	26	2.0	26	100	0	106	37	15	16	30	1.90
81319--81360	20	2.2	20	91	4	68	19	28	19	33	1.96
84472--84536	33	2.0	33	93	0	112	46	9	20	24	1.79
93232--93276	18	2.4	18	85	7	56	51	0	4	44	1.21
94537--94602	29	2.3	30	81	7	82	40	1	0	57	1.08
94594--94673	33	2.5	30	82	9	97	41	6	0	52	1.27
94594--94673	32	2.5	33	82	10	103	41	6	0	52	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94539--94673	64	2.2	60	82	7	155	38	4	0	57	1.19
95833--95858	8	3.2	8	100	0	52	11	0	65	23	1.25
98676--98713	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
100446--100491	23	2.0	23	100	0	92	30	8	21	39	1.84
100736--100791	2	28.5	2	92	3	96	50	0	1	48	1.11
109601--109646	21	2.1	22	88	4	67	39	0	0	60	0.97
110000--110064	30	2.2	30	88	5	96	40	24	26	9	1.85
110283--110331	25	1.9	27	84	12	68	38	14	18	28	1.90
111468--111528	30	2.0	30	90	9	97	36	6	14	42	1.72
111468--111528	29	2.0	31	93	6	108	36	6	14	42	1.72
111608--111702	21	4.5	21	86	11	124	22	36	18	22	1.95
111608--111702	42	2.3	42	88	3	138	22	36	18	22	1.95
111748--111809	21	3.0	21	73	4	63	22	24	25	27	2.00
111727--111801	20	3.7	20	75	3	78	21	28	20	30	1.98
114528--114587	29	2.0	30	90	6	95	35	6	15	43	1.72
114727--114817	20	4.5	20	79	2	101	20	29	19	29	1.97
116894--116923	15	1.9	15	93	6	51	26	3	0	70	1.03
118185--118224	16	2.6	16	92	4	64	45	20	17	17	1.86
119925--119979	27	2.3	23	81	15	58	27	1	27	43	1.65
120580--120624	24	1.9	23	86	4	63	37	2	2	57	1.23
132174--132222	20	2.5	20	81	15	57	22	0	16	61	1.34
133608--133646	17	2.3	17	86	0	51	15	2	23	58	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137442--137470	9	3.2	9	100	0	58	20	58	20	0	1.39
143111--143148	20	1.9	20	94	0	67	21	10	10	57	1.61
144039--144166	59	2.2	59	81	4	150	52	13	10	24	1.71
147377--147426	21	2.4	21	76	6	57	24	18	26	32	1.97
149242--149282	15	2.7	15	92	3	64	60	0	31	7	1.24
151088--151137	20	2.5	20	96	0	91	20	20	12	48	1.80
152455--152480	6	4.3	6	100	0	52	50	15	34	0	1.45
152925--153039	54	2.1	54	85	3	151	38	7	7	46	1.62
153899--153927	11	2.5	12	94	5	51	34	6	0	58	1.25
154017--154051	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
156698--156733	6	6.0	6	93	0	63	50	13	0	36	1.43
160618--161351	365	2.0	365	95	0	1333	30	23	15	30	1.95
164085--164412	103	3.2	103	96	0	611	37	25	12	25	1.90
166222--166263	20	2.1	20	100	0	84	52	14	14	19	1.75
172353--172421	23	3.0	23	82	0	93	31	26	24	17	1.97
172430--172750	103	3.1	103	94	2	576	37	25	12	25	1.91
175762--175813	20	2.5	21	78	12	63	38	21	17	23	1.93
178501--178567	31	2.2	31	86	5	91	20	19	26	32	1.97
179092--179130	20	2.0	20	89	0	60	56	7	0	35	1.28
189139--189178	18	2.3	18	83	8	57	25	5	2	67	1.23
189429--189471	19	2.3	19	80	15	54	23	0	0	76	0.78
189409--189495	9	9.9	8	73	16	57	28	2	0	68	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189429--189495	21	3.2	21	78	18	68	25	1	0	73	0.92
190886--190913	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
193466--193535	8	8.5	8	77	12	61	81	5	11	1	0.92
193482--193537	20	2.7	21	80	8	69	76	7	14	1	1.07
193473--193536	20	3.3	20	81	12	64	79	6	12	1	0.98
195034--195138	36	2.9	36	91	2	165	24	23	13	38	1.91
195034--195143	37	3.0	37	90	2	168	26	23	12	37	1.91
195052--195443	102	3.9	102	93	1	635	29	21	12	36	1.90
195256--195342	37	2.4	37	86	5	115	25	21	13	39	1.90
195052--195510	204	2.2	203	88	1	675	29	21	12	35	1.91
195357--195443	36	2.4	36	84	0	102	28	22	11	36	1.89
195385--195543	67	2.4	67	86	4	214	32	22	10	33	1.89
196376--197348	105	9.3	105	90	3	1419	33	26	18	22	1.96
196376--197348	205	4.7	209	91	2	1426	33	26	18	22	1.96
198345--198387	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
198660--198714	21	2.6	21	73	0	56	23	1	1	72	1.04
206393--206426	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
209703--209773	31	2.3	31	87	0	115	29	8	11	50	1.67
209895--209946	22	2.3	23	78	15	63	55	1	1	40	1.22
209902--209982	27	3.2	25	72	14	69	60	0	1	38	1.05
212255--212366	49	2.3	50	87	3	156	48	5	0	46	1.25
214770--214850	40	2.0	40	97	2	155	35	12	25	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216447--216491	20	2.3	20	84	3	56	40	24	0	35	1.56
222604--222633	15	2.0	15	93	0	51	43	10	13	33	1.77
223830--223870	19	2.3	19	87	8	59	56	0	0	43	0.99
223863--223972	15	8.1	14	71	18	83	41	4	0	53	1.21
223910--223972	13	4.9	12	76	17	56	38	3	0	58	1.14
223857--223972	40	2.9	40	83	5	137	42	4	0	53	1.20
223910--223979	25	2.8	23	76	23	70	37	2	0	60	1.12
223927--223986	28	2.2	27	79	8	68	40	1	0	58	1.08
224565--224620	29	1.9	29	82	7	69	50	3	10	35	1.55
225142--225311	81	2.1	80	80	7	200	41	14	7	37	1.74

Tables:   1   2   3