genome.fa.s7717.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007717.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109948_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  900945

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
703--740	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
1000--1043	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
1228--1321	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
1208--1322	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
1250--1384	41	3.3	41	80	4	121	20	20	20	37	1.94
1311--1403	21	4.6	20	77	4	96	19	23	18	38	1.93
1311--1406	41	2.3	41	92	0	165	19	22	17	39	1.92
4861--5075	117	1.8	117	85	3	299	46	9	7	35	1.66
6533--6610	3	26.0	3	87	5	113	61	0	1	37	1.04
6759--7058	124	2.5	124	84	7	375	24	18	15	42	1.88
6972--7749	113	7.0	113	89	3	1114	29	17	15	37	1.91
6971--7749	335	2.3	334	88	3	1133	29	17	15	37	1.90
8838--8885	16	2.8	17	81	9	62	50	6	8	35	1.58
9238--9335	12	7.7	13	73	18	66	1	17	0	81	0.74
9239--9325	19	4.7	18	83	9	104	0	17	0	82	0.66
9239--9335	28	3.3	29	79	16	110	1	17	0	81	0.75
9241--9336	13	7.2	13	79	16	74	1	17	0	81	0.75
20597--20638	20	2.2	19	86	4	57	64	2	0	33	1.07
20518--20742	121	1.9	121	84	2	310	46	9	6	37	1.62
22068--22145	3	26.0	3	81	5	95	61	0	2	35	1.10
22068--22142	30	2.5	29	85	6	105	61	0	2	36	1.10
23097--23478	30	12.7	30	78	7	296	37	7	1	53	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23082--23478	60	6.6	59	75	8	336	37	7	1	52	1.41
23084--23487	121	3.4	117	77	9	352	37	7	1	52	1.41
23082--23474	91	4.4	87	72	12	278	38	7	1	52	1.41
23496--23604	30	3.6	30	71	15	80	51	1	6	40	1.38
23758--23792	11	3.3	11	96	4	63	71	0	0	28	0.86
24263--24348	33	2.6	33	85	3	111	31	13	16	38	1.88
24398--24453	3	20.3	3	82	17	77	67	0	0	32	0.91
24398--24453	20	2.9	20	84	10	73	67	0	0	32	0.91
24398--24454	23	2.6	23	89	8	84	66	0	0	33	0.92
25539--25570	16	2.0	16	100	0	64	31	12	25	31	1.92
31119--31402	145	2.0	139	91	4	451	26	19	19	35	1.95
34337--34443	32	3.3	31	73	10	90	40	22	12	25	1.88
40461--40518	22	2.6	22	91	2	89	18	10	31	39	1.85
60553--60584	15	2.1	15	94	0	55	40	6	18	34	1.76
61028--61071	22	1.9	24	82	17	58	9	27	0	63	1.24
62698--62722	11	2.3	11	100	0	50	44	32	0	24	1.54
62782--62820	17	2.4	17	91	4	62	43	0	2	53	1.14
64394--64711	81	3.9	81	91	2	485	35	12	22	28	1.91
64531--64576	22	2.0	22	83	4	56	45	4	21	28	1.71
64612--64661	22	2.2	22	82	3	55	38	8	28	26	1.84
64620--64663	22	2.0	22	90	0	70	34	9	27	29	1.87
65605--65668	32	2.0	32	87	0	92	39	17	15	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66939--66983	13	3.4	13	80	17	56	42	6	2	48	1.41
67488--67535	23	2.1	23	88	0	69	37	25	14	22	1.92
68208--68333	47	2.8	45	89	5	191	30	23	7	38	1.83
68442--68570	59	2.2	59	85	0	168	28	25	17	27	1.98
72348--72428	17	4.5	17	80	10	74	7	17	1	74	1.11
72376--72440	26	2.5	25	79	16	78	7	15	1	75	1.10
72346--72428	18	4.5	18	79	11	80	8	16	1	73	1.14
72422--72460	17	2.3	16	87	12	60	2	17	2	76	1.01
72401--72456	14	3.9	14	73	26	55	3	16	3	76	1.06
72460--72497	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
75169--75305	59	2.3	58	79	2	166	29	24	17	29	1.97
82672--82762	28	3.3	27	78	6	101	45	16	10	27	1.81
84097--84146	20	2.8	17	77	16	55	50	2	0	48	1.12
92065--92336	135	2.0	136	88	5	408	43	19	13	24	1.86
94361--94476	57	2.0	57	94	0	205	37	12	8	41	1.73
98462--98510	18	2.7	18	81	12	55	63	2	2	32	1.17
98465--98510	22	2.3	21	82	17	62	63	2	2	32	1.19
98496--98546	22	2.3	23	80	10	61	68	0	3	27	1.07
100157--100828	106	6.3	106	82	3	807	22	18	24	34	1.96
100157--100826	212	3.2	212	93	0	1119	22	18	24	34	1.96
101588--101629	8	5.6	7	89	10	57	0	16	2	80	0.81
101588--101630	15	2.8	15	85	3	59	0	16	2	81	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111691--111743	28	1.9	27	81	11	63	69	3	15	11	1.31
112072--112120	18	2.7	18	81	12	55	63	2	2	32	1.17
112075--112120	22	2.3	21	82	17	62	63	2	2	32	1.19
121038--121083	22	2.1	22	87	0	65	36	4	10	47	1.58
122771--122824	21	2.7	20	83	8	65	40	18	9	31	1.82
143317--143931	139	4.4	139	76	8	505	46	12	12	29	1.78
143317--143931	141	4.4	139	76	7	521	46	12	12	29	1.78
143564--143600	17	2.1	18	90	5	58	56	8	13	21	1.63
143317--143891	140	4.1	136	76	10	509	46	12	12	28	1.79
144712--144754	12	3.6	12	77	0	50	13	16	46	23	1.83
146341--147049	111	6.4	111	91	2	1110	36	17	11	34	1.86
146341--147036	55	12.6	55	92	2	1096	36	17	11	34	1.86
148107--148137	8	3.8	8	91	8	53	0	45	0	54	0.99
148106--148135	9	3.4	9	90	9	53	0	40	0	60	0.97
151162--152040	56	15.8	56	92	3	1368	34	19	11	34	1.87
151168--152040	222	3.9	221	92	2	1430	34	19	11	34	1.87
151162--152040	278	3.2	277	93	2	1466	34	19	11	34	1.87
153796--153828	16	2.0	17	94	5	59	48	3	12	36	1.56
154842--154884	16	2.7	16	81	0	59	30	4	32	32	1.78
155241--155283	16	2.7	16	81	0	59	30	4	32	32	1.78
154731--155530	399	2.0	393	98	1	1492	42	15	19	23	1.88
155268--155787	130	4.0	130	87	2	730	45	15	16	22	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155268--155787	259	2.0	257	86	3	733	45	15	16	22	1.84
155751--155816	29	2.3	29	84	10	82	60	6	7	25	1.47
164175--164331	64	2.4	64	94	1	278	29	1	17	50	1.56
164309--164345	14	2.6	14	100	0	74	29	0	21	48	1.50
166450--167780	670	2.0	660	96	2	2461	32	19	19	29	1.96
169263--169321	20	2.8	21	79	10	66	20	25	33	20	1.97
169262--169312	23	2.3	23	83	6	70	21	21	39	17	1.93
171594--172000	204	2.0	201	98	1	724	24	24	15	35	1.94
175298--175334	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
175722--175771	25	2.0	25	92	0	82	46	22	6	26	1.74
179240--179277	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
179411--179457	18	2.6	18	82	3	58	31	14	23	29	1.95
179531--179617	20	4.3	20	89	0	129	24	18	19	37	1.94
179607--179724	20	5.8	21	71	5	62	28	14	26	30	1.95
188772--188806	10	3.5	10	100	0	70	28	8	11	51	1.67
194899--194927	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
197032--197061	16	1.9	16	93	6	53	23	6	16	53	1.66
197031--197073	16	2.7	16	78	7	52	25	9	11	53	1.67
197159--197183	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
201373--201464	30	3.0	31	74	4	87	58	22	10	7	1.57
210762--210794	15	2.2	16	84	15	52	36	0	0	63	0.95
210739--210793	18	2.9	19	76	15	60	40	0	3	56	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210769--210802	15	2.3	15	94	0	59	38	2	0	58	1.13
210736--210802	7	9.6	7	71	16	50	38	1	2	56	1.24
222239--222363	50	2.4	53	80	5	130	52	14	17	16	1.76
222279--222380	54	1.9	53	85	2	141	55	12	14	16	1.69
224182--224342	5	31.4	5	70	20	93	39	1	4	54	1.31
224184--224343	19	8.5	19	73	18	95	39	1	4	54	1.31
224184--224345	29	5.6	28	71	21	95	38	1	4	54	1.31
224250--224335	3	29.0	3	72	25	60	37	0	3	59	1.15
226687--226736	16	2.9	17	83	13	66	40	0	2	58	1.10
226687--226753	16	4.1	15	81	12	53	43	1	1	53	1.19

Tables:   1   2   3   4   5