genome.fa.s7717.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007717.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109948_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  900945

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
677474--677514	10	4.1	10	84	12	57	31	29	0	39	1.57
683504--683622	50	2.5	48	87	8	163	26	23	25	24	2.00
683634--683766	51	2.7	49	80	4	140	18	31	32	17	1.94
687167--687464	45	6.9	45	74	9	217	30	21	10	37	1.88
687190--687424	124	1.9	124	84	1	319	31	20	11	37	1.88
687858--687920	22	3.0	20	78	13	65	23	30	14	31	1.94
693301--693375	32	2.4	31	82	14	91	72	0	20	8	1.10
697313--697422	47	2.4	46	86	4	143	40	9	20	29	1.83
698128--698186	21	2.9	21	83	14	70	28	27	13	30	1.94
700238--700268	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
702671--702964	45	6.8	45	74	10	200	30	21	10	37	1.87
702691--702924	124	1.9	124	83	3	310	32	20	10	36	1.87
702667--702973	169	1.8	168	93	3	537	30	21	10	37	1.87
703358--703398	21	2.0	20	95	4	73	19	34	14	31	1.92
703364--703431	18	3.6	18	88	6	91	22	30	13	33	1.92
705342--705370	10	2.9	10	100	0	58	62	0	10	27	1.28
706546--706587	16	2.6	16	81	7	50	33	11	21	33	1.90
706624--706673	23	2.2	23	82	7	57	46	10	12	32	1.74
706637--706681	23	2.0	23	90	0	72	46	8	11	33	1.70
706596--706758	87	1.9	87	83	2	211	43	9	12	34	1.74
706894--708931	182	11.3	182	88	2	2928	28	15	12	43	1.83
706894--708931	725	2.8	724	88	3	3021	28	15	12	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
708695--708741	20	2.3	20	75	7	51	14	21	12	51	1.76
711050--711398	184	1.9	184	91	1	574	34	15	12	37	1.85
712682--712727	18	2.6	18	86	6	58	17	28	8	45	1.78
714233--714609	198	1.9	195	95	1	673	30	17	15	36	1.91
716453--716516	32	2.0	32	87	6	94	3	42	0	54	1.16
716438--716520	29	2.7	31	80	15	93	3	44	0	51	1.18
716805--716845	21	2.0	21	90	0	64	19	26	12	41	1.87
719090--719145	20	2.8	19	76	7	58	21	14	8	55	1.66
719058--719527	179	2.6	179	88	3	676	27	16	12	42	1.85
719963--720012	21	2.4	21	83	3	57	60	0	0	40	0.97
728559--728593	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
732886--732937	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
732923--733000	41	1.9	41	86	0	111	39	21	16	21	1.92
732926--733020	20	4.7	20	80	2	91	34	24	17	23	1.96
733205--733248	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
734866--734910	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
735390--735435	20	2.3	20	88	0	65	36	26	21	15	1.93
735444--735501	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
735429--735518	32	2.8	33	93	5	157	46	22	18	12	1.82
735535--735592	14	3.9	14	75	16	62	8	15	25	50	1.73
735530--735608	32	2.4	33	91	2	124	10	16	24	49	1.76
735594--735647	20	2.8	19	88	5	81	16	24	24	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
737501--737578	14	5.6	14	80	3	95	30	0	20	48	1.50
737501--737578	27	2.8	28	80	3	95	30	0	20	48	1.50
737489--737592	41	2.6	41	96	1	192	29	0	20	50	1.49
737489--737592	27	3.9	27	71	15	74	29	0	20	50	1.49
737695--737762	19	3.8	19	81	14	92	47	16	22	14	1.82
737781--737884	20	5.2	20	89	1	156	19	24	18	38	1.93
737781--737884	40	2.6	40	95	1	183	19	24	18	38	1.93
738802--738860	24	2.5	24	80	0	64	27	16	20	35	1.94
739035--739059	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
741354--741451	19	5.7	19	64	22	63	40	20	22	16	1.91
741355--741454	33	3.0	33	83	11	141	39	20	22	19	1.93
741447--741489	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
741475--741508	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
741630--741666	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
743026--743085	21	2.9	20	70	7	57	20	18	38	23	1.93
743022--743091	21	3.4	21	67	7	54	20	18	38	22	1.93
743064--743147	42	2.0	42	85	0	114	22	16	39	21	1.92
745145--745304	19	8.8	19	71	15	97	44	21	21	12	1.85
745170--745268	33	3.0	33	84	1	135	39	24	24	12	1.89
745240--745304	19	3.4	19	95	0	121	49	21	18	10	1.78
745310--745349	19	2.1	19	90	0	62	7	15	25	52	1.68
745900--745952	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
745961--746014	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
745901--746017	61	1.9	61	85	0	162	23	17	24	33	1.97
745901--746035	61	2.2	61	81	2	155	22	20	24	32	1.98
748711--748859	79	1.9	79	81	2	183	35	17	20	26	1.95
749231--749357	50	2.5	50	93	0	218	37	26	16	19	1.93
751120--751984	432	2.0	432	94	0	1500	28	16	17	37	1.92
755790--755836	20	2.2	22	85	7	62	55	2	0	42	1.12
759068--759125	24	2.4	24	85	0	80	31	18	25	24	1.98
764714--764829	32	3.6	32	88	4	155	47	16	6	29	1.72
792590--792689	7	13.3	7	73	18	60	78	0	15	7	0.96
792607--792693	6	13.7	6	77	20	54	78	0	14	6	0.95
792590--792665	22	3.6	22	79	8	88	77	0	14	7	0.98
792590--792693	31	3.4	31	75	14	92	77	0	15	6	0.96
792638--792693	19	2.9	19	81	7	60	80	0	14	5	0.88
795806--796058	104	2.4	104	83	1	319	34	24	15	25	1.95
798747--798780	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
808869--808901	16	2.1	16	88	11	50	15	9	0	75	1.03
812373--812466	27	3.5	27	75	7	77	24	10	22	42	1.85
812639--812763	63	2.0	63	98	0	241	50	8	9	32	1.64
816511--816563	3	17.3	3	84	11	72	64	0	0	35	0.94
816511--816563	17	2.9	18	88	8	72	64	0	0	35	0.94
816518--816587	23	3.0	24	82	12	67	62	0	1	35	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
816766--816990	123	1.8	121	85	1	315	25	17	14	42	1.87
816908--817382	114	4.3	113	79	7	474	30	19	13	36	1.91
816785--817557	227	3.5	222	79	10	661	29	18	13	37	1.90
816908--817552	321	2.0	326	82	6	779	30	19	13	36	1.90
817803--817904	50	2.0	50	92	5	170	35	16	11	36	1.86
818362--818644	78	3.5	81	89	6	450	38	24	12	24	1.90
819838--819932	19	5.1	18	74	24	74	0	22	0	77	0.76
819837--819907	26	2.7	26	83	12	92	0	19	0	80	0.72
819842--819914	13	6.1	12	83	12	80	0	19	0	80	0.71
819839--819923	22	3.8	22	82	13	93	0	20	0	80	0.72
819849--819935	9	10.2	9	77	17	62	0	22	0	77	0.78
819838--819935	15	6.2	17	77	21	74	0	22	0	77	0.77
821403--821527	62	2.0	62	100	0	250	28	27	9	34	1.88
827205--827236	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
832401--832459	3	19.0	3	82	6	73	61	0	0	38	0.96
838231--838298	27	2.6	26	90	9	111	39	16	11	32	1.84
841997--842091	27	3.6	27	95	2	167	42	15	11	30	1.83
861978--862017	16	2.5	16	95	0	71	50	27	17	5	1.67
869269--869579	127	2.4	127	87	5	423	36	16	26	20	1.94
869324--869611	127	2.3	126	82	5	343	35	16	26	21	1.94
870292--870557	36	7.4	36	86	6	290	36	23	19	19	1.95
870292--870557	108	2.5	108	84	3	363	36	23	19	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
870927--871416	51	9.5	51	84	6	580	33	18	24	24	1.97
870927--871751	55	15.6	53	79	11	440	31	16	24	26	1.97
871406--871704	163	1.8	163	91	1	492	29	14	27	28	1.95
871390--871704	108	2.9	108	87	3	429	29	14	27	28	1.95
873135--873174	16	2.5	16	95	0	71	50	27	17	5	1.67
876931--876955	11	2.3	11	100	0	50	36	16	12	36	1.85
880924--880974	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
881985--882055	29	2.4	29	79	9	81	39	5	5	49	1.50
882033--882103	27	2.6	28	75	6	74	32	9	7	50	1.62
884839--884918	33	2.5	33	84	8	94	22	7	3	66	1.34

Tables:   1   2   3   4   5