genome.fa.s7727.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007727.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109978_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  640948

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177337--177374	17	2.2	18	86	9	53	57	2	2	36	1.26
178569--178667	21	4.8	20	74	6	72	37	23	18	21	1.94
178634--178862	20	11.6	20	85	7	125	35	26	19	18	1.95
178655--178876	40	5.6	39	84	5	234	35	25	19	19	1.95
178656--178840	98	1.9	98	85	4	257	34	26	20	18	1.96
178673--178876	60	3.4	60	88	4	270	34	25	19	20	1.96
178673--178876	20	10.3	20	84	11	208	34	25	19	20	1.96
179588--179634	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
179809--179833	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
182153--182346	33	5.7	33	79	12	137	47	18	20	14	1.82
182139--182242	33	3.1	33	85	8	147	48	19	19	13	1.81
182181--182355	52	3.3	52	85	10	225	46	17	21	14	1.84
182153--182355	19	11.7	19	75	20	212	46	18	20	14	1.84
182153--182349	85	2.3	85	93	2	333	47	18	20	14	1.83
182345--182461	53	2.2	53	98	1	227	13	23	17	44	1.85
182364--182461	19	5.4	19	84	13	143	14	22	17	45	1.84
182564--182600	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
184524--184658	19	7.6	19	73	16	83	45	23	19	11	1.82
184580--184636	14	3.7	14	77	20	60	45	24	21	8	1.80
184561--184653	33	2.8	33	98	0	177	47	22	20	9	1.79
184654--184779	33	3.8	32	87	9	157	8	16	26	47	1.76
184716--184780	17	3.8	16	76	11	67	10	15	23	50	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184803--185176	93	4.1	93	97	1	691	45	18	12	22	1.83
186880--186969	14	5.7	14	72	23	72	43	23	24	8	1.82
186872--186986	33	3.5	33	97	0	221	46	20	23	9	1.80
186894--186991	19	5.7	19	71	22	90	43	22	23	10	1.83
187017--187053	19	1.9	19	100	0	74	10	21	18	48	1.78
187010--187086	20	3.8	20	83	6	93	11	25	18	44	1.84
187383--187437	22	2.5	22	75	0	65	21	14	40	23	1.90
187585--187777	20	9.6	20	84	4	228	18	20	25	35	1.95
187764--187846	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
187744--187842	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
188515--188552	17	2.2	17	95	0	67	47	0	7	44	1.32
188522--188619	51	1.9	52	91	2	162	41	5	5	47	1.47
188615--188649	18	2.1	16	89	10	52	40	0	2	57	1.14
189435--189495	20	3.0	20	90	0	95	62	14	9	13	1.55
190267--190306	21	1.9	21	89	0	62	50	32	5	12	1.62
191729--191804	28	2.5	31	83	12	95	50	1	0	48	1.09
191734--191796	16	3.8	16	76	17	65	49	1	0	49	1.10
191895--192100	18	11.9	17	70	19	124	42	5	7	44	1.57
191931--192051	51	2.4	51	94	0	215	42	5	7	43	1.56
192008--192065	17	3.5	17	69	21	50	48	5	5	41	1.48
191993--192086	33	2.7	35	91	3	147	44	5	6	43	1.52
191921--192100	51	3.5	52	83	10	194	42	5	7	43	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192130--192501	2	181.0	2	64	22	71	43	4	7	44	1.52
192139--192296	18	8.6	18	69	18	85	42	3	8	45	1.52
192134--192280	79	1.9	80	85	4	208	42	4	8	44	1.53
192439--192532	20	4.8	19	70	23	63	45	6	7	40	1.58
192402--192532	57	2.3	54	81	11	163	48	5	6	40	1.51
192420--192552	33	4.4	33	76	21	137	45	6	7	39	1.59
192525--192594	18	3.2	24	65	32	57	42	8	7	41	1.63
192531--192565	18	1.9	18	94	0	61	42	8	8	40	1.66
192531--192614	42	2.0	42	92	0	141	42	10	7	39	1.67
192565--192703	18	8.3	18	70	19	70	43	7	5	42	1.57
192531--192626	42	2.3	42	87	7	133	41	10	7	40	1.67
192651--192717	33	2.1	32	91	2	107	50	4	4	40	1.43
192664--192731	25	2.8	25	77	6	77	54	1	4	39	1.30
192668--192741	20	3.5	20	76	16	76	52	1	5	40	1.33
192805--192858	17	3.1	18	81	2	58	50	3	0	46	1.19
192933--192993	27	2.2	28	88	2	88	39	4	8	47	1.55
192985--193095	2	55.0	2	79	12	120	47	4	0	46	1.28
192961--193090	42	3.2	40	84	8	156	46	5	1	46	1.35
193120--193936	210	3.8	211	92	3	1225	29	12	8	49	1.69
194489--194532	17	2.6	17	86	10	56	31	2	0	65	1.05
195193--195229	15	2.5	15	90	0	56	64	0	0	35	0.94
196246--196296	20	2.5	20	100	0	102	19	35	25	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201599--201656	23	2.7	21	81	7	73	20	36	22	20	1.95
205319--205377	25	2.4	24	88	8	91	54	1	8	35	1.41
205652--205677	13	2.0	13	100	0	52	69	0	7	23	1.14
205335--205953	325	1.9	325	88	4	935	41	5	15	36	1.72
207364--207431	25	2.6	27	75	17	72	55	5	1	36	1.33
208554--208815	91	2.8	94	78	10	295	54	11	3	31	1.51
208614--209226	316	1.9	310	82	11	762	51	12	3	32	1.55
208812--209249	107	4.1	107	76	11	384	51	12	3	32	1.56
209605--209679	38	2.0	38	86	0	105	25	20	18	36	1.95
210026--210132	39	2.7	39	77	5	108	33	24	21	20	1.97
213680--213737	23	2.6	23	86	2	73	48	6	20	24	1.74
213764--213814	21	2.4	21	87	12	70	70	0	5	23	1.09
214299--214364	33	2.0	33	100	0	132	18	12	27	42	1.85
222440--222476	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
222985--223081	21	4.7	20	74	6	77	37	23	17	21	1.94
223089--223243	20	7.7	20	84	4	213	32	25	20	21	1.97
223050--223243	60	3.2	60	82	2	246	36	25	19	19	1.95
223625--223695	33	2.2	33	89	0	106	11	23	16	47	1.79
223774--223851	41	1.9	41	94	0	138	43	17	25	12	1.85
223775--223850	21	3.7	21	85	3	109	44	18	25	11	1.83
223835--223891	14	3.7	14	70	20	51	43	21	24	10	1.83
223827--223907	33	2.5	33	89	0	126	45	22	22	9	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223903--224000	19	5.7	19	70	22	81	11	23	22	42	1.85
223925--224014	14	5.7	14	70	23	63	10	24	23	42	1.84
223908--224022	33	3.5	33	93	0	203	10	23	20	45	1.82
225720--226099	93	4.1	93	98	0	735	22	12	18	45	1.83
225720--226101	185	2.1	186	97	0	739	22	12	18	45	1.83
226143--226271	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
226179--226271	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
226143--226271	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
226267--226401	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
226289--226345	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
226272--226364	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
228327--228362	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
228468--228567	19	5.5	19	83	12	138	46	17	22	15	1.84
228468--228584	53	2.2	53	93	1	200	44	17	23	14	1.85
228574--228741	19	9.6	19	76	18	177	14	23	17	44	1.86
228580--228741	33	4.7	33	74	16	159	14	22	17	45	1.85
228574--228741	52	3.2	52	97	0	309	14	23	17	44	1.86
228800--228916	19	6.6	19	80	17	146	45	17	23	13	1.84
228800--228916	53	2.2	53	96	1	218	45	17	23	13	1.84
231231--231255	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
231430--231476	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
232159--232408	20	12.5	20	86	1	259	19	18	24	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232395--232477	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
232375--232473	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
234040--234163	60	2.1	60	83	3	151	37	14	3	45	1.61
234898--234938	16	2.6	16	88	3	57	29	17	12	41	1.85
239922--239979	30	2.0	28	87	12	82	62	0	3	34	1.12
240705--240771	34	1.9	35	85	8	93	44	4	7	43	1.52
247441--247616	65	2.7	65	98	0	336	10	11	40	36	1.77
250084--250111	3	9.3	3	100	0	56	32	0	35	32	1.58
253435--253682	45	5.5	45	94	0	417	32	21	6	39	1.80
253786--253907	40	3.0	40	93	0	217	35	25	15	23	1.94

Tables:   1   2   3   4