genome.fa.s7734.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007734.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109991_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  739340

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2022--2101	16	5.0	16	89	0	115	58	22	8	10	1.57
3130--3204	24	3.1	24	86	0	78	56	18	12	13	1.68
3550--3596	18	2.6	19	83	6	53	61	0	0	38	0.96
4833--4918	39	2.2	40	78	14	99	23	24	18	33	1.97
8610--8638	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8766--8805	7	5.7	7	82	11	55	57	12	0	30	1.36
8766--8827	21	3.0	21	78	7	63	51	16	0	32	1.44
8766--8805	13	2.9	14	85	11	55	57	12	0	30	1.36
8775--8831	7	8.3	7	80	3	53	50	15	0	33	1.44
8766--8827	28	2.2	28	82	5	72	51	16	0	32	1.44
8775--8831	21	2.8	20	81	2	69	50	15	0	33	1.44
12824--12892	35	2.0	35	100	0	138	37	2	11	47	1.55
15914--17744	322	5.8	320	76	7	1536	28	15	20	35	1.93
15914--17694	635	2.8	621	83	5	2126	28	15	20	35	1.93
19637--19690	22	2.5	22	96	0	99	25	11	5	57	1.55
21997--22047	26	2.0	26	88	0	75	13	17	31	37	1.89
22099--22417	106	3.0	106	88	2	460	23	17	24	34	1.96
22724--22750	14	1.9	14	100	0	54	22	18	22	37	1.95
32639--33013	185	2.0	187	96	3	695	53	9	13	22	1.69
33997--34075	12	7.0	11	72	19	56	64	0	1	34	1.02
33997--34066	8	7.9	9	72	18	58	64	0	1	34	1.03
34256--34285	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34294--34329	16	2.2	16	95	0	63	75	0	2	22	0.94
34295--34336	16	2.8	15	75	10	50	71	0	2	26	0.98
41340--41387	24	1.9	26	84	16	66	68	2	2	27	1.11
42742--42802	30	2.0	31	84	9	81	62	4	4	27	1.37
42975--43003	14	2.1	14	100	0	58	72	0	0	27	0.85
45226--46061	105	8.0	105	87	5	1081	39	19	18	22	1.93
49464--49617	60	2.6	60	84	4	177	39	5	20	34	1.75
57814--57858	17	2.9	15	81	12	63	42	11	2	44	1.52
58806--58844	19	1.9	20	85	15	53	17	5	17	58	1.56
65695--65806	30	3.6	30	77	9	125	28	26	13	31	1.94
65958--66020	22	2.9	22	97	0	117	41	11	7	39	1.70
67235--67279	20	2.3	19	84	3	54	40	24	0	35	1.56
75192--75218	9	3.0	9	100	0	54	33	22	11	33	1.89
77943--77995	21	2.5	21	81	6	63	22	26	18	32	1.97
78551--78641	20	4.6	20	80	9	105	50	18	17	13	1.78
78551--78678	33	3.4	40	79	13	130	49	18	20	11	1.79
78551--78675	19	6.6	19	76	13	107	48	19	20	12	1.79
78551--78648	40	2.4	41	81	6	130	51	17	19	12	1.76
78630--78694	14	4.3	14	73	17	58	46	21	23	9	1.80
78614--78705	33	2.8	33	94	0	157	45	23	20	9	1.81
78821--78875	25	2.2	26	80	9	69	16	9	20	54	1.68
80420--80799	94	4.1	94	95	1	656	21	12	18	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80902--80959	14	3.8	14	77	20	62	44	18	25	10	1.82
80887--80974	33	2.7	33	87	3	117	44	21	22	11	1.84
81009--81075	20	3.3	20	93	0	107	20	19	22	37	1.95
81560--81601	21	2.2	19	87	12	59	21	35	19	23	1.96
81555--81665	42	2.6	42	77	5	109	21	36	18	22	1.95
83021--83056	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
83234--83396	33	4.9	34	89	3	240	14	23	19	42	1.88
83231--83396	67	2.5	67	93	0	278	13	24	19	42	1.88
83368--83441	20	3.7	20	83	0	103	20	22	21	35	1.96
86348--86616	148	1.8	148	87	4	400	36	11	10	42	1.75
87957--88123	83	2.0	86	89	4	259	38	12	9	38	1.76
95351--95412	30	2.1	30	87	0	88	27	20	24	27	1.99
95383--95438	21	2.7	21	88	0	76	21	21	28	28	1.99
97792--98561	409	1.9	402	84	5	1030	32	19	15	32	1.93
98166--98955	358	2.2	362	85	3	1067	32	19	15	33	1.93
98649--99283	324	2.0	318	86	4	882	32	18	16	32	1.93
98963--99950	359	2.7	360	84	4	1274	31	17	17	33	1.93
104791--104890	38	2.6	38	95	0	173	21	18	19	42	1.90
104857--104966	26	4.2	26	97	0	193	20	17	20	42	1.89
113554--113598	23	2.0	23	86	0	63	26	26	26	20	1.99
113566--113881	150	2.1	149	94	1	553	34	21	17	26	1.95
120496--120540	23	2.0	23	86	0	63	26	26	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120508--120823	150	2.1	149	94	1	553	34	21	17	26	1.95
121301--121337	19	1.9	19	88	0	56	10	29	35	24	1.89
122237--122263	5	5.4	5	100	0	54	0	18	37	44	1.50
122373--122413	17	2.7	15	82	17	57	4	14	34	46	1.66
128371--128396	12	2.2	12	100	0	52	34	42	0	23	1.54
128803--128858	28	2.0	28	89	0	85	35	5	32	26	1.79
132759--132795	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
133032--133146	59	2.0	58	94	1	203	42	7	9	40	1.66
138101--138237	42	3.1	42	76	15	139	30	17	28	23	1.97
138133--138231	50	2.0	50	88	4	146	32	20	27	20	1.97
138356--138388	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
144769--144793	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
144807--144887	29	2.8	29	85	7	94	48	0	8	43	1.34
148428--148466	16	2.6	16	88	8	55	33	0	0	66	0.92
150340--150376	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
164566--164759	98	2.0	96	85	4	264	34	27	13	23	1.93
165549--165601	23	2.3	23	80	0	61	30	24	22	22	1.99
165946--165998	24	2.2	24	83	9	65	43	26	1	28	1.65
169152--169189	20	1.9	20	94	0	67	21	39	26	13	1.89
176790--176880	45	2.0	46	93	2	157	26	19	26	27	1.99
190515--190566	22	2.4	22	83	6	61	36	11	0	51	1.38
191195--191295	51	2.0	52	92	2	168	38	0	7	52	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191820--191865	20	2.3	20	96	0	83	34	13	23	28	1.92
191892--191922	16	1.9	16	93	0	53	38	12	9	38	1.77
195646--195834	94	2.0	93	97	1	360	35	21	11	31	1.89
198601--198781	60	3.0	60	76	10	190	40	7	18	33	1.80
205222--205254	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
210089--210134	22	2.1	22	84	15	60	8	10	30	50	1.68
220392--220418	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
226142--226183	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
243435--243500	23	2.9	23	93	0	105	21	27	24	27	1.99
251120--251173	25	2.2	25	93	0	90	50	31	5	12	1.64
252075--252119	21	2.1	21	95	0	81	40	13	0	46	1.43
258836--258864	11	2.6	11	100	0	58	34	37	10	17	1.84
271669--271723	18	3.2	16	82	12	58	76	3	12	7	1.12
271669--271796	16	7.7	15	75	21	64	72	1	19	6	1.14
271685--271733	18	2.8	18	82	11	59	77	4	12	6	1.09
271669--271790	26	4.8	25	71	18	69	72	1	18	6	1.14
271738--271790	24	2.2	25	83	10	65	69	0	22	7	1.13
273160--273277	53	2.2	53	84	3	157	26	20	29	23	1.99
277206--277337	63	2.1	63	92	0	219	28	28	15	27	1.96
287215--287273	23	2.6	22	78	19	68	69	18	6	5	1.30
289870--289908	18	2.1	19	90	4	62	48	0	10	41	1.37
290125--290172	18	2.9	16	77	14	53	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296306--296340	17	2.1	17	94	0	61	45	11	8	34	1.71
302686--302732	14	3.1	14	78	21	58	55	25	12	6	1.61
304802--304869	2	34.0	2	100	0	136	50	0	0	50	1.00
305902--305953	14	3.8	13	76	18	52	42	0	0	57	0.98
307236--307302	21	3.2	21	66	19	59	20	20	29	28	1.98
307244--307611	41	8.9	41	93	1	574	22	22	24	31	1.98
307316--307507	21	9.3	21	66	21	84	22	22	24	30	1.99
307244--307611	124	3.0	124	91	0	594	22	22	24	31	1.98
307520--307590	21	3.4	21	67	21	58	21	22	29	26	1.99
308458--308778	41	7.8	42	96	1	562	31	25	20	21	1.98

Tables:   1   2   3