genome.fa.s7735.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007735.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109992_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  534668

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1697--1806	23	5.1	21	69	16	66	68	3	3	24	1.22
1744--1897	40	3.6	42	82	9	206	64	6	5	22	1.39
1693--1896	85	2.4	87	82	10	248	65	4	4	24	1.32
2292--2345	21	2.6	21	94	2	92	24	14	35	25	1.94
5278--5731	182	2.5	182	93	1	743	26	16	13	42	1.86
5602--5992	112	3.5	112	95	1	703	23	16	14	45	1.85
5890--6084	91	2.1	92	96	0	356	23	14	13	47	1.80
5981--6307	111	2.9	112	95	0	602	23	14	14	46	1.82
5665--6579	315	2.9	314	96	1	1667	24	15	14	46	1.82
6204--6399	92	2.1	92	97	0	365	23	14	13	47	1.81
6093--6507	204	2.1	200	94	2	733	24	15	14	46	1.83
6297--6579	108	2.6	112	92	3	475	25	14	13	46	1.80
6752--6808	24	2.4	24	88	5	80	36	0	0	63	0.95
6746--6795	3	16.7	3	85	8	66	32	0	0	68	0.90
8166--8205	21	1.9	21	85	10	55	32	2	2	62	1.22
8441--8486	22	2.0	23	87	4	67	47	2	0	50	1.13
16111--16147	18	2.0	19	89	5	58	24	13	0	62	1.31
19659--19702	8	5.2	8	80	20	54	84	2	13	0	0.73
19662--19700	10	3.7	10	83	10	51	84	2	12	0	0.72
19663--19701	16	2.4	17	91	4	62	84	2	12	0	0.72
19659--19702	17	2.6	18	85	10	65	84	2	13	0	0.73
20974--21429	115	4.0	115	95	0	772	33	15	20	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20974--21429	229	2.0	229	92	0	770	33	15	20	30	1.93
22159--22440	113	2.5	113	89	3	412	39	13	20	27	1.89
22384--22472	36	2.6	34	94	3	151	50	10	19	20	1.75
22381--22472	34	2.6	35	91	5	150	51	9	19	19	1.74
22271--22760	143	3.4	145	94	2	826	41	13	18	26	1.88
22527--22795	36	7.5	36	74	13	223	43	12	19	23	1.85
22527--22919	179	2.1	189	85	9	531	43	13	19	24	1.87
22742--23024	124	2.3	122	85	6	360	42	15	18	23	1.88
23159--23216	3	19.7	3	82	10	57	39	0	0	60	0.97
23167--23229	27	2.3	27	89	5	101	44	0	0	55	0.99
24776--24811	17	2.1	17	89	5	54	47	0	0	52	1.00
24863--24912	23	2.0	26	85	11	70	46	2	0	52	1.12
28711--28761	25	2.0	25	96	0	93	39	11	21	27	1.88
29496--29561	32	2.1	32	100	0	132	12	21	15	51	1.75
32079--32127	26	1.9	26	83	4	64	44	0	2	53	1.12
32597--33400	4	202.5	4	95	1	1395	48	25	1	24	1.61
33399--33686	8	36.2	8	80	6	246	36	49	13	0	1.46
33379--33687	14	22.1	14	80	0	213	37	48	12	1	1.50
40658--40793	63	2.2	61	78	12	145	47	4	0	47	1.27
41023--41103	30	2.6	31	88	1	119	41	1	9	46	1.45
43619--43692	36	2.1	36	94	0	130	24	18	12	44	1.84
43796--43920	3	41.7	3	93	0	214	35	1	0	63	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44443--44483	21	2.0	21	90	4	66	80	4	14	0	0.87
45319--45354	19	1.9	19	94	5	65	22	0	5	72	1.05
45383--45423	20	2.0	21	85	4	57	36	2	2	58	1.24
56768--56813	9	5.2	9	75	15	51	78	0	21	0	0.76
56776--56820	6	7.3	6	80	14	56	80	0	20	0	0.72
56770--56820	26	2.0	26	88	7	77	78	0	21	0	0.75
57155--57196	19	2.2	20	91	4	68	30	4	11	52	1.59
57942--58267	83	3.9	83	91	1	546	26	14	22	35	1.93
59022--59642	114	5.5	114	95	0	1034	38	13	19	29	1.90
59780--59877	3	32.7	3	93	0	169	34	2	0	63	1.06
60400--60440	20	2.0	20	90	4	64	80	4	14	0	0.87
60400--60443	22	2.0	21	86	8	61	79	6	13	0	0.92
61270--61305	19	1.9	19	94	5	65	22	0	5	72	1.05
67080--67113	17	1.9	18	88	5	52	64	5	0	29	1.17
69174--69213	21	2.0	20	85	5	53	37	7	0	55	1.29
76860--76890	16	1.9	16	93	0	53	61	3	0	35	1.12
77215--77284	20	3.5	20	100	0	140	45	14	5	34	1.68
77202--77284	40	2.1	40	93	0	139	43	15	6	34	1.72
83690--83727	17	2.2	17	86	9	51	60	2	0	36	1.11
85469--85509	16	2.6	16	81	11	50	70	0	0	29	0.87
87776--87841	26	2.5	26	92	0	105	36	28	22	12	1.90
89120--89149	6	5.0	6	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90361--90712	41	8.6	41	80	4	318	25	16	18	39	1.91
90361--90714	122	2.9	120	75	5	273	25	16	18	39	1.91
90403--90714	163	1.9	164	83	6	400	24	15	18	41	1.89
93215--93432	43	5.1	43	82	1	249	23	22	20	33	1.97
94100--94128	15	1.9	15	100	0	58	51	0	0	48	1.00
101855--101888	17	2.1	17	88	5	52	58	5	20	14	1.57
108444--108530	47	1.9	46	83	6	115	41	14	14	28	1.86
108130--108796	275	2.4	275	87	2	937	36	13	16	33	1.88
111019--111072	20	2.7	19	75	8	63	33	31	18	16	1.93
111019--111134	21	5.6	21	68	7	67	32	25	19	21	1.97
111122--111397	20	13.6	20	76	8	229	37	25	18	18	1.93
111122--111397	81	3.4	81	81	5	299	37	25	18	18	1.93
111183--111394	41	5.2	41	91	1	338	37	25	18	18	1.94
111954--112044	20	4.6	20	81	9	105	50	18	17	13	1.78
111969--112045	19	3.9	19	80	8	91	49	19	19	11	1.78
111969--112048	40	2.0	41	90	2	126	50	18	20	11	1.77
112077--112168	33	2.8	33	83	1	112	11	23	19	44	1.84
112133--112188	20	2.8	20	80	20	80	16	25	19	39	1.91
114181--114234	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
114181--114248	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
115030--115117	21	4.1	21	89	2	131	36	17	27	19	1.94
115197--115384	20	9.3	20	74	7	139	22	17	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115168--115361	40	4.8	41	86	1	248	19	17	23	39	1.92
115164--115422	81	3.2	81	80	4	247	20	16	22	39	1.92
115375--115422	20	2.4	20	86	6	62	16	16	20	45	1.85
128623--128662	19	2.1	19	95	0	71	45	2	0	52	1.14
129176--129220	23	1.9	24	90	4	74	60	0	11	28	1.31
130109--130153	23	2.0	23	90	0	72	31	4	0	64	1.13
137802--137841	21	1.9	21	84	0	53	40	2	2	55	1.27
150886--150942	27	2.1	27	90	0	87	36	26	8	28	1.86
154477--154543	18	3.8	18	71	13	59	17	8	0	73	1.09
154475--154539	32	2.2	30	81	13	73	16	9	0	73	1.07
156382--156430	21	2.4	21	89	3	73	8	12	14	65	1.47
158610--158855	95	2.7	94	84	9	293	31	19	17	31	1.95
159770--159813	17	2.6	17	88	0	61	40	22	18	18	1.91
160165--160351	103	1.8	103	86	4	270	29	18	10	41	1.84
160165--160387	36	6.3	36	75	13	221	28	18	11	41	1.85
160402--160488	36	2.4	36	82	1	104	29	21	10	37	1.87
160165--160488	137	2.3	139	89	3	485	28	19	11	40	1.86
160602--160690	36	2.5	36	79	0	106	28	21	13	37	1.91
160300--160728	101	4.2	101	92	0	669	28	19	10	41	1.85
160759--160920	34	4.7	35	78	7	172	42	16	9	31	1.80
160769--160920	67	2.2	67	82	8	182	43	16	9	30	1.80
162453--162493	18	2.2	19	86	4	57	17	7	2	73	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162650--162678	13	2.3	13	94	5	51	6	6	17	68	1.34
162676--162760	5	18.2	5	72	16	51	17	4	2	75	1.08
162677--162752	9	8.3	9	71	20	52	18	5	1	75	1.07
162670--162739	26	2.7	25	83	14	88	17	7	0	75	1.01
162677--162739	18	3.6	18	75	14	60	17	6	0	76	0.99
162713--162760	21	2.3	22	79	17	57	18	2	4	75	1.07
162675--162737	32	2.1	32	88	8	96	15	6	0	77	0.96
162670--162752	27	3.1	28	75	16	77	18	6	1	74	1.08
169717--169803	45	1.9	45	90	0	138	32	22	9	35	1.86
169893--170021	59	2.2	59	85	0	168	28	24	17	28	1.98

Tables:   1   2   3