genome.fa.s7766.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007766.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110038_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  442891

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95--133	19	2.0	20	90	5	62	56	7	5	30	1.49
459--513	1	55.0	1	92	0	92	0	3	0	96	0.23
456--522	10	6.7	10	91	5	82	0	7	0	92	0.38
459--525	14	4.7	15	90	5	95	0	7	0	92	0.38
13269--13333	3	21.7	3	96	0	121	64	0	1	33	1.03
13583--13627	19	2.4	19	96	0	81	55	11	17	15	1.68
18146--18174	15	1.9	15	100	0	58	17	6	27	48	1.72
18441--18476	19	1.9	18	88	5	54	52	25	13	8	1.68
21546--21594	2	25.5	2	87	8	75	48	2	0	48	1.12
23049--23151	41	2.5	41	73	6	100	33	19	20	27	1.97
22962--24313	259	5.2	256	83	2	1544	34	16	15	33	1.91
23825--23926	42	2.5	41	77	3	114	35	22	18	23	1.96
24084--24185	42	2.5	41	77	3	105	31	19	23	25	1.98
24356--24424	3	23.0	3	87	0	102	33	2	0	63	1.09
29045--29083	15	2.7	15	84	4	53	23	17	10	48	1.78
33629--33770	54	2.6	54	86	0	194	33	14	24	27	1.94
34838--35518	222	3.1	221	89	4	1009	30	17	19	32	1.95
35858--36628	223	3.5	223	90	1	1188	29	18	19	32	1.95
37140--37202	3	21.0	3	86	0	81	36	1	3	58	1.23
37876--37924	23	2.0	25	84	7	66	26	2	2	69	1.10
49054--49086	2	17.0	2	87	6	50	48	3	0	48	1.17
58488--58521	6	5.5	6	86	6	50	79	0	2	17	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61241--61286	3	16.3	3	82	8	53	63	0	2	34	1.07
61413--61912	123	4.1	123	93	1	835	26	19	16	38	1.92
61413--61912	243	2.0	244	92	1	840	26	19	16	38	1.92
72791--72822	16	1.9	17	93	6	57	46	3	0	50	1.17
72853--72905	23	2.3	22	81	9	61	64	0	3	32	1.12
81026--81474	132	3.4	130	76	8	415	33	17	18	31	1.94
83757--83797	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
83838--83868	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
85559--85611	2	27.5	2	92	7	92	50	0	0	49	1.00
85933--85982	2	26.0	2	76	8	50	46	6	0	48	1.27
87044--87233	63	3.0	63	97	0	362	25	20	15	38	1.92
91016--91045	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
91957--91988	13	2.4	14	85	15	50	43	0	6	50	1.27
92654--92711	17	3.5	16	81	11	64	31	13	13	41	1.84
92718--92776	17	3.5	17	68	13	50	28	16	8	45	1.77
92786--92834	17	2.9	17	84	0	62	32	14	8	44	1.74
94154--94187	9	3.8	9	88	0	50	85	0	0	14	0.60
96138--96245	17	6.3	18	67	17	61	34	12	12	41	1.79
99525--99582	17	3.5	16	81	6	71	29	13	15	41	1.86
100063--100137	5	15.4	5	74	13	50	76	4	1	18	1.02
100171--100219	20	2.4	21	76	13	57	65	0	6	28	1.16
100842--100941	35	2.8	36	86	6	130	31	15	15	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101893--102372	105	4.8	98	77	6	451	20	21	24	33	1.97
101402--102372	109	9.3	105	77	8	779	21	20	24	32	1.98
101405--102372	203	4.7	203	82	6	1012	21	20	24	32	1.98
102818--102983	65	2.6	65	96	0	305	36	12	19	30	1.89
102883--103340	102	4.5	102	93	0	781	36	12	20	30	1.90
102948--103358	37	11.9	37	67	18	242	36	12	20	29	1.90
102783--103100	167	1.9	169	92	1	532	37	12	20	30	1.89
103569--103611	8	5.5	8	86	13	63	0	11	11	76	1.02
103569--103616	16	3.1	17	88	11	68	0	12	10	77	1.00
104795--104833	8	5.0	8	84	6	53	58	12	17	10	1.61
104795--104833	15	2.5	15	87	4	51	58	12	17	10	1.61
108093--108169	15	5.0	15	68	20	52	75	3	1	19	1.03
108091--108168	10	7.2	11	73	16	56	76	3	1	17	1.00
108089--108160	5	14.8	5	73	13	53	76	4	1	18	1.02
108871--108970	35	2.8	36	84	9	123	32	16	15	37	1.89
109526--109569	21	2.0	22	82	4	54	36	20	9	34	1.84
112247--112321	17	4.5	17	78	8	55	30	10	17	41	1.83
112311--112369	17	3.5	17	68	13	50	28	16	8	45	1.77
116837--116912	30	2.6	29	80	12	84	42	2	2	52	1.29
118038--118067	5	6.2	5	92	7	53	56	0	0	43	0.99
118051--118100	26	1.9	26	83	0	64	50	4	0	46	1.20
119399--119432	17	1.9	18	94	5	61	52	5	0	41	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119745--119807	20	3.2	20	82	6	76	0	33	1	65	1.03
126699--126754	29	2.0	29	82	3	69	35	7	28	28	1.84
127876--127905	13	2.2	14	94	5	53	20	50	20	10	1.76
127926--128006	29	2.8	29	94	0	135	23	11	19	45	1.82
127926--128050	29	4.3	29	84	4	99	26	8	20	44	1.81
135329--135363	17	2.0	18	88	5	54	17	45	22	14	1.84
135400--135467	29	2.3	29	82	0	82	30	7	19	42	1.78
140956--141475	266	2.0	265	91	1	853	36	14	19	29	1.91
141994--142033	19	2.1	19	86	9	55	42	2	20	35	1.65
155458--155509	20	2.6	20	75	6	61	30	32	21	15	1.94
155561--155870	20	15.5	20	74	11	152	39	22	17	20	1.92
155682--155868	59	3.2	59	81	6	227	39	20	18	21	1.92
155626--155873	40	6.2	39	84	5	248	39	21	18	20	1.92
155714--155889	60	2.9	59	73	17	166	38	20	18	22	1.93
156717--156770	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
159290--159470	33	5.3	33	81	9	218	44	19	22	13	1.86
159303--159435	19	7.4	19	74	19	133	43	18	21	15	1.87
159480--159559	33	2.4	33	87	0	115	12	20	20	47	1.81
159505--159559	19	3.2	19	68	24	57	16	21	16	45	1.85
160117--160587	94	5.1	94	95	2	799	46	19	12	21	1.83
160117--160587	187	2.5	186	93	2	793	46	19	12	21	1.83
162277--162328	17	2.8	18	85	8	61	42	23	19	15	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162255--162378	20	6.8	19	73	15	77	47	20	19	12	1.82
162395--162451	14	3.7	14	72	20	51	10	22	22	43	1.84
162379--162459	33	2.5	33	93	0	135	9	20	22	46	1.80
162443--162514	20	3.5	20	84	5	92	12	16	19	51	1.76
163070--163280	20	10.4	20	79	5	226	18	18	24	38	1.93
163070--163280	41	5.2	41	91	1	336	18	18	24	38	1.93
163315--163367	21	2.5	21	73	11	54	24	18	24	32	1.97
163309--163403	20	4.7	20	69	18	61	21	18	27	32	1.97
164193--164230	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
166049--166088	13	2.8	13	85	14	53	32	2	0	65	1.06
166421--166473	27	2.0	27	88	0	79	28	35	11	24	1.90
166516--166618	24	4.3	24	85	2	127	24	30	12	33	1.92
166516--166618	47	2.2	48	83	1	127	24	30	12	33	1.92
169631--169664	11	2.9	12	91	8	61	26	52	14	5	1.64
172006--172066	21	3.2	21	63	29	55	32	4	19	42	1.73
172000--172105	35	3.0	35	91	4	160	31	5	16	46	1.71
176595--176657	21	3.3	21	67	28	68	33	4	22	39	1.75
176591--176696	35	3.0	35	91	4	169	30	5	18	45	1.73
182486--182581	43	2.3	42	92	1	156	22	11	18	46	1.81
184843--184962	60	2.0	60	85	3	161	37	11	5	45	1.65
185786--185827	18	2.3	18	84	12	59	35	0	2	61	1.09
185793--185854	24	2.5	24	84	7	81	33	0	8	58	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187141--187167	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
188539--188595	22	2.7	21	78	8	62	17	7	8	66	1.41
198269--198311	8	5.2	8	86	13	61	74	0	13	11	1.07
198278--198311	17	2.0	17	100	0	68	76	0	11	11	1.02
199183--199528	136	2.6	132	82	7	403	35	17	21	25	1.95
199670--199732	20	3.2	20	66	20	51	46	14	15	23	1.83
199557--199823	91	2.9	90	89	4	394	40	15	19	24	1.91
199760--199822	20	3.3	19	70	17	58	42	14	19	23	1.87
202059--202092	14	2.4	15	90	9	54	47	0	0	52	1.00
202673--202723	20	2.5	21	83	6	68	41	19	17	21	1.91

Tables:   1   2   3