genome.fa.s7766.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007766.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110038_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  442891

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 260 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202715--202756	20	2.1	20	95	0	75	52	23	7	16	1.68
202904--202953	22	2.3	22	82	0	64	20	40	20	20	1.92
203319--203370	20	2.6	20	81	0	68	11	17	23	48	1.79
204987--205036	21	2.4	21	93	0	82	20	14	32	34	1.92
205450--205565	21	5.6	21	74	10	105	21	36	18	24	1.95
205444--205565	42	2.9	42	91	3	185	21	36	18	24	1.95
205445--205565	63	1.9	62	81	8	147	21	36	18	23	1.95
207143--207194	20	2.6	20	87	0	68	17	17	19	46	1.85
207179--207241	29	2.2	29	91	0	99	34	23	14	26	1.93
207244--207303	20	3.0	20	78	9	77	26	21	21	30	1.99
210052--210086	12	2.9	12	91	0	52	14	0	28	57	1.38
210872--210935	20	3.2	20	78	8	76	35	9	21	32	1.86
210873--211081	40	5.2	40	69	14	137	33	10	24	31	1.89
211066--211125	20	3.0	20	78	4	59	25	10	31	33	1.89
210873--211101	121	1.9	119	81	7	275	33	10	25	31	1.89
216217--216299	42	2.0	42	90	0	130	18	12	18	51	1.75
216521--216556	11	3.3	11	88	11	56	52	0	0	47	1.00
216516--216556	20	2.0	22	90	9	68	53	0	0	46	1.00
216541--216581	22	1.9	21	90	5	64	46	2	0	51	1.14
216634--216698	28	2.4	28	80	19	84	46	1	1	50	1.20
216554--216723	30	5.8	29	70	19	95	47	2	1	49	1.22
216718--216762	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217072--217108	13	2.8	13	95	0	65	16	54	16	13	1.72
217144--217222	24	3.2	26	74	17	69	54	0	0	45	0.99
217180--217219	19	2.1	19	85	0	53	55	0	0	45	0.99
217220--217285	12	5.6	12	83	3	80	27	46	13	12	1.78
217224--217285	23	2.7	23	84	2	70	25	48	14	11	1.77
217598--217631	14	2.4	14	90	0	50	32	17	14	35	1.91
217641--217716	30	2.6	29	91	4	125	35	18	5	40	1.73
217640--217714	15	5.1	15	77	9	91	33	18	6	41	1.77
219021--219049	15	1.9	15	100	0	58	48	27	6	17	1.72
219163--219551	183	2.1	184	90	3	619	42	3	8	46	1.49
219557--219590	9	3.7	9	96	4	59	23	8	17	50	1.74
222681--222725	21	2.1	22	84	12	58	44	26	15	13	1.83
226525--226559	16	2.2	16	94	0	61	48	25	17	8	1.75
228733--228838	54	2.0	54	94	3	187	38	11	23	26	1.88
230276--230891	136	4.6	135	87	1	846	35	17	21	25	1.95
230276--230891	270	2.3	269	87	4	859	35	17	21	25	1.95
230867--231028	70	2.3	71	86	4	211	37	17	18	26	1.93
233648--233702	29	1.9	28	82	10	67	52	10	3	32	1.54
234432--234490	20	3.0	20	69	18	61	5	20	22	52	1.65
234375--234490	38	3.1	38	85	0	142	6	21	21	50	1.69
234951--235001	7	7.6	7	80	10	54	54	0	1	43	1.11
238842--238891	21	2.4	21	96	0	91	20	24	14	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248134--248186	17	3.1	17	88	0	79	41	5	15	37	1.70
252489--252559	18	3.9	18	81	0	88	28	30	18	22	1.97
254023--254067	20	2.2	20	92	0	72	15	26	26	31	1.96
259187--259226	21	1.9	21	89	0	62	55	5	10	30	1.54
262339--262375	13	2.7	15	80	20	53	32	13	5	48	1.65
263883--263925	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
267826--267865	19	2.1	19	85	4	53	52	7	22	17	1.69
273182--273222	16	2.3	18	80	20	59	36	4	0	58	1.20
273260--273292	2	16.5	2	93	0	57	45	0	0	54	0.99
273629--273729	15	6.6	15	84	8	100	8	3	0	86	0.75
273628--273729	17	6.1	17	80	14	88	8	3	0	86	0.74
273629--273734	6	18.3	6	77	14	66	10	3	0	84	0.78
273613--273708	20	4.7	20	82	8	113	5	3	3	88	0.69
273628--273729	7	13.2	8	80	8	81	8	3	0	86	0.74
273613--273708	1	96.0	1	76	0	93	5	3	3	88	0.69
273685--273736	26	2.0	26	81	7	61	17	5	0	76	0.97
284198--284231	7	4.9	7	92	0	50	79	0	20	0	0.73
285179--285287	43	2.6	41	84	5	146	30	33	15	20	1.94
285251--285333	44	2.0	43	81	11	100	31	28	13	26	1.94
286539--286580	16	2.4	18	80	19	61	35	4	0	59	1.19
286741--286775	18	1.9	18	88	11	54	25	2	0	71	1.00
286962--287005	14	3.2	13	83	6	52	4	4	11	79	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
286955--287005	25	2.0	27	84	7	70	5	3	11	78	1.06
286970--287008	14	2.9	13	92	3	60	2	5	10	82	0.93
286998--287073	6	12.8	6	78	10	59	15	3	3	76	1.09
286970--287019	14	3.6	14	86	7	59	6	4	8	82	0.96
286974--287074	18	5.7	17	71	14	62	12	3	5	77	1.10
287011--287086	11	6.7	11	72	15	57	18	3	3	73	1.14
291297--291334	20	1.9	20	89	10	60	39	0	21	39	1.53
293002--293030	13	2.1	14	93	6	51	31	0	0	68	0.89
293462--293568	24	4.5	24	86	0	142	20	28	16	33	1.95
294990--295041	7	7.7	7	74	8	54	36	0	0	63	0.95
294980--295061	32	2.5	33	96	2	148	41	0	0	58	0.98
297509--297558	23	2.1	24	82	10	59	28	4	6	62	1.37
297879--297920	20	2.1	20	86	8	59	30	50	16	2	1.58
297879--297919	14	2.9	14	88	0	55	31	48	17	2	1.60
302554--302587	17	2.1	17	88	5	52	32	17	17	32	1.94
306669--306707	18	2.2	18	90	0	60	7	53	0	38	1.30
309918--309978	31	2.0	29	84	6	77	36	19	11	32	1.88
327219--327269	19	2.7	20	84	9	70	29	21	23	25	1.99
334587--334629	13	3.7	13	71	28	51	34	4	9	51	1.55
334582--334632	21	2.4	21	100	0	102	33	3	9	52	1.53
335766--335881	3	39.3	3	85	10	159	62	0	1	35	1.05
335764--335902	9	16.9	8	82	13	119	62	0	2	35	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
338813--338855	21	2.1	19	87	12	59	72	0	0	27	0.85
338855--339163	38	8.4	39	72	18	186	42	7	4	45	1.53
338852--339027	78	2.2	78	79	8	187	42	7	6	44	1.57
338986--339041	28	2.0	28	96	3	105	46	7	3	42	1.48
338991--339052	28	2.3	27	89	8	92	45	8	1	45	1.42
339013--339163	37	4.1	36	85	10	198	44	7	2	45	1.47
338951--339189	73	3.6	65	80	14	272	43	7	2	45	1.48
339073--339150	35	2.4	33	85	12	115	42	8	2	46	1.49
339126--339190	27	2.5	27	90	5	98	46	7	3	43	1.48
340816--340865	17	2.9	17	87	0	73	38	14	6	42	1.70
349109--349299	100	1.9	99	90	1	301	30	18	15	35	1.92
354925--355232	36	8.5	37	77	18	292	44	8	3	43	1.52
355010--355232	70	3.2	71	85	11	293	43	8	3	44	1.50
358216--358270	22	2.4	23	90	3	85	43	12	14	29	1.82
367523--367634	31	3.7	30	86	9	129	25	23	9	41	1.84
369838--369871	13	2.6	13	86	13	52	5	50	0	44	1.26
370585--370651	31	2.2	31	89	5	100	20	23	13	41	1.88
373813--373907	23	4.2	23	73	9	79	33	12	3	50	1.56
378344--378563	45	4.9	45	92	2	363	30	21	6	40	1.79
378525--378591	32	2.1	33	91	2	109	28	17	8	44	1.79
383224--383314	8	11.1	8	70	16	62	79	0	15	5	0.91
383227--383302	7	10.7	7	73	12	57	80	0	14	5	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
383226--383302	11	7.6	10	74	17	54	80	0	14	5	0.87
383226--383302	19	3.8	20	79	15	79	80	0	14	5	0.87
383226--383314	13	7.1	12	76	18	76	79	0	14	5	0.90
390845--391024	94	1.8	98	83	11	244	35	18	9	36	1.83
390912--390992	36	2.2	36	79	10	94	39	19	8	32	1.82
391266--391523	140	1.8	140	82	1	329	34	24	15	25	1.95
392042--392083	18	2.3	18	87	4	57	16	11	2	69	1.29
392340--392385	16	3.0	16	73	20	53	36	6	8	47	1.60
393792--393838	20	2.3	20	100	0	94	38	25	14	21	1.92
393946--393992	18	2.6	18	96	0	85	31	23	27	17	1.96

Tables:   1   2   3