genome.fa.s7793.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007793.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110082_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  216588

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2239--2304	33	2.0	33	87	0	96	28	1	45	24	1.62
4095--4138	19	2.4	19	92	3	72	31	2	9	56	1.43
4220--6428	199	11.1	198	97	1	4054	37	14	15	32	1.88
4220--6428	596	3.7	598	97	0	4163	37	14	15	32	1.88
7889--7956	21	3.4	18	69	21	55	36	8	35	19	1.83
7889--7985	6	16.3	6	78	2	61	36	7	35	21	1.81
7904--7989	3	29.0	3	75	2	75	34	5	34	24	1.80
7892--7989	12	8.2	12	81	2	72	34	7	34	23	1.82
9350--10019	184	3.7	184	97	0	1272	35	14	15	34	1.89
10602--10664	23	2.7	23	90	0	90	36	6	19	38	1.77
10602--10674	23	3.2	23	86	3	85	35	5	19	39	1.75
11032--11096	23	2.8	23	90	0	94	35	7	18	38	1.80
11300--11336	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
11292--11338	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
12744--12782	18	2.2	18	85	0	51	58	2	10	28	1.44
13798--13832	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
14042--14080	17	2.4	17	95	4	71	51	5	0	43	1.24
14082--14204	25	4.9	25	100	0	246	28	12	11	47	1.75
15295--15322	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
19975--20045	34	2.1	34	100	0	142	46	5	8	39	1.58
24867--24918	26	2.0	26	88	0	77	32	11	17	38	1.85
25928--26242	118	2.7	118	84	7	365	37	4	5	51	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26263--26311	26	1.9	25	88	12	73	51	0	8	40	1.32
27090--27224	59	2.3	58	80	10	139	37	17	2	41	1.65
27743--27769	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
32305--32332	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
32658--32721	28	2.3	28	83	5	76	54	10	7	26	1.62
34244--34283	15	2.6	16	84	11	57	27	2	0	70	1.01
37847--37893	23	2.0	24	87	4	69	31	2	0	65	1.04
38086--38184	7	14.1	7	100	0	198	14	28	0	57	1.37
40218--41895	843	2.0	844	96	0	3108	22	19	16	41	1.90
45783--45816	12	2.8	12	95	0	59	20	17	20	41	1.91
49028--49074	21	2.2	21	96	0	85	27	19	23	29	1.98
51380--51415	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
62100--62174	38	2.0	38	94	0	132	25	20	18	36	1.95
65028--65058	15	2.0	16	93	6	55	77	0	0	22	0.77
65064--65097	5	6.4	5	87	12	50	76	0	2	20	0.92
65028--65119	36	2.5	39	81	16	99	71	0	8	19	1.11
73296--73337	21	2.0	21	95	0	75	19	26	23	30	1.98
73371--73432	32	1.9	33	86	3	90	27	17	30	24	1.97
73368--73434	18	4.0	17	75	16	68	26	16	32	23	1.96
73551--73619	30	2.3	29	87	7	102	44	15	2	36	1.62
73774--73822	24	2.0	24	96	0	89	18	28	10	42	1.83
74917--74969	19	2.8	18	83	13	54	32	13	3	50	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74977--75017	19	2.1	20	86	13	59	31	0	12	56	1.36
76878--76941	17	3.7	17	91	2	92	26	14	35	23	1.93
77201--77265	14	4.7	13	75	16	51	66	1	1	30	1.10
77187--77265	21	3.5	21	75	18	63	68	1	1	29	1.05
77204--77254	18	2.9	17	77	11	50	66	1	1	29	1.13
77188--77236	26	1.9	25	87	4	71	71	0	2	26	0.97
77253--77375	26	5.4	23	72	23	93	47	4	2	44	1.37
77338--77565	36	6.0	36	78	12	208	45	7	2	44	1.45
77495--77519	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
77457--77555	44	2.3	44	86	6	132	46	8	3	42	1.48
80277--80412	72	1.9	72	92	0	227	21	23	22	32	1.98
85688--85726	19	2.0	19	85	5	51	51	0	2	46	1.14
90785--90819	15	2.3	15	90	0	52	57	0	5	37	1.23
96284--96343	23	2.6	23	86	0	84	38	25	11	25	1.89
96371--96407	6	6.2	6	90	0	56	54	13	13	18	1.71
96367--96401	18	1.9	18	100	0	70	51	11	14	22	1.74
96451--96525	9	8.4	9	72	16	59	50	4	0	45	1.20
96588--96650	24	2.6	22	79	16	63	46	6	0	47	1.28
96403--96840	131	3.1	134	85	13	555	47	10	1	40	1.48
96670--96704	6	5.7	6	96	3	61	51	14	0	34	1.42
96738--96993	2	126.0	2	65	19	86	45	4	5	44	1.46
96770--96851	11	7.8	10	70	22	53	47	2	2	47	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96814--96851	11	3.5	11	88	0	58	44	2	2	50	1.30
96738--97026	22	13.4	21	67	19	96	44	4	5	44	1.49
96867--96993	53	2.4	53	84	5	177	47	3	7	41	1.49
96998--97155	18	8.8	18	67	17	87	43	5	7	43	1.56
97092--97185	31	3.1	31	75	15	99	45	5	5	43	1.49
97166--97202	11	3.3	11	92	3	56	51	0	8	40	1.32
97129--97191	31	2.0	31	93	3	108	50	3	4	41	1.39
97293--97649	2	178.0	2	67	19	158	45	4	4	46	1.42
97549--97607	31	1.9	31	86	6	84	47	5	3	44	1.42
97549--97614	31	2.2	31	83	5	82	45	6	3	45	1.43
99856--99901	19	2.5	20	82	13	62	34	6	0	58	1.24
99786--99901	37	3.2	36	67	20	98	35	6	1	56	1.34
99881--99917	13	2.7	14	84	15	51	37	2	0	59	1.12
100508--100567	23	2.6	23	86	0	84	38	25	11	25	1.89
100585--100631	6	7.8	6	87	0	58	48	14	17	19	1.81
100682--100733	18	2.9	17	78	13	50	51	3	0	44	1.19
100815--100892	2	41.5	2	72	16	60	48	3	0	47	1.20
100627--101082	146	3.2	140	87	9	617	48	9	1	40	1.44
100952--101213	2	129.5	2	67	20	118	45	4	4	45	1.44
101112--101264	31	5.1	31	73	15	101	45	5	7	41	1.57
101140--101302	33	5.1	33	75	19	148	43	5	9	41	1.61
101151--101302	20	8.2	19	65	26	60	43	5	9	40	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101130--101275	31	4.8	31	71	20	121	43	6	9	40	1.62
101190--101408	18	12.8	18	67	20	89	42	5	7	43	1.56
101404--101435	11	2.9	11	100	0	64	56	0	6	37	1.25
101398--101435	11	3.2	12	92	7	53	52	0	7	39	1.31
101528--101655	22	5.3	24	71	19	97	46	3	2	47	1.31
101565--101653	9	9.7	9	71	9	54	46	2	2	49	1.26
101565--101651	20	4.7	18	69	18	54	45	2	2	49	1.27
101724--101830	2	51.5	2	71	14	74	45	4	2	46	1.38
101701--101751	20	2.6	20	87	3	77	41	3	9	45	1.56
101746--101815	20	3.4	20	81	14	97	45	5	2	45	1.41
101736--101830	42	2.4	42	87	7	144	47	5	2	45	1.37
101726--101784	31	1.9	31	86	6	84	47	5	3	44	1.42
101726--101791	31	2.2	31	83	5	82	45	6	3	45	1.43
101913--102602	207	3.3	209	90	4	1030	28	11	8	51	1.67
103495--103540	17	2.6	17	79	3	56	50	4	2	43	1.34
103661--103698	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
104044--104098	19	2.9	19	84	7	69	43	3	9	43	1.53
104091--104205	11	10.6	11	68	22	66	43	0	0	54	1.12
104116--104208	16	6.0	17	74	20	57	39	1	0	59	1.05
104130--104207	13	5.1	17	73	21	59	38	1	0	60	1.05
104131--104218	24	3.9	24	73	19	89	38	1	0	60	1.04
104183--104221	11	3.4	11	86	13	60	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108867--108907	21	2.0	21	85	0	55	39	12	36	12	1.80
111863--111920	27	2.2	26	81	6	73	39	5	8	46	1.57
113887--113921	17	2.1	17	94	0	61	31	28	8	31	1.87
120423--120474	16	3.2	17	72	22	58	42	0	21	36	1.53
122504--122558	27	2.0	27	100	0	110	45	7	14	32	1.72
124881--124920	21	2.0	20	90	5	62	72	2	0	25	0.97
125038--125066	15	2.0	15	93	6	51	62	6	0	31	1.22
125616--125649	18	1.9	18	88	5	52	17	26	29	26	1.98
132610--132646	18	2.0	19	94	5	67	32	13	21	32	1.92
132672--132764	45	2.1	45	81	0	105	24	38	11	24	1.89

Tables:   1   2