genome.fa.s7804.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007804.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110122_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1697051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7129--7166	19	2.0	20	84	5	51	15	0	18	65	1.27
10211--10297	2	45.0	2	93	6	153	51	0	0	48	1.00
18147--18178	6	5.2	6	92	7	55	18	15	15	50	1.79
18147--18178	13	2.6	12	90	9	55	18	15	15	50	1.79
20693--20733	18	2.3	18	87	4	57	80	4	14	0	0.87
20710--20792	8	10.8	8	72	22	63	77	1	21	0	0.84
20721--20784	28	2.3	29	84	10	80	78	1	20	0	0.84
20702--20792	23	3.9	24	78	21	104	78	1	20	0	0.82
21429--21491	28	2.2	28	88	0	90	36	34	7	20	1.82
23221--23281	20	3.0	19	75	15	68	19	32	24	22	1.97
22869--23553	132	5.2	132	91	2	1065	25	21	21	31	1.98
25473--25541	30	2.4	29	86	9	81	26	7	11	55	1.61
25488--25545	30	1.9	30	100	0	116	24	8	12	55	1.64
29252--29283	3	10.7	3	93	0	55	34	3	0	62	1.11
30449--30495	20	2.4	19	80	16	51	25	2	14	57	1.49
32952--33013	32	1.9	32	90	0	97	16	14	12	56	1.68
37153--37457	103	2.9	102	83	6	373	33	16	10	39	1.83
37629--37713	29	2.8	30	82	12	95	27	11	9	51	1.69
37751--37812	30	2.1	30	93	3	108	33	12	14	38	1.84
37691--37867	91	1.9	93	89	5	277	27	14	14	43	1.84
37767--37891	66	1.9	66	86	6	182	26	14	12	46	1.80
37845--37966	28	4.6	26	71	25	87	32	13	10	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37956--38172	118	1.8	118	84	4	294	31	14	12	41	1.84
38255--38321	31	2.2	30	84	10	82	28	13	13	44	1.81
38318--38376	15	3.9	15	95	0	100	30	20	5	44	1.73
38682--38859	66	2.7	65	75	10	166	25	20	15	38	1.91
39181--39279	40	2.4	40	76	8	101	26	35	15	23	1.94
39454--39497	3	15.0	3	80	4	54	31	4	2	61	1.28
40662--40708	20	2.4	19	80	16	51	25	2	14	57	1.49
41099--41126	8	3.5	8	100	0	56	21	0	14	64	1.29
43482--43522	10	4.1	10	83	0	55	58	19	12	9	1.61
43485--43522	20	1.9	20	94	0	67	57	21	13	7	1.60
49839--49886	20	2.4	20	85	0	60	0	54	33	12	1.38
56680--56710	16	2.0	16	93	6	55	38	0	3	58	1.15
60589--60737	65	2.3	63	81	13	169	26	18	23	32	1.97
63358--63434	23	3.5	22	78	8	77	27	22	23	27	1.99
63359--63453	21	4.4	21	79	9	86	26	18	25	29	1.98
63359--63453	44	2.2	44	83	10	117	26	18	25	29	1.98
67873--67921	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
69036--69079	21	2.1	21	82	0	52	36	15	38	9	1.80
74123--74191	29	2.3	30	87	9	97	47	15	4	31	1.65
74133--74192	29	2.0	30	93	6	104	46	16	3	33	1.64
77274--77342	30	2.2	30	85	15	95	34	5	17	42	1.73
77283--77342	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77451--77512	22	3.1	19	80	15	79	22	35	20	20	1.96
77552--77630	21	3.8	21	96	0	131	22	22	25	29	1.99
79575--79785	65	3.3	63	80	11	207	27	18	22	31	1.97
80398--80437	15	2.8	15	85	7	57	75	7	15	2	1.14
80372--80422	20	2.6	19	78	9	57	74	9	13	1	1.15
81493--81580	32	2.8	32	91	0	131	27	14	25	32	1.95
82299--82468	65	2.7	64	83	6	217	37	20	14	27	1.91
82428--82654	124	1.8	124	93	3	395	34	26	15	23	1.94
82556--82643	32	2.7	32	80	7	97	38	27	12	21	1.89
82709--82897	85	2.3	85	77	2	204	35	17	19	26	1.94
83678--83710	18	1.9	17	88	11	50	24	3	45	27	1.68
84231--84286	28	2.0	28	89	3	87	25	3	1	69	1.14
84307--84331	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
87138--87177	15	2.8	14	88	7	62	75	2	0	22	0.93
88728--88805	34	2.4	33	79	10	88	47	3	1	47	1.28
88766--88823	28	2.1	28	87	6	82	48	6	1	43	1.40
90174--90198	12	2.1	12	100	0	50	40	0	20	40	1.52
93981--94005	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
96985--97063	32	2.5	32	80	0	95	18	20	36	24	1.95
100797--100934	69	2.0	69	98	0	267	18	10	38	33	1.84
111273--111365	49	1.9	48	80	4	107	18	19	26	35	1.95
111841--111874	12	2.7	13	90	4	52	85	8	5	0	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111843--111894	11	4.5	11	77	13	52	84	7	7	0	0.77
111858--111910	20	2.7	20	80	11	63	75	13	11	0	1.05
111841--111903	10	5.6	12	78	17	55	80	11	7	0	0.89
111856--111903	11	4.5	11	82	10	55	79	10	10	0	0.95
111841--111903	19	3.4	19	74	12	60	80	11	7	0	0.89
114507--114533	9	3.0	9	100	0	54	22	11	11	55	1.66
119794--119844	18	3.3	15	77	17	50	68	3	11	15	1.34
127175--127258	21	4.0	20	72	17	62	23	33	23	19	1.97
127175--127236	23	2.9	21	83	7	72	22	32	24	20	1.98
134838--134876	18	2.2	17	86	4	51	28	0	2	69	1.02
134961--135008	18	2.8	17	84	9	62	58	0	0	41	0.98
135197--135243	20	2.3	20	92	0	76	36	25	17	21	1.94
135192--135344	60	2.5	61	80	9	172	39	23	15	20	1.91
135237--135323	20	4.3	21	81	8	101	41	24	14	19	1.89
135237--135363	40	3.2	39	80	8	132	39	23	14	22	1.91
135311--135420	19	5.6	19	83	6	123	35	20	12	30	1.90
135192--135363	60	2.9	59	75	13	165	39	23	15	22	1.91
135271--135420	40	3.8	39	79	11	128	37	22	13	27	1.91
136679--136714	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
137082--137210	65	2.0	65	90	1	206	50	16	1	31	1.54
138586--138657	21	3.4	21	70	11	58	22	19	31	26	1.97
138830--138868	12	3.2	12	85	0	51	64	2	2	30	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138968--139014	21	2.2	21	81	7	60	34	29	19	17	1.94
140856--140896	20	2.0	20	90	0	64	48	19	17	14	1.81
141459--141648	20	9.1	20	71	7	146	19	14	22	43	1.88
141459--141648	60	3.0	60	78	10	227	19	14	22	43	1.88
141435--141648	40	5.2	40	74	13	173	20	14	22	42	1.88
141521--141660	67	2.1	67	90	0	217	22	15	20	42	1.89
141583--141670	40	2.2	40	82	8	99	21	17	21	39	1.92
141722--141771	20	2.5	20	86	0	73	24	10	36	30	1.88
143194--143584	38	10.3	38	89	4	562	43	4	10	41	1.59
160503--160588	43	2.0	43	100	0	172	53	16	4	25	1.62
162749--163116	184	2.0	184	97	0	700	25	30	20	24	1.99
173255--173300	21	2.3	21	82	17	62	50	8	13	28	1.70
173255--173300	20	2.3	19	85	14	58	50	8	13	28	1.70
179264--180474	607	2.0	607	94	0	2127	30	20	18	30	1.96
184143--184188	20	2.3	19	85	14	58	50	8	15	26	1.73
191253--191332	26	3.1	26	96	0	151	48	3	17	30	1.64
196411--196449	15	2.6	16	84	12	55	61	0	10	28	1.28
207533--207760	114	2.0	114	93	1	395	35	19	21	23	1.96
211522--211591	30	2.5	27	80	13	86	42	25	7	24	1.80
211530--211591	30	2.1	30	90	0	97	46	25	6	20	1.74
211532--211588	15	3.8	15	69	0	51	43	26	7	22	1.78
218146--218180	17	2.1	17	89	5	54	37	5	2	54	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235628--235685	23	2.5	23	88	0	98	13	18	15	51	1.76
236441--236906	246	1.9	246	98	0	905	21	16	26	35	1.94
237378--237574	108	1.8	108	91	2	324	34	9	16	39	1.82
246009--246049	20	2.1	20	86	4	57	34	12	17	36	1.87
248185--248224	21	1.9	21	94	0	71	32	7	22	37	1.82
250821--250870	25	2.0	25	84	3	66	46	0	6	48	1.27
252701--252730	7	4.3	7	100	0	60	60	0	40	0	0.97
253254--253350	42	2.3	42	96	0	176	41	10	19	28	1.84
253824--254008	55	3.4	55	86	2	255	27	19	22	30	1.98
260322--260583	55	4.8	55	88	1	321	28	17	20	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9