genome.fa.s7804.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007804.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110122_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1697051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  5  of  9  ( 1034 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
723510--723673	12	13.3	12	70	10	80	42	40	8	8	1.66
730084--730135	23	2.2	24	93	3	88	51	9	0	38	1.35
731341--731394	19	2.6	21	88	8	76	35	20	18	25	1.95
731345--731394	22	2.5	19	87	9	64	36	22	18	24	1.95
731724--731956	54	4.3	54	90	2	351	30	18	18	32	1.96
731724--731992	54	5.0	54	87	1	315	31	17	18	32	1.94
738145--738185	19	2.2	19	86	0	55	34	19	19	26	1.96
738145--738215	22	3.5	22	79	9	71	30	18	21	29	1.97
738532--738810	54	5.2	54	88	0	416	28	17	19	34	1.95
738532--738797	107	2.5	108	90	1	426	28	18	19	33	1.95
738533--738828	161	1.8	162	89	0	468	29	17	18	33	1.95
739195--739250	23	2.4	23	80	17	62	30	1	12	55	1.47
746432--746476	13	3.5	13	76	11	56	55	4	20	20	1.60
746432--746482	26	2.0	26	100	0	102	54	7	19	17	1.67
748534--748567	16	2.1	16	94	0	59	47	0	8	44	1.34
750396--750445	21	2.3	21	78	21	50	32	2	6	60	1.32
753372--753401	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
756573--756637	25	2.6	25	90	0	94	7	27	32	32	1.85
764304--764395	46	2.0	46	100	0	184	32	10	17	39	1.84
771359--771702	174	2.0	169	96	3	627	35	13	15	35	1.88
776122--776170	25	1.9	26	91	4	82	44	2	14	38	1.56
776123--776170	13	3.8	12	89	8	69	43	2	14	39	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
778722--778792	23	3.1	22	78	13	65	76	0	8	15	1.02
779094--779141	23	2.1	23	100	0	96	62	8	4	25	1.41
779651--779755	37	2.8	37	85	0	147	28	15	15	40	1.87
780487--781759	106	12.0	106	92	0	2014	23	18	24	33	1.97
780487--781759	317	4.0	318	95	0	2142	23	18	24	33	1.97
780487--781759	423	3.0	423	92	0	2064	23	18	24	33	1.97
782570--782646	22	3.5	22	94	0	136	20	14	27	37	1.91
783298--783347	14	3.5	14	81	5	64	0	20	4	76	0.95
783297--783346	15	3.4	15	75	5	57	0	18	4	78	0.91
787365--787433	24	2.8	24	78	12	68	73	0	8	17	1.07
787526--787595	29	2.4	29	78	0	77	71	10	0	18	1.13
787716--787758	18	2.5	17	79	17	52	65	0	2	32	1.06
787716--787761	16	2.6	19	80	16	62	65	0	2	32	1.05
787717--787793	23	3.6	20	66	23	50	67	2	2	27	1.17
788275--788376	36	2.8	36	83	4	134	31	14	15	38	1.88
790108--790148	20	2.0	21	95	4	75	21	19	39	19	1.93
792214--792257	13	3.3	14	81	9	56	45	9	11	34	1.72
792706--792786	20	3.8	22	82	7	87	25	19	29	24	1.99
798458--798595	74	1.9	74	86	3	197	24	19	26	28	1.99
800387--800428	18	2.3	18	95	0	75	23	11	19	45	1.83
802842--803751	462	1.9	473	96	3	1691	30	18	19	31	1.95
804532--804587	27	2.0	28	86	3	78	41	1	7	50	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805231--805677	222	2.0	224	99	0	880	42	11	14	31	1.82
806532--806609	21	3.7	21	92	0	129	24	17	19	38	1.93
809389--809439	21	2.4	21	86	0	75	25	15	15	43	1.86
809431--809500	20	3.5	20	88	1	97	31	20	11	37	1.88
811500--811533	15	2.3	15	94	0	59	61	2	0	35	1.11
811506--811554	15	3.4	14	86	8	55	65	0	2	32	1.04
814140--814187	24	1.9	26	87	8	73	62	25	2	10	1.38
816196--816248	20	2.7	20	93	0	88	43	22	16	16	1.88
816214--816422	61	3.5	60	75	11	194	36	21	18	23	1.95
816257--816450	20	9.6	20	75	6	158	37	22	19	21	1.95
816257--816450	40	4.8	41	88	1	266	37	22	19	21	1.95
816989--817067	20	3.9	21	83	5	92	53	17	17	11	1.73
817049--817113	14	4.3	14	73	17	58	46	21	23	9	1.80
817044--817124	33	2.5	33	93	0	135	46	22	20	9	1.80
817120--817231	19	6.1	19	78	12	117	14	22	18	44	1.86
819249--819315	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
819197--819315	42	2.8	42	76	12	102	23	36	17	22	1.95
820663--820698	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
820800--820859	19	3.1	19	92	2	93	46	18	20	15	1.84
820862--821070	19	11.7	19	77	16	234	16	21	17	44	1.86
820921--821051	33	3.8	33	82	9	147	16	21	17	45	1.86
820921--821083	52	3.1	51	77	11	179	15	22	17	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
823504--823557	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
823504--823571	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
824415--824612	80	2.5	80	84	5	249	21	17	22	38	1.93
824411--824622	20	10.6	20	79	1	163	21	18	22	37	1.94
824435--824645	80	2.6	80	82	5	221	21	17	23	37	1.93
824631--824683	20	2.7	20	88	5	72	13	15	24	47	1.81
826573--826674	32	3.1	33	92	4	161	58	14	13	12	1.63
826698--826746	22	2.2	22	92	0	80	55	6	24	14	1.62
828184--828254	18	3.6	18	67	20	52	39	11	7	42	1.68
828168--828277	42	2.6	42	97	0	202	40	12	7	39	1.71
828202--828273	24	3.2	24	64	22	66	40	13	6	38	1.72
828492--828645	57	2.8	53	75	13	141	45	5	2	46	1.39
828593--828786	15	12.9	15	69	19	102	42	4	5	48	1.44
828439--828696	74	3.5	73	74	14	183	41	5	3	49	1.43
828491--828648	2	82.0	2	68	20	88	45	5	2	46	1.38
828734--828864	18	7.2	18	71	16	92	43	3	6	47	1.43
828689--828865	92	1.9	98	87	10	269	43	4	5	46	1.47
828826--828879	29	2.0	26	85	10	72	40	0	3	55	1.17
828828--828895	26	2.5	26	81	11	66	39	0	2	57	1.14
831699--831768	30	2.3	31	83	9	92	52	5	0	41	1.25
831753--831830	9	8.7	9	75	22	67	64	2	2	30	1.21
831752--831812	17	3.6	16	81	16	61	62	1	3	32	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
831751--831829	25	3.0	24	75	24	72	62	2	2	32	1.22
831915--831949	12	2.9	12	95	0	61	40	5	8	45	1.58
832282--832317	9	3.9	9	89	7	54	44	0	0	55	0.99
832379--832437	3	19.7	3	100	0	118	66	0	0	33	0.92
834969--835106	29	4.7	29	79	5	134	39	1	10	48	1.47
834969--835106	58	2.4	58	80	3	152	39	1	10	48	1.47
835012--835102	30	3.0	30	83	3	112	43	2	7	46	1.44
836064--836281	81	2.7	81	92	1	348	26	23	12	38	1.90
836234--836761	68	7.8	68	88	0	716	31	23	14	30	1.94
837864--837902	15	2.7	14	84	7	51	20	10	28	41	1.85
837958--837987	4	7.8	4	92	7	53	26	0	0	73	0.84
838228--838365	55	2.5	55	88	1	206	35	19	14	30	1.92
838338--838396	31	1.9	31	96	0	109	44	15	10	30	1.79
838280--838451	86	2.0	86	91	0	281	39	19	11	29	1.87
838366--838494	55	2.3	55	90	0	195	38	19	10	31	1.85
838229--838494	141	1.9	140	89	0	415	37	19	12	31	1.89
838369--838510	55	2.6	55	84	4	162	38	18	9	33	1.82
848742--848797	28	2.0	28	92	0	94	44	16	10	28	1.80
850222--850293	20	3.5	22	83	9	73	27	20	19	31	1.97
850237--850292	21	2.8	20	88	2	76	25	17	23	33	1.96
874767--874822	27	2.1	27	89	0	85	35	25	12	26	1.91
877881--877947	20	3.3	21	76	18	70	46	4	0	49	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879751--879791	12	3.3	12	86	3	55	17	36	26	19	1.94
883750--883780	13	2.3	14	94	5	55	22	29	32	16	1.95
883770--883820	14	3.2	16	91	8	79	9	23	47	19	1.79
883750--883780	7	4.6	7	92	8	55	22	29	32	16	1.95
883777--883825	14	3.3	14	88	8	62	6	22	48	22	1.72
889057--889087	13	2.3	14	94	5	55	38	32	3	25	1.72
890582--890613	16	1.9	17	93	6	57	53	25	9	12	1.68
892696--892739	7	6.6	7	79	10	56	25	25	34	15	1.95
892717--892744	12	2.3	12	100	0	56	14	25	42	17	1.87
892750--892819	10	7.3	9	75	9	59	28	30	27	14	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9