genome.fa.s7817.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007817.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110152_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  465523

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285--335	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
4465--4514	19	2.6	19	93	0	82	44	6	16	34	1.72
9430--9569	26	5.4	26	82	3	174	27	24	14	34	1.94
11326--11363	18	2.1	19	85	5	51	39	21	2	36	1.67
13111--13153	20	2.2	20	84	12	54	30	9	34	25	1.87
15589--15617	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
18600--18784	100	1.8	100	87	3	273	24	16	27	32	1.96
21330--21365	14	2.6	14	90	0	54	33	0	2	63	1.08
22329--22385	14	3.6	16	86	11	57	35	3	0	61	1.13
22332--22385	3	17.0	3	85	11	56	37	1	0	61	1.07
22408--22450	2	21.5	2	90	0	68	48	4	0	46	1.22
22448--22489	21	2.0	21	81	9	50	26	0	2	71	0.98
22463--22487	12	2.1	12	100	0	50	24	0	0	76	0.80
22580--22608	13	2.2	13	100	0	58	20	0	0	79	0.74
23016--23076	6	10.3	6	96	3	115	49	0	0	50	1.00
23016--23076	23	2.6	24	94	5	115	49	0	0	50	1.00
26423--26623	95	2.1	97	88	2	307	35	15	16	32	1.91
27782--28356	81	7.0	81	79	7	633	29	25	20	24	1.99
27782--28350	165	3.5	165	84	4	799	29	24	20	24	1.99
27782--28389	84	7.4	84	79	6	645	29	25	20	25	1.99
28837--30124	4	330.8	4	93	5	2191	49	25	0	24	1.51
29072--29106	2	17.5	2	100	0	70	51	48	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30181--30455	37	7.8	33	79	13	209	44	2	5	46	1.42
30311--30382	31	2.3	30	81	11	83	45	5	2	45	1.41
30438--30480	21	2.0	23	86	9	63	39	2	4	53	1.34
30437--30484	16	2.8	16	82	17	53	37	2	4	56	1.30
30436--30484	21	2.4	21	81	15	59	38	2	4	55	1.31
31474--31502	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
31604--31641	15	2.4	16	95	4	69	18	2	0	78	0.86
32434--32459	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
37228--37271	18	2.4	18	96	0	79	47	6	22	22	1.75
40336--40393	28	2.1	28	100	0	116	34	22	6	36	1.81
46633--46679	13	3.7	13	74	5	51	19	17	2	61	1.44
49886--49949	29	2.1	30	88	5	94	32	17	6	43	1.74
50113--50155	17	2.4	18	80	7	52	44	0	0	55	0.99
50277--50319	17	2.5	17	82	10	52	39	0	6	53	1.28
51549--51843	148	2.0	148	91	1	484	47	9	5	36	1.61
52014--52093	35	2.3	35	86	4	108	35	0	21	43	1.53
52491--52525	18	1.9	18	94	0	61	48	8	42	0	1.33
55725--55785	6	9.5	6	82	10	50	62	1	0	36	1.05
55721--55761	13	3.2	13	86	3	57	73	0	0	26	0.84
57829--57876	20	2.4	20	83	10	62	25	2	2	70	1.09
59009--59075	18	3.6	18	80	7	80	29	16	25	28	1.97
59023--59074	20	2.7	19	85	8	70	30	17	28	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61396--61436	20	2.0	20	90	0	64	36	14	21	26	1.93
62992--63086	23	4.1	23	75	5	84	35	25	22	16	1.95
63037--63094	23	2.5	23	88	0	80	36	25	24	13	1.92
63186--63251	16	3.9	16	75	14	62	45	16	15	22	1.85
64594--64628	18	1.9	18	88	0	52	54	11	5	28	1.59
65921--65951	14	2.2	14	94	0	53	51	0	3	45	1.17
66165--66326	35	4.7	34	91	2	220	24	22	17	36	1.95
66166--66326	69	2.3	68	85	6	218	24	21	17	36	1.94
66418--66499	20	4.1	20	85	0	101	37	14	17	30	1.89
67470--67507	20	1.9	20	100	0	76	23	21	39	15	1.92
67536--67580	20	2.3	20	92	3	74	22	22	31	24	1.99
67802--67841	21	1.9	21	89	0	62	50	10	10	30	1.69
70906--70943	20	1.9	20	94	0	67	23	23	36	15	1.94
70963--71015	19	2.8	19	94	5	90	20	20	35	22	1.96
77174--77270	48	2.0	47	82	6	113	34	18	8	39	1.81
81685--81787	44	2.3	44	83	5	116	26	21	5	46	1.73
81845--81876	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
82048--82086	3	13.0	3	88	0	60	35	0	2	61	1.10
83518--83742	112	2.0	109	80	9	249	37	9	9	44	1.69
84212--84266	28	2.0	28	85	7	76	32	7	1	58	1.36
86564--86607	21	2.1	20	84	16	54	11	18	13	56	1.66
90749--90970	114	1.9	114	94	0	390	33	15	21	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93751--94074	165	2.0	166	90	3	510	35	13	12	38	1.83
94078--94780	76	9.4	76	94	0	1055	25	20	20	33	1.97
94955--94996	3	14.0	3	89	0	66	35	0	2	61	1.09
96453--96492	21	1.9	21	84	0	53	25	5	2	67	1.23
97130--97281	81	1.9	81	83	0	196	28	24	9	38	1.86
98275--98452	92	1.9	92	81	8	211	29	23	15	30	1.96
104921--104974	23	2.3	23	100	0	108	38	0	29	31	1.57
108067--108099	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
108183--108381	81	2.5	81	91	1	310	27	24	10	37	1.87
108153--108383	81	2.9	80	85	3	293	27	25	9	38	1.87
108839--109201	79	4.6	79	88	0	537	30	24	10	34	1.89
109584--109640	22	2.7	21	84	12	80	24	28	17	29	1.97
112321--112369	20	2.5	20	93	0	89	24	14	34	26	1.94
113313--113361	16	3.2	16	75	13	50	28	12	4	55	1.55
117106--117193	23	3.8	23	81	0	95	38	23	21	15	1.92
121958--122004	12	3.9	12	83	10	69	36	0	0	63	0.94
121958--122013	24	2.2	26	87	9	89	35	0	0	64	0.94
124602--124643	22	1.9	22	90	0	66	9	23	42	23	1.83
126771--126822	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
127260--127299	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
142923--142959	12	3.2	12	88	7	58	18	2	0	78	0.87
142928--142985	30	1.9	30	86	6	82	17	5	0	77	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142912--143037	24	5.2	24	69	19	66	23	2	3	70	1.13
143121--143172	20	2.5	22	79	11	58	15	13	1	69	1.28
146599--146627	13	2.3	13	94	5	51	13	6	3	75	1.13
153401--153459	13	4.8	12	79	12	59	81	1	16	0	0.78
153400--153464	7	9.3	7	75	12	62	78	1	18	1	0.91
153296--153431	70	1.9	69	82	8	168	54	11	24	9	1.66
153400--153464	20	3.1	20	75	16	60	78	1	18	1	0.91
156148--156225	3	27.7	3	71	14	51	26	0	2	70	1.00
156238--156270	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
157904--157947	18	2.5	18	88	3	63	43	11	13	31	1.80
163829--163872	21	2.0	21	82	4	52	38	6	18	36	1.77
172415--172461	24	2.0	24	100	0	94	38	17	19	25	1.92
176036--176077	20	2.1	20	90	0	66	16	28	26	28	1.97
176501--176541	14	2.8	15	85	10	50	39	4	4	51	1.45
182394--182474	41	2.0	39	83	11	101	30	9	28	30	1.89
183180--183254	23	3.3	23	83	1	89	22	22	24	30	1.99
187512--187540	13	2.2	13	100	0	58	65	6	20	6	1.40
190587--190946	45	8.0	45	85	3	411	30	23	11	33	1.91
191289--191394	46	2.3	46	86	3	142	31	18	16	33	1.93
197206--197249	23	1.9	23	90	0	70	22	27	25	25	2.00
199897--200049	65	2.4	65	90	3	229	31	21	16	30	1.96
200889--201347	68	6.8	68	92	0	738	29	24	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201994--202047	19	2.6	21	81	18	69	29	18	16	35	1.93
208185--208238	26	2.1	26	92	0	90	20	11	31	37	1.88
212975--213298	41	7.9	40	72	9	181	40	18	9	30	1.83
221501--221604	32	3.3	31	80	9	95	28	21	14	35	1.92
221532--221616	31	2.7	31	83	1	107	28	21	15	35	1.93
222376--222501	45	2.8	45	85	7	157	28	21	8	41	1.83
222611--222812	40	5.1	40	90	0	323	35	26	15	23	1.94
229739--229864	45	2.8	45	86	4	166	29	22	7	40	1.82
229974--230215	40	6.1	40	93	0	412	34	26	15	23	1.95
234708--234778	31	2.4	31	83	4	92	39	8	18	33	1.81

Tables:   1   2   3