genome.fa.s7817.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007817.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110152_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  465523

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236272--236368	39	2.5	38	86	5	131	26	18	25	28	1.98
244468--244501	15	2.3	15	94	0	59	35	5	44	14	1.70
246208--246246	17	2.3	17	95	0	69	46	15	25	12	1.81
249298--249325	14	2.0	14	100	0	56	28	0	0	71	0.86
263005--263096	2	46.5	2	93	2	150	50	1	1	47	1.15
265427--265575	75	2.0	75	94	0	262	41	14	15	28	1.86
267875--267914	3	13.7	3	94	5	73	65	0	0	35	0.93
268139--268480	133	2.6	133	85	3	463	25	18	30	25	1.98
268688--268891	92	2.2	91	81	7	243	46	12	13	27	1.79
268970--269125	66	2.4	63	76	14	163	41	12	12	33	1.81
269000--269127	65	1.9	67	85	3	179	42	13	10	33	1.79
269288--269427	36	3.8	36	79	4	138	34	12	17	35	1.88
269397--269710	107	3.0	103	82	7	409	41	11	16	30	1.83
269674--269813	71	2.0	71	85	4	194	37	10	17	34	1.84
269674--269812	35	4.0	35	81	8	149	38	10	17	33	1.84
270069--270094	11	2.4	11	100	0	52	38	0	11	50	1.39
274067--274118	2	26.5	2	80	3	52	46	1	5	46	1.38
276447--276597	77	2.0	76	90	1	239	42	14	15	27	1.86
278598--278634	3	12.7	3	88	5	58	64	2	0	32	1.07
278859--279200	133	2.6	133	85	3	463	25	18	30	25	1.98
279569--279647	27	2.9	26	80	16	88	48	16	8	26	1.75
279393--279611	92	2.4	91	80	9	252	45	13	12	27	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279725--279846	65	1.9	65	84	3	165	41	13	11	32	1.81
279808--279880	38	1.9	38	83	5	94	35	10	10	42	1.75
280005--280108	36	2.9	36	85	0	145	33	12	17	36	1.87
280116--280449	108	3.2	103	80	6	402	41	11	16	30	1.83
280394--280534	36	3.9	36	82	6	153	39	10	17	32	1.84
280394--280535	71	2.0	71	83	4	178	39	10	16	33	1.83
280789--280814	11	2.4	11	100	0	52	38	0	11	50	1.39
284613--284650	2	19.5	2	89	5	51	52	2	0	44	1.14
288796--288847	3	17.7	3	96	4	97	65	0	0	34	0.93
289075--289416	133	2.6	132	84	4	452	25	18	30	25	1.98
289785--289863	27	2.9	26	80	16	88	48	16	8	26	1.75
289609--289827	92	2.4	91	80	9	252	45	13	12	27	1.80
289936--290063	65	1.9	67	84	3	170	42	13	11	32	1.80
290222--290362	36	3.9	36	79	3	122	34	13	17	35	1.88
290332--290664	107	3.2	103	79	6	393	41	11	16	30	1.83
290222--290738	212	2.4	211	73	10	532	39	11	16	31	1.85
290609--290740	36	3.7	36	83	6	153	41	11	18	28	1.85
291003--291028	11	2.4	11	100	0	52	38	0	11	50	1.39
295824--295972	75	2.0	75	95	0	271	40	14	17	28	1.88
298292--298383	3	31.0	3	81	10	109	63	1	2	33	1.14
298584--298674	42	2.2	42	90	4	139	17	13	19	49	1.79
298899--298984	35	2.4	36	78	16	99	51	1	0	47	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299010--299071	26	2.4	26	77	17	76	45	0	4	50	1.23
299296--299348	21	2.5	21	93	0	88	22	24	16	35	1.95
299338--299491	20	7.7	20	89	5	222	39	21	20	18	1.92
299495--299536	20	2.1	20	100	0	84	33	23	19	23	1.97
299590--299682	20	4.7	20	91	2	134	37	20	20	21	1.94
299649--299735	20	4.3	20	92	2	113	32	26	19	21	1.97
299399--299794	199	2.0	191	94	4	686	33	21	18	26	1.96
303055--303163	20	5.5	19	82	10	130	35	23	22	18	1.95
303055--303162	40	2.7	40	87	5	155	36	24	21	18	1.95
303135--303230	33	2.9	34	81	6	106	44	18	20	15	1.86
303245--303312	33	2.0	34	91	2	111	13	22	17	47	1.82
304867--304977	42	2.7	41	75	8	109	22	18	37	20	1.94
305457--305565	20	5.4	20	91	0	164	38	22	19	19	1.93
305610--305716	20	5.3	20	93	0	133	21	18	22	37	1.94
305610--305716	40	2.7	40	89	0	151	21	18	22	37	1.94
305755--305806	20	2.6	20	90	0	77	19	17	23	40	1.91
307690--307759	20	3.5	20	83	9	99	52	21	12	12	1.72
308095--308160	22	3.0	22	84	0	87	22	15	36	25	1.93
308339--308551	20	10.6	20	79	4	205	23	20	18	38	1.94
308331--308513	60	3.0	59	87	3	249	23	18	18	39	1.92
308339--308551	40	5.3	40	85	2	230	23	20	18	38	1.94
308548--308593	21	2.2	21	92	0	74	39	17	26	17	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
309105--309154	20	2.5	20	96	0	91	34	16	8	42	1.77
309137--309209	15	4.9	15	77	3	76	35	19	4	41	1.70
309105--309163	20	3.0	20	89	0	64	33	16	6	42	1.75
309137--309209	30	2.5	30	90	2	112	35	19	4	41	1.70
310543--310597	27	2.0	27	96	0	101	32	16	25	25	1.96
313137--313164	13	2.2	13	100	0	56	14	21	7	57	1.61
322052--322293	49	4.9	48	84	5	272	27	18	13	40	1.88
329127--329367	49	4.9	49	85	0	275	24	19	14	41	1.89
337055--337095	18	2.2	18	91	4	64	73	2	12	12	1.20
338011--338053	20	2.3	19	84	8	52	27	2	9	60	1.40
340688--340739	21	2.5	21	93	0	86	21	25	13	40	1.89
340779--340854	20	3.8	20	92	1	127	19	21	14	44	1.86
340759--340886	40	3.2	39	80	8	143	24	21	14	40	1.89
341043--341080	15	2.4	16	86	4	51	28	5	2	63	1.30
341885--342037	64	2.4	64	85	3	202	50	14	1	32	1.54
343385--343473	21	4.2	21	79	2	90	19	21	37	22	1.95
343391--343507	42	2.8	42	85	0	144	24	17	35	22	1.95
343400--343503	21	4.9	20	77	10	77	25	17	33	24	1.96
343878--343927	21	2.4	21	93	0	82	32	28	14	26	1.94
345986--346025	22	1.9	21	90	10	64	25	12	42	20	1.86
345992--346043	22	2.4	22	86	0	68	25	13	40	21	1.89
348052--348116	20	3.2	20	89	8	105	36	23	21	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
347952--348116	40	4.1	41	72	11	128	32	24	17	24	1.97
348749--348847	40	2.5	39	85	3	119	30	9	22	38	1.85
350129--350343	20	10.7	21	86	2	232	22	22	22	32	1.98
350129--350343	60	3.6	60	85	6	265	22	22	22	32	1.98
350329--350369	21	2.0	21	85	0	55	31	12	24	31	1.92
350933--351442	254	2.0	258	90	2	814	28	13	18	39	1.88
351760--351806	18	2.7	18	83	3	60	27	27	6	38	1.81
357767--357834	3	23.0	3	73	8	50	38	4	2	54	1.36
357767--357844	25	3.0	25	78	12	77	42	3	2	51	1.34
361481--361523	14	3.1	14	82	0	59	27	16	2	53	1.55
362621--362704	44	1.9	44	100	0	168	38	15	32	14	1.87
366533--366565	2	16.5	2	93	0	57	51	0	48	0	1.00
376437--376520	43	2.0	43	95	0	150	14	14	32	39	1.86
377938--377969	12	2.5	13	95	5	57	15	0	0	84	0.63
378451--378489	18	2.1	18	85	4	51	28	10	20	41	1.85
387728--387825	7	14.0	7	80	0	115	44	35	1	18	1.57
388138--388170	17	1.9	17	88	11	50	57	15	12	15	1.65
392754--392821	7	9.7	7	76	6	57	47	32	0	20	1.51
395660--395740	41	2.0	41	92	0	135	45	8	17	28	1.78
396750--396818	35	1.9	36	85	8	97	40	1	4	53	1.30
397366--397390	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
398099--398137	20	2.0	20	100	0	78	12	20	51	15	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
399462--399830	131	2.8	131	87	1	497	30	10	17	40	1.84
401237--401283	17	2.8	17	93	0	76	17	12	6	63	1.48
405855--405879	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
407544--407643	42	2.4	42	76	1	103	26	23	21	30	1.99
407544--408628	254	4.3	253	83	4	1319	33	15	17	34	1.91
407544--408633	507	2.1	509	84	4	1396	33	15	17	34	1.91
408885--408918	15	2.3	15	94	0	59	35	5	0	58	1.22
409245--409279	18	2.1	16	89	10	52	77	0	17	5	0.96
415932--415970	21	1.9	20	89	5	60	66	20	0	12	1.24
417602--417641	14	2.7	15	81	14	55	40	5	20	35	1.74

Tables:   1   2   3