genome.fa.s7824.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007824.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110162_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  895964

Tables:   1   2   3   4   

This is table  2  of  4  ( 464 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223844--223877	17	2.0	17	88	0	50	14	0	32	52	1.42
226147--226259	60	1.9	60	83	10	151	35	15	11	37	1.84
228240--228326	31	2.8	31	92	0	147	56	8	8	27	1.56
232230--232274	24	1.9	23	95	4	81	60	4	4	31	1.37
236982--237147	43	3.9	43	79	1	163	24	19	22	33	1.97
236971--237158	86	2.2	86	81	1	207	25	20	22	31	1.98
237687--237735	21	2.3	21	86	6	73	2	32	22	42	1.65
245575--245760	41	4.5	40	78	6	147	36	22	15	25	1.94
253609--253638	13	2.3	13	100	0	60	60	26	13	0	1.34
253610--253642	13	2.8	12	90	9	50	63	21	15	0	1.30
260002--260040	18	2.1	18	85	9	51	66	0	20	12	1.24
267857--267989	61	2.2	61	97	1	248	27	12	18	41	1.87
276282--276372	30	3.0	30	84	9	130	54	6	9	28	1.58
276282--276372	31	3.0	30	85	6	112	54	6	9	28	1.58
280141--280527	183	2.1	183	92	2	645	46	8	2	42	1.48
281030--281078	25	2.0	25	100	0	98	24	22	4	48	1.67
281082--281119	19	2.1	19	85	5	51	39	5	0	55	1.23
281194--281267	32	2.3	33	81	6	89	14	10	31	43	1.80
281263--281315	16	3.3	16	83	0	61	15	5	35	43	1.70
282293--282430	64	2.2	64	85	2	179	28	16	26	28	1.97
282751--283552	215	3.8	211	89	5	1166	50	7	11	30	1.67
283575--283661	2	43.0	2	69	15	54	45	3	4	45	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283582--283649	20	3.3	21	70	15	61	47	4	4	44	1.43
283578--283669	42	2.1	45	88	8	136	44	3	5	46	1.42
283602--283669	22	3.2	21	74	15	68	41	2	7	48	1.46
283755--283792	11	3.5	11	88	0	58	50	2	2	44	1.30
283897--283936	21	2.0	20	95	5	71	22	0	27	50	1.50
283944--283981	20	1.9	20	94	0	67	39	5	0	55	1.23
283927--284014	27	3.3	27	77	13	76	37	6	1	54	1.35
284047--284195	2	70.0	2	65	18	52	42	8	3	45	1.50
283978--284120	33	4.3	32	75	16	123	40	9	4	45	1.57
284135--284194	20	3.0	20	85	4	77	45	5	1	48	1.34
284047--284195	53	2.7	55	82	10	189	42	8	3	45	1.50
284271--284492	18	12.4	18	71	15	158	45	7	6	41	1.57
284297--284495	58	3.7	52	81	11	224	44	7	6	41	1.57
284364--284481	33	3.8	33	74	17	135	44	7	6	41	1.59
284289--284525	109	2.2	112	84	8	323	45	6	5	42	1.52
284278--284525	18	13.4	18	66	21	72	45	6	5	42	1.52
284479--284529	24	2.1	24	85	10	68	50	3	0	45	1.20
284558--284687	61	2.1	61	85	2	172	50	3	8	37	1.48
287338--287364	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
287496--287533	13	2.8	13	82	17	51	60	0	2	36	1.11
287512--287601	18	4.8	18	72	12	65	57	2	4	35	1.31
287512--287557	19	2.5	18	79	6	56	56	0	8	34	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
287549--287606	18	3.1	19	74	18	66	56	3	0	39	1.16
289282--289324	19	2.1	22	83	12	56	46	2	2	48	1.27
298096--298272	31	5.7	31	93	0	246	38	3	15	41	1.66
298096--298280	62	3.0	62	87	0	271	37	4	17	41	1.69
308944--309020	36	2.1	36	90	0	118	35	11	33	19	1.88
310395--310466	31	2.3	31	80	0	90	43	9	5	41	1.61
312894--312938	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
312906--313220	149	2.1	149	95	1	569	34	20	16	28	1.95
313409--313521	53	2.1	53	100	0	226	31	26	3	38	1.73
314737--314781	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
319149--319210	29	2.2	30	85	8	85	53	20	0	25	1.46
326752--326777	12	2.2	12	100	0	52	34	0	7	57	1.27
329301--329357	16	3.2	18	78	14	64	47	0	8	43	1.34
329309--329358	16	2.8	18	82	14	68	50	0	6	44	1.26
329309--329358	18	2.8	18	76	14	59	50	0	6	44	1.26
339053--339104	15	3.3	15	74	10	59	25	36	21	17	1.94
339049--339115	32	2.1	32	91	0	107	26	34	22	16	1.95
340210--340265	2	29.0	2	92	7	98	51	0	0	48	1.00
341387--341434	3	16.3	3	95	4	89	33	0	0	66	0.92
343994--344036	16	2.6	17	78	14	54	51	4	30	13	1.62
348216--348332	36	3.2	36	87	1	162	31	18	11	38	1.86
348357--348469	36	3.1	36	87	0	154	29	19	11	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
348236--348799	137	4.2	136	87	3	800	28	18	10	41	1.84
348542--348697	36	4.7	32	71	21	92	29	19	9	41	1.83
348359--348571	36	6.1	35	71	15	111	29	17	10	43	1.82
348615--348717	36	3.0	35	81	5	111	25	17	12	44	1.84
348699--348865	67	2.5	66	79	4	183	30	17	10	40	1.84
348731--348881	68	2.2	68	82	3	178	33	17	9	38	1.83
349614--349680	2	35.0	2	85	8	95	47	0	0	52	1.00
355022--355060	18	2.2	18	95	4	71	33	0	2	64	1.08
355535--355585	23	2.2	23	96	0	93	13	23	33	29	1.93
361418--361580	80	2.0	79	81	9	188	34	3	5	56	1.38
362419--362752	168	2.0	168	100	0	668	33	8	26	31	1.86
368118--368158	6	6.8	6	100	0	82	48	34	17	0	1.47
379349--379374	10	2.6	10	100	0	52	23	0	0	76	0.78
379452--379521	31	2.3	30	85	2	95	31	20	22	25	1.98
393155--393204	3	16.7	3	82	0	55	6	30	26	38	1.80
393148--393182	18	1.9	18	88	0	52	14	25	20	40	1.90
393152--393204	12	4.2	12	82	7	61	7	30	24	37	1.83
396145--396219	32	2.3	32	81	2	96	69	13	8	9	1.36
413487--413515	11	2.6	11	100	0	58	27	17	44	10	1.81
419473--419523	3	17.3	3	95	4	95	68	0	0	31	0.90
419688--419943	40	6.0	41	66	15	124	24	18	31	25	1.97
419705--420065	134	2.7	134	85	2	456	25	18	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
420094--420173	28	2.9	28	88	3	108	43	16	16	23	1.87
420094--420190	28	3.4	28	83	9	97	41	14	18	25	1.89
420310--420442	38	3.8	34	74	13	101	38	12	15	33	1.86
420524--420680	66	2.4	67	86	4	212	40	10	15	34	1.81
420582--420892	66	4.8	64	72	16	205	42	10	14	32	1.80
420739--420904	68	2.5	66	81	11	196	43	12	13	30	1.81
420856--420921	30	2.2	31	86	2	89	36	10	10	42	1.74
420891--421040	61	2.5	62	87	8	211	42	14	12	31	1.81
421013--421081	28	2.5	28	82	13	97	47	15	11	24	1.79
421307--421442	36	3.9	35	86	6	188	36	9	19	34	1.84
421307--421616	72	4.5	68	69	16	208	37	10	17	34	1.84
421291--421466	36	4.9	35	82	9	187	38	9	19	32	1.84
421494--421642	36	4.0	37	77	11	119	36	12	18	32	1.88
421965--422023	4	14.8	4	86	13	86	23	1	25	49	1.60
423171--423228	19	2.8	22	75	20	61	3	17	5	74	1.15
423167--423244	31	2.7	28	78	11	86	2	16	6	74	1.14
423171--423228	10	5.5	11	78	17	61	3	17	5	74	1.15
423192--423252	11	5.2	12	73	15	56	1	16	3	78	0.96
423836--423876	20	2.0	20	95	0	73	36	12	19	31	1.89
431797--432277	241	2.0	241	95	0	854	31	18	15	34	1.93
433041--433080	21	1.9	21	85	10	55	30	22	17	30	1.97
436534--436687	76	2.0	76	96	0	281	37	14	20	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
451329--451370	17	2.4	18	84	8	59	4	4	23	66	1.30
457139--457471	177	1.9	176	91	1	542	39	11	17	31	1.86
460335--460404	27	2.6	27	93	2	113	42	20	12	24	1.86
466363--466425	23	2.7	23	85	0	90	15	23	26	33	1.95
467134--467432	149	2.0	149	100	0	598	27	11	24	36	1.90
468716--469190	236	2.0	236	96	0	878	29	13	21	34	1.92
469466--469513	2	25.0	2	91	8	82	50	0	0	50	1.00
469898--469980	26	3.2	26	64	16	64	51	7	2	38	1.43
469898--469997	51	1.9	52	85	2	139	56	6	2	36	1.36
469977--470009	15	2.2	15	100	0	66	78	0	0	21	0.75

Tables:   1   2   3   4