genome.fa.s7824.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007824.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110162_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  895964

Tables:   1   2   3   4   

This is table  4  of  4  ( 464 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
709908--709943	19	1.9	18	88	5	54	33	19	0	47	1.50
716409--716461	21	2.5	21	90	0	79	22	26	16	33	1.96
716451--716543	20	4.7	20	95	0	168	40	19	19	20	1.91
716741--716806	22	3.0	22	81	0	87	24	37	16	21	1.93
717174--717223	20	2.5	20	90	0	73	18	18	28	36	1.94
717191--717245	20	2.8	20	91	0	83	10	16	23	49	1.77
717210--717253	20	2.2	20	87	0	61	13	13	20	52	1.74
719121--719273	20	8.3	20	75	19	109	41	21	18	18	1.91
719211--719287	20	3.8	20	91	0	91	35	20	19	24	1.96
719278--719353	33	2.3	34	81	2	91	13	17	22	47	1.81
719834--719937	21	5.0	21	77	3	75	23	35	17	24	1.95
721326--721361	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
721439--721512	33	2.2	34	92	2	123	14	21	18	44	1.86
721456--721520	33	2.0	33	90	0	103	16	21	20	41	1.90
721504--721634	20	6.6	20	90	5	203	18	22	25	34	1.96
724039--724092	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
724039--724106	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
724937--724980	20	2.2	20	91	0	70	22	20	27	29	1.99
724967--725274	20	15.6	20	76	8	292	21	20	19	37	1.94
724967--725274	41	7.8	40	76	10	312	21	20	19	37	1.94
725014--725274	61	4.4	60	81	12	290	21	21	19	37	1.95
725013--725152	72	1.9	72	95	0	253	22	20	19	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
724993--725276	102	3.0	92	76	12	266	22	20	19	37	1.94
725265--725337	21	3.5	21	94	0	119	38	16	27	17	1.91
728709--728733	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
732488--732541	26	2.2	25	86	6	74	46	5	7	40	1.55
743773--743951	54	3.3	54	85	3	216	23	24	26	25	2.00
744302--744375	38	1.9	38	88	0	112	27	9	12	51	1.70
744926--744970	23	2.0	23	90	0	72	46	11	24	17	1.81
746080--746113	18	1.9	17	88	5	50	32	2	0	64	1.08
758634--758753	35	3.3	36	89	5	181	43	20	5	31	1.73
758685--758745	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
758636--758780	35	4.1	36	83	11	142	41	19	6	33	1.76
763248--763392	35	4.1	35	92	2	229	44	19	4	31	1.72
763263--763426	70	2.3	70	86	7	217	43	18	6	32	1.74
768647--768676	13	2.3	13	100	0	60	33	0	6	60	1.23
778973--779022	20	2.5	20	78	12	57	30	34	12	24	1.91
779034--779078	21	2.1	21	95	0	81	24	22	15	37	1.93
779041--779086	21	2.2	21	84	0	56	30	19	17	32	1.95
779107--779222	20	5.8	20	80	2	133	43	21	13	21	1.87
781054--781107	24	2.2	24	93	0	90	40	16	18	24	1.90
781054--781121	24	2.8	24	84	0	64	38	16	17	27	1.91
781853--781889	16	2.4	16	86	8	51	64	0	5	29	1.15
782038--782151	20	5.7	20	77	7	97	24	13	23	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
782078--782275	20	9.9	19	76	12	141	20	16	23	39	1.91
782119--782326	100	2.1	101	89	0	303	21	17	23	38	1.93
782280--782325	20	2.3	20	96	0	83	21	19	23	34	1.96
782179--782325	40	3.7	39	67	20	90	22	17	22	37	1.94
782313--782363	20	2.5	21	78	9	61	23	13	29	33	1.93
782167--782371	100	2.0	100	85	3	270	22	16	23	37	1.93
786729--786757	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
786858--786942	21	4.2	19	73	18	57	75	2	8	14	1.13
786866--786943	22	3.2	25	78	18	76	75	1	8	14	1.10
786909--786945	16	2.4	16	95	4	67	83	0	5	10	0.79
787080--787134	15	3.9	14	77	15	51	72	1	3	21	1.09
786960--787130	80	2.2	80	93	5	294	66	2	7	23	1.29
787444--787474	13	2.5	13	94	5	55	0	48	0	51	1.00
787932--787966	18	1.9	18	94	0	61	11	31	17	40	1.85
788237--788381	36	4.2	33	78	11	121	48	6	2	43	1.39
788231--788381	70	2.2	69	85	10	202	48	5	1	43	1.38
788257--788599	36	9.8	36	74	21	220	46	6	3	44	1.46
788335--788527	98	1.9	98	80	11	223	44	6	4	45	1.48
788446--788598	34	4.2	36	83	11	181	44	7	3	44	1.49
788477--788608	70	1.9	68	80	9	149	46	8	3	40	1.52
797822--797888	18	3.6	18	80	11	80	44	2	28	23	1.68
797852--797894	21	2.0	21	100	0	86	37	4	27	30	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803455--803515	32	1.9	32	86	0	86	37	9	6	45	1.63
815726--815784	23	2.6	23	94	0	109	23	37	10	28	1.88
820818--820847	15	1.9	16	93	6	53	66	10	3	20	1.35
822689--823046	134	2.7	134	87	1	477	25	18	29	26	1.98
823613--823677	31	2.1	30	83	11	78	40	12	15	32	1.84
823763--823983	120	1.8	120	80	7	270	43	10	14	31	1.80
824130--824252	66	1.9	65	86	5	176	40	16	11	31	1.84
824315--824373	31	1.9	31	96	3	111	44	11	13	30	1.80
824411--824515	36	2.9	37	82	2	140	34	13	16	36	1.87
824488--824825	104	3.3	102	77	14	352	39	11	16	32	1.84
827079--827119	20	2.0	20	90	0	64	41	12	19	26	1.87
827779--827817	20	2.0	20	89	0	60	56	12	15	15	1.68
830246--830275	15	1.9	16	93	6	53	66	10	3	20	1.35
831934--831994	14	4.2	14	83	12	70	55	1	1	40	1.19
832070--832162	39	2.4	39	85	3	125	39	18	9	32	1.83
832394--832444	25	2.0	25	96	0	93	47	7	13	31	1.72
862473--862504	3	10.7	3	100	0	64	34	31	0	34	1.58
874937--875027	43	2.1	42	84	6	112	36	32	13	17	1.88
875161--875557	167	2.4	167	96	1	733	35	10	7	46	1.67
878131--878190	22	2.7	22	87	7	86	53	0	5	41	1.23
880842--880903	27	2.2	26	76	20	63	19	27	3	50	1.63
887804--888039	111	2.1	110	89	2	357	27	14	14	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
889211--889269	32	1.9	32	86	6	86	32	25	8	33	1.86
889180--889372	100	1.9	100	79	11	214	38	27	9	24	1.86
889274--889352	33	2.4	33	89	0	113	41	32	11	13	1.81
890293--890340	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
890717--890768	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
890727--890789	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
891183--891271	39	2.3	39	90	0	142	19	12	19	49	1.79
891530--891566	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
891861--891911	25	2.0	25	88	0	75	41	19	5	33	1.76
892178--892229	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
892188--892250	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
892532--892597	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
894755--894936	91	2.0	90	98	1	355	30	14	16	38	1.89
894961--895005	18	2.4	19	92	7	83	20	17	8	53	1.70
895125--895170	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
895234--895676	226	2.0	224	92	3	739	39	7	8	44	1.62

Tables:   1   2   3   4

The End!