genome.fa.s7833.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007833.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110177_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  816380

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171--250	29	2.8	29	67	16	76	43	20	5	31	1.73
766--855	32	2.8	32	81	5	94	32	14	43	10	1.78
969--1045	39	2.0	39	82	10	95	45	0	0	54	0.99
9331--9403	27	2.7	27	91	0	119	35	23	16	24	1.95
9636--9785	78	1.9	77	87	2	221	42	8	16	33	1.78
10356--10439	32	2.6	32	90	3	134	53	5	2	38	1.38
18222--18259	20	1.9	20	88	0	58	31	15	23	28	1.96
22215--22249	15	2.2	16	90	5	54	48	0	0	51	1.00
22495--22588	26	3.4	26	79	10	80	55	0	2	42	1.12
22495--22556	31	2.0	31	87	6	90	58	0	1	40	1.08
22495--22581	31	2.9	30	75	16	83	56	0	2	41	1.12
22548--22634	24	3.5	24	82	13	88	52	0	4	42	1.21
26201--26309	54	2.0	54	100	0	218	27	16	18	37	1.92
28219--28274	15	3.6	15	79	9	67	42	12	12	32	1.80
28222--28272	17	3.1	17	77	11	61	43	11	9	35	1.75
28669--28723	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
28709--28807	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
28802--28841	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
32905--32962	29	2.0	29	100	0	116	48	10	17	24	1.78
37221--37296	37	2.1	37	100	0	152	21	21	42	15	1.89
38147--38184	19	2.0	19	89	0	58	31	0	15	52	1.43
38031--38217	74	2.5	75	82	4	214	30	1	11	57	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38122--38247	64	2.0	64	87	6	184	30	0	12	56	1.37
38884--38914	16	1.9	16	93	0	53	35	3	0	61	1.12
41827--41862	14	2.5	14	90	4	54	19	13	0	66	1.24
41856--41886	11	2.8	11	95	0	53	19	0	0	80	0.71
44245--44320	22	3.5	22	80	7	82	32	25	17	25	1.96
45533--45579	21	2.2	21	84	0	58	63	8	10	17	1.49
51697--51737	17	2.4	17	87	0	55	48	9	7	34	1.64
52344--52432	28	3.1	28	65	15	74	32	10	7	49	1.65
52326--52437	57	2.0	57	94	3	201	31	9	8	50	1.66
56432--56461	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
56632--56689	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
58830--58861	17	1.9	17	93	6	57	65	0	0	34	0.93
58990--59030	16	2.5	17	84	11	59	58	0	0	41	0.98
60639--60721	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
65391--65473	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
74440--74572	29	4.4	29	73	9	115	23	36	24	15	1.94
74438--74586	62	2.5	62	81	8	175	22	36	24	16	1.94
75090--75130	17	2.5	17	84	11	50	65	0	29	4	1.13
75252--75295	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
75272--75325	28	1.9	28	96	0	99	29	0	12	57	1.36
78172--78998	49	15.3	49	85	12	864	40	0	12	46	1.43
78171--78782	60	10.1	59	73	15	432	40	0	12	46	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78168--78308	21	7.0	21	63	19	68	40	0	14	45	1.45
78232--78949	109	6.6	108	85	8	903	40	0	12	46	1.43
78491--78593	35	3.2	34	64	25	89	41	0	11	46	1.40
78537--78625	21	4.4	20	66	17	58	41	0	13	44	1.43
78660--78762	35	3.2	35	64	25	100	40	0	11	47	1.40
78763--79002	58	4.2	58	83	12	329	40	0	12	46	1.45
78884--78998	48	2.3	49	92	2	187	40	0	11	47	1.39
78970--79017	14	3.6	14	81	16	66	35	0	16	47	1.47
81324--81372	22	2.2	22	96	0	89	38	14	2	44	1.56
81316--81441	30	4.4	30	74	21	103	46	11	1	41	1.49
81666--81720	18	3.4	18	65	31	52	52	9	0	38	1.33
81740--81811	38	2.0	37	86	13	105	48	9	0	41	1.36
81836--81900	28	2.3	29	82	10	82	46	15	1	36	1.55
81982--82019	9	4.2	9	83	10	51	65	2	0	31	1.06
82215--82250	11	3.2	11	84	7	54	38	19	22	19	1.93
82322--82405	29	2.9	28	89	7	123	16	30	28	23	1.96
82437--82558	60	2.0	60	98	0	235	23	42	20	13	1.87
82533--82597	29	2.2	28	86	10	94	20	38	27	13	1.90
82545--82604	29	2.1	29	100	0	120	16	41	26	15	1.88
93961--93985	12	2.1	12	100	0	50	60	8	8	24	1.52
96930--96975	3	15.0	3	90	4	74	63	0	0	36	0.95
97136--97922	76	10.3	76	95	0	1360	34	22	19	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97863--98232	184	2.0	185	97	0	697	39	15	14	31	1.86
98784--98838	22	2.5	22	90	0	92	40	12	10	36	1.79
101287--101507	115	1.9	114	89	0	343	29	20	16	33	1.95
103769--103798	13	2.2	14	94	5	53	0	16	0	83	0.65
114610--114651	20	2.0	21	90	4	68	35	14	9	40	1.78
121335--121375	15	2.7	16	92	7	68	0	39	0	60	0.96
123961--124042	42	2.0	42	92	4	139	35	12	10	41	1.78
141552--141594	21	2.0	21	86	8	61	23	23	18	34	1.96
142568--142651	23	3.7	23	88	0	123	20	27	25	27	1.99
146673--146738	31	2.1	31	83	5	80	30	19	18	31	1.96
146726--146940	30	7.1	30	96	0	394	23	22	22	31	1.99
149358--149400	21	2.0	21	91	8	70	23	25	18	32	1.97
150374--150457	23	3.7	23	91	0	132	19	27	26	27	1.99
154292--154328	19	1.9	19	100	0	74	16	13	32	37	1.87
160854--161066	105	2.0	105	90	0	336	30	23	23	22	1.99
179588--180427	120	7.0	118	78	5	659	23	23	17	35	1.95
179596--180427	240	3.5	236	78	6	820	23	23	17	35	1.95
179596--180427	360	2.3	360	81	4	901	23	23	17	35	1.95
186659--186711	24	2.2	24	89	0	79	18	13	9	58	1.61
186662--186726	14	4.9	14	70	14	57	16	13	12	56	1.66
186891--186938	10	4.8	10	76	0	51	16	12	12	58	1.63
186891--186986	20	4.4	20	75	16	102	12	12	16	58	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186899--186999	23	4.5	23	81	8	136	10	12	18	57	1.64
186909--187020	47	2.4	47	86	0	161	10	14	18	56	1.67
191169--191283	31	3.7	31	89	3	169	25	18	21	34	1.96
192649--192799	67	2.3	67	89	4	225	30	28	26	14	1.95
193275--193578	149	2.0	149	98	0	590	27	15	20	36	1.93
193557--193601	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
199678--199788	47	2.4	47	92	0	186	32	26	24	17	1.96
199771--199808	20	1.9	20	94	0	67	21	31	39	7	1.82
200421--200465	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
201184--201240	22	2.6	22	82	0	69	17	19	19	43	1.88
204081--204143	29	2.1	31	88	5	94	61	0	7	30	1.24
204286--204328	22	2.0	22	100	0	86	37	30	0	32	1.58
205485--205524	2	20.5	2	89	5	64	47	0	0	52	1.00
205467--205518	23	2.3	23	84	12	65	50	1	0	48	1.12
207781--207812	13	2.5	13	100	0	64	6	46	6	40	1.54
208112--208170	31	1.9	31	82	0	73	47	1	3	47	1.29
211605--211641	18	2.1	17	90	5	56	72	5	2	18	1.15
216254--216317	6	11.0	6	83	6	87	15	37	15	31	1.89
216259--216317	23	2.6	23	97	0	109	15	38	15	30	1.88
216254--216317	29	2.2	29	86	5	85	15	37	15	31	1.89
218316--218351	17	2.1	17	89	0	54	30	8	2	58	1.42
223494--223552	21	2.7	22	73	5	66	22	25	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223541--223675	20	6.7	20	81	5	103	31	21	20	25	1.98
223537--223675	40	3.5	40	85	3	172	31	21	20	25	1.98
223537--223675	60	2.3	60	78	8	156	31	21	20	25	1.98
224488--224541	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
226803--226837	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
227015--227295	20	14.7	20	76	10	230	37	21	18	22	1.95
227154--227339	73	2.5	73	85	3	230	38	21	17	22	1.93
228451--228487	18	2.1	18	100	0	74	16	16	10	56	1.66
229189--229213	13	1.9	13	100	0	50	80	0	8	12	0.92
229194--229258	18	3.7	18	72	12	62	73	0	4	21	1.00

Tables:   1   2   3   4