genome.fa.s7837.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007837.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110186_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1003650

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1223--1548	19	18.4	19	81	15	414	46	18	20	14	1.83
1223--1548	33	9.2	34	82	13	321	46	18	20	14	1.83
1254--1586	161	2.1	156	92	4	551	46	17	21	15	1.84
1251--1570	52	6.0	52	92	4	541	46	17	21	14	1.83
1577--1659	20	4.6	19	81	15	113	14	24	18	43	1.87
1764--1800	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
3742--3834	33	2.8	33	93	0	159	46	21	21	10	1.81
3705--3839	19	7.6	19	76	16	128	45	23	20	11	1.83
3761--3817	14	3.7	14	75	20	51	43	22	22	10	1.84
3835--3963	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
3835--3926	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
4007--4476	92	5.1	93	97	1	894	46	18	12	22	1.83
4007--4476	185	2.5	186	97	1	894	46	18	12	22	1.83
6180--6269	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
6172--6286	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
6179--6291	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
6303--6357	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
6287--6357	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
6298--6379	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
6310--6398	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
6477--6547	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
6728--6782	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6927--7119	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
6927--7119	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
7175--7226	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
12444--12526	42	2.0	43	92	2	141	30	15	13	40	1.85
14122--14147	12	2.2	12	100	0	52	34	7	15	42	1.75
37536--37694	30	5.4	29	78	12	130	38	6	1	53	1.37
37555--37679	31	4.1	30	81	9	137	39	7	1	52	1.39
37530--37679	62	2.4	59	78	9	151	38	6	2	52	1.42
37651--37703	25	2.1	25	89	0	79	41	3	0	54	1.18
41007--41045	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
49869--49914	18	2.6	18	93	6	76	17	45	21	15	1.85
55272--55500	55	4.2	55	91	0	370	34	13	16	35	1.87
55272--55532	110	2.4	109	88	1	378	35	13	16	34	1.88
55569--55768	45	4.4	45	90	0	292	40	14	21	24	1.90
56898--56981	41	2.0	41	93	0	141	36	21	15	26	1.93
60589--60681	24	3.9	24	73	0	69	22	13	17	46	1.83
60849--60881	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
66205--66268	23	2.8	23	68	17	60	45	7	4	42	1.54
66376--66434	25	2.5	24	80	5	66	62	1	0	35	1.05
67196--67245	23	2.2	23	92	0	82	38	8	22	32	1.83
67159--67321	87	1.9	87	90	0	263	43	10	13	32	1.78
67322--67845	200	2.6	196	84	5	651	32	15	13	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68078--68129	15	3.5	15	83	0	68	11	65	11	11	1.48
70981--71041	29	2.1	29	96	0	113	13	24	42	19	1.87
71075--71113	21	1.9	21	89	5	62	30	23	25	20	1.98
78271--78354	24	3.5	24	80	9	109	17	25	39	17	1.92
78346--78409	19	3.3	19	81	12	60	28	28	26	17	1.97
78372--78430	20	2.9	21	83	14	79	30	23	27	18	1.98
78365--78429	30	2.2	28	86	13	87	29	26	27	16	1.97
78372--78430	10	5.9	10	77	18	61	30	23	27	18	1.98
79894--79972	38	2.1	38	97	0	149	45	10	5	39	1.60
80142--80183	22	2.0	21	85	4	57	42	7	2	47	1.43
84711--84757	24	2.0	24	91	0	76	36	21	6	36	1.79
85219--86876	318	5.2	323	85	3	2093	38	17	14	29	1.90
88077--88129	27	2.0	26	82	10	63	45	7	13	33	1.71
90779--91124	169	2.0	169	98	0	674	37	19	19	23	1.94
90957--91880	325	2.9	324	87	3	1317	38	17	15	28	1.91
93082--93134	27	2.0	26	82	10	63	45	7	13	33	1.71
93186--94480	318	4.0	321	82	7	1419	38	18	15	28	1.91
94012--94063	23	2.3	23	93	0	86	46	23	19	11	1.82
95637--95689	27	2.0	26	82	10	63	45	7	13	33	1.71
97803--97848	24	1.9	24	95	0	83	32	23	13	30	1.93
98516--98569	27	2.0	27	82	7	65	42	7	12	37	1.72
98634--98662	11	2.5	12	88	11	51	20	0	6	72	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100268--100320	27	2.0	26	82	10	63	45	7	13	33	1.71
101938--102008	3	23.0	3	79	11	72	28	4	2	64	1.26
106088--106121	18	1.9	18	88	5	52	50	0	20	29	1.49
111250--111283	18	1.9	18	88	5	52	50	0	20	29	1.49
115900--115965	32	2.0	32	82	8	78	18	21	9	51	1.73
116975--117040	32	2.0	32	82	8	78	18	21	9	51	1.73
121223--121252	9	3.3	9	100	0	60	63	0	0	36	0.95
121313--121366	23	2.3	24	93	3	92	40	0	11	48	1.39
121558--121607	16	3.2	16	78	21	54	50	0	0	50	1.00
121558--121598	9	4.8	9	77	22	52	48	0	0	51	1.00
121558--121780	44	5.2	42	68	21	119	47	2	3	46	1.30
121566--121752	30	6.6	29	66	23	87	47	1	3	47	1.27
121570--121621	17	3.3	15	78	21	54	48	1	0	50	1.12
121800--121902	22	4.8	22	75	11	88	48	7	5	37	1.56
121829--121881	21	2.5	21	84	0	70	47	3	7	41	1.50
121827--121917	21	4.3	20	71	14	67	47	6	6	39	1.56
121924--122020	20	4.7	21	77	18	105	43	5	6	45	1.51
121924--122048	61	2.0	61	84	6	162	43	6	6	44	1.55
122876--122913	16	2.4	16	100	0	76	26	26	15	31	1.96
124508--124535	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
124719--124774	30	1.9	28	85	7	76	42	7	1	48	1.41
124758--124808	19	2.9	17	75	11	57	49	3	1	45	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124711--124800	2	47.0	2	68	24	52	45	4	2	47	1.35
124815--124919	15	7.1	14	73	19	72	42	6	5	44	1.54
124831--124887	13	4.2	13	80	8	69	43	7	5	43	1.54
124816--124897	28	2.9	27	77	13	76	42	8	6	42	1.60
124827--124883	28	2.1	27	87	6	80	43	5	5	45	1.49
124711--124949	13	18.8	13	65	21	59	43	5	3	46	1.44
132456--132531	29	2.6	29	85	0	89	42	27	7	22	1.81
132540--132585	18	2.6	18	96	0	83	15	19	47	17	1.82
132598--132652	9	5.6	10	81	10	69	34	27	21	16	1.95
132605--132653	10	4.8	11	78	16	61	36	24	20	18	1.94
132598--132653	19	2.9	19	82	10	69	33	26	21	17	1.96
134723--134770	25	1.9	25	91	0	78	43	6	2	47	1.40
140760--140988	55	4.2	55	89	0	352	35	12	16	35	1.87
140756--141020	110	2.4	109	86	3	363	36	13	16	33	1.88
141057--141265	45	4.6	45	90	0	310	40	13	22	23	1.90
142395--142478	41	2.0	41	100	0	168	38	21	15	25	1.92
147189--147316	51	2.5	51	87	1	168	15	32	32	19	1.93
147353--147449	51	1.9	51	91	4	162	27	23	18	29	1.98
153052--153257	107	1.9	111	90	4	339	47	7	9	35	1.64
153373--153413	10	4.1	10	84	12	57	39	0	29	31	1.57
153524--153650	51	2.5	50	87	1	173	17	29	36	16	1.92
157313--157475	87	1.9	87	92	2	274	44	11	12	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157470--157999	200	2.7	198	84	4	692	31	14	13	39	1.86
157826--158170	177	1.9	178	84	1	460	33	13	13	39	1.84
159594--159672	38	2.1	38	95	0	140	44	10	5	40	1.60
161801--161870	34	2.0	35	88	2	106	38	15	10	35	1.81
163858--163912	20	2.8	20	97	2	103	18	21	10	49	1.78
165059--166717	637	2.6	642	84	4	2129	38	16	14	29	1.89
165059--166717	323	5.2	322	84	4	2007	38	16	14	29	1.89
167919--167971	27	2.0	26	82	10	63	45	7	13	33	1.71
171119--171170	23	2.3	23	93	0	86	42	25	21	11	1.86
170795--171494	347	2.0	347	86	3	962	39	17	15	27	1.90

Tables:   1   2   3   4