genome.fa.s7897.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007897.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110283_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  862109

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787--901	33	3.5	33	91	3	196	44	20	25	9	1.82
795--884	14	5.7	14	70	27	65	41	23	26	8	1.84
842--906	19	3.7	19	74	19	77	44	21	23	10	1.83
918--972	14	3.6	14	78	21	65	9	25	21	43	1.82
902--994	33	2.8	33	88	1	123	9	23	22	44	1.82
925--1013	20	4.8	20	75	19	84	12	24	17	44	1.83
1094--1162	32	2.2	32	91	0	111	46	20	21	11	1.82
1113--1162	16	3.0	18	69	22	54	44	22	22	12	1.85
1340--1393	21	2.5	22	78	3	65	20	16	38	24	1.92
1534--1725	20	9.6	20	82	4	226	19	19	26	34	1.96
1534--1725	60	3.2	60	82	2	251	19	19	26	34	1.96
1790--1832	20	2.2	20	95	0	77	25	13	25	34	1.93
2520--2566	25	2.0	23	88	12	69	31	2	0	65	1.04
3451--3496	23	2.0	23	86	0	65	30	26	21	21	1.99
3725--3783	30	2.0	29	83	3	73	32	22	10	35	1.87
4228--4274	24	1.9	24	83	12	60	36	14	0	48	1.44
15151--15182	7	4.6	7	96	0	55	25	28	34	12	1.92
16600--16681	41	2.0	41	100	0	164	26	29	14	29	1.95
17198--17339	21	6.9	20	81	6	142	38	19	21	21	1.94
17223--17359	21	6.7	21	79	9	131	37	18	21	21	1.94
17194--17320	61	2.1	61	92	0	209	39	19	20	20	1.93
17894--17972	20	3.9	21	86	5	94	51	17	18	11	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17949--18018	33	2.1	33	94	0	122	47	20	21	11	1.81
17955--18026	33	2.2	33	89	0	108	47	23	18	11	1.80
18030--18099	33	2.1	33	89	0	104	14	21	18	45	1.84
18088--18151	20	3.1	21	82	8	78	12	25	15	46	1.81
19842--20121	94	3.1	94	92	3	448	21	12	18	46	1.82
20214--20256	20	2.2	20	100	0	86	51	13	23	11	1.74
20295--20391	19	5.7	17	67	23	62	9	23	22	44	1.82
20319--20373	14	3.6	14	73	21	56	9	21	21	47	1.78
20298--20391	33	2.8	33	91	0	152	9	23	22	44	1.82
20869--20935	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
20817--20935	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
22287--22322	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
22429--22508	33	2.4	33	93	0	133	46	22	21	10	1.81
22429--22489	19	3.5	19	74	21	69	44	21	22	11	1.84
22514--22664	19	8.7	19	65	21	89	12	23	19	43	1.85
22518--22644	33	3.8	33	95	0	227	12	24	18	44	1.85
22539--22626	14	5.6	14	67	23	50	12	25	19	43	1.86
22631--22671	20	2.0	20	90	0	64	19	19	21	39	1.93
22638--22710	20	3.6	20	70	17	60	23	17	24	34	1.96
25182--25235	24	2.2	24	86	0	72	40	20	18	20	1.91
26098--26327	20	11.3	21	82	4	179	32	18	20	29	1.96
27098--27123	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39013--39437	213	2.0	213	100	0	850	36	18	16	29	1.92
40365--40404	21	2.0	20	85	5	53	25	30	17	27	1.97
41899--41947	23	2.1	23	88	0	71	22	16	4	57	1.56
54171--54564	197	2.0	197	98	0	761	35	13	17	34	1.88
58953--58998	23	2.0	23	100	0	92	17	17	13	52	1.75
70949--70981	15	2.2	15	100	0	66	6	69	18	6	1.30
75324--75447	47	2.8	46	77	13	125	50	4	0	45	1.20
75364--75441	24	3.3	24	71	10	79	50	2	0	47	1.15
76363--76453	32	2.8	32	86	0	119	47	9	5	37	1.60
80512--80551	21	1.9	21	94	0	71	47	2	17	32	1.61
80731--80850	49	2.5	50	78	9	115	49	1	0	49	1.11
80809--80871	32	1.9	32	84	9	83	47	0	3	49	1.17
80951--81079	51	2.5	53	76	12	126	48	2	0	48	1.19
81605--81658	25	2.2	25	93	0	90	46	20	0	33	1.51
90272--90314	16	2.8	16	89	3	61	30	20	13	34	1.92
95623--95675	20	2.7	20	74	11	63	30	32	15	22	1.94
95699--95763	20	3.2	20	95	0	112	40	24	15	20	1.91
95891--95941	22	2.3	22	93	0	84	21	41	13	23	1.89
96153--96184	13	2.5	13	100	0	64	0	6	15	78	0.95
96234--96272	20	1.9	20	84	5	51	12	12	25	48	1.77
98467--98509	21	2.0	21	81	0	50	25	34	16	23	1.95
99921--99960	14	2.9	14	80	0	53	30	0	17	52	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99871--100010	66	2.2	64	81	10	164	32	0	15	51	1.49
100095--100139	20	2.2	20	88	0	72	35	22	22	20	1.96
100453--100488	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
102739--102792	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
102916--102949	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
103695--103819	20	6.4	20	75	10	98	28	12	28	30	1.92
103695--103823	19	6.6	20	73	10	88	27	11	28	31	1.92
136409--136470	26	2.4	26	91	0	106	40	29	14	16	1.88
144362--144395	3	11.7	3	93	6	61	64	0	0	35	0.94
147059--147127	30	2.3	30	85	11	97	39	18	0	42	1.51
147059--147136	30	2.6	28	75	18	77	37	19	0	43	1.51
149215--149259	21	2.1	21	100	0	90	13	20	28	37	1.90
149224--149269	21	2.2	21	88	0	65	19	23	26	30	1.98
163444--163475	16	2.0	16	93	0	55	34	12	21	31	1.91
164375--164464	47	1.9	47	86	4	128	24	14	24	36	1.93
166362--166408	20	2.3	20	85	0	67	34	17	10	38	1.84
167521--167559	20	1.9	21	85	15	55	38	2	2	56	1.27
167829--167869	20	2.0	22	85	9	59	24	0	12	63	1.28
167826--167878	22	2.4	23	72	18	58	32	0	9	58	1.30
168453--168729	135	2.0	137	82	6	339	35	11	16	36	1.85
170217--170530	165	1.9	165	92	1	531	35	18	21	23	1.95
188493--188522	3	10.0	3	92	0	51	63	0	33	3	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194842--194902	20	3.1	19	71	13	52	54	13	14	18	1.72
194644--195116	181	2.6	181	88	3	682	42	13	17	27	1.86
195037--195083	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
195046--195088	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
197304--197347	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
197384--197438	25	2.2	25	90	0	83	29	0	49	21	1.50
197623--197662	19	2.1	19	85	0	53	60	0	37	2	1.11
199226--199274	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
199393--200930	199	7.9	199	91	4	2449	36	14	17	30	1.91
199433--200930	378	3.9	376	88	7	2170	36	14	17	30	1.91
199811--200898	389	2.8	391	94	1	1858	37	15	17	29	1.91
199811--200911	588	1.9	592	93	2	1901	37	15	17	29	1.91
202392--202461	6	11.7	6	81	0	59	37	7	32	22	1.82
202392--202461	12	5.8	12	84	0	86	37	7	32	22	1.82
202409--202465	3	19.0	3	77	0	60	35	7	33	24	1.82
203656--203689	16	2.1	16	94	0	59	47	5	20	26	1.73
204050--204122	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
206997--207055	25	2.5	24	84	10	79	40	10	11	37	1.76
207337--207398	23	2.7	23	94	0	106	35	3	20	40	1.69
207337--207409	23	3.2	22	79	14	76	32	2	21	42	1.67
212929--213452	259	2.0	259	98	0	1030	32	23	19	25	1.97
219099--219514	217	1.9	219	90	3	667	30	10	17	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219287--219826	253	2.2	246	89	4	814	26	13	20	40	1.89
219295--219826	254	2.1	253	85	9	757	27	12	19	40	1.88
221237--222080	419	2.0	420	96	1	1550	30	24	14	30	1.95
234317--234345	14	2.1	14	100	0	58	48	44	6	0	1.29
235356--235588	9	24.9	9	65	17	57	16	6	2	74	1.13
235446--235579	42	3.1	42	74	19	125	15	5	1	76	1.04
235499--235598	30	3.4	31	79	9	118	16	4	4	76	1.10
235512--235578	5	12.4	5	79	16	55	17	1	1	79	0.89
235442--235587	12	12.3	11	72	20	75	15	5	2	76	1.06
235442--235587	6	24.5	6	70	18	67	15	5	2	76	1.06

Tables:   1   2   3   4