genome.fa.s7906.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007906.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110300_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  551901

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
310--407	19	5.7	19	67	22	81	42	20	21	15	1.88
311--410	33	3.0	33	91	2	157	41	20	21	18	1.91
403--445	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
585--621	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
1962--2028	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
1962--2084	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
4083--4182	33	3.0	33	89	1	146	40	25	23	12	1.88
4058--4242	19	10.1	19	75	14	165	44	21	21	12	1.85
4153--4242	39	2.3	38	92	1	144	47	22	18	11	1.80
4249--4303	19	2.8	19	86	2	83	10	18	23	47	1.80
4821--4870	20	2.5	20	93	0	82	24	20	28	28	1.99
4821--4914	20	4.7	20	77	2	80	25	17	23	34	1.96
4840--4917	41	1.9	41	86	0	111	24	15	20	39	1.91
6242--6286	20	2.2	21	84	4	56	40	2	4	53	1.33
7393--7421	3	9.7	3	100	0	58	0	0	65	34	0.93
7571--7630	14	4.1	14	71	14	50	25	3	1	70	1.12
11304--11587	152	1.9	153	97	0	543	44	8	9	37	1.67
11857--11887	15	2.1	15	93	0	53	45	9	6	38	1.63
28448--28513	25	2.8	23	89	10	107	6	30	0	63	1.18
28446--28489	10	4.2	10	77	11	52	6	27	0	65	1.17
28448--28508	15	3.9	16	75	12	63	6	29	0	63	1.19
30282--30324	21	2.0	21	90	0	68	32	27	23	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30352--30389	20	1.9	20	88	0	58	26	34	28	10	1.90
30869--31094	103	2.2	103	94	1	391	24	13	24	37	1.92
31101--31188	23	3.8	23	79	11	101	23	22	25	28	1.99
31103--31193	46	2.0	46	83	12	116	24	23	25	27	2.00
37310--37347	20	1.9	20	88	0	58	23	34	31	10	1.89
37822--38039	103	2.1	103	95	0	391	24	14	24	36	1.93
38056--38123	23	3.0	23	78	4	75	23	23	25	27	2.00
39059--39104	15	3.1	15	82	14	60	67	0	28	4	1.10
39054--39125	25	2.8	26	91	2	119	66	0	29	4	1.10
67180--67239	26	2.3	26	94	0	102	21	20	30	28	1.98
68787--69423	55	11.6	55	82	8	522	27	24	16	31	1.96
69767--69875	37	3.0	37	86	4	114	25	19	20	34	1.96
69792--69878	37	2.4	37	92	0	138	27	16	21	34	1.95
78423--78474	24	2.2	24	93	6	88	28	44	13	13	1.82
79679--79763	23	3.7	23	82	3	100	34	23	25	16	1.95
81051--81094	17	2.6	17	96	0	79	40	15	9	34	1.79
84989--85031	21	2.0	21	82	8	52	27	23	16	32	1.96
86436--86499	23	3.0	21	82	12	87	18	29	23	28	1.98
86430--86522	42	2.2	44	82	3	118	20	24	21	33	1.97
88951--89722	399	1.9	398	85	7	1068	44	8	8	38	1.66
94008--94054	13	3.5	13	77	13	51	55	2	2	40	1.24
94992--95028	20	2.0	20	89	10	60	0	27	8	64	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94990--95039	20	2.6	18	76	14	55	0	24	8	68	1.16
95425--95463	9	3.8	10	84	15	53	41	0	2	56	1.13
95459--95528	3	24.0	3	88	5	108	62	0	2	34	1.10
95836--96496	112	5.9	116	89	6	981	29	20	12	37	1.90
95836--96501	225	3.0	227	90	5	1016	29	20	12	37	1.90
97205--97491	83	3.5	83	94	3	503	36	20	13	28	1.91
98628--98677	19	2.6	19	84	12	75	0	16	0	84	0.63
98630--98681	26	2.0	26	88	7	79	0	17	0	82	0.66
98634--98680	16	3.1	15	88	8	69	0	14	0	85	0.61
110439--110485	13	3.5	13	77	13	51	55	2	2	40	1.24
111442--111492	20	2.6	19	78	3	57	0	21	7	70	1.12
111881--111921	11	3.8	10	87	9	55	41	0	2	56	1.13
111917--112017	3	33.7	3	87	0	148	60	0	4	34	1.18
112276--112320	23	2.0	23	86	8	65	73	2	17	6	1.15
119674--119708	15	2.4	15	95	4	63	37	0	0	62	0.95
119707--119768	3	20.7	3	96	0	115	64	0	1	33	1.03
120100--120202	40	2.6	40	95	0	188	19	19	9	51	1.74
120142--120572	113	3.8	113	95	0	731	28	18	13	38	1.89
121217--121425	83	2.5	83	98	0	400	38	20	14	26	1.91
121373--121475	52	2.0	52	98	0	197	35	23	17	23	1.95
121290--121560	135	2.0	135	95	0	488	34	21	15	28	1.94
121425--121720	83	3.6	83	94	3	496	33	19	14	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121219--121643	218	1.9	218	94	0	751	35	20	14	28	1.93
121425--121720	160	1.8	162	91	4	488	33	19	14	31	1.92
122878--122951	10	7.6	9	78	15	60	2	18	0	78	0.87
122879--122956	36	2.2	36	84	6	104	2	19	0	78	0.87
122878--122953	9	8.2	9	76	17	59	2	19	0	77	0.88
133575--133619	18	2.4	19	82	10	58	64	2	2	31	1.18
135707--135741	15	2.4	15	95	4	63	37	0	0	62	0.95
135740--135798	3	19.7	3	96	0	109	64	0	1	33	1.04
137231--137287	27	2.1	27	83	6	71	45	5	1	47	1.35
143736--143790	21	2.7	21	97	2	103	30	21	0	47	1.51
147970--148004	17	2.0	17	88	5	52	54	0	8	37	1.31
151132--151247	45	2.6	45	90	1	180	15	28	21	34	1.94
151335--151385	10	5.0	10	80	4	57	1	11	3	82	0.89
161567--161596	6	4.8	6	92	8	51	66	0	0	33	0.92
161708--161766	26	2.3	25	83	13	68	74	1	6	16	1.11
163080--163121	15	2.9	15	85	3	50	61	0	0	38	0.96
163113--163292	98	1.8	98	84	7	249	46	6	3	43	1.47
163107--163496	33	11.4	34	70	20	207	46	6	4	42	1.48
163398--163493	37	2.6	38	80	11	117	50	7	3	39	1.46
163401--163481	39	2.1	38	86	6	110	51	7	3	37	1.48
163884--163930	18	2.6	18	83	6	51	46	2	2	48	1.25
163900--163940	19	2.2	18	87	12	57	43	2	4	48	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189499--189525	5	5.4	5	100	0	54	44	0	0	55	0.99
189718--190086	131	2.8	131	87	2	535	40	16	10	32	1.82
192132--192199	3	21.7	3	76	8	64	55	2	4	36	1.35
192133--192196	13	5.0	13	69	17	53	54	3	4	37	1.37
192133--192199	19	3.5	19	79	4	64	55	2	4	37	1.36
192528--192599	20	3.6	19	70	17	56	26	19	27	26	1.99
192362--192770	191	2.1	193	85	3	574	33	16	16	33	1.91
198643--198697	20	2.8	20	97	2	103	30	23	9	36	1.86
198870--198899	12	2.5	12	100	0	60	60	16	6	16	1.56
203982--204064	15	5.5	15	78	9	80	38	4	19	37	1.73
203981--204052	30	2.3	32	83	9	96	36	2	22	38	1.69
204196--204265	23	3.0	23	82	0	86	20	18	24	37	1.94
204838--204881	17	2.6	16	79	10	52	47	6	9	36	1.62
210981--211059	15	5.3	15	72	13	56	40	5	15	39	1.69
211198--211289	24	3.9	23	81	4	96	22	21	21	33	1.97
211198--211289	23	3.9	24	82	4	125	22	21	21	33	1.97
211765--211803	19	2.0	19	85	5	51	30	7	15	46	1.74
212391--212449	3	18.7	3	76	10	55	59	6	3	30	1.40
212606--213027	187	2.2	189	83	4	521	33	16	17	33	1.92
213703--213755	3	17.3	3	84	3	70	60	1	3	33	1.26
214501--214567	17	4.1	17	79	12	68	20	10	5	62	1.48
214537--214564	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219134--219158	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
237143--237193	26	1.9	27	88	4	77	54	9	3	31	1.51
240040--240068	13	2.1	14	93	6	51	37	17	13	31	1.89
252294--252345	23	2.3	23	93	0	86	26	26	28	17	1.97
253005--253637	327	1.9	327	97	0	1203	31	21	6	40	1.78
259540--259599	31	2.0	30	87	9	86	36	25	1	36	1.66
260709--260781	33	2.2	33	100	0	146	27	20	5	46	1.72
261047--261112	33	2.0	33	100	0	132	45	9	15	30	1.77
272170--272270	31	3.3	31	78	2	114	46	6	3	42	1.49
273799--273891	18	5.0	18	69	21	50	70	6	1	21	1.15

Tables:   1   2   3