genome.fa.s7910.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007910.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110306_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  704475

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5971--6000	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
11719--11773	22	2.5	22	88	11	94	14	18	29	38	1.90
13506--13743	131	1.8	131	87	1	361	39	18	11	29	1.86
16012--16078	21	3.2	20	75	20	59	46	1	0	52	1.09
16035--16175	47	2.8	50	73	14	128	47	0	1	50	1.15
16149--16181	14	2.3	15	94	5	59	54	0	0	45	0.99
16268--16296	15	2.0	15	93	6	51	55	6	6	31	1.53
18494--18620	57	2.2	57	92	0	209	36	20	8	34	1.83
20547--20584	9	4.3	9	83	6	51	47	0	0	52	1.00
21873--21902	13	2.3	13	94	0	51	26	10	26	36	1.88
28106--28158	19	2.8	18	83	11	70	77	1	11	9	1.07
28108--28158	10	5.3	9	86	6	66	78	1	9	9	1.04
29328--29519	52	3.7	51	79	3	215	37	14	23	23	1.92
30992--31248	43	6.0	43	89	5	362	27	15	30	27	1.96
31003--31257	127	2.0	127	86	6	322	28	15	28	27	1.96
31304--31383	22	3.7	22	69	12	67	25	17	23	33	1.96
31293--31426	42	3.2	41	88	3	171	24	19	23	32	1.98
31414--31872	90	5.1	90	89	1	670	27	17	20	34	1.95
33606--33727	65	1.9	64	83	5	156	30	19	19	30	1.97
34128--34176	19	2.5	20	90	10	82	16	46	0	36	1.47
45203--45319	35	3.3	35	74	7	119	27	17	18	35	1.94
45178--45320	71	2.0	71	87	2	207	27	20	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46722--46767	2	23.0	2	95	0	83	0	50	2	47	1.13
47041--47067	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
49942--49983	14	2.9	15	82	7	50	50	0	2	47	1.14
59997--60049	17	3.1	17	86	0	70	35	15	7	41	1.75
62426--62464	20	1.9	21	89	5	62	46	5	28	20	1.72
64027--64098	17	4.2	17	82	5	74	36	13	9	40	1.78
68749--68792	19	2.3	19	88	7	63	31	20	29	18	1.96
69908--69947	10	3.8	10	81	12	53	12	17	20	50	1.78
69945--69978	10	3.4	10	91	0	59	17	14	11	55	1.68
70259--70314	10	4.8	13	69	24	52	10	8	19	60	1.55
70272--70335	10	6.1	10	78	10	74	10	10	18	59	1.60
70259--70335	23	3.5	22	82	7	95	10	10	19	59	1.58
72984--73027	18	2.5	18	78	14	56	65	4	0	29	1.12
75589--75641	26	2.0	26	82	7	63	20	3	24	50	1.64
80708--80750	21	2.0	22	82	13	54	30	0	2	67	1.03
81500--82295	396	2.0	396	99	0	1556	38	9	11	40	1.74
88513--88669	29	5.4	29	86	5	185	46	15	4	33	1.66
94696--94773	31	2.4	32	89	10	124	58	0	0	41	0.98
95031--95063	4	8.2	4	100	0	66	24	0	0	75	0.80
95579--95667	46	1.9	46	88	0	133	46	12	28	13	1.79
98386--98413	12	2.3	12	100	0	56	7	53	7	32	1.55
103577--103606	12	2.5	12	94	0	51	6	50	6	36	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109808--109868	23	2.7	23	92	0	95	22	19	21	36	1.95
113650--113697	24	2.0	24	84	8	62	75	2	2	20	1.02
113676--113732	16	3.6	16	79	13	55	73	5	3	17	1.16
113647--113734	22	3.9	22	73	20	58	72	4	2	20	1.13
114636--114667	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
115279--115527	92	2.7	93	82	1	277	30	15	22	31	1.95
115488--115598	59	1.9	58	83	5	143	34	15	21	28	1.94
115628--115922	39	7.5	39	83	4	324	36	14	16	32	1.90
115628--115888	83	3.3	79	82	6	296	36	14	16	32	1.89
115644--115876	122	1.9	121	91	0	376	35	15	16	33	1.90
115947--116214	136	2.0	136	90	1	421	26	21	17	34	1.95
116450--116536	41	2.1	42	86	2	122	32	19	20	27	1.97
116614--117047	52	7.8	56	75	12	362	40	17	10	31	1.84
116616--117037	111	3.8	111	84	5	561	40	18	10	30	1.85
121725--121767	16	2.6	16	88	3	59	74	6	2	16	1.14
121726--121769	22	2.0	22	86	8	63	75	6	2	15	1.12
122588--122624	19	2.0	20	89	10	60	64	10	10	13	1.49
122889--122930	20	2.1	20	95	0	75	28	16	33	21	1.95
124457--124619	87	1.9	87	93	0	281	40	11	14	33	1.82
124755--125955	182	6.6	182	95	1	2042	27	16	13	42	1.86
129825--130297	181	2.6	180	86	2	662	27	16	12	43	1.83
131530--131579	25	2.0	24	84	3	64	42	2	2	54	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132700--132724	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
132724--132748	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
137240--137325	15	5.7	15	85	0	109	37	4	19	38	1.73
137274--137337	30	2.1	30	85	0	83	37	10	20	31	1.87
137466--137530	25	2.6	24	85	9	85	27	26	15	30	1.96
140036--140075	21	1.9	21	89	0	62	57	7	5	30	1.48
151015--151128	59	1.9	59	84	7	151	28	14	13	42	1.84
154872--154932	23	2.7	23	94	0	104	22	21	21	34	1.97
158713--158760	24	2.0	24	84	8	62	75	2	2	20	1.02
158739--158795	16	3.6	16	79	13	55	73	5	3	17	1.16
158710--158797	22	3.9	22	73	20	58	72	4	2	20	1.13
160336--160555	93	2.4	93	82	0	262	30	16	20	31	1.95
160545--160655	59	1.9	58	83	5	143	34	15	21	28	1.94
160685--160979	39	7.5	39	82	4	324	36	14	16	31	1.90
160685--160945	83	3.3	79	82	6	278	36	14	16	31	1.89
160701--160979	122	2.4	117	86	3	371	35	14	17	32	1.90
161508--161594	41	2.1	42	86	2	122	32	19	20	27	1.97
161674--162096	111	3.8	111	84	4	577	40	18	10	30	1.84
161672--162105	55	7.8	56	74	13	321	40	17	10	31	1.83
166785--166827	16	2.6	16	88	3	59	74	6	2	16	1.14
166786--166829	22	2.0	22	86	8	63	75	6	2	15	1.12
167641--167677	19	2.0	20	89	10	60	64	10	10	13	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167946--167987	20	2.1	20	95	0	75	28	16	33	21	1.95
169509--169671	87	1.9	87	93	0	281	40	11	14	33	1.82
169804--171005	182	6.7	182	94	2	2027	27	16	13	42	1.85
169804--171004	360	3.3	361	92	2	2026	27	16	13	42	1.85
175149--175198	25	2.0	25	100	0	100	36	20	12	32	1.89
176964--177049	15	5.7	15	85	0	109	37	4	19	38	1.73
176998--177061	30	2.1	30	85	0	83	37	10	20	31	1.87
177190--177254	25	2.6	24	90	9	103	24	29	16	29	1.97
179761--179800	21	1.9	21	94	0	71	60	7	2	30	1.38
179790--179838	8	5.6	9	83	13	50	73	0	4	22	1.00
179769--179826	14	4.1	14	75	18	57	70	3	1	24	1.12
179790--179836	22	2.1	23	84	11	62	74	0	4	21	0.99
192654--192705	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
193943--193968	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
194187--194264	26	2.9	27	75	3	86	47	28	2	21	1.64
195329--195376	2	24.0	2	100	0	96	0	0	50	50	1.00
200404--200500	35	2.8	35	85	0	131	26	20	18	34	1.96
204995--205032	14	2.7	14	84	11	51	21	10	28	39	1.86
212151--212207	15	3.7	15	73	13	62	75	0	3	21	0.95
212139--212207	10	6.5	11	75	18	58	76	1	2	18	0.98
212157--212223	28	2.4	26	77	22	66	71	0	5	22	1.07
214451--214513	24	2.7	22	76	11	63	47	4	12	34	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218575--218636	32	2.0	31	84	9	81	69	0	6	24	1.12
218625--218728	5	19.4	5	69	18	50	75	1	8	14	1.13
218777--218816	18	2.2	18	95	0	71	70	0	5	25	1.08
237109--237148	16	2.6	16	88	4	55	37	12	20	30	1.89
239040--239070	5	6.2	5	92	0	53	61	0	0	38	0.96
239038--239068	15	2.1	15	100	0	62	67	0	0	32	0.91
239120--239184	30	2.1	32	85	5	89	38	6	3	52	1.42
242150--242334	84	2.2	84	83	5	230	34	3	13	48	1.59
242149--242334	29	6.6	28	80	6	223	34	3	13	48	1.59
242958--243001	2	22.0	2	83	0	52	45	4	2	47	1.35

Tables:   1   2   3   4