genome.fa.s7927.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007927.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110333_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  706544

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13101--13153	17	2.9	19	75	11	65	3	11	33	50	1.56
28254--28291	20	1.9	20	88	0	58	31	0	18	50	1.47
31548--31670	31	4.0	31	90	2	185	36	23	20	19	1.95
32473--32517	21	2.1	21	84	8	56	17	24	26	31	1.97
35392--35429	20	1.9	19	89	5	58	68	0	23	7	1.16
37858--37944	30	2.9	30	87	0	93	55	5	2	36	1.37
39287--39326	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
39822--39926	18	5.7	19	65	25	64	52	2	0	44	1.15
39862--39912	22	2.4	20	78	15	57	50	3	0	45	1.20
62700--62792	2	50.5	2	76	16	85	43	0	0	56	0.99
63345--63410	22	3.0	22	76	10	71	42	21	6	30	1.77
71023--71063	19	2.2	19	86	8	57	14	0	21	63	1.30
76726--76762	15	2.5	15	95	0	65	5	16	70	8	1.30
78784--78822	18	2.2	19	86	9	55	28	20	2	48	1.62
79341--79394	27	2.1	26	83	10	67	29	18	11	40	1.85
92291--92332	22	1.9	22	100	0	84	9	23	47	19	1.78
96312--96354	19	2.3	19	84	8	52	67	4	0	27	1.10
96669--96694	13	2.0	13	100	0	52	46	7	23	23	1.78
101327--101374	21	2.3	22	79	17	57	16	22	16	43	1.87
104073--104108	13	2.8	13	91	0	54	16	50	16	16	1.79
106605--106665	24	2.5	24	89	0	95	22	18	21	37	1.94
106755--106829	35	2.1	35	97	0	141	9	29	28	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111293--111363	24	3.0	24	82	0	88	25	16	19	38	1.93
116827--116869	20	2.3	19	84	8	52	60	0	11	27	1.31
118238--118318	42	2.0	41	82	2	99	30	4	4	59	1.40
125745--125799	16	3.6	14	80	20	58	40	3	1	54	1.28
126496--126561	33	2.0	33	87	0	96	45	28	7	18	1.76
126601--126636	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
132132--132458	162	2.0	158	95	2	582	31	20	16	31	1.95
137709--137778	35	2.0	35	100	0	140	25	17	11	45	1.81
151577--151645	3	21.3	3	82	11	75	65	0	4	30	1.12
151559--151645	10	8.4	10	80	13	88	68	0	3	27	1.05
151559--151639	7	11.3	7	76	19	69	69	0	3	27	1.05
151997--152910	106	8.6	106	94	0	1506	23	17	24	34	1.96
158469--158506	11	3.5	11	82	7	51	76	0	0	23	0.79
158481--158556	3	23.3	3	82	12	80	65	0	3	30	1.10
158470--158550	7	11.3	7	83	12	94	67	0	3	28	1.07
162781--162825	15	3.0	15	96	0	81	51	0	0	48	1.00
162781--162852	15	4.3	15	71	27	56	48	0	2	48	1.16
162857--162899	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
162884--162985	32	3.5	32	73	25	125	37	0	8	53	1.32
162781--163226	54	8.1	54	73	14	324	36	0	11	52	1.40
162879--163643	134	5.6	134	84	9	1048	33	0	13	53	1.42
162933--163534	80	7.3	81	71	19	267	32	0	13	53	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163022--163074	14	3.5	14	72	18	52	37	0	5	56	1.23
163012--163397	32	12.7	32	68	23	203	32	0	13	53	1.44
163180--163227	22	2.4	18	73	23	51	37	0	10	52	1.36
162933--163360	224	2.0	214	91	4	694	32	0	14	53	1.44
163239--163643	54	7.5	54	76	12	338	33	0	13	53	1.42
163368--163415	22	2.4	18	73	23	51	37	0	10	52	1.36
163157--163548	188	2.1	188	97	0	748	33	0	13	53	1.43
163424--163534	32	3.8	32	74	23	134	34	0	13	52	1.41
163502--163549	22	2.4	18	73	23	51	31	0	16	52	1.45
163511--163581	22	3.1	22	75	16	81	29	0	18	52	1.46
163481--163628	80	1.9	80	97	0	278	31	0	15	52	1.43
163591--163633	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
163157--163643	188	2.6	185	90	5	653	33	0	13	52	1.42
164110--164166	2	28.5	2	96	0	105	49	0	0	50	1.00
169791--169830	6	6.7	6	97	0	53	52	15	25	7	1.68
169791--169830	12	3.3	12	92	0	62	52	15	25	7	1.68
179613--179678	33	2.0	33	97	2	125	31	36	10	21	1.87
188272--188321	14	3.0	18	72	22	63	32	0	12	56	1.36
188272--188495	80	2.8	80	89	6	350	32	0	14	53	1.41
188462--188503	21	2.0	22	95	4	77	35	0	14	50	1.43
188607--188635	15	1.9	15	100	0	58	20	3	6	68	1.27
189095--189131	19	1.9	19	89	10	58	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190691--190758	18	3.7	18	78	7	82	29	32	19	19	1.96
192660--192684	13	1.9	13	100	0	50	60	0	40	0	0.97
193743--193971	82	2.8	82	82	6	259	30	14	21	33	1.93
193709--193948	41	5.8	42	69	14	133	31	16	20	31	1.95
193771--194068	83	3.6	80	77	8	228	33	15	19	31	1.93
197725--197758	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
198660--198740	43	1.9	42	87	7	119	28	24	19	27	1.99
198865--198992	43	2.9	43	78	6	132	30	21	18	28	1.97
198941--199145	107	1.9	107	87	0	302	23	20	21	34	1.96
199106--199136	15	2.1	15	94	5	55	12	16	25	45	1.83
202181--202264	29	3.1	29	64	22	83	34	10	1	53	1.43
202163--202264	51	2.0	51	94	0	177	35	10	1	51	1.48
202189--202230	22	1.9	22	85	0	57	35	11	2	50	1.52
202604--202652	18	2.5	20	81	15	59	57	4	2	36	1.30
202567--202687	20	6.1	20	68	10	70	55	2	1	40	1.23
205842--205882	21	2.0	21	90	9	66	73	2	7	17	1.17
207096--207141	3	15.3	3	86	13	60	65	0	0	34	0.93
207099--207166	16	4.8	13	78	20	66	67	1	0	30	0.99
210550--210588	21	1.9	20	84	5	51	48	17	2	30	1.61
214039--214131	42	2.2	42	90	0	141	26	19	21	32	1.97
214089--214260	92	1.9	93	91	1	283	33	17	22	27	1.96
214724--215038	53	5.9	53	87	1	409	31	21	25	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214724--214982	105	2.5	106	90	1	403	30	22	27	19	1.98
215403--215475	23	3.3	23	68	16	64	58	10	26	4	1.49
215398--215493	43	2.2	44	92	3	160	57	10	27	5	1.53
219442--219497	23	2.4	23	77	13	62	55	0	5	39	1.23
219663--219731	23	3.0	23	82	2	86	56	2	1	39	1.23
220470--220517	20	2.4	20	96	0	87	35	12	10	41	1.77
221676--221715	20	2.0	21	90	5	64	62	5	15	17	1.49
223794--223829	14	2.5	15	86	9	56	27	0	0	72	0.85
223815--223901	27	3.2	27	73	15	97	40	6	1	51	1.36
223820--223903	28	3.0	28	71	22	95	39	7	1	52	1.37
226656--226698	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
227402--227446	23	2.0	23	86	0	63	20	26	26	26	1.99
229164--229197	17	1.9	18	88	5	52	32	0	2	64	1.08
235303--235337	10	3.5	10	85	14	54	74	0	25	0	0.82
238023--238105	42	2.0	42	100	0	166	40	0	38	20	1.53
255417--255521	29	3.6	29	68	12	72	46	1	1	49	1.23
257548--257574	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
258041--258074	18	1.9	18	88	5	52	29	20	0	50	1.49
263167--263200	18	1.9	18	88	5	52	29	20	0	50	1.49
265804--265836	15	2.2	15	94	0	57	51	9	6	33	1.58
267735--267775	18	2.3	18	80	15	50	48	0	2	48	1.14
268601--268630	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271862--271894	14	2.4	14	94	0	57	33	6	30	30	1.82
276339--276429	3	30.7	3	82	10	107	37	0	1	61	1.03
276338--276414	34	2.2	35	88	4	111	37	0	1	61	1.05
276339--276429	22	4.2	22	84	8	116	37	0	1	61	1.03
283948--283977	15	1.9	16	93	6	53	70	0	26	3	1.03
285103--285180	9	9.8	8	74	19	58	78	0	10	11	0.97
285149--285207	31	2.0	30	77	12	59	79	1	11	6	0.99
286487--286766	55	5.1	55	91	1	474	28	15	28	27	1.96
286487--286769	108	2.6	110	93	2	498	28	14	28	28	1.96
286762--287210	52	8.6	52	94	0	763	28	16	25	29	1.97

Tables:   1   2   3   4