genome.fa.s7929.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007929.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110336_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  398994

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3848--3901	19	2.8	19	82	0	72	20	33	18	27	1.96
6508--6571	29	2.2	30	83	5	78	31	4	10	53	1.57
8575--8614	22	1.9	22	90	10	66	22	22	22	32	1.98
12210--12254	14	3.0	15	80	9	56	35	0	0	64	0.94
15135--15174	20	2.0	20	100	0	80	45	5	5	45	1.47
17429--17486	29	2.0	29	93	0	98	18	5	15	60	1.53
20645--20737	23	4.0	23	84	2	116	20	22	25	31	1.98
22247--22344	41	2.4	41	81	3	108	34	18	15	31	1.92
22240--22471	42	5.6	42	78	7	181	33	17	16	32	1.92
25463--25521	31	1.9	31	89	0	91	33	16	18	30	1.94
25493--25706	43	5.0	43	84	0	266	41	19	16	22	1.90
32945--33003	29	2.0	29	96	0	109	25	13	11	49	1.76
39825--39856	14	2.3	14	94	0	55	28	3	0	68	1.04
40694--40751	28	2.1	28	100	0	116	27	10	15	46	1.78
41464--41503	20	1.9	21	90	10	64	37	2	10	50	1.50
52607--52639	13	2.4	14	90	5	50	27	9	0	63	1.24
53787--53862	33	2.3	32	86	4	116	44	13	9	32	1.75
53851--53892	21	2.0	21	100	0	84	47	9	14	28	1.75
58262--58291	13	2.2	14	94	5	53	20	26	13	40	1.89
60425--60540	30	3.9	30	73	13	87	56	13	13	16	1.68
60445--60558	30	3.9	29	71	14	81	58	12	12	16	1.62
63132--63254	31	3.9	31	79	9	133	30	20	19	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63938--63978	12	3.4	12	89	0	64	17	14	21	46	1.84
64551--64612	3	20.7	3	87	12	92	64	0	1	33	1.03
64551--64612	26	2.6	24	85	14	92	64	0	1	33	1.03
71359--71478	35	3.3	36	90	5	190	43	19	5	32	1.72
75975--76121	35	4.2	36	84	7	178	42	19	5	32	1.74
76026--76086	21	3.2	21	63	29	55	44	19	4	31	1.72
82930--82969	18	2.2	18	86	4	53	17	17	17	47	1.83
93817--93940	61	2.0	61	100	0	248	38	14	11	35	1.82
94779--94892	60	1.9	58	83	3	147	37	9	10	42	1.72
96303--96454	26	6.7	20	77	17	97	19	25	12	42	1.86
96324--96467	72	2.0	72	97	0	270	21	22	12	43	1.86
96229--96408	46	3.9	46	92	0	279	21	23	12	43	1.86
96888--97066	95	1.9	94	84	3	243	25	22	13	39	1.90
99041--99074	15	2.3	15	90	10	52	47	2	2	47	1.32
99184--99234	19	2.7	19	81	6	68	54	0	0	45	0.99
99387--99440	23	2.3	23	100	0	108	64	3	3	27	1.27
101328--101381	21	2.6	21	88	11	92	25	37	27	9	1.87
102539--102609	2	35.5	2	100	0	142	49	0	0	50	1.00
103823--104128	163	1.9	162	85	3	427	30	16	17	35	1.92
104703--104761	16	3.9	14	81	16	64	3	11	3	81	0.94
104702--104773	16	4.5	15	81	6	63	2	16	2	77	1.00
110064--110089	12	2.2	12	100	0	52	61	7	15	15	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110436--110478	23	1.9	22	85	4	59	48	4	16	30	1.66
111547--111723	54	3.3	54	91	3	275	37	18	12	31	1.88
117983--118314	54	6.1	54	89	0	493	37	17	12	32	1.87
119330--119361	3	10.7	3	100	0	64	65	0	34	0	0.93
121231--121275	23	2.0	23	86	8	65	17	24	28	28	1.97
123922--123949	14	2.0	14	100	0	56	21	35	14	28	1.92
125285--125311	4	6.8	4	100	0	54	51	22	0	25	1.48
126565--126598	2	17.5	2	93	6	61	52	0	47	0	1.00
135885--135959	35	2.1	35	82	0	96	33	10	6	49	1.64
141940--141977	14	2.5	16	87	12	62	21	15	0	63	1.31
144561--144601	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
146542--146586	7	6.1	7	80	10	54	80	2	13	4	0.97
146542--146597	15	3.7	15	77	15	62	78	3	12	5	1.05
146544--146585	22	1.9	22	90	9	68	80	2	11	4	0.95
146544--146597	22	2.4	22	81	12	65	79	3	11	5	1.02
163108--163185	39	2.0	40	92	2	131	21	11	14	52	1.72
168476--168531	28	2.0	28	100	0	112	39	10	42	7	1.67
170332--170391	30	2.0	29	83	3	75	41	8	16	33	1.78
170339--170412	30	2.5	31	82	8	82	43	10	17	28	1.83
171324--171395	31	2.4	31	85	2	101	34	6	22	36	1.81
172687--172749	18	3.6	18	68	12	58	23	25	26	23	2.00
172679--172808	35	3.6	35	89	5	206	25	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173076--173123	18	2.7	18	73	0	51	39	4	22	33	1.74
175774--175813	16	2.4	18	84	15	52	80	0	20	0	0.72
175771--175821	11	4.5	11	81	15	59	82	1	15	0	0.76
176756--176830	30	2.5	30	84	4	80	41	9	17	32	1.81
178045--178097	9	5.9	9	86	0	79	26	11	13	49	1.75
178045--178113	27	2.6	27	86	4	86	28	10	15	44	1.79
178042--178101	18	3.3	18	92	0	102	26	11	16	45	1.82
178071--178105	18	1.9	18	88	0	52	31	11	17	40	1.85
179169--179231	18	3.6	18	80	4	74	23	25	22	28	1.99
179161--179237	18	4.4	17	70	6	55	25	20	24	28	1.99
179161--179290	35	3.6	35	83	5	179	26	22	24	26	2.00
179355--179417	30	2.1	30	84	0	81	39	11	19	30	1.86
179556--179603	18	2.7	18	73	0	51	39	4	22	33	1.74
180545--180680	30	4.5	31	77	2	123	39	6	8	44	1.62
180602--180688	31	2.8	32	81	6	99	43	5	4	45	1.48
184999--185075	38	2.1	36	90	7	102	48	9	18	24	1.77
185717--185755	20	2.0	20	94	0	69	35	5	17	41	1.72
185710--185866	52	3.0	53	87	5	239	36	5	10	47	1.63
185822--185860	20	2.0	20	90	10	62	38	5	10	46	1.60
187342--187432	20	4.9	20	68	20	72	34	5	15	45	1.69
187341--187489	53	2.8	53	96	2	275	32	5	13	48	1.65
187447--187485	20	2.0	20	94	0	69	35	5	12	46	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190841--190878	19	2.0	20	94	5	69	42	15	5	36	1.70
193343--193394	24	2.2	24	82	6	61	23	34	23	19	1.96
201198--201262	10	6.4	10	76	15	53	6	4	23	66	1.33
201208--201286	10	6.7	13	70	28	61	7	6	24	62	1.46
201208--201286	23	3.4	23	86	8	106	7	6	24	62	1.46
201201--201293	34	2.8	32	85	7	116	8	6	21	63	1.45
201358--201388	16	1.9	16	100	0	62	6	16	25	51	1.68
202171--202213	19	2.3	19	80	12	52	53	4	0	41	1.21
205981--206006	12	2.2	12	100	0	52	15	23	7	53	1.67
206137--206240	41	2.5	41	95	1	181	19	16	16	48	1.82
206410--206438	12	2.3	13	94	5	51	27	0	0	72	0.85
206422--206590	29	5.9	29	68	25	110	45	0	1	52	1.12
206427--206469	22	2.0	22	90	0	68	44	0	0	55	0.99
206546--206598	20	2.7	19	73	18	54	49	0	1	49	1.12
206593--206637	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
206617--206765	80	1.9	78	80	8	176	49	2	0	47	1.15
206929--206969	14	2.9	14	88	0	55	36	19	14	29	1.92
206971--207016	15	3.1	15	81	6	67	30	19	8	41	1.82
213471--213509	6	6.5	6	100	0	78	0	48	0	51	1.00
215387--215442	26	2.2	25	83	3	67	35	16	7	41	1.75
216227--216326	44	2.3	44	92	0	164	30	14	20	36	1.91
217220--217312	44	2.1	44	97	0	177	25	13	6	53	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222256--222288	17	2.0	16	94	5	57	48	30	0	21	1.50
239981--240015	7	5.0	7	100	0	70	28	0	14	57	1.38
239981--240025	21	2.1	21	87	0	63	35	0	13	51	1.41
241708--241757	17	3.1	17	72	21	54	44	2	0	54	1.11
241704--241748	14	3.3	14	84	12	58	42	2	0	55	1.12
242881--242923	17	2.5	18	81	7	54	34	4	0	60	1.17
249863--250037	89	1.9	89	84	2	233	36	18	17	26	1.94
250016--250291	36	7.7	36	88	0	381	38	19	20	21	1.93
250481--250521	5	8.6	5	81	10	50	41	0	2	56	1.13
250481--250521	19	2.2	19	86	8	57	41	0	2	56	1.13

Tables:   1   2   3