genome.fa.s7929.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007929.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110336_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  398994

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 263 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250477--250523	14	3.5	13	83	13	60	42	0	2	55	1.12
251660--251708	18	2.6	18	81	15	55	32	2	6	59	1.34
251690--251744	29	1.9	28	82	10	67	36	3	5	54	1.41
252724--252789	22	3.0	21	84	6	69	28	30	28	12	1.93
253723--253784	25	2.4	26	82	12	67	17	8	1	72	1.17
253981--254014	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
253902--254093	101	1.9	99	84	6	251	33	11	7	47	1.68
254001--254193	81	2.4	78	82	10	219	31	11	8	48	1.70
259197--261001	84	21.4	84	86	2	2302	35	22	18	23	1.96
272222--272282	9	6.9	9	75	17	65	21	4	0	73	1.01
272222--272282	17	3.5	17	80	17	63	21	4	0	73	1.01
272407--272468	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
272594--272664	14	5.2	13	75	13	54	18	4	1	76	1.03
273320--273387	24	3.0	21	85	12	73	27	1	2	67	1.13
273350--273413	24	2.7	24	83	9	69	32	1	1	64	1.13
273396--273444	26	2.0	24	84	8	62	46	6	0	46	1.27
273957--274208	39	6.8	38	72	19	185	43	2	9	44	1.48
274069--274133	26	2.4	27	84	2	78	40	4	10	44	1.60
274030--274171	65	2.2	65	88	2	205	43	3	9	43	1.53
274095--274301	39	5.8	37	74	21	167	45	2	7	44	1.46
274184--274232	25	2.0	24	96	4	89	44	4	8	42	1.53
274145--274265	64	1.9	64	91	3	199	47	2	5	44	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274209--274327	39	3.1	38	83	8	134	47	2	5	44	1.41
274178--274327	75	2.0	76	81	12	175	47	2	6	44	1.41
275389--275459	28	2.6	28	80	8	76	14	5	2	77	1.06
275347--275442	49	2.0	49	87	6	142	14	10	4	70	1.29
276825--276886	7	8.9	7	83	0	70	22	0	32	45	1.53
276826--276886	14	4.4	14	80	15	81	22	0	31	45	1.53
276868--276945	28	2.8	28	84	0	102	29	1	23	46	1.60
276897--276977	35	2.3	35	80	4	83	25	0	28	45	1.54
279921--279972	19	2.7	19	96	0	95	19	21	32	26	1.97
279939--280103	65	2.6	62	78	13	174	26	17	25	30	1.97
279882--280038	84	1.9	83	82	6	201	26	19	25	28	1.99
285488--285576	19	4.7	19	75	6	74	33	14	19	32	1.92
285496--285558	19	3.3	18	80	10	81	31	17	19	31	1.95
285485--285576	38	2.4	38	84	10	134	34	14	18	32	1.91
288927--289014	20	4.3	20	76	2	95	34	23	17	25	1.96
289008--289254	20	12.3	20	72	15	147	40	24	14	20	1.90
288988--289254	40	6.7	41	72	16	204	40	23	15	20	1.91
288922--289250	161	2.0	161	84	5	425	39	23	15	21	1.91
289248--289288	19	2.1	20	86	4	57	24	19	14	41	1.89
291653--291701	21	2.3	21	82	0	62	20	20	28	30	1.98
291988--292099	21	5.3	21	84	2	109	24	33	19	22	1.97
291988--292123	42	3.2	42	80	6	125	22	34	20	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291988--292123	63	2.2	63	81	5	150	22	34	20	22	1.97
300511--300686	66	2.6	65	88	8	248	27	2	17	52	1.56
301014--301049	18	2.0	18	94	0	63	19	2	22	55	1.56
301373--301514	20	7.1	20	77	10	121	19	13	25	41	1.88
301378--301514	60	2.3	60	82	8	154	19	13	26	40	1.88
303380--303417	17	2.2	17	100	0	76	26	34	5	34	1.79
304654--304690	19	1.9	19	88	0	56	35	29	13	21	1.92
304776--304828	20	2.7	20	93	0	88	41	18	18	20	1.91
304838--304984	20	7.3	20	87	4	215	28	28	20	22	1.98
305805--305858	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
306048--306084	14	2.6	14	91	4	56	51	21	21	5	1.68
308119--308149	12	2.6	12	100	0	62	48	25	9	16	1.76
308327--308581	20	13.7	20	69	16	118	35	19	20	25	1.95
308391--308468	34	2.3	34	95	0	138	37	19	23	20	1.95
308335--308581	34	6.7	38	74	11	124	36	19	20	24	1.95
308421--308625	73	2.8	73	82	5	236	35	19	20	24	1.96
308731--308796	30	2.2	30	94	0	114	54	15	1	28	1.50
310175--310295	21	5.8	21	77	10	104	24	19	36	19	1.95
310777--310898	20	6.4	20	73	11	94	36	22	19	20	1.95
310777--310936	74	2.2	74	89	0	239	38	22	20	19	1.94
310942--310982	19	2.2	19	90	0	64	19	19	19	41	1.91
313014--313070	20	2.8	20	91	0	87	50	21	15	12	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
313017--313088	20	3.7	19	88	1	72	43	23	19	13	1.87
313430--313509	22	3.6	22	87	0	115	20	17	42	20	1.89
313672--313774	20	5.1	20	70	6	73	23	21	27	28	1.99
313672--313798	61	2.1	61	86	2	175	22	20	26	29	1.98
313792--313859	20	3.4	20	97	0	127	23	17	16	42	1.88
313908--313960	19	2.8	19	97	0	97	26	15	24	33	1.95
316059--316600	182	3.0	181	92	1	847	39	14	17	28	1.89
319160--319218	3	19.7	3	82	0	73	28	30	1	38	1.67
320727--321243	200	2.6	201	90	0	822	32	16	13	38	1.87
322844--323371	201	2.7	200	81	4	586	39	13	14	32	1.85
323366--323619	87	2.9	87	92	0	420	33	15	9	41	1.80
323450--323494	23	2.0	23	90	0	72	40	20	6	33	1.78
323985--324030	20	2.2	21	92	3	76	65	10	8	15	1.47
324267--324316	24	2.2	24	86	13	70	46	6	4	44	1.47
324663--324704	20	2.0	21	90	4	68	21	4	11	61	1.48
330892--330990	21	4.8	20	75	6	81	37	23	18	21	1.94
330957--331111	40	3.8	40	82	4	186	37	26	18	18	1.93
330957--331110	20	7.7	20	80	7	168	37	26	18	18	1.93
331493--331563	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
331642--331719	41	1.9	41	94	0	138	44	16	24	14	1.84
331643--331718	21	3.7	21	80	3	100	46	17	23	13	1.83
331703--331743	17	2.7	14	80	20	55	41	24	26	7	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
331712--331744	17	1.9	17	100	0	66	39	24	30	6	1.79
331755--331852	19	5.7	19	69	22	90	11	22	21	44	1.83
331777--331866	14	5.7	14	69	23	63	10	23	22	44	1.82
331760--331874	33	3.5	33	97	0	221	10	22	20	46	1.80
333571--333853	93	3.1	93	98	0	550	22	12	19	45	1.83
333918--334010	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
333901--334010	19	6.3	19	71	20	87	45	28	17	9	1.78
334006--334140	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
334028--334084	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
334011--334103	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
336062--336097	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
336204--336301	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
336204--336315	52	2.2	52	96	3	208	44	17	23	14	1.85
336317--336478	19	9.3	19	75	20	174	14	20	17	46	1.84
336317--336478	52	3.1	52	94	2	272	14	20	17	46	1.84
336317--336492	33	5.2	33	71	17	153	14	21	18	46	1.84
339651--339877	20	11.5	20	88	3	255	19	17	25	37	1.94
339651--339858	97	2.1	99	84	6	262	21	17	25	36	1.95
339845--339898	20	2.7	19	85	5	63	12	18	24	44	1.85
341709--341766	20	2.7	20	81	10	62	29	20	24	25	1.99
343304--343366	23	2.7	23	87	0	90	17	26	25	30	1.97
345890--345920	14	2.1	15	94	5	55	12	0	48	38	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
352291--352533	125	1.9	125	87	1	353	33	18	25	22	1.97
353803--353897	36	2.6	37	76	10	95	35	22	15	26	1.94
354119--354937	55	14.9	55	78	7	523	34	15	23	26	1.95
354119--354792	109	6.1	108	79	8	630	34	16	23	25	1.95
354722--354927	56	3.7	55	85	5	256	31	13	27	28	1.93
360079--360103	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
360193--360223	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
360499--360539	22	1.9	21	90	5	64	70	4	0	24	1.06
363196--363257	31	2.0	31	84	3	81	43	1	8	46	1.42
367301--367364	20	3.2	20	76	6	67	28	4	1	65	1.21

Tables:   1   2   3