genome.fa.s7933.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007933.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110343_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  282743

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
344--391	19	2.6	19	93	3	80	33	2	10	54	1.46
615--1773	194	5.9	199	89	5	1758	35	15	18	31	1.92
615--1754	392	2.9	392	91	5	1799	35	15	18	30	1.92
3084--3135	6	8.7	6	86	0	50	38	7	32	21	1.82
3084--3135	18	2.9	18	88	0	68	38	7	32	21	1.82
3084--3135	12	4.3	12	82	0	59	38	7	32	21	1.82
4326--5249	180	5.1	183	91	3	1491	35	14	16	33	1.89
8574--8621	23	2.1	23	92	0	78	37	18	8	35	1.81
8574--8823	87	2.9	87	96	0	446	33	14	9	42	1.78
8658--8702	23	2.0	23	86	0	63	37	15	8	37	1.79
8735--8795	23	2.7	23	84	0	68	32	13	8	45	1.72
9299--9341	17	2.4	19	81	14	56	41	0	0	58	0.98
10486--10558	29	2.4	29	81	4	83	28	19	8	43	1.79
11817--11906	30	3.0	29	82	10	103	42	7	17	32	1.78
14517--14585	30	2.3	30	84	0	84	39	15	20	24	1.92
14710--14775	28	2.4	28	94	0	114	40	9	19	30	1.83
14786--14871	18	4.8	18	75	5	84	33	4	23	38	1.75
18047--18117	21	3.3	20	77	14	70	39	22	4	33	1.74
18062--18122	21	2.7	23	82	10	81	37	21	4	36	1.75
18520--18606	39	2.2	39	95	0	156	17	13	20	48	1.81
18865--18901	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
19289--19333	24	1.9	23	95	0	72	37	22	8	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19603--19654	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
19613--19675	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
21264--21771	177	2.8	179	93	3	871	32	17	14	35	1.90
23219--23296	3	26.0	3	74	0	66	23	34	6	35	1.80
23223--23308	12	6.9	12	79	7	91	20	34	8	36	1.83
23219--23308	18	4.8	18	76	8	81	22	34	7	35	1.83
23232--23308	36	2.1	36	90	0	118	20	35	9	35	1.85
23223--23311	6	14.3	6	74	6	61	20	34	7	37	1.82
24820--25716	195	4.6	196	95	3	1603	31	15	15	37	1.89
24758--25716	391	2.4	393	96	2	1777	31	16	15	37	1.89
25833--25880	18	2.6	18	90	3	69	56	10	2	31	1.45
27661--27726	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
27760--27824	21	3.1	21	80	6	69	15	29	15	40	1.88
30033--30075	18	2.3	19	88	11	63	23	16	11	48	1.78
30037--30084	19	2.5	20	74	16	55	22	16	10	50	1.76
30204--30248	20	2.3	19	88	11	72	17	15	11	55	1.68
30313--30753	227	1.9	226	94	1	785	39	7	7	45	1.60
31633--31734	53	2.0	49	88	7	150	31	7	18	42	1.79
51188--51218	11	2.8	11	95	0	53	3	9	48	38	1.52
52718--52752	12	3.0	11	88	12	52	54	0	2	42	1.15
53831--53899	35	1.9	35	82	11	86	21	5	1	71	1.16
60615--60674	23	2.7	23	82	7	61	31	10	23	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60559--60678	21	5.6	21	69	11	82	25	13	21	39	1.90
63260--63307	18	2.7	18	87	3	62	35	12	27	25	1.92
63892--63955	33	2.2	28	73	26	69	42	34	7	15	1.76
63885--63968	32	2.6	33	81	5	109	42	36	8	11	1.72
64077--64122	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
64546--64605	31	1.9	31	86	6	86	35	11	23	30	1.90
67742--67915	91	1.9	89	91	2	285	39	16	13	31	1.86
69723--69759	13	2.8	14	84	8	51	51	0	2	45	1.15
92926--92950	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
92970--93135	85	2.0	84	81	4	199	28	16	20	34	1.95
93107--93158	13	4.0	13	84	0	68	32	17	21	28	1.96
95906--95939	16	2.2	15	94	5	59	35	29	0	35	1.58
98091--98187	23	4.5	22	73	8	83	28	23	24	22	1.99
99689--99921	116	2.0	117	98	0	450	26	22	16	34	1.95
101971--102010	20	2.0	21	85	5	55	25	17	10	47	1.78
102120--102159	21	1.9	21	85	10	55	30	12	7	50	1.68
104200--104323	55	2.3	55	97	0	230	31	16	25	25	1.97
110033--110091	26	2.2	26	84	6	73	54	1	6	37	1.37
112617--113038	208	2.0	209	97	0	792	30	6	27	36	1.82
115440--115485	17	2.6	17	89	3	65	39	2	0	58	1.10
115598--115780	76	2.4	76	85	0	242	27	4	16	50	1.65
120307--120344	20	1.9	20	100	0	76	23	21	34	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120306--120462	74	2.1	75	84	3	210	22	16	28	31	1.96
121082--121111	15	1.9	16	93	6	53	20	23	0	56	1.42
123214--123256	15	2.9	15	83	10	54	32	13	0	53	1.41
123216--123258	14	3.0	14	82	3	50	30	13	0	55	1.39
127721--127746	6	4.3	6	100	0	52	0	15	69	15	1.20
130916--130983	3	23.0	3	80	8	77	38	1	0	60	1.06
131013--131049	19	1.9	19	94	0	65	35	48	10	5	1.61
132213--132252	16	2.4	17	83	8	55	30	0	0	70	0.88
132321--132360	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
133643--133676	17	1.9	17	88	5	50	41	2	14	41	1.61
140166--140214	23	2.2	22	85	10	64	22	8	0	69	1.14
143737--143771	18	1.9	18	100	0	70	85	0	5	8	0.73
144653--145281	124	5.1	124	88	2	844	39	16	18	25	1.91
145411--145505	3	31.0	3	79	8	66	43	1	1	54	1.14
146905--146953	21	2.4	20	83	6	62	32	0	2	65	1.04
148383--148566	75	2.5	75	82	0	206	27	7	16	48	1.71
149968--150005	14	2.7	14	87	0	58	10	10	18	60	1.57
149975--150025	24	2.1	24	88	0	75	9	7	19	62	1.50
150200--150300	23	4.3	23	78	10	98	10	11	18	58	1.62
158638--158678	3	13.3	3	84	5	55	60	0	0	39	0.96
159406--159489	2	42.0	2	100	0	168	0	50	0	50	1.00
161934--162013	2	42.0	2	75	14	71	47	5	0	47	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162011--174514	4	3170.2	4	85	5	15027	24	4	26	44	1.72
174524--174641	2	58.5	2	74	17	93	50	1	5	42	1.34
174527--174641	9	12.9	9	72	19	75	51	1	5	41	1.34
174526--174634	19	5.8	18	74	18	71	51	1	5	41	1.36
174524--174641	29	4.3	28	76	18	115	50	1	5	42	1.34
174988--175054	28	2.3	29	89	5	109	32	28	1	37	1.66
175454--175525	36	2.0	36	83	8	92	48	1	4	45	1.30
175942--175986	13	3.4	13	80	17	56	46	0	8	44	1.34
176083--176119	19	1.9	19	100	0	74	45	27	0	27	1.54
177968--178049	33	2.5	33	87	0	128	28	15	18	37	1.91
180994--181120	60	2.1	59	80	7	141	32	17	15	34	1.91
182855--182941	31	2.8	31	79	5	97	35	24	14	25	1.94
187226--187316	31	3.0	31	85	1	130	36	21	17	24	1.95
189463--189490	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
194147--194171	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
194538--194569	14	2.3	14	100	0	64	37	0	12	50	1.41
194770--194807	18	2.1	19	90	5	60	55	7	7	28	1.57
199143--199209	31	2.2	31	86	0	89	49	7	23	19	1.74
202333--202379	18	2.6	19	86	10	71	61	4	6	27	1.39
202336--202384	18	2.5	20	77	19	57	65	4	6	24	1.33
202975--203011	11	3.3	11	96	3	65	78	0	13	8	0.96
209914--209963	25	2.0	25	96	0	91	22	22	12	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212896--212951	28	2.0	28	100	0	112	39	3	14	42	1.63
213936--214027	39	2.3	41	83	11	127	29	3	1	66	1.14
213940--214006	18	3.6	18	73	11	62	26	4	1	67	1.19
213971--214049	30	2.6	31	76	13	76	25	3	0	70	1.03
214004--214067	18	3.7	18	76	10	55	21	3	0	75	0.95
213999--214065	31	2.3	28	82	10	80	22	2	0	74	0.95
214057--214139	36	2.3	35	78	10	87	21	4	4	68	1.27
214166--214213	18	2.7	17	78	15	53	14	10	2	72	1.19
215434--215464	16	2.0	15	93	6	53	6	16	0	77	0.97
217429--217479	13	3.8	14	82	15	63	74	3	17	3	1.12

Tables:   1   2