genome.fa.s7964.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007964.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110393_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1737572

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5209--5485	36	7.7	36	97	0	491	29	23	28	18	1.97
15237--15284	16	2.8	18	81	12	57	25	6	4	64	1.35
18063--18116	20	2.8	20	91	5	85	48	18	3	29	1.65
18184--18222	8	4.9	8	87	12	62	64	7	0	28	1.21
18185--18230	24	1.9	24	91	8	76	63	6	0	30	1.20
18184--18230	16	2.9	16	93	6	78	63	6	0	29	1.19
22442--22505	33	1.9	33	100	0	128	42	0	3	54	1.16
22495--22538	23	1.9	23	85	0	61	27	18	9	45	1.79
33349--33436	29	3.0	29	95	3	158	32	23	19	23	1.97
33349--33437	30	3.0	30	96	1	162	33	23	19	23	1.97
34244--34295	19	2.7	19	100	0	104	21	30	17	30	1.96
37339--37403	33	2.0	33	81	6	78	40	15	6	38	1.72
40640--40757	50	2.3	49	78	2	137	16	34	27	21	1.95
41046--41257	111	1.9	111	98	0	406	36	7	11	44	1.69
43100--43135	15	2.4	15	100	0	72	33	25	33	8	1.86
45222--45246	12	2.1	12	100	0	50	60	8	16	16	1.58
47115--47157	21	2.0	21	90	0	68	23	34	6	34	1.82
53550--53909	179	2.0	179	100	0	720	44	19	15	20	1.86
54538--54563	13	2.0	13	100	0	52	7	30	23	38	1.83
56412--56737	162	2.0	164	95	1	593	33	19	15	31	1.93
59521--59558	13	2.9	13	92	0	58	10	26	23	39	1.87
65734--65817	42	2.0	42	97	0	159	44	9	23	22	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82406--82446	19	2.2	19	86	4	57	29	21	31	17	1.96
86992--87033	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
87160--88029	76	11.5	76	97	1	1606	35	21	20	22	1.96
87160--88029	227	3.8	228	96	2	1606	35	21	20	22	1.96
93692--93723	17	1.9	16	93	6	55	0	15	0	84	0.63
100557--100613	3	19.0	3	96	0	105	64	1	0	33	1.04
105415--105498	24	3.5	24	86	3	125	29	15	19	35	1.92
105576--105720	35	4.1	35	95	0	245	11	30	24	33	1.90
105782--105830	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
109124--109165	21	2.0	20	86	4	57	38	14	7	40	1.73
111032--111301	139	1.9	139	94	0	477	23	26	13	36	1.92
120509--120575	20	3.5	19	73	17	59	56	1	0	41	1.08
130632--130690	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
135322--135380	29	2.0	29	93	0	100	23	13	13	49	1.78
140019--140077	29	2.0	29	96	0	109	23	11	13	50	1.74
143406--143504	23	4.6	21	82	14	89	18	18	26	37	1.93
143424--143509	23	3.9	23	80	16	119	18	16	24	40	1.90
143446--143543	42	2.3	42	85	3	135	20	18	24	36	1.94
143552--143583	6	5.3	6	92	0	55	37	46	15	0	1.46
144774--144821	24	2.0	24	87	4	69	58	6	6	29	1.47
144782--144831	24	2.1	24	81	7	57	64	2	8	26	1.32
145529--145564	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150123--150150	14	2.0	14	100	0	56	50	14	7	28	1.69
152635--152672	18	2.1	19	90	5	60	44	0	36	18	1.50
160150--160209	29	2.2	29	85	8	81	41	0	8	50	1.33
160168--160560	196	2.0	187	91	6	644	42	4	10	43	1.57
174483--174558	33	2.2	35	84	11	95	67	1	1	30	1.07
174504--174559	10	5.3	10	72	19	51	66	0	1	32	1.03
174509--174562	22	2.3	25	84	12	78	68	0	1	29	1.00
174519--174584	9	7.0	9	72	14	53	68	3	3	25	1.19
176105--176155	3	16.3	3	84	8	57	58	0	3	37	1.16
176393--176438	23	2.0	23	100	0	92	47	17	13	21	1.81
176321--176509	94	2.0	93	85	9	258	38	20	16	24	1.92
176416--176686	74	3.7	76	89	6	418	34	21	18	25	1.96
176641--176732	46	2.0	46	100	0	184	36	19	17	26	1.94
176494--176883	195	2.0	196	95	2	714	34	21	18	25	1.96
176687--177133	76	5.9	76	97	0	849	34	21	19	24	1.96
176568--176808	122	2.0	119	95	2	437	34	21	18	25	1.96
176687--177133	229	2.0	228	97	0	849	34	21	19	24	1.96
176687--177133	153	2.9	152	97	0	849	34	21	19	24	1.96
177786--177862	22	3.5	22	89	0	118	40	15	11	32	1.84
178237--178384	54	2.7	54	87	0	206	25	21	14	38	1.92
182202--182610	134	3.1	134	96	0	746	32	22	15	30	1.94
187028--187074	19	2.4	19	79	10	51	63	2	4	29	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187854--187896	18	2.5	17	88	7	61	69	0	0	30	0.88
189079--189132	3	17.3	3	84	7	72	61	0	3	35	1.14
189079--189132	22	2.4	23	87	6	76	61	0	3	35	1.14
201729--201815	45	1.9	45	97	0	165	31	25	9	34	1.87
223326--223359	15	2.3	15	89	0	50	85	0	5	8	0.75
223326--223369	8	5.6	8	89	5	54	81	0	6	11	0.86
224382--224916	55	9.7	55	85	2	641	31	15	26	27	1.96
224823--224969	55	2.7	54	83	7	174	32	20	23	23	1.98
228646--228696	23	2.2	22	83	13	59	23	7	5	62	1.44
229674--229741	16	4.2	16	92	0	64	36	13	4	45	1.63
229682--229744	16	3.9	16	93	0	99	39	9	4	46	1.58
234801--234843	4	10.8	4	85	9	61	27	0	0	72	0.85
234844--234902	12	4.9	12	87	6	75	59	3	1	35	1.24
234859--234905	3	15.7	3	90	0	76	61	2	0	36	1.08
235038--235333	124	2.4	122	85	3	371	21	18	15	43	1.87
235250--235822	113	5.0	113	83	4	666	30	18	13	38	1.89
235249--235808	230	2.4	228	86	3	750	30	18	13	37	1.89
236509--237022	101	5.3	98	85	10	611	33	20	16	30	1.94
236703--237017	95	3.4	93	91	4	526	34	19	15	30	1.93
236509--237021	187	2.6	192	86	9	670	32	20	16	30	1.94
237802--237868	1	67.0	1	72	0	53	0	13	0	86	0.57
237802--237868	17	4.1	16	85	14	93	0	13	0	86	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237810--237868	10	6.1	10	90	2	68	0	13	0	86	0.57
237802--237874	27	2.7	27	82	6	94	0	16	0	83	0.64
245149--245181	15	2.1	16	88	5	50	45	12	18	24	1.83
248481--248521	18	2.3	18	88	12	59	63	2	4	29	1.28
250645--250708	9	7.1	9	80	7	76	59	3	1	35	1.23
250647--250705	12	4.9	12	87	6	75	59	3	1	35	1.24
250662--250708	3	15.7	3	90	0	76	61	2	0	36	1.08
261309--261360	21	2.3	23	71	21	56	61	21	11	5	1.50
261311--261349	21	1.9	21	89	5	62	64	20	12	2	1.40
262909--262995	3	29.3	3	73	13	56	31	1	2	65	1.12
262908--262997	28	3.4	26	79	11	85	31	1	2	65	1.12
267206--267265	23	2.6	23	89	0	84	18	25	26	30	1.98
271678--271747	19	3.9	19	71	17	78	45	20	21	12	1.84
271686--271772	33	2.6	33	90	0	138	44	20	20	13	1.85
271953--272007	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
272177--272287	20	5.6	20	84	4	134	18	18	27	36	1.94
272154--272287	40	3.3	40	80	7	146	17	17	26	38	1.93
272274--272391	21	5.7	21	71	10	91	21	16	25	36	1.94
277580--277628	20	2.4	21	83	10	66	22	4	0	73	1.00
277688--277806	16	7.2	16	68	19	68	18	5	1	74	1.08
277755--277805	5	9.8	5	79	12	50	17	3	0	78	0.90
277689--277837	80	1.9	81	83	9	202	19	7	1	71	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277703--277867	76	2.1	74	81	13	183	20	8	1	70	1.20
283566--283679	42	2.7	41	76	6	106	35	16	21	26	1.94
285033--285227	42	4.8	42	70	16	140	32	14	18	33	1.92
285058--285312	124	2.1	124	80	5	284	33	15	18	32	1.92
295305--295496	86	2.2	86	85	0	242	33	25	16	23	1.96
295308--295496	43	4.4	43	81	3	211	32	25	16	24	1.96
296110--296208	30	3.3	30	82	10	123	40	5	8	46	1.55
296111--296208	29	3.3	29	87	4	124	40	5	8	45	1.56
297691--297722	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
298403--298438	18	1.9	19	88	5	56	66	5	5	22	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6