genome.fa.s7964.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007964.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110393_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1737572

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
587556--587595	20	2.0	20	85	0	53	15	12	22	50	1.77
589450--589593	20	7.5	20	83	9	192	40	20	18	20	1.92
589450--589631	40	4.9	40	76	14	192	40	20	19	19	1.91
589640--589789	20	8.4	19	71	20	74	18	19	22	40	1.92
589660--589751	32	2.8	33	83	5	114	16	19	22	41	1.90
590266--590370	21	5.0	21	74	3	95	21	36	19	22	1.95
591785--591830	19	2.4	19	96	0	83	15	17	17	50	1.79
591835--591923	20	4.4	20	85	2	117	17	23	23	34	1.96
594490--594543	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
594490--594557	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
595403--595470	20	3.4	20	86	8	102	19	20	23	36	1.95
595467--595512	21	2.2	21	84	0	56	36	19	28	15	1.92
601943--602033	33	2.8	33	96	0	164	41	9	16	31	1.81
605421--605661	53	4.5	53	83	3	259	24	25	21	28	1.99
605754--605778	13	1.9	13	100	0	50	24	20	24	32	1.98
605981--606072	42	2.2	41	82	1	103	29	21	22	26	1.99
605819--606246	215	2.0	215	96	0	795	30	19	16	33	1.94
606232--606345	34	3.1	39	81	13	150	24	20	21	33	1.97
615152--615178	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
616732--616810	2	39.0	2	92	2	131	46	0	3	49	1.19
617187--617225	20	2.0	20	94	0	69	28	25	23	23	1.99
625771--625809	20	2.0	20	84	0	51	33	20	23	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
627385--627863	82	5.8	82	87	3	656	34	11	20	34	1.88
627385--627861	167	2.9	163	86	4	661	34	11	20	33	1.88
627353--627868	249	2.1	249	88	1	784	34	11	19	34	1.88
629681--629728	24	2.0	24	100	0	96	54	12	12	20	1.70
632138--632177	22	1.9	21	85	10	55	17	25	30	27	1.97
634002--634041	22	1.9	21	85	10	55	17	25	30	27	1.97
638353--638387	18	1.9	18	88	0	52	62	0	31	5	1.18
638348--638381	12	2.8	12	90	0	59	61	0	32	5	1.20
638352--638394	18	2.4	17	81	11	50	62	0	32	4	1.15
640943--640997	21	2.5	22	80	16	62	30	14	23	30	1.94
641985--642025	20	2.0	20	95	0	73	39	21	12	26	1.89
645145--645645	249	2.0	249	98	0	966	33	21	12	31	1.92
651465--651516	19	2.7	19	100	0	104	30	34	17	17	1.93
651400--651560	84	1.9	84	89	3	254	29	24	18	27	1.98
659001--659025	3	8.3	3	100	0	50	0	68	0	32	0.90
660132--660290	65	2.5	64	87	3	212	30	23	16	28	1.96
662022--662060	18	2.2	18	100	0	78	33	12	5	48	1.63
663283--663307	8	3.1	8	100	0	50	16	24	24	36	1.94
664020--664104	30	2.8	29	78	8	89	10	22	24	42	1.85
664059--664097	20	2.0	20	89	0	60	10	20	23	46	1.81
665351--665385	16	2.2	16	100	0	70	45	5	17	31	1.71
666598--666698	34	2.9	35	80	4	107	38	20	13	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
681106--681140	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
681544--681627	27	3.1	27	94	1	150	35	17	23	22	1.95
688534--688578	22	2.0	22	86	0	63	33	26	24	15	1.95
690019--690228	105	2.0	105	83	1	260	23	15	21	39	1.92
702438--702479	21	2.0	22	95	4	77	42	2	2	52	1.27
702849--702890	16	2.7	15	82	10	57	11	4	4	78	1.06
705543--705596	28	1.9	28	92	0	90	40	11	5	42	1.64
706315--706343	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
708068--708558	83	5.9	83	82	2	518	24	17	23	34	1.96
708068--708558	167	2.9	166	82	2	561	24	17	23	34	1.96
708684--708776	32	2.8	35	80	11	113	24	17	25	32	1.97
708560--708780	121	1.8	121	88	1	336	25	18	24	31	1.98
709242--709350	43	2.5	43	82	2	130	23	14	30	31	1.95
709515--709642	64	2.0	61	86	4	175	32	10	20	36	1.87
713661--713687	12	2.2	12	100	0	54	62	0	0	37	0.95
719036--719111	3	25.7	3	94	2	136	34	1	0	64	1.02
720512--720558	14	3.5	13	80	13	51	40	2	2	55	1.24
731594--731660	11	5.9	11	83	13	82	83	0	16	0	0.64
731601--731662	7	8.3	7	78	19	63	83	0	16	0	0.64
731590--731662	28	2.6	28	89	6	103	83	0	16	0	0.64
731594--731663	35	2.0	35	86	10	99	82	0	17	0	0.66
732797--733104	83	3.7	83	95	0	539	27	13	22	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734092--734146	16	3.2	17	73	17	60	47	9	23	20	1.78
733863--734627	113	6.8	113	97	2	1456	35	12	21	30	1.90
734560--734692	65	2.0	65	98	0	257	36	12	18	31	1.89
734447--734791	178	1.9	178	98	0	672	36	12	20	31	1.89
734334--734891	291	1.9	293	93	2	971	36	11	20	31	1.88
734625--734891	115	2.3	115	91	3	416	38	11	19	30	1.87
735145--735209	3	21.7	3	93	0	112	32	1	1	64	1.12
736642--736688	14	3.5	13	80	13	51	40	2	2	55	1.24
737897--737938	21	2.0	21	81	9	50	57	0	0	42	0.99
740844--740899	26	2.1	27	90	6	87	37	17	23	21	1.94
745798--745883	43	2.0	43	93	0	145	41	10	13	33	1.79
749429--749470	20	2.0	21	86	13	61	33	2	0	64	1.07
749429--749470	21	2.0	20	86	4	57	33	2	0	64	1.07
753218--753257	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
753263--753300	20	1.9	20	88	0	58	18	26	28	26	1.98
757098--757137	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
764903--764969	25	2.7	25	95	0	125	50	7	0	41	1.30
781249--781277	15	1.9	15	100	0	58	6	68	13	10	1.37
783188--783329	76	1.9	76	89	5	225	40	11	7	40	1.69
784238--784776	260	2.0	263	89	4	818	41	21	12	24	1.88
786846--786885	21	1.9	21	84	0	53	10	15	2	72	1.21
790592--790624	17	1.9	17	93	0	57	57	3	3	36	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
790584--790653	30	2.3	31	80	9	90	50	2	10	37	1.51
791177--791719	270	2.0	270	98	0	1059	33	11	22	33	1.90
793583--793650	18	3.9	18	74	18	72	16	26	32	25	1.96
794600--794724	31	4.0	31	92	2	198	20	19	22	37	1.94
795205--795247	21	2.0	21	82	8	52	32	4	13	48	1.63
800444--800541	31	3.2	31	95	0	169	18	20	14	46	1.83
802269--802327	30	1.9	30	82	6	73	35	10	13	40	1.78
802661--802693	16	2.0	17	94	5	59	36	6	18	39	1.75
806088--806116	2	15.0	2	92	7	51	0	51	0	48	1.00
812000--812088	25	3.6	25	96	0	160	46	17	3	32	1.65
815292--815340	23	2.2	22	82	10	55	22	4	20	53	1.63
816428--816882	232	2.0	226	97	2	856	24	18	20	37	1.94
817154--817287	46	2.9	47	85	4	164	28	13	20	37	1.91
818233--818283	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
818127--818334	65	3.2	65	80	11	205	27	17	25	30	1.97
818682--818711	14	2.1	14	100	0	60	43	20	6	30	1.77
819312--819355	21	2.1	21	91	0	70	40	15	36	6	1.74
820155--820218	21	3.0	21	77	4	67	29	6	42	21	1.78
824793--824832	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
826888--826938	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
826782--826989	65	3.2	65	81	11	214	27	17	25	29	1.97
832886--832998	37	3.0	38	75	7	115	38	22	19	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
832886--833035	74	2.0	74	81	2	176	36	21	20	22	1.96
833398--833802	54	7.5	54	94	0	657	35	17	26	19	1.94
853497--853569	38	1.9	38	83	5	94	12	32	15	39	1.84
853550--853624	37	2.0	37	94	0	132	17	22	16	44	1.87
854497--854548	22	2.3	23	86	6	70	19	44	21	15	1.87
854504--854541	17	2.2	17	95	0	67	21	47	21	10	1.80
854531--854561	7	4.4	7	95	0	53	19	29	25	25	1.99
860519--860557	17	2.3	17	100	0	78	17	46	23	12	1.83
866066--866112	19	2.4	20	75	13	53	53	2	0	44	1.12
879302--879388	44	2.0	44	88	0	129	33	10	28	27	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6