genome.fa.s7970.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007970.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110407_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  487657

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 288 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184327--184379	23	2.4	22	80	20	58	45	0	0	54	0.99
184783--184826	18	2.4	18	96	0	79	36	9	36	18	1.82
186633--186670	17	2.2	17	100	0	76	63	0	5	31	1.17
187191--187228	20	1.9	20	88	0	58	50	15	13	21	1.78
187925--188017	21	4.5	21	75	4	91	40	18	23	17	1.90
187928--188017	41	2.2	41	97	0	171	42	17	23	16	1.89
187944--188078	41	3.3	41	81	6	123	39	20	20	19	1.93
188006--188100	20	4.7	20	80	2	91	34	24	17	23	1.96
188287--188330	22	2.0	22	90	0	70	20	45	13	20	1.85
189951--189995	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
190482--190526	20	2.3	20	80	3	56	40	20	22	17	1.92
190526--190583	14	3.9	14	81	16	71	50	24	17	8	1.74
190510--190600	32	2.8	33	93	3	157	48	21	18	10	1.79
190617--190674	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
190612--190690	32	2.4	33	95	2	142	10	18	24	46	1.80
190631--190748	20	6.4	19	77	11	95	13	20	24	41	1.88
192735--192788	14	3.5	14	77	22	63	48	20	20	11	1.80
192716--192793	33	2.4	33	91	0	120	42	21	23	12	1.87
192812--192869	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
193086--193148	33	1.9	33	90	0	99	14	22	19	44	1.86
193929--193982	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
194004--194087	42	2.0	42	85	0	114	22	16	39	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196089--196259	19	9.1	19	81	10	181	44	21	21	12	1.85
196089--196259	39	4.6	38	77	10	154	44	21	21	12	1.85
196255--196335	19	4.5	19	74	16	73	11	17	24	46	1.80
196852--196904	20	2.7	20	90	0	79	26	20	26	26	1.99
196935--197026	21	4.5	21	76	11	93	17	23	18	40	1.91
196935--197026	40	2.3	41	96	1	168	17	23	18	40	1.91
197292--197372	39	2.1	39	92	0	135	43	6	8	41	1.60
197821--197996	56	2.9	61	84	10	236	15	7	32	43	1.75
197840--197996	29	5.4	29	77	9	176	14	6	33	45	1.70
210442--210500	20	3.0	20	92	5	93	37	11	25	25	1.90
213007--213091	33	2.6	33	92	3	136	9	10	37	42	1.72
213667--213717	18	2.9	18	79	2	59	27	29	5	37	1.80
214531--214662	17	7.9	16	68	13	54	70	5	3	21	1.21
215785--215825	14	2.9	14	85	7	57	63	0	2	34	1.08
215844--216166	37	8.7	36	84	7	375	45	5	3	45	1.43
216759--217272	84	6.1	84	88	0	677	22	18	22	36	1.95
220688--220724	17	2.2	17	100	0	74	29	27	21	21	1.99
221319--222391	538	2.0	538	94	0	1858	32	18	16	31	1.94
222569--222630	27	2.3	27	78	8	65	72	3	1	22	1.08
223846--223884	11	3.8	10	83	16	53	76	0	2	20	0.90
223887--224153	76	3.6	72	82	11	281	47	4	3	44	1.41
223889--224181	37	7.9	37	80	11	296	46	5	3	44	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223939--224187	112	2.2	115	82	11	304	47	6	2	43	1.42
228735--228779	21	2.1	21	83	0	54	20	20	20	40	1.92
228785--228845	20	3.0	20	95	0	113	37	26	16	19	1.93
228771--228867	40	2.4	39	80	11	124	39	25	17	17	1.91
228894--228977	20	4.2	20	79	8	82	33	21	10	34	1.88
229918--229971	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
230146--230173	12	2.3	12	100	0	56	71	0	28	0	0.86
232822--232950	63	2.0	63	84	0	168	32	18	19	29	1.96
233023--233070	25	1.9	25	91	0	78	22	10	22	43	1.84
233456--233492	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
233437--233496	24	2.5	23	78	7	75	36	6	11	45	1.67
234711--234784	29	2.6	29	93	0	130	27	17	25	29	1.97
234802--234906	20	5.2	20	84	0	129	20	19	21	38	1.94
234962--235116	64	2.4	66	85	5	215	52	18	1	27	1.53
236458--236528	21	3.4	21	76	3	72	21	21	35	22	1.96
236458--236580	42	2.9	42	84	4	151	23	17	35	22	1.95
236478--236576	21	4.7	21	75	3	92	24	17	34	24	1.96
236830--236880	21	2.4	21	87	6	68	37	27	13	21	1.91
236956--237005	21	2.4	21	82	0	64	32	32	14	22	1.93
238727--238764	20	1.9	20	88	0	58	18	13	18	50	1.78
239085--239165	22	3.8	22	86	3	103	24	7	40	27	1.81
239259--239306	25	1.9	25	83	8	62	35	10	18	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239338--239387	20	2.5	20	90	0	82	24	18	22	36	1.95
242516--242548	10	3.3	10	95	0	57	12	3	18	66	1.36
242735--242794	23	2.6	23	86	0	93	13	8	16	61	1.55
243898--244022	16	7.9	16	74	7	76	52	27	11	9	1.68
243952--244028	30	2.5	32	80	8	95	54	28	10	6	1.59
243910--244028	62	1.9	63	80	3	141	52	26	10	10	1.66
254436--254479	18	2.4	18	80	0	52	25	0	25	50	1.50
256894--256934	22	1.9	22	90	5	66	48	17	9	24	1.76
256981--257053	19	3.7	19	79	5	65	31	16	23	28	1.96
263257--263322	33	2.0	34	93	3	116	28	19	24	27	1.99
272586--272747	83	2.0	82	92	1	270	43	10	4	41	1.61
274530--274585	21	2.7	21	97	0	103	25	21	25	28	1.99
274607--274671	21	3.1	21	95	0	112	23	26	21	29	1.99
282351--282514	82	2.0	82	100	0	328	36	13	18	31	1.89
282759--282839	21	3.8	21	80	6	81	25	32	24	17	1.97
282759--282819	23	2.8	22	85	7	79	24	32	24	18	1.97
288077--288220	58	2.5	57	78	6	157	41	10	8	39	1.69
288081--288340	57	4.5	56	71	16	165	40	12	9	37	1.76
289798--289955	84	1.9	82	92	2	262	45	12	1	39	1.53
298069--298150	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
302777--302858	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
304594--304698	41	2.6	41	89	4	151	28	22	15	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
306659--306714	28	2.0	28	89	0	85	35	5	7	51	1.52
307295--307346	20	2.6	20	90	6	79	9	21	25	44	1.82
307482--307507	6	4.3	6	100	0	52	34	46	19	0	1.50
308172--308263	41	2.2	41	88	5	132	42	22	17	17	1.89
308154--308243	22	4.2	22	73	8	96	38	25	16	18	1.92
308235--308286	20	2.6	20	100	0	104	46	23	21	9	1.80
308636--308737	24	4.3	23	75	9	80	34	16	11	37	1.85
315456--315510	21	2.7	20	81	10	67	32	16	20	30	1.94
315945--316085	58	2.4	59	95	2	257	33	14	19	32	1.92
316002--316302	99	3.0	99	88	5	396	36	13	17	32	1.89
316187--316263	20	3.7	21	68	19	54	42	10	12	33	1.77
316175--316260	43	2.0	43	93	0	145	43	9	12	34	1.75
316019--316319	102	3.0	102	88	5	409	37	12	16	33	1.86
316218--316908	59	11.7	59	90	2	976	35	12	18	33	1.88
317129--317283	68	2.2	69	86	3	204	31	13	23	30	1.93
317255--317302	19	2.5	19	96	0	87	16	18	31	33	1.94
317274--317470	68	2.9	68	89	1	288	28	13	26	30	1.94
322051--322134	43	2.0	43	82	0	105	34	16	19	29	1.94
322065--322146	43	1.9	43	82	0	101	34	15	20	29	1.94
322566--322630	21	3.1	21	88	0	85	1	38	10	49	1.47
329502--329811	83	3.8	83	75	6	245	35	18	16	29	1.93
339095--339263	43	3.9	43	89	0	221	21	19	27	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
339095--339306	43	5.0	43	84	2	205	22	18	26	32	1.97
339095--339305	86	2.5	86	81	0	226	22	18	27	32	1.97
339683--339777	21	4.5	21	76	10	77	2	37	20	40	1.64
339738--339784	21	2.2	21	100	0	94	0	38	27	34	1.57
339746--339789	12	3.9	12	77	17	58	0	36	29	34	1.58
339745--339796	12	4.6	12	74	13	56	0	38	26	34	1.57
347973--348115	42	3.4	42	74	5	119	31	18	20	28	1.97
352530--352576	21	2.3	21	92	3	78	8	6	27	57	1.53
364149--364232	17	4.9	17	73	2	60	42	8	13	35	1.74
366348--366386	17	2.2	18	86	4	53	10	5	0	84	0.76

Tables:   1   2   3