genome.fa.s8002.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008002.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110461_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1031338

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
915--964	24	2.2	23	82	10	59	46	6	4	44	1.47
1222--1251	13	2.2	14	94	5	53	73	0	26	0	0.84
6466--6501	8	4.5	8	89	0	54	38	0	11	50	1.38
7099--7158	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
11901--11952	26	2.0	26	100	0	104	42	19	11	26	1.85
14392--14450	26	2.2	25	85	8	73	62	1	11	23	1.38
28778--28813	4	9.0	4	93	0	63	47	2	0	50	1.15
30266--30348	39	2.2	39	86	4	116	28	15	8	46	1.75
34267--34584	157	2.0	160	96	3	590	35	21	15	26	1.94
38415--38455	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
46002--46046	20	2.3	20	88	3	65	53	2	2	42	1.25
46102--46197	31	3.1	29	71	16	79	38	6	5	50	1.50
46578--46948	184	2.0	184	92	3	622	45	9	3	41	1.54
47080--47117	15	2.6	14	88	8	58	18	5	26	50	1.68
50115--50281	11	15.3	11	65	21	57	46	2	1	49	1.25
50205--50300	23	4.3	21	78	13	63	47	3	2	46	1.29
50254--50300	11	4.2	11	76	15	51	51	2	0	46	1.13
50243--50301	22	2.7	22	89	7	77	49	1	0	49	1.11
52492--52541	25	2.0	25	96	0	91	36	6	24	34	1.80
55284--55320	19	1.9	19	100	0	74	27	5	29	37	1.79
65249--65303	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
65503--65546	22	2.0	22	90	0	70	22	18	9	50	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67877--67910	15	2.3	15	94	0	59	52	0	0	47	1.00
67876--67914	15	2.7	15	84	7	55	51	0	0	48	1.00
68564--68588	6	4.2	6	100	0	50	20	16	32	32	1.94
75988--76036	22	2.2	22	85	0	62	32	0	28	38	1.57
75996--76041	22	2.1	22	95	0	83	30	0	26	43	1.55
76078--76122	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
78544--78601	23	2.5	23	82	0	71	15	29	27	27	1.96
78954--78985	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
82435--82490	24	2.3	24	100	0	112	28	17	16	37	1.91
86819--86894	23	3.3	23	79	3	82	44	13	27	14	1.82
87167--87600	200	2.1	203	89	5	664	31	18	18	31	1.95
87157--87643	41	12.0	40	70	14	232	31	18	17	31	1.95
88060--88105	19	2.4	20	92	7	78	13	19	8	58	1.60
92420--92647	43	5.3	43	85	5	311	26	24	17	31	1.97
92420--92647	85	2.7	85	90	4	361	26	24	17	31	1.97
93982--94029	18	2.8	17	84	12	62	72	6	2	18	1.15
93980--94022	19	2.3	18	84	4	59	72	6	2	18	1.19
95373--95436	3	21.7	3	96	3	121	65	0	0	34	0.93
95752--97061	225	5.8	226	95	1	2273	28	19	12	38	1.89
95752--97092	338	4.0	339	94	1	2265	28	19	12	38	1.89
95752--97061	113	11.6	113	96	1	2273	28	19	12	38	1.89
97748--98135	83	4.7	84	87	5	524	36	22	12	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110529--110589	22	2.9	22	68	7	54	52	1	0	45	1.10
110619--110669	19	2.8	18	82	8	68	72	5	1	19	1.15
111457--111508	26	1.9	28	88	7	81	1	21	9	67	1.29
111970--112048	3	26.7	3	84	2	106	65	0	2	31	1.06
113668--113717	21	2.4	21	100	0	100	28	8	30	34	1.86
119423--119489	14	4.4	14	74	20	62	23	37	29	8	1.86
119419--119484	34	1.9	34	96	0	123	22	37	28	10	1.88
119646--119758	29	3.9	29	94	0	181	22	30	31	15	1.95
120558--120597	21	1.9	21	89	0	62	35	22	27	15	1.94
126008--126041	13	2.6	13	95	0	59	8	8	0	82	0.85
130535--130571	14	2.6	14	91	8	58	56	0	8	35	1.29
132962--133019	29	2.0	29	96	0	107	41	18	10	29	1.84
135061--135685	210	3.0	210	99	0	1241	36	16	13	33	1.88
141462--141525	32	2.0	32	96	0	119	31	32	9	26	1.88
141871--141911	12	3.2	13	80	16	50	70	0	2	26	0.99
141919--142001	36	2.5	33	79	15	89	73	2	10	13	1.19
141955--141988	10	3.4	10	87	0	50	76	0	14	8	1.01
141917--142010	46	2.1	45	82	13	113	74	3	9	12	1.18
142249--142278	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
153284--153347	29	2.1	32	82	8	80	76	0	9	14	1.01
153584--153620	3	12.3	3	88	11	58	64	0	2	32	1.07
161841--161867	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162589--162647	31	1.9	31	92	0	100	42	5	5	47	1.47
162852--162937	28	3.1	27	65	18	68	44	13	1	40	1.52
163231--163273	11	3.9	11	87	9	52	67	0	0	32	0.91
163232--163274	16	2.6	17	85	10	54	65	0	0	34	0.93
163232--163274	5	8.0	5	85	10	50	65	0	0	34	0.93
163307--163369	24	2.5	25	80	12	67	52	1	0	46	1.10
163306--163431	64	2.0	64	87	6	186	51	1	0	46	1.10
163326--163408	14	6.4	13	72	18	66	50	1	0	48	1.08
163333--163408	40	2.0	36	87	10	107	50	1	0	48	1.09
163362--163449	26	3.4	28	74	15	98	53	2	0	44	1.13
163306--163454	64	2.4	64	83	8	182	53	2	0	44	1.12
167911--167948	19	2.0	19	89	0	58	52	15	2	28	1.56
174135--174203	34	2.0	34	97	0	129	31	17	5	44	1.72
175506--175803	133	2.2	133	81	5	336	33	22	14	29	1.93
176496--176525	15	2.0	15	100	0	60	26	20	13	40	1.89
177485--177558	37	2.0	38	89	5	116	21	9	8	60	1.53
199745--199792	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
200749--200813	23	2.8	23	90	0	94	38	18	7	35	1.80
201148--201198	22	2.3	22	83	12	68	43	17	1	37	1.61
201158--201219	23	2.7	23	87	2	81	37	19	6	37	1.78
200823--201739	423	2.2	429	96	2	1726	38	12	8	40	1.73
201565--201618	23	2.5	20	75	18	54	42	18	1	37	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201580--201642	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
204189--205032	183	4.6	184	98	0	1629	33	15	15	34	1.89
206396--206482	3	29.0	3	77	0	84	24	34	5	35	1.79
206396--206497	18	5.7	18	79	0	87	22	34	6	36	1.81
206404--206494	42	2.2	42	91	0	146	21	35	7	35	1.83
207954--209351	197	7.1	198	94	3	2433	32	15	14	37	1.88
209432--209472	19	2.2	19	90	0	64	58	9	2	29	1.43
211249--211314	33	2.0	33	87	0	96	24	45	1	28	1.62
213586--213622	18	2.0	20	89	10	60	21	16	8	54	1.68
213753--213799	20	2.3	20	89	10	78	17	17	10	55	1.69
221078--221963	317	2.8	318	92	1	1465	34	15	14	34	1.88
224336--224366	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
229234--229284	23	2.2	23	96	0	93	17	45	13	23	1.84
232241--232285	24	1.9	23	82	13	56	24	8	6	60	1.51
232370--232431	30	2.1	30	84	0	79	43	4	8	43	1.55
235934--235983	19	2.5	20	80	3	57	50	6	6	38	1.52
238294--238341	23	2.1	23	84	0	60	35	10	18	35	1.85
238767--238829	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
238408--239458	426	2.5	430	97	0	2004	38	11	7	41	1.71
239193--239255	23	2.7	23	87	0	90	38	19	4	38	1.73
239677--239762	39	2.2	39	93	0	145	18	13	18	48	1.80
240486--240544	23	2.6	23	91	5	93	42	16	5	35	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243020--243500	183	2.6	183	95	0	883	34	16	14	34	1.89
244962--245036	3	25.0	3	70	0	51	24	33	6	36	1.81
244966--245048	12	6.9	12	80	0	85	21	33	8	36	1.84
244970--245048	36	2.2	36	88	0	113	21	34	8	35	1.85
244990--245051	18	3.4	18	77	0	70	19	33	9	37	1.84
244966--245051	6	14.3	6	75	0	55	20	33	8	37	1.83
246507--247785	395	3.2	397	97	1	2410	32	16	15	36	1.90
246507--247785	197	6.5	197	95	2	2318	32	16	15	36	1.90
247910--247958	19	2.6	19	90	6	73	57	10	2	30	1.43
249738--249803	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51

Tables:   1   2   3   4   5