genome.fa.s8002.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008002.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110461_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1031338

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
760568--760620	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
760942--761071	30	4.3	30	89	1	170	24	17	23	34	1.96
762919--763036	60	2.0	59	85	5	157	25	20	25	28	1.99
763989--764056	24	2.8	25	88	2	102	55	1	22	20	1.51
764328--764388	28	2.2	28	75	16	65	47	1	19	31	1.59
779210--779465	20	12.5	20	73	10	90	39	18	22	19	1.92
779314--779488	83	2.1	83	88	0	251	36	17	24	22	1.94
779335--779485	20	7.4	20	82	4	167	37	16	23	22	1.94
779335--779474	63	2.3	62	81	3	176	36	16	24	22	1.94
779589--779723	6	22.7	6	99	0	263	32	50	17	0	1.46
780404--780447	6	7.5	6	82	2	54	6	13	47	31	1.69
780426--780450	12	2.1	12	100	0	50	16	8	40	36	1.77
780544--780881	20	16.6	20	79	6	169	18	23	19	38	1.93
780546--780777	40	5.7	40	84	4	257	20	25	17	36	1.94
780546--780777	83	2.8	83	84	1	281	20	25	17	36	1.94
780831--780881	19	2.6	20	90	3	77	15	17	23	43	1.88
786390--786462	2	37.5	2	89	5	114	47	0	0	52	1.00
795481--795509	15	2.0	15	93	6	51	31	6	0	62	1.22
798634--798659	13	2.0	13	100	0	52	46	0	23	30	1.53
801000--801056	16	3.5	16	79	9	53	59	5	0	35	1.20
809325--809375	24	2.1	24	96	0	93	45	7	7	39	1.62
809285--809579	137	2.2	135	84	8	377	42	9	10	37	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
809462--809524	28	2.2	29	82	2	74	47	11	6	34	1.64
809312--809629	137	2.3	134	80	11	333	43	11	9	36	1.72
809467--809682	105	2.0	106	86	7	305	43	10	9	37	1.71
809527--809723	105	1.9	102	82	7	243	41	9	11	38	1.74
813070--813103	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
818564--818622	19	3.1	19	72	13	59	47	1	1	49	1.21
819752--819821	34	2.1	34	86	5	99	22	30	15	31	1.95
822909--822987	20	3.8	20	86	5	104	16	29	36	17	1.92
834354--834396	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
835622--835670	25	2.0	25	100	0	98	36	24	22	16	1.94
840361--840480	45	2.7	45	84	2	163	28	15	13	43	1.84
843342--843373	17	1.9	17	93	6	57	40	0	40	18	1.51
843617--843653	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
843698--843750	20	2.7	20	100	0	106	39	16	20	22	1.92
843739--843789	21	2.4	21	96	0	93	33	27	19	19	1.96
843781--843882	20	5.1	20	80	7	125	29	26	19	24	1.98
843760--843882	61	2.0	61	90	0	192	30	26	19	23	1.98
843739--843854	21	5.7	20	77	11	85	31	25	19	22	1.98
844699--844750	23	2.2	24	90	6	81	21	15	21	42	1.89
847177--847375	20	10.6	19	70	20	91	36	22	19	21	1.95
847199--847355	54	2.9	54	89	1	235	36	21	19	21	1.95
847288--847408	40	3.4	34	75	13	127	35	22	20	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
847175--847487	74	4.3	73	81	4	301	36	20	20	23	1.95
847381--847446	20	3.3	20	87	2	71	34	19	19	25	1.96
847595--847655	28	2.1	29	90	3	97	57	13	3	26	1.51
849599--849684	20	4.3	20	81	0	91	47	23	13	15	1.81
849727--849846	20	6.3	20	76	14	119	19	21	25	34	1.96
849692--849829	34	3.9	34	75	11	132	18	21	23	36	1.95
849801--849868	20	3.4	20	87	0	82	22	19	23	35	1.96
849685--849860	74	2.4	74	84	8	266	21	21	21	36	1.95
849987--850048	31	2.0	31	87	9	90	51	17	8	22	1.71
851840--851895	20	2.8	20	86	0	76	48	21	17	12	1.80
851882--851937	19	2.8	20	81	5	69	33	23	19	23	1.97
851843--851935	20	4.7	20	81	2	71	40	22	19	17	1.91
852258--852330	22	3.3	22	86	0	110	21	16	41	20	1.90
852500--852586	41	2.1	41	84	0	111	19	24	28	27	1.98
852575--852627	20	2.7	20	96	0	97	20	20	18	39	1.92
852701--852747	19	2.4	19	82	3	58	25	14	29	29	1.95
852713--852749	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
852907--852952	21	2.2	21	96	0	83	56	17	2	23	1.52
855312--855343	12	2.8	12	90	9	50	40	0	21	37	1.54
857906--857956	17	3.1	17	72	16	52	35	3	1	58	1.28
859853--859889	17	2.2	18	85	9	51	48	5	0	45	1.25
867549--867624	21	3.6	21	82	7	100	40	21	22	15	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
870215--870260	17	2.8	16	87	9	65	76	0	21	2	0.90
870215--870259	5	8.2	5	83	16	54	75	0	22	2	0.91
870215--870259	11	4.1	11	83	8	56	75	0	22	2	0.91
873158--874063	55	16.6	55	91	2	1360	28	14	28	28	1.95
883376--883404	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
885082--885144	11	5.8	11	75	17	60	69	4	6	19	1.28
885100--885163	32	2.0	32	91	8	105	70	10	3	15	1.28
885812--886013	101	2.0	101	96	0	368	49	13	9	27	1.72
887259--887299	3	13.0	3	89	5	55	60	0	0	39	0.96
887482--887841	133	2.7	131	87	4	488	24	19	31	24	1.98
888104--888161	29	2.0	29	86	3	80	44	12	12	31	1.78
888056--888251	91	2.1	91	85	4	261	44	14	11	29	1.80
888192--888356	29	5.6	28	81	10	152	43	12	13	30	1.82
888352--888541	66	3.0	64	83	7	217	46	13	9	31	1.75
888606--888664	31	1.9	31	93	3	102	44	11	13	30	1.80
888702--888797	36	2.6	36	80	3	111	40	12	16	30	1.86
888742--889081	105	3.2	104	78	10	379	40	10	15	32	1.82
893144--893207	32	2.0	31	88	8	94	68	10	3	17	1.31
901611--901724	41	2.7	42	78	9	117	41	5	1	51	1.34
910507--910594	20	4.4	19	79	11	88	27	22	14	35	1.93
910486--910594	40	2.7	40	82	4	139	29	22	13	34	1.92
911519--911562	23	1.9	23	95	0	79	25	22	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
914294--914686	205	1.9	203	90	5	632	41	23	8	25	1.83
915765--915881	21	5.6	21	82	2	146	22	19	36	21	1.95
915765--915884	41	2.9	42	91	2	188	23	20	35	20	1.96
916277--916324	21	2.3	21	85	0	69	31	35	14	18	1.91
916658--916736	40	2.0	40	94	0	140	48	16	12	22	1.80
917890--917943	20	2.7	19	86	8	81	48	20	16	14	1.81
917950--918008	20	3.0	20	92	0	100	18	13	16	50	1.77
918349--918399	21	2.4	21	96	0	93	29	23	27	19	1.98
918503--918540	20	2.0	20	84	5	51	44	13	15	26	1.83
919286--919310	6	4.2	6	100	0	50	0	52	0	48	1.00
921637--921699	33	1.9	33	90	6	101	33	4	0	61	1.17
931138--931168	16	1.9	16	93	0	53	61	19	0	19	1.35
937758--937837	34	2.3	35	82	6	92	45	16	2	36	1.61
939199--939232	12	2.6	13	90	9	52	47	20	20	11	1.81
940914--940959	16	2.9	16	81	12	58	41	8	0	50	1.33
943147--943194	22	2.1	24	84	7	64	52	0	4	43	1.20
962021--962087	28	2.5	26	83	9	73	62	1	1	34	1.13
962426--962489	24	2.8	24	72	27	50	40	0	0	59	0.97
964863--964908	18	2.7	18	81	15	53	43	2	0	54	1.12
968852--968891	12	3.4	12	79	6	55	42	22	15	20	1.88
968815--968948	57	2.4	57	88	0	187	44	15	14	26	1.85
968844--968898	23	2.4	23	87	0	92	43	16	14	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
968905--968977	23	3.2	23	90	1	103	45	20	10	23	1.83
968974--969033	31	1.9	31	86	0	84	61	13	5	20	1.50
976501--976583	42	2.0	42	92	0	139	8	39	20	31	1.82
989783--989870	5	18.0	5	93	6	130	36	0	0	63	0.95
989925--989987	33	1.9	33	90	0	99	38	17	12	31	1.87
990310--990424	35	3.3	34	75	11	90	24	6	1	66	1.25
993986--994514	110	4.9	109	90	2	791	33	22	19	24	1.97
994632--995003	85	4.4	84	89	1	555	30	25	19	24	1.98
994632--995003	169	2.2	169	92	0	620	30	25	19	24	1.98
994854--995140	145	1.9	147	81	7	341	31	24	19	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5