genome.fa.s8005.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008005.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110467_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1778185

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16464--16516	27	2.0	26	85	7	72	62	0	3	33	1.13
16526--16571	20	2.3	20	85	7	58	13	4	6	76	1.14
23587--23621	16	2.2	16	94	0	61	0	11	14	74	1.08
25996--26042	10	5.0	10	82	12	64	19	21	44	14	1.86
25996--26042	19	2.5	19	93	3	78	19	21	44	14	1.86
29809--29841	13	2.4	14	90	5	50	54	0	0	45	0.99
33095--33147	14	3.6	14	75	25	56	62	0	1	35	1.06
37295--37535	3	82.3	3	78	11	207	28	4	1	65	1.23
37392--37550	14	11.6	14	77	11	116	24	2	5	67	1.23
37304--37535	32	7.2	32	74	14	162	27	5	1	65	1.23
37379--37550	64	2.8	60	80	6	195	25	2	4	66	1.25
38001--38053	14	3.6	14	75	25	56	62	0	1	35	1.06
42184--42395	3	72.7	3	78	12	167	27	6	1	64	1.27
42182--42386	17	11.9	17	73	11	152	27	6	1	64	1.26
42182--42395	108	1.9	111	81	9	260	27	6	1	64	1.27
43162--43554	194	2.0	194	100	0	786	25	15	34	24	1.95
45679--46297	309	2.0	309	99	0	1229	27	15	16	40	1.88
46916--47162	122	2.0	122	96	0	449	32	16	19	31	1.94
49590--50153	306	1.9	298	88	4	862	25	21	16	36	1.94
56157--56182	13	2.0	13	100	0	52	38	15	46	0	1.46
61350--61382	17	1.9	17	100	0	66	30	15	0	54	1.41
70770--71179	207	2.0	207	99	0	802	30	14	18	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76348--76562	103	2.1	103	94	0	376	37	24	12	25	1.90
77328--77401	23	3.4	23	74	14	93	20	28	21	29	1.98
77307--77420	19	5.5	19	70	16	75	21	28	21	28	1.99
77307--77421	42	2.7	42	94	1	194	20	28	21	28	1.98
77498--77561	19	3.4	19	93	0	110	20	29	20	29	1.97
82321--82389	23	3.0	23	84	0	93	30	24	21	23	1.99
82408--82587	96	1.9	96	95	0	324	35	25	13	26	1.92
84550--84632	37	2.3	34	80	13	94	59	2	6	32	1.35
85139--85290	74	2.0	76	83	2	191	44	13	8	33	1.75
85655--85696	17	2.5	17	96	0	75	40	19	7	33	1.78
87914--87939	4	6.5	4	100	0	52	73	0	0	26	0.84
92276--92301	12	2.2	12	100	0	52	30	15	26	26	1.96
97660--97720	27	2.2	26	80	11	68	47	3	3	45	1.35
97818--97877	19	3.1	19	77	18	61	45	1	3	50	1.28
109336--109368	5	6.6	5	92	0	57	21	0	15	63	1.30
109890--109926	15	2.5	15	90	0	56	56	2	0	40	1.13
111575--111605	16	1.9	16	93	0	53	45	6	0	48	1.28
132831--132952	61	2.0	61	98	0	235	52	12	8	27	1.67
133189--133247	24	2.4	25	91	5	102	54	10	22	13	1.69
149781--149883	30	3.4	31	81	9	122	44	10	6	37	1.66
164253--164401	60	2.5	60	83	4	176	45	8	18	27	1.78
166619--166656	19	2.0	20	84	5	51	65	2	5	26	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169157--169207	23	2.2	22	82	6	66	13	23	11	50	1.74
169487--170095	259	2.4	252	85	7	788	26	12	20	40	1.88
171163--171219	25	2.3	25	79	14	64	45	3	3	47	1.37
171531--171635	21	4.8	21	81	11	122	20	16	19	43	1.88
171557--171843	42	7.0	41	85	9	333	21	18	21	38	1.93
171606--171673	33	2.1	33	94	0	118	20	19	22	38	1.94
171638--171836	21	9.5	20	69	17	120	21	19	22	37	1.94
172434--172460	11	2.5	11	100	0	54	0	18	55	25	1.43
172431--172464	17	2.1	16	94	5	59	0	17	52	29	1.45
172559--172627	21	3.3	21	65	15	61	34	26	17	21	1.95
172698--172772	21	3.6	21	94	0	123	22	20	25	32	1.98
172784--172880	46	2.1	46	94	0	167	25	17	23	32	1.96
173614--173657	23	1.9	23	86	9	63	20	15	9	54	1.68
173623--173665	23	1.9	23	90	4	70	16	13	11	58	1.64
182391--182433	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
184040--184107	23	3.0	23	88	0	91	19	26	26	27	1.99
184849--184901	16	3.1	16	75	19	61	33	0	3	62	1.13
185136--185183	24	2.0	24	95	0	87	14	8	20	56	1.64
187705--187735	14	2.2	14	94	0	53	16	16	9	58	1.63
191811--191905	42	2.2	42	85	12	124	50	9	0	40	1.35
199739--199913	96	1.8	97	89	1	280	21	17	23	37	1.94
200894--200937	23	1.9	23	86	9	63	59	2	0	38	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208966--208996	15	2.1	15	100	0	62	19	19	19	41	1.90
212335--212476	71	2.0	71	97	0	266	29	9	19	40	1.84
217472--217572	40	2.5	40	93	3	166	38	24	15	20	1.92
217454--217597	21	7.0	21	72	15	111	35	25	17	22	1.95
220339--220510	94	1.8	95	83	3	231	44	7	9	37	1.66
222026--222067	17	2.5	17	92	0	66	28	26	9	35	1.88
222503--222527	12	2.1	12	100	0	50	44	8	8	40	1.63
226937--226993	22	2.6	24	73	18	61	52	0	1	45	1.11
231779--231826	18	2.7	18	87	6	62	35	0	2	62	1.07
231796--231828	6	5.5	6	100	0	66	30	0	0	69	0.88
245127--245313	20	9.6	20	80	9	208	35	26	19	18	1.95
245668--245736	32	2.2	32	91	0	111	11	21	20	46	1.82
245668--245717	18	3.0	18	69	22	54	12	22	22	44	1.85
245838--245927	33	2.8	33	86	3	103	42	24	23	10	1.84
245858--245927	33	2.2	33	92	2	115	42	25	22	8	1.82
245923--246019	19	5.7	18	73	20	84	10	24	22	42	1.85
245945--246031	14	5.7	14	72	25	70	9	25	24	41	1.84
245928--246039	32	3.5	33	90	4	185	9	24	21	44	1.82
247688--248059	183	2.1	178	93	4	649	22	12	18	45	1.83
247688--248057	91	4.1	93	95	4	654	22	12	18	45	1.83
248101--248228	19	7.3	18	73	19	110	45	28	17	8	1.78
248135--248228	33	2.9	32	92	4	152	45	28	18	7	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248224--248337	18	6.8	18	71	22	95	10	20	23	45	1.82
248245--248269	12	2.1	12	100	0	50	8	20	24	48	1.76
248229--248319	33	2.9	31	90	6	148	10	19	21	47	1.80
250215--250249	14	2.6	14	90	4	54	31	0	22	45	1.53
250355--250436	19	4.6	19	80	20	113	43	18	23	14	1.86
250443--250708	52	5.0	52	92	6	437	14	22	16	46	1.83
250465--250736	19	15.4	19	81	16	336	13	21	18	46	1.83
250443--250736	33	8.4	38	82	14	336	13	21	18	46	1.84
253011--253035	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
253932--254321	20	19.5	20	86	4	450	20	18	25	35	1.95
257087--257158	3	24.0	3	97	0	135	33	1	0	65	1.02
263082--263134	21	2.5	21	90	0	79	32	32	18	16	1.94
263130--263210	44	1.9	40	90	9	126	22	20	22	34	1.97
263138--263392	63	4.1	62	74	14	245	23	18	23	34	1.96
263201--263389	42	4.5	42	91	0	315	22	17	23	35	1.95
264272--264343	21	3.4	21	76	14	85	37	23	19	19	1.94
264268--264362	42	2.3	42	96	0	172	35	24	18	21	1.95
264268--264362	21	4.6	19	71	21	66	35	24	18	21	1.95
266445--266515	35	2.0	35	83	0	88	49	4	14	32	1.62
270550--270597	2	24.0	2	100	0	96	0	50	0	50	1.00
272374--272528	77	2.0	77	98	0	301	22	16	21	39	1.92
272849--272902	27	2.0	27	89	3	83	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273083--273146	2	32.0	2	87	0	92	50	0	0	50	1.00
273116--273154	12	3.2	12	92	0	60	38	0	0	61	0.96
273092--273154	16	3.9	16	87	0	63	46	0	0	53	1.00
273160--273193	17	2.0	17	88	11	52	64	0	5	29	1.17
273199--273231	16	2.1	16	88	11	50	60	0	0	39	0.97
274664--275639	113	8.7	113	94	1	1575	28	18	14	38	1.90
276070--276124	22	2.5	22	81	0	65	36	12	14	36	1.84
276484--276649	54	3.1	54	93	0	278	22	24	16	37	1.93
278714--278938	114	2.0	115	90	0	362	30	21	15	32	1.94
282359--282608	30	8.3	30	98	0	482	30	23	22	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7