genome.fa.s8005.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008005.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110467_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1778185

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
641710--641887	33	5.2	33	73	15	146	14	23	19	43	1.87
641723--641876	53	2.9	52	92	1	254	14	22	17	45	1.85
641807--641891	19	4.7	19	76	15	81	15	23	22	38	1.92
641989--642025	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
643208--643294	21	4.1	21	74	0	84	22	19	36	20	1.95
643641--643963	94	3.4	94	93	1	522	47	17	12	22	1.81
645651--645717	20	3.3	20	89	4	91	37	22	23	16	1.94
645642--645717	40	1.9	40	83	5	100	40	19	23	15	1.90
645691--645785	33	2.8	33	85	1	136	42	20	23	14	1.89
645724--645788	19	3.7	19	70	19	59	44	20	21	13	1.86
645784--645905	20	6.5	19	72	13	83	12	18	18	51	1.76
646463--646676	20	10.6	20	77	6	198	21	19	22	36	1.95
646467--646657	40	4.7	40	88	1	283	20	18	22	38	1.94
646467--646676	81	2.6	81	90	3	325	21	18	22	37	1.94
646462--646737	20	13.6	20	75	6	126	20	18	23	37	1.94
646462--646737	81	3.4	81	81	6	301	20	18	23	37	1.94
646731--646782	21	2.5	22	75	9	54	25	19	19	36	1.95
647723--647752	14	2.2	13	94	5	51	63	0	3	33	1.11
647949--648072	61	2.0	61	100	0	248	25	25	12	35	1.92
653143--653250	37	3.2	35	80	19	131	12	10	37	39	1.78
653180--653245	28	2.4	28	94	2	116	13	9	34	42	1.76
653795--653908	18	6.3	18	94	0	183	27	23	6	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
654524--654611	43	2.0	43	95	0	158	29	18	12	39	1.87
664036--664089	25	2.2	25	86	0	72	29	31	0	38	1.57
664061--664121	32	1.9	32	89	0	95	31	32	0	36	1.58
664036--664121	25	3.2	25	69	20	64	30	32	0	37	1.58
665887--665941	12	4.5	13	74	17	55	38	0	1	60	1.08
666313--666366	24	2.2	24	100	0	108	37	14	37	11	1.82
676562--676591	14	2.2	13	94	5	51	63	0	3	33	1.11
676788--676911	61	2.0	61	100	0	248	25	25	12	35	1.92
678561--678678	60	2.0	61	91	1	193	31	14	16	37	1.89
681986--682093	37	3.2	35	80	19	131	12	10	37	39	1.78
682023--682088	28	2.4	28	94	2	116	13	9	34	42	1.76
682640--682754	18	6.4	18	95	0	185	26	26	6	40	1.79
683369--683456	43	2.0	43	95	0	158	29	18	12	39	1.87
692917--692977	32	1.9	32	89	0	95	31	32	0	36	1.58
692892--692945	25	2.2	25	89	0	81	29	33	0	37	1.58
694728--694781	12	4.4	13	73	17	53	38	0	1	59	1.08
695145--695222	24	3.2	24	100	0	156	37	15	35	11	1.84
706410--706458	24	2.2	22	86	13	66	57	4	0	38	1.18
717706--717786	38	2.2	37	78	13	85	48	2	2	46	1.28
720399--720426	6	4.7	6	100	0	56	50	0	32	17	1.47
726831--726872	21	2.1	20	91	8	68	42	4	4	47	1.45
730773--730801	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731202--731658	232	2.0	222	88	8	677	27	12	19	40	1.87
746348--746384	12	3.2	12	92	7	67	75	0	0	24	0.80
746348--746384	11	3.3	11	96	3	65	75	0	0	24	0.80
746350--746399	19	2.5	20	77	3	57	68	0	0	32	0.90
746348--746392	23	2.0	23	90	0	72	73	0	0	26	0.84
747401--747444	20	2.2	20	91	0	70	43	6	22	27	1.78
747390--748624	641	1.9	640	84	7	1665	39	10	14	36	1.80
748890--748978	34	2.7	31	79	6	88	39	0	2	58	1.11
750757--750847	21	4.3	21	86	5	130	20	30	25	23	1.98
750754--750847	42	2.2	42	90	0	152	20	31	25	22	1.98
751370--751454	40	2.1	40	86	0	116	58	3	1	36	1.23
751398--751473	34	2.2	34	85	0	98	57	2	2	36	1.26
751368--751480	40	3.0	39	72	15	110	55	4	1	38	1.30
751876--752481	128	4.7	128	94	0	1052	33	21	23	21	1.97
751876--752481	255	2.4	256	94	0	1061	33	21	23	21	1.97
752562--752602	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
761088--761112	11	2.3	11	100	0	50	40	0	0	60	0.97
767214--767283	23	3.0	23	97	0	131	38	0	17	44	1.49
767415--767500	27	3.3	25	65	17	66	45	0	9	45	1.35
768896--768951	25	2.2	26	84	12	73	46	5	1	46	1.36
769224--769263	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
769347--769406	3	20.0	3	80	13	70	35	0	1	63	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770849--771085	120	2.0	117	83	6	300	37	7	8	46	1.61
775217--775266	23	2.1	24	82	10	59	82	4	12	2	0.90
775228--775286	16	3.6	16	86	11	84	84	5	8	1	0.82
777562--777785	114	2.0	114	93	0	385	32	16	21	29	1.95
778953--779816	226	3.8	226	90	1	1329	37	14	19	28	1.92
778953--779817	113	7.7	113	87	2	1207	37	14	19	28	1.92
780157--780216	3	20.0	3	80	13	70	35	0	1	63	1.05
781783--781824	20	2.2	19	86	4	57	33	0	2	64	1.07
781679--781915	120	2.0	117	83	6	300	37	7	8	46	1.62
782906--782939	17	1.9	17	88	5	50	32	0	2	64	1.08
782902--782952	18	2.7	19	76	17	52	39	0	1	58	1.09
783769--783812	7	6.3	7	89	0	70	18	0	36	45	1.49
785984--786861	439	2.0	439	98	0	1711	24	15	23	36	1.93
790176--790205	10	3.1	10	90	9	53	10	0	0	90	0.47
790176--790205	9	3.2	9	95	4	51	10	0	0	90	0.47
790306--790358	27	2.0	27	88	0	79	22	7	16	52	1.69
798932--799033	42	2.5	41	81	1	123	24	23	22	29	1.99
799156--799249	42	2.3	41	81	5	109	24	23	22	29	1.99
798926--799645	213	3.4	214	91	1	1183	32	16	18	32	1.93
799590--799871	80	3.5	80	90	0	465	30	18	23	28	1.97
799829--799932	42	2.5	42	91	0	163	25	17	23	34	1.96
800335--800597	53	4.9	53	84	1	321	31	21	25	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801698--801728	10	3.1	10	95	0	53	12	0	0	87	0.55
801829--801881	27	2.0	27	88	0	79	22	7	16	52	1.69
808480--808607	63	2.0	63	95	0	229	40	15	4	39	1.68
828097--828137	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
837357--837408	16	3.1	17	86	5	61	53	1	7	36	1.41
838278--838458	90	2.0	90	100	0	362	27	20	12	39	1.88
842159--842184	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
851715--851740	10	2.6	10	100	0	52	0	30	23	46	1.53
855746--855784	19	2.1	19	85	9	53	43	0	5	51	1.24
866370--866402	16	2.0	17	88	5	50	18	6	9	66	1.40
868146--868191	24	1.9	24	86	0	65	17	23	32	26	1.97
870731--870755	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
870755--870818	2	32.0	2	80	0	74	45	0	45	9	1.36
871292--871328	15	2.4	16	86	13	51	32	2	5	59	1.34
871788--872035	130	1.9	130	90	0	397	35	12	15	36	1.85
872433--872508	35	2.2	35	90	0	116	35	1	25	38	1.64
875283--875317	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
876480--876596	35	3.2	36	89	6	166	43	18	5	32	1.72
876525--876588	20	3.4	20	66	29	59	45	18	4	31	1.70
881137--881200	20	3.4	20	66	29	59	45	18	4	31	1.70
881102--881201	35	2.8	35	92	3	155	43	19	5	33	1.72
886825--886859	17	2.1	17	88	0	52	22	5	0	71	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
889797--889861	22	3.0	22	75	18	64	50	0	1	47	1.10
889787--889854	23	3.0	22	75	16	66	50	0	1	48	1.10
902981--903172	102	1.9	102	91	4	316	38	13	21	27	1.90
907882--907965	41	2.0	41	97	0	159	44	20	9	26	1.82
916358--916498	64	2.2	63	83	5	167	38	18	17	26	1.92
916978--917195	103	2.1	103	97	0	409	24	13	24	37	1.92
917210--917263	23	2.3	23	80	0	63	24	27	22	25	2.00
917210--917274	23	2.8	23	69	4	60	24	24	23	27	2.00
923374--923534	64	2.5	64	80	10	168	34	18	19	27	1.95
923994--924212	103	2.1	103	95	0	393	25	12	25	36	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7