genome.fa.s8018.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008018.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110485_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  927418

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2304--2336	15	2.1	16	88	5	50	9	24	15	51	1.72
3085--3118	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87
4464--5042	208	2.8	209	88	1	849	27	22	16	33	1.95
6640--6681	21	2.1	21	86	8	61	33	4	11	50	1.60
11987--12845	210	4.1	210	90	1	1238	27	21	16	34	1.95
12300--12821	105	5.0	104	62	15	248	29	21	15	33	1.95
14521--14552	15	2.1	16	94	5	57	43	9	18	28	1.81
15148--15282	16	8.2	15	69	19	65	75	1	5	17	1.07
15145--15289	64	2.3	63	78	13	156	75	2	6	16	1.10
15132--15299	29	5.8	27	66	26	78	73	3	6	16	1.18
15215--15311	28	3.6	25	75	15	79	74	4	9	12	1.20
15367--15406	16	2.6	15	88	4	53	75	0	5	20	0.99
15304--15441	44	3.2	42	77	16	115	71	0	6	21	1.08
16822--17982	164	7.0	163	84	4	1360	25	19	24	30	1.98
16855--17983	84	13.6	82	78	5	1067	25	19	24	30	1.98
16822--17980	249	4.7	249	82	3	1338	25	19	24	30	1.98
17991--18037	26	1.9	23	86	8	58	27	21	23	27	1.99
22560--22604	21	2.1	21	91	0	72	11	28	24	35	1.90
23389--23443	29	1.9	28	82	10	67	72	3	3	20	1.15
23475--23554	15	5.5	14	70	18	65	78	1	6	13	0.99
23526--23564	18	2.2	18	85	0	51	79	2	5	12	1.00
23513--23606	48	2.0	49	84	14	126	76	1	5	17	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23514--23606	12	7.5	12	73	17	59	77	1	4	17	0.99
24595--24688	28	3.1	28	80	13	107	36	0	0	63	0.94
24698--24822	53	2.3	56	80	5	130	52	1	5	40	1.34
24690--24835	29	5.1	30	72	16	121	52	1	6	39	1.37
25111--25149	20	2.0	20	94	0	69	38	30	17	12	1.88
25111--25149	9	4.1	9	81	12	51	38	30	17	12	1.88
25156--25259	29	3.6	29	92	0	154	17	28	31	22	1.96
25559--25613	29	2.0	28	89	10	87	43	10	38	7	1.68
25828--25918	46	1.9	48	86	8	134	40	0	12	47	1.41
25959--26035	34	2.3	33	81	14	88	40	0	12	46	1.42
26088--26118	15	2.1	14	94	5	53	38	0	6	54	1.26
28263--28295	17	1.9	17	93	0	57	45	12	6	36	1.66
28280--28348	22	3.0	22	73	19	77	47	5	4	42	1.47
28487--28573	38	2.4	37	81	9	99	51	4	2	41	1.35
28503--29102	14	44.1	13	71	20	273	44	9	2	43	1.50
28503--29102	26	24.2	26	74	12	447	44	9	2	43	1.50
28519--29160	124	5.2	124	97	0	1182	44	9	2	43	1.49
32005--32049	15	2.9	15	83	3	54	42	2	8	46	1.47
31981--32039	26	2.3	24	78	16	64	40	3	8	47	1.51
32764--32870	46	2.4	43	82	13	130	50	8	0	40	1.39
32835--32892	27	2.1	28	96	3	109	58	12	0	29	1.34
32869--32917	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33441--33478	20	1.9	20	94	0	67	21	50	13	15	1.78
33467--33504	20	1.9	20	88	0	58	26	50	7	15	1.72
33556--33649	29	3.2	29	96	0	170	17	35	31	15	1.91
55437--55490	16	3.4	16	76	5	56	57	1	0	40	1.09
55427--55489	31	2.0	32	87	6	92	52	1	1	44	1.20
56588--56618	14	2.2	14	94	0	53	16	0	29	54	1.42
56593--56626	14	2.4	14	90	0	50	20	0	23	55	1.43
56736--56793	22	2.4	25	80	11	77	53	0	1	44	1.10
57089--57149	21	2.9	20	78	7	59	22	1	29	45	1.62
57249--57418	2	88.0	2	63	19	58	44	6	2	46	1.42
57324--57349	7	3.7	7	100	0	52	46	0	0	53	1.00
57604--57687	19	4.5	19	79	10	84	27	28	0	44	1.55
57637--57687	17	2.8	17	88	8	66	27	27	0	45	1.54
57784--57841	29	2.0	29	83	6	73	48	3	1	46	1.29
57871--57986	49	2.4	46	81	9	133	43	3	1	50	1.29
57932--57967	18	2.1	18	94	5	65	50	0	5	44	1.25
57939--57991	17	3.1	16	82	15	54	45	1	1	50	1.23
64900--64966	31	2.2	31	83	5	82	41	11	22	23	1.87
70099--70131	17	1.9	17	88	11	50	66	0	0	33	0.92
70098--70177	25	3.2	25	65	21	58	58	0	1	40	1.06
70936--71240	150	2.0	151	98	1	594	46	9	7	37	1.63
74785--75610	39	21.3	39	87	2	1074	35	15	17	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75106--75166	32	1.9	32	93	0	104	29	16	14	39	1.88
75615--75929	76	4.1	76	83	4	334	39	11	15	33	1.82
75675--75869	36	5.1	35	68	16	102	39	11	14	34	1.82
75615--75869	78	3.3	77	85	4	329	40	11	14	33	1.82
75729--75849	36	3.2	38	75	10	115	39	11	16	32	1.84
75623--75923	154	2.0	150	84	6	392	38	11	15	34	1.84
80473--80523	18	2.8	18	100	0	102	47	0	0	52	1.00
83908--83951	21	2.2	20	91	4	70	52	0	4	43	1.22
84376--84640	137	1.9	137	84	1	352	34	20	18	26	1.96
86821--86884	28	2.4	28	80	17	73	29	10	7	51	1.65
86990--87086	25	3.8	25	81	9	99	39	31	0	28	1.57
87957--88007	19	2.7	19	85	8	68	19	25	27	27	1.99
87949--88016	9	7.3	9	86	3	82	17	26	27	27	1.98
88013--88070	5	10.8	5	78	14	62	18	51	22	6	1.70
88013--88077	22	3.0	22	100	0	130	18	49	23	9	1.76
90665--90737	3	24.3	3	88	0	74	36	8	0	54	1.30
93933--93962	16	1.9	16	93	6	53	33	0	10	56	1.32
96019--96057	17	2.3	17	95	0	69	43	5	20	30	1.73
96052--96177	44	2.9	44	90	0	198	26	14	23	35	1.93
96498--97016	254	2.0	261	87	8	763	40	19	11	27	1.87
97387--97572	60	3.1	60	77	4	205	30	24	5	39	1.78
97678--97795	59	2.0	58	83	9	150	36	5	23	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100844--100911	16	4.1	17	80	12	54	48	0	1	50	1.10
100879--100910	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
100684--101130	231	1.9	231	100	0	894	43	7	5	42	1.57
101075--101115	16	2.5	17	80	11	50	48	0	2	48	1.14
101257--101344	30	2.9	29	79	5	86	43	2	9	45	1.48
104098--104135	18	2.1	18	100	0	76	18	21	10	50	1.76
114403--114493	45	2.0	45	97	0	173	36	18	13	31	1.89
119355--119407	27	2.0	27	84	0	70	35	11	7	45	1.69
119594--119645	21	2.5	20	81	15	52	7	13	0	78	0.94
120706--120746	20	2.0	21	85	4	57	36	9	0	53	1.34
122701--122813	43	2.7	43	84	4	131	31	19	18	30	1.96
122843--122945	43	2.4	43	82	6	136	31	21	14	33	1.93
127052--127126	24	3.1	24	88	3	89	12	12	20	56	1.67
127051--127106	14	4.3	14	80	17	57	10	14	23	51	1.73
128107--128181	10	7.7	10	71	21	61	10	12	21	56	1.66
128113--128177	16	4.1	16	91	0	112	9	12	21	56	1.63
128247--128279	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
131946--132009	32	2.0	32	100	0	128	40	9	9	40	1.70
142973--143019	17	3.1	15	85	14	69	4	12	34	48	1.61
142998--143034	18	2.0	19	94	5	67	0	16	35	48	1.46
143430--143493	29	2.2	29	82	2	74	45	26	3	25	1.68
143536--143588	19	2.7	19	85	2	70	33	24	20	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150532--150570	15	2.6	16	92	8	64	61	23	5	10	1.48
153276--153340	28	2.3	28	100	0	130	16	9	33	40	1.81
153498--153559	29	2.1	29	81	3	70	46	24	3	25	1.67
153569--153607	17	2.3	17	81	0	51	20	23	38	17	1.93
154880--154943	32	2.0	32	100	0	128	28	6	15	50	1.68
159847--159903	23	2.5	22	86	5	87	19	10	3	66	1.36
162476--162523	13	3.7	13	88	0	69	31	18	16	33	1.94
165669--165697	14	2.1	14	100	0	58	34	6	0	58	1.25
171169--171225	27	2.3	24	80	14	62	66	3	0	29	1.08
180487--180560	36	2.1	36	85	10	98	12	10	29	47	1.75

Tables:   1   2   3   4   5