genome.fa.s8018.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008018.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110485_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  927418

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
653543--653576	14	2.6	13	90	9	52	41	0	14	44	1.45
653723--653752	14	2.1	14	100	0	60	46	0	13	40	1.43
653724--653757	14	2.6	13	90	9	52	41	0	14	44	1.45
653889--653919	12	2.5	13	94	5	55	25	6	9	58	1.54
653935--653982	14	3.6	14	88	11	82	43	0	12	43	1.42
653938--653977	12	3.2	12	92	7	62	40	0	15	45	1.46
658936--659010	3	25.0	3	100	0	150	66	0	0	33	0.92
660730--660807	30	2.6	30	95	4	140	30	41	17	10	1.83
662326--662356	15	2.1	15	100	0	62	32	12	12	41	1.81
671992--672031	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
672772--672996	43	5.1	44	72	10	147	27	16	5	49	1.68
677532--677626	46	2.0	48	95	4	176	42	8	4	45	1.54
677644--677677	15	2.2	15	89	5	50	67	0	2	29	1.05
680583--680715	59	2.3	55	83	7	160	30	10	19	39	1.85
682212--682336	65	1.9	65	90	0	196	35	13	14	36	1.86
683639--683676	13	2.9	13	88	0	58	78	0	0	21	0.74
684564--685771	603	2.0	603	99	0	2398	31	18	14	35	1.91
685948--686072	66	1.9	66	91	3	207	28	16	15	39	1.89
686778--686813	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
689248--689394	62	2.4	62	91	4	251	31	15	19	32	1.93
691489--691533	20	2.4	19	85	7	56	60	4	13	22	1.51
705457--705499	21	2.0	21	91	8	70	34	2	0	62	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
705524--705571	16	3.2	16	82	11	57	43	4	0	52	1.20
705524--705578	29	1.9	28	82	10	67	43	3	0	52	1.18
705524--705572	14	3.4	15	81	15	59	42	4	0	53	1.20
705656--705709	21	2.4	23	81	12	67	37	1	1	59	1.19
705876--705915	17	2.3	18	86	4	55	47	2	0	50	1.14
707640--707720	34	2.5	33	91	4	128	56	0	0	43	0.99
707649--707720	9	8.4	9	74	21	66	56	0	0	43	0.99
708793--708818	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
709184--709230	21	2.2	21	88	11	69	51	0	8	40	1.33
712763--712812	21	2.4	21	100	0	100	30	26	24	20	1.98
720623--720690	35	1.9	36	88	8	104	47	4	0	48	1.22
721699--721746	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
722176--722238	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
722604--722666	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
721813--724154	430	5.5	430	97	0	4401	39	12	7	41	1.71
723034--723091	23	2.5	23	94	0	98	37	20	5	36	1.75
723464--723526	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
723889--723951	23	2.7	23	90	0	90	36	20	4	38	1.74
724374--724459	39	2.2	39	91	0	136	18	12	18	50	1.78
724718--724763	24	1.9	24	90	0	74	50	15	2	32	1.56
725192--725254	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
725597--725662	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
727811--727857	20	2.4	19	79	10	58	21	17	8	53	1.70
727992--728038	20	2.3	20	89	10	78	17	17	10	55	1.69
728087--729027	229	4.1	229	94	3	1661	39	8	7	45	1.61
741807--742119	162	2.0	159	95	3	567	26	16	15	41	1.88
743350--743411	23	2.7	23	92	0	106	30	27	14	27	1.95
743552--743595	19	2.3	19	88	0	70	50	20	9	20	1.75
744481--744569	39	2.2	41	82	6	110	28	12	11	48	1.75
746975--747065	4	21.5	4	69	18	51	70	5	3	20	1.22
748962--750085	105	10.7	105	94	0	1897	21	18	25	33	1.96
750900--750952	1	53.0	1	80	0	61	0	0	9	90	0.45
750900--750952	10	5.5	10	91	8	92	0	0	9	90	0.45
750900--750952	18	2.8	18	94	5	88	0	0	9	90	0.45
773710--773753	21	2.1	21	86	0	61	31	9	2	56	1.43
774539--774601	34	1.9	32	84	12	83	55	1	1	41	1.19
774834--775097	108	2.4	108	100	0	528	47	15	4	32	1.65
776856--776905	2	25.5	2	95	4	93	52	0	0	48	1.00
781968--782097	34	3.7	34	78	10	111	42	4	10	42	1.60
782101--782167	35	1.9	35	87	6	100	35	2	8	52	1.48
782007--782286	39	7.6	37	76	12	211	41	5	9	43	1.59
782065--782205	74	1.9	71	85	4	192	38	5	9	46	1.61
782064--782320	39	6.7	38	75	9	143	41	5	9	44	1.58
788522--788605	32	2.6	31	80	9	98	46	3	8	41	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
790764--790819	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
795540--795730	35	5.4	35	78	13	96	46	4	8	40	1.55
795540--795631	33	2.7	33	81	9	98	45	3	10	40	1.55
795579--795859	39	7.6	36	76	13	209	43	4	9	41	1.58
795612--795859	39	6.5	38	80	10	233	43	4	9	41	1.58
795635--795894	39	6.7	38	75	10	147	43	4	9	42	1.58
797160--797207	5	9.0	5	82	13	51	16	4	0	79	0.89
797143--797198	22	2.5	23	80	11	62	16	8	0	75	1.05
797145--797207	32	1.9	33	83	3	83	15	7	0	76	1.01
802101--802190	34	2.6	34	81	8	112	47	3	7	41	1.49
802166--802248	37	2.3	37	85	8	118	46	8	7	37	1.62
804331--804359	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
809085--809276	35	5.4	35	77	13	96	46	4	8	40	1.55
809124--809405	39	7.6	36	76	13	209	43	4	9	41	1.58
809158--809386	39	6.0	39	82	7	222	43	5	9	41	1.59
809158--809405	78	3.3	78	79	9	248	43	4	9	41	1.58
809181--809440	39	6.7	38	75	10	147	43	4	9	42	1.58
810706--810753	5	9.0	5	82	13	51	16	4	0	79	0.89
810689--810744	22	2.5	23	80	11	62	16	8	0	75	1.05
810691--810753	32	1.9	33	83	3	83	15	7	0	76	1.01
815713--815935	77	2.9	76	78	11	213	41	6	10	41	1.65
815713--815935	39	5.8	39	80	10	212	41	6	10	41	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
815736--815970	39	6.2	38	76	13	126	40	5	9	43	1.62
817203--817279	5	14.8	5	78	17	50	14	2	5	77	1.04
817222--817257	9	3.9	9	89	7	54	2	0	11	86	0.68
817204--817275	13	5.5	13	73	15	51	12	2	5	79	1.02
817203--817279	11	7.4	10	76	16	50	14	2	5	77	1.04
817988--818025	3	12.7	3	89	10	60	0	31	2	65	1.06
827452--827519	30	2.2	31	89	2	102	27	27	4	39	1.76
829486--829622	43	3.1	43	81	8	127	32	20	22	24	1.98
829521--829622	43	2.4	42	86	4	134	32	19	22	25	1.97
829720--829756	19	2.0	19	89	5	58	56	16	0	27	1.40
832060--836026	4	998.2	4	93	1	6782	25	1	25	47	1.59
837874--838018	42	3.5	42	78	8	170	28	17	20	33	1.95
837874--838056	42	4.4	43	75	10	139	28	15	20	34	1.93
837874--838100	82	2.7	80	82	8	222	28	15	21	35	1.94
838039--838204	42	4.0	42	83	3	183	29	16	21	33	1.95
838063--838206	41	3.5	41	82	6	157	32	17	19	30	1.95
839033--839120	44	2.0	44	97	0	167	35	34	14	15	1.89
841815--841843	15	1.9	15	100	0	58	55	10	27	6	1.59
842281--842330	21	2.4	21	100	0	100	26	26	26	22	2.00
850969--851190	10	22.2	10	72	7	128	46	15	4	34	1.65
850986--851206	20	10.6	20	77	8	181	46	15	3	34	1.63
851054--851184	2	66.5	2	71	3	77	47	10	3	38	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
854318--854402	3	28.0	3	85	2	71	2	42	0	55	1.12
854325--854402	18	4.4	18	82	11	99	1	43	0	55	1.08
854339--854397	15	3.9	15	95	0	109	0	45	0	54	0.99
854615--854660	22	2.1	22	88	8	67	32	17	43	6	1.75
861590--861620	14	2.2	14	94	0	53	19	12	9	58	1.62
861615--861642	14	2.0	14	100	0	56	14	7	14	64	1.48
861874--861928	23	2.3	24	87	3	76	14	16	14	54	1.71
872429--872480	25	2.1	25	92	0	86	28	11	11	48	1.74
873521--873675	59	2.6	59	79	5	168	43	5	16	33	1.72
879774--879989	31	7.0	31	97	1	398	19	19	22	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5