genome.fa.s8024.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008024.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110499_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1023309

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16214--16353	17	8.1	17	78	3	127	41	7	14	37	1.73
16888--16933	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
23852--23894	15	2.8	16	80	16	54	32	6	4	55	1.47
25136--25176	22	1.9	21	90	5	64	36	36	2	24	1.69
25475--25540	18	3.5	19	76	17	66	78	3	15	3	0.99
25479--25536	10	5.8	10	75	16	50	79	1	15	3	0.95
25476--25539	19	3.4	18	83	14	69	79	1	15	3	0.93
29035--29076	15	2.7	15	85	3	57	30	23	21	23	1.99
29701--29750	26	2.0	25	84	4	64	34	38	0	28	1.57
34318--34358	22	1.9	21	85	14	57	34	36	4	24	1.77
38857--38897	22	1.9	21	90	5	64	36	36	2	24	1.69
39196--39247	17	2.8	19	85	11	72	76	5	15	1	1.05
39198--39257	10	6.4	9	74	18	52	78	3	16	1	0.97
39198--39257	19	3.2	18	78	19	61	78	3	16	1	0.97
44949--44997	22	2.2	22	96	0	89	38	32	8	20	1.82
48487--48527	22	1.9	21	90	5	64	36	36	2	24	1.69
51562--51622	13	4.9	13	75	18	51	29	3	36	31	1.74
51576--51682	23	4.5	23	70	23	80	29	4	35	29	1.78
51544--51681	36	3.9	36	94	0	233	29	4	35	30	1.77
51563--51682	11	10.1	11	71	22	75	30	4	35	30	1.76
55669--55701	17	1.9	17	88	11	50	3	18	0	78	0.87
56117--56238	11	10.2	12	70	23	64	29	4	36	29	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56131--56236	23	4.5	23	70	24	78	29	4	35	30	1.78
56107--56239	36	3.7	36	95	1	241	29	5	36	29	1.79
62302--62362	29	2.1	30	82	14	74	9	16	3	70	1.27
67845--67882	15	2.5	15	83	8	51	55	0	23	21	1.44
71654--71678	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
78769--78856	13	6.8	13	75	14	76	35	0	38	26	1.57
84704--84774	17	4.1	17	83	5	72	38	11	8	42	1.71
85102--85134	17	1.9	17	93	0	57	33	12	15	39	1.84
85148--85206	17	3.5	17	68	13	50	30	13	8	47	1.73
85197--85242	18	2.6	18	92	0	74	32	6	13	47	1.68
89158--89194	13	2.8	13	95	0	65	18	48	0	32	1.49
89906--89939	17	2.1	16	94	5	59	29	23	0	47	1.52
93596--93646	22	2.3	22	100	0	102	37	5	11	45	1.65
94573--94605	16	2.1	16	100	0	66	30	18	12	39	1.87
100279--100331	22	2.5	21	87	3	79	69	1	7	20	1.22
112788--112862	32	2.3	32	80	11	91	72	8	8	12	1.29
122539--122591	19	2.7	19	88	2	70	43	7	15	33	1.74
125042--125082	16	2.7	16	82	17	52	39	21	0	39	1.54
127904--127936	17	1.9	17	88	11	50	3	18	0	78	0.87
128131--128161	15	2.1	15	93	0	53	54	0	29	16	1.42
135487--135529	20	2.2	20	87	4	61	44	4	11	39	1.62
142721--142764	15	3.0	15	90	3	72	63	0	18	18	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147757--147791	12	3.0	12	87	4	54	65	8	14	11	1.46
152648--152687	16	2.5	16	100	0	80	62	0	25	12	1.30
171067--171105	20	2.0	20	84	0	51	33	20	12	33	1.91
175730--175779	19	2.8	17	87	9	64	74	8	16	2	1.15
175731--175807	11	6.8	11	74	15	52	75	5	15	3	1.13
178565--178616	24	2.2	24	89	0	77	9	13	26	50	1.72
178586--178626	14	2.9	14	88	0	64	9	12	21	56	1.65
179233--179294	16	4.0	16	87	4	92	12	11	17	58	1.63
183411--183472	16	4.0	16	73	12	58	69	11	0	19	1.18
183418--183477	30	2.0	30	83	6	77	68	10	1	20	1.27
186287--186404	54	2.2	54	80	3	121	27	16	17	38	1.91
196410--196466	29	1.9	30	85	3	80	45	7	17	29	1.75
196448--196530	30	2.7	30	77	9	78	45	6	19	28	1.74
204520--204570	24	2.1	25	92	3	86	43	3	15	37	1.66
205998--206061	2	32.5	2	96	3	121	51	0	0	48	1.00
206201--206234	8	4.1	8	85	7	50	73	0	2	23	0.97
206237--206299	28	2.3	28	86	2	83	63	0	6	30	1.19
221124--221477	55	6.6	55	78	10	347	33	10	14	41	1.80
221124--221477	104	3.3	106	82	5	351	33	10	14	41	1.80
221223--221479	107	2.4	108	82	5	286	35	9	13	41	1.77
221524--221679	53	2.9	53	86	0	231	30	9	19	39	1.84
222310--222485	90	2.0	90	90	2	282	39	8	6	46	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228740--228915	90	2.0	90	90	0	280	39	9	6	44	1.61
229907--230025	41	2.9	40	76	6	121	25	21	20	32	1.97
230389--230609	100	2.2	101	90	0	363	33	18	19	28	1.96
231266--231303	17	2.3	16	95	4	67	44	2	5	47	1.39
233009--233061	2	28.5	2	85	14	78	50	0	0	49	1.00
237390--237421	11	2.9	11	100	0	64	37	9	6	46	1.61
243565--243632	29	2.3	29	79	0	82	35	4	23	36	1.75
245587--245800	48	4.6	45	79	9	232	40	7	21	30	1.80
245587--245792	95	2.2	93	94	2	360	40	7	20	31	1.81
250931--251004	31	2.5	31	86	4	107	29	18	5	45	1.72
251109--251167	29	2.0	31	86	6	86	45	5	18	30	1.71
256536--256653	56	2.2	53	90	4	182	11	6	20	61	1.53
259067--259195	42	3.1	42	88	1	197	27	3	17	51	1.60
270374--270414	17	2.4	18	84	12	59	0	17	12	70	1.16
275672--275703	13	2.5	13	100	0	64	34	28	0	37	1.57
278805--278850	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
279353--279440	33	2.7	33	94	0	149	34	22	9	34	1.86
281894--282014	63	1.9	63	83	3	154	33	19	22	24	1.97
281994--282042	24	2.0	24	100	0	98	28	20	28	22	1.98
281997--282050	24	2.2	24	93	0	90	31	18	25	24	1.97
283253--283293	21	2.0	21	85	0	55	29	21	19	29	1.98
288879--288966	29	3.0	30	75	9	85	31	18	5	44	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
314021--314429	56	7.3	56	91	0	649	35	17	11	35	1.86
319743--319802	25	2.4	25	76	15	61	45	16	3	35	1.64
323425--323495	21	3.1	21	68	27	63	32	5	8	53	1.54
324431--324458	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
324977--325125	42	3.6	41	76	10	124	23	22	6	47	1.74
325512--325568	27	2.1	27	83	0	69	29	12	12	45	1.78
325689--325771	27	3.1	27	81	10	75	53	0	3	43	1.18
325719--325751	17	2.0	17	88	5	50	60	0	3	36	1.12
325708--325784	24	3.1	24	88	5	100	51	0	3	44	1.19
325708--325775	27	2.6	28	77	17	83	52	0	2	44	1.16
330333--330433	49	2.1	49	100	0	202	39	5	15	38	1.72
332453--332522	24	2.9	24	91	0	113	21	25	24	28	1.99
334455--335124	55	12.1	55	88	2	948	36	11	17	35	1.86
334455--335124	166	4.0	167	88	1	972	36	11	17	35	1.86
338586--338790	55	3.7	55	91	0	320	34	10	17	38	1.83
352467--352513	24	2.0	24	83	8	60	57	12	2	27	1.47
355788--355836	19	2.5	19	80	3	53	65	0	12	22	1.26
358398--358425	14	2.0	14	100	0	56	42	28	7	21	1.79
361789--361824	18	2.0	18	89	10	56	77	8	0	13	0.98
362716--362762	24	2.0	24	83	8	60	57	12	2	27	1.47
372412--372463	19	2.7	20	81	6	61	30	13	15	40	1.86
384313--384399	19	4.6	19	82	2	95	29	10	22	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
384300--384399	38	2.6	38	87	0	128	28	10	24	38	1.87
387364--387531	90	1.9	90	94	0	300	45	6	11	35	1.67
390511--390549	20	2.0	20	94	0	69	17	20	38	23	1.93
390919--391043	45	2.8	45	85	3	153	29	22	8	39	1.84
400957--401077	65	2.0	63	82	14	155	32	9	19	38	1.84
408455--408542	15	5.8	15	91	4	124	76	0	12	11	1.03
408479--408565	9	10.4	9	74	24	75	81	0	11	6	0.86
408473--408542	24	3.2	22	80	11	90	78	0	11	10	0.96
408500--408580	10	8.0	10	81	12	94	83	0	12	3	0.76
408471--408578	15	7.3	15	86	10	125	81	0	12	6	0.86

Tables:   1   2   3   4