genome.fa.s8024.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008024.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110499_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1023309

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
724738--724762	13	1.9	13	100	0	50	32	28	24	16	1.96
725256--725384	59	2.2	59	82	0	159	29	24	16	29	1.96
739692--739741	12	4.2	12	82	10	66	30	48	18	4	1.66
739692--739741	18	2.7	19	71	20	52	30	48	18	4	1.66
742629--742710	40	2.0	40	90	0	128	24	14	28	32	1.94
743427--743504	40	2.0	40	87	5	113	35	23	19	21	1.96
744025--744106	40	2.0	40	95	0	146	34	25	15	24	1.95
751514--751640	45	2.8	44	83	7	157	37	6	24	31	1.80
751974--752036	10	5.9	10	75	14	54	26	15	17	39	1.90
751977--752063	22	4.0	22	87	0	129	26	11	19	42	1.85
767093--767127	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
767292--767344	25	2.1	25	89	0	79	32	24	3	39	1.73
767487--767545	29	2.1	27	90	6	91	40	5	11	42	1.64
770884--771026	74	1.9	74	100	0	286	45	13	17	23	1.84
772359--772388	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
774032--774973	81	11.6	81	83	1	1037	21	17	21	38	1.93
774980--775179	67	3.0	67	80	2	213	34	16	21	28	1.95
777655--777706	21	2.5	21	96	0	95	21	26	32	19	1.97
778054--778100	24	2.0	24	86	0	67	10	19	31	38	1.86
779840--779870	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
785283--785366	31	2.7	31	83	1	96	20	26	16	36	1.93
800308--800356	23	2.1	23	84	0	62	46	6	22	24	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
804264--804334	31	2.3	31	92	0	115	29	14	35	21	1.92
806305--806358	17	2.9	19	78	15	69	44	3	0	51	1.19
806906--806984	34	2.3	34	93	0	140	20	29	20	30	1.97
807143--807187	21	2.1	22	83	4	56	37	8	11	42	1.72
814612--814682	31	2.2	33	79	20	89	42	16	0	40	1.49
816036--816097	32	1.9	32	83	6	81	43	8	1	46	1.42
817253--817295	21	2.1	21	91	4	70	39	27	9	23	1.85
819861--819929	17	4.0	17	84	5	77	37	14	7	40	1.74
819809--819931	52	2.3	52	78	9	133	33	14	8	43	1.77
831209--831233	13	1.9	13	100	0	50	44	8	24	24	1.80
841176--841229	24	2.2	24	86	0	72	18	5	12	62	1.48
841239--841278	14	2.9	14	82	14	55	10	7	17	65	1.46
841471--841525	23	2.4	23	81	0	65	12	9	16	61	1.55
850113--850145	17	1.9	17	88	11	50	18	0	9	72	1.10
854766--854806	17	2.4	17	81	18	50	0	21	2	75	0.92
861223--861299	14	5.4	14	79	13	86	25	25	19	28	1.99
861223--861299	28	2.7	28	85	2	100	25	25	19	28	1.99
861299--861328	14	2.1	14	93	0	51	23	23	13	40	1.90
861321--861369	20	2.5	19	84	15	73	24	18	14	42	1.87
861500--861538	18	2.2	18	85	0	51	30	10	12	46	1.75
862193--862262	27	2.6	27	79	2	68	58	18	4	18	1.55
863874--863909	16	2.3	17	81	18	51	47	2	5	44	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
867902--867942	20	2.1	19	86	9	55	56	0	9	34	1.32
868097--868149	21	2.5	21	87	0	79	20	24	18	35	1.95
868139--868191	20	2.7	20	90	0	88	37	20	20	20	1.94
868178--868244	20	3.3	20	93	0	116	29	28	19	22	1.98
869086--869151	24	2.8	24	97	0	123	22	22	18	36	1.95
871576--871669	20	4.7	20	82	5	118	37	27	18	17	1.92
871576--871669	40	2.3	40	89	3	136	37	27	18	17	1.92
871641--871736	33	2.9	34	84	3	122	44	17	21	15	1.86
871773--871826	14	3.5	14	73	22	54	11	24	20	44	1.83
871751--871846	33	2.9	34	88	3	140	13	23	19	42	1.87
871952--871988	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
873371--873481	42	2.6	42	77	8	125	23	18	37	19	1.94
873961--874087	20	6.4	20	91	3	177	34	23	18	22	1.96
873976--874088	38	2.9	38	92	2	172	33	23	18	23	1.97
874110--874265	34	4.4	34	72	10	125	16	18	21	43	1.88
874132--874328	20	10.5	20	78	14	170	17	17	22	42	1.89
874103--874305	107	1.9	107	92	0	343	16	18	21	43	1.88
876213--876268	20	2.8	20	88	0	76	50	21	16	12	1.78
876219--876281	20	3.2	20	88	0	81	42	23	17	15	1.88
876630--876695	22	3.0	22	90	0	105	22	13	37	25	1.91
876892--877000	20	5.4	20	94	0	182	21	19	17	42	1.90
876892--877004	60	1.9	60	96	0	208	22	19	17	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
877002--877067	21	3.1	21	95	0	114	39	18	24	18	1.92
878315--878391	8	9.9	8	71	24	58	62	3	1	32	1.22
878330--878391	19	3.4	17	74	12	52	64	4	0	30	1.14
878341--878389	21	2.3	23	82	13	68	67	4	0	28	1.09
879035--879281	37	6.6	37	73	10	146	47	2	6	42	1.45
879035--879202	40	4.3	38	77	10	171	47	2	5	43	1.43
879190--879247	26	2.1	28	93	6	102	46	0	6	46	1.29
879242--879309	26	2.7	25	82	6	84	51	2	5	39	1.41
879346--879386	15	2.6	16	88	7	57	29	0	2	68	1.03
880719--880760	22	1.9	22	85	9	59	19	7	9	64	1.46
892628--892819	39	4.8	39	78	11	185	46	3	6	43	1.46
892853--892894	17	2.3	19	88	8	61	28	0	4	66	1.12
892897--892925	13	2.3	13	94	5	51	13	3	0	82	0.79
892889--892928	17	2.4	17	91	4	64	12	5	0	82	0.82
894153--894192	13	3.2	12	83	16	55	20	0	0	80	0.72
894570--894617	25	2.0	24	84	12	62	43	10	2	43	1.50
899305--899368	24	2.7	24	78	9	67	25	14	14	46	1.81
900159--900202	19	2.3	19	92	0	70	18	36	29	15	1.92
900931--901048	24	5.0	23	79	8	112	56	15	9	18	1.65
902845--902925	24	3.4	24	79	6	92	20	12	13	53	1.72
905259--905507	125	2.0	125	83	4	311	30	15	21	31	1.95
906770--906799	14	2.1	14	93	0	51	36	10	6	46	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
909641--909762	48	2.6	46	80	10	138	43	6	19	30	1.76
911736--911772	6	6.2	6	100	0	74	16	16	35	32	1.91
912864--912933	24	3.1	22	78	15	72	78	1	15	4	0.98
912865--912934	36	1.9	36	85	5	97	77	1	15	5	1.03
914301--914369	36	1.9	36	100	0	138	37	1	20	40	1.61
914312--914369	18	3.2	18	66	9	55	37	1	17	43	1.59
917021--917141	48	2.6	46	78	8	136	41	6	19	32	1.78
919288--919481	80	2.4	77	85	8	196	31	8	10	49	1.66
927094--927372	149	1.9	149	87	4	411	35	12	15	36	1.84
927421--927606	37	5.0	37	89	0	273	40	20	15	23	1.91
927611--927789	48	3.8	47	83	4	234	29	21	14	34	1.93
927608--927784	95	1.9	95	86	2	257	30	20	14	33	1.93
928120--928171	23	2.3	23	83	12	63	42	3	0	53	1.19
933358--933551	80	2.4	78	87	8	266	31	8	9	49	1.66
933400--933564	78	2.1	79	83	10	212	27	12	10	49	1.73
941206--941247	21	2.0	21	90	0	66	26	16	23	33	1.96
943660--943725	32	2.0	33	82	8	82	30	4	13	51	1.61
947102--947235	39	3.5	39	64	17	107	17	18	12	50	1.77
947096--947252	77	2.0	77	100	0	314	21	21	13	44	1.85
962086--962249	15	10.6	16	72	16	66	77	6	12	3	1.08
962105--962261	43	3.8	41	74	16	139	78	5	12	3	1.05
962096--962249	55	2.8	53	83	7	166	78	5	12	3	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
962162--962272	23	4.5	23	74	18	66	78	4	13	3	1.04
962173--962249	7	11.3	7	78	14	65	83	2	10	3	0.88
962087--962262	12	13.3	12	73	19	95	77	6	13	2	1.08
964080--964175	36	2.6	36	79	9	104	23	21	14	39	1.91
964023--964267	101	2.4	103	80	4	255	28	20	13	37	1.91
964181--964268	36	2.4	36	83	7	106	29	22	13	34	1.93
964383--964711	132	2.5	130	84	8	425	32	20	17	29	1.95
964893--964956	17	3.3	19	71	20	60	39	10	25	25	1.88
964890--965150	114	2.3	117	82	4	298	39	14	21	24	1.91
969607--969658	25	2.1	25	100	0	104	25	19	11	44	1.84

Tables:   1   2   3   4