genome.fa.s8072.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008072.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110570_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1263316

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1395--1483	19	4.3	20	75	17	92	38	4	25	31	1.76
15670--15779	20	5.4	20	68	20	84	19	24	25	30	1.98
15661--15821	41	3.9	41	98	0	304	19	23	26	30	1.98
16622--16981	21	17.4	21	68	17	134	29	25	23	21	1.99
16623--16999	41	9.1	41	88	6	253	29	25	23	21	1.99
16664--16796	62	2.1	62	100	0	266	32	23	24	20	1.98
16622--16947	103	3.1	103	92	3	523	29	25	23	21	1.99
16789--16920	62	2.1	62	95	0	246	25	29	24	20	1.99
16644--16963	62	5.2	60	80	11	178	29	26	23	20	1.99
28603--28697	49	2.0	48	95	2	172	45	15	18	20	1.86
31114--31250	20	7.2	20	69	14	101	46	13	5	33	1.68
31113--31200	41	2.2	41	91	2	151	48	12	5	32	1.64
31151--31251	52	1.9	53	95	2	186	47	13	5	32	1.67
35814--35888	20	3.7	20	80	3	96	44	10	6	38	1.66
35803--35941	41	3.1	41	73	20	127	46	12	6	34	1.67
35841--35941	52	1.9	53	91	2	168	47	11	5	34	1.65
35902--35940	20	2.0	20	94	0	69	41	17	5	35	1.72
41060--41100	21	2.0	21	85	9	57	21	24	14	39	1.91
44707--44749	22	2.0	22	85	0	59	37	23	11	27	1.89
49425--49500	33	2.3	32	81	2	89	22	9	19	48	1.77
62630--62699	31	2.3	31	84	0	95	51	11	10	27	1.69
63012--63099	31	3.0	30	79	17	103	40	5	12	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63208--63269	4	15.8	4	96	3	117	24	25	0	50	1.50
66333--66357	3	8.3	3	100	0	50	32	36	0	32	1.58
69543--69591	19	2.6	19	80	0	62	42	6	14	36	1.70
69642--69682	21	2.0	20	90	9	66	26	21	19	31	1.97
70192--70249	22	2.6	22	88	0	71	31	24	20	24	1.98
70228--70319	31	3.0	31	91	0	139	38	18	18	25	1.93
70925--71024	43	2.3	43	80	10	123	29	16	14	41	1.87
82336--82365	15	2.0	15	93	0	51	56	0	3	40	1.16
88496--88523	14	2.0	14	100	0	56	71	14	14	0	1.15
91707--91894	43	4.5	42	77	14	158	51	7	15	25	1.69
92874--92963	46	2.0	46	86	8	130	41	2	13	43	1.56
92938--93007	28	2.7	26	78	10	70	47	2	7	42	1.45
92961--93021	28	2.2	28	87	0	86	54	1	4	39	1.32
94406--94454	7	6.4	8	75	15	50	63	0	2	34	1.06
94406--94456	23	2.3	23	83	10	61	62	0	1	35	1.06
98907--99099	94	2.1	94	100	0	386	30	15	13	41	1.85
99511--99585	31	2.4	32	88	6	118	13	28	30	28	1.94
99511--99597	31	2.8	31	84	6	104	12	29	32	25	1.93
114482--114525	19	2.3	19	88	7	63	43	15	0	40	1.47
114490--114527	19	2.1	18	95	5	67	42	13	0	44	1.43
114440--114562	65	1.9	65	96	0	228	39	17	3	39	1.66
115487--115520	17	2.0	17	88	0	50	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115547--115592	23	2.0	23	100	0	92	43	4	17	34	1.69
122425--122458	11	3.0	11	91	4	50	50	0	0	50	1.00
123025--123099	2	38.0	2	86	7	109	46	1	2	49	1.24
128371--128484	58	2.0	58	94	0	201	33	19	13	34	1.90
130286--130319	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
130788--131035	130	1.9	130	94	0	433	35	12	15	36	1.85
131436--131511	35	2.2	35	92	0	125	35	1	23	39	1.63
138175--138284	51	2.2	50	85	4	141	21	32	30	15	1.94
144532--144591	23	2.6	23	94	0	102	25	31	25	18	1.97
145202--145351	66	2.3	65	89	3	219	14	26	28	30	1.95
151411--151470	23	2.6	23	97	0	111	23	31	26	18	1.97
152079--152228	66	2.3	65	89	3	219	14	26	28	30	1.95
162061--162132	33	2.2	33	89	0	117	29	15	22	33	1.94
177472--177540	34	2.0	34	97	0	129	26	23	8	42	1.83
179668--179774	34	3.1	33	78	14	85	34	0	3	61	1.14
179701--179779	34	2.4	34	85	8	101	37	0	1	60	1.05
183046--183083	13	3.0	13	88	3	60	44	0	0	55	0.99
186510--186592	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
191280--191362	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
195004--195164	6	26.8	6	98	0	313	34	0	15	50	1.45
197000--197043	6	7.3	6	89	0	70	0	34	31	34	1.58
198924--199206	147	1.9	147	88	2	426	21	24	19	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206217--206255	20	2.0	20	85	10	53	15	17	10	56	1.66
220595--220628	16	2.2	16	89	5	52	35	11	8	44	1.72
220909--220969	22	2.8	22	89	0	104	29	24	14	31	1.95
222208--222246	4	9.2	4	97	2	60	71	0	28	0	0.86
225784--225857	30	2.4	31	84	4	105	39	12	17	31	1.86
226480--226543	30	2.1	30	82	2	74	42	26	1	29	1.65
227707--228188	36	13.8	36	79	9	369	31	27	19	21	1.97
227863--227917	21	2.4	23	76	14	69	32	29	14	23	1.94
227707--228188	108	4.6	108	76	8	492	31	27	19	21	1.97
227874--227917	21	2.1	21	95	0	79	34	27	13	25	1.93
227838--227953	57	2.0	57	93	0	196	31	28	17	23	1.97
227803--227991	93	2.0	93	92	0	315	30	28	19	22	1.98
227707--228097	201	1.9	201	88	0	584	31	27	18	21	1.97
227895--228188	36	8.2	36	91	0	408	31	27	18	22	1.97
231116--231526	202	2.0	208	97	2	780	30	14	22	32	1.94
247792--247853	21	3.0	21	82	0	79	25	27	22	24	2.00
248644--248677	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
263227--263499	141	2.0	135	84	5	359	26	28	17	27	1.98
263719--263745	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
273253--273338	23	3.7	23	74	20	88	19	27	25	26	1.99
273891--273932	20	2.0	21	86	4	59	21	23	30	23	1.99
275163--275196	6	5.7	6	100	0	68	32	52	14	0	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275482--275506	7	3.6	7	100	0	50	12	0	12	76	1.04
284468--284508	16	2.6	16	96	0	73	63	0	0	36	0.95
288069--288215	43	3.5	42	73	9	129	48	6	14	29	1.70
288509--288552	22	2.0	23	82	13	56	47	4	2	45	1.35
294845--294916	30	2.4	30	83	4	92	52	12	6	27	1.64
295418--295454	19	1.9	19	94	0	65	32	0	5	62	1.18
295419--295462	19	2.3	19	88	0	61	36	0	4	59	1.18
305330--305407	23	3.3	23	81	1	93	32	23	20	24	1.98
305414--305631	103	2.1	103	95	1	393	36	23	13	26	1.92
308060--309066	247	4.1	248	82	4	1110	30	15	21	32	1.94
308060--309079	493	2.1	492	82	5	1249	30	15	21	32	1.95
308950--309138	102	1.9	101	80	4	227	34	20	17	26	1.95
309575--311573	244	8.3	241	75	10	1423	30	15	22	31	1.95
310485--310942	230	2.0	231	83	6	586	30	14	22	32	1.94
309607--311573	722	2.7	720	76	9	1847	30	15	22	31	1.95
312893--312945	26	2.0	26	100	0	106	30	7	15	47	1.73
332257--332522	133	2.0	133	93	0	460	41	13	21	23	1.88
333837--333885	19	2.5	20	86	3	64	46	6	14	32	1.69
337021--337063	11	4.2	11	82	14	56	0	18	4	76	0.95
337021--337063	5	8.4	5	80	14	52	0	18	4	76	0.95
337087--337124	6	6.2	6	87	6	58	0	15	2	81	0.80
337087--337124	19	2.1	18	90	5	58	0	15	2	81	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
337331--337364	16	2.1	16	89	10	52	61	0	23	14	1.33
337916--337966	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
341387--341421	18	1.9	18	88	0	52	28	34	17	20	1.95
343287--343334	23	2.1	23	100	0	96	35	25	4	35	1.75
349877--349968	47	2.0	47	91	0	148	41	21	14	22	1.89
350940--350967	6	4.7	6	100	0	56	50	0	35	14	1.43
351868--351933	29	2.3	29	97	0	123	42	1	10	45	1.48
353681--353713	13	2.5	13	100	0	66	36	0	0	63	0.95
358092--358117	12	2.2	12	100	0	52	34	19	15	30	1.93
360597--360632	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5