genome.fa.s8072.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008072.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110570_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1263316

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
692704--692750	22	2.1	22	84	11	60	42	0	4	53	1.20
703116--703445	183	1.8	183	89	1	527	29	21	23	25	1.99
709575--709612	17	2.2	18	85	4	51	65	0	2	31	1.06
710055--710118	15	4.1	16	74	18	64	26	1	4	67	1.19
712821--712916	38	2.5	38	88	5	131	29	10	18	41	1.84
717740--717767	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
722475--722523	15	3.3	15	71	23	50	59	0	0	40	0.98
723096--723309	44	4.8	44	87	4	302	21	4	6	68	1.29
723333--723395	22	2.8	21	78	9	63	25	0	7	66	1.18
732855--732900	24	1.9	24	86	8	67	41	36	8	13	1.75
733866--733896	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
734221--734281	25	2.4	25	88	0	95	4	31	6	57	1.46
739059--739155	19	5.3	19	68	22	73	48	12	5	34	1.63
739114--739153	20	2.0	21	90	5	64	45	15	5	35	1.68
739060--739206	52	2.8	52	94	4	262	47	12	5	34	1.65
739167--739205	20	2.0	20	89	0	60	41	15	5	38	1.69
741452--741496	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
743195--743235	13	3.5	13	75	25	54	21	26	26	24	2.00
743183--743248	22	3.0	22	97	0	123	21	27	27	24	1.99
746939--746977	20	2.0	20	94	0	69	46	12	5	35	1.65
746935--747082	53	2.8	52	94	3	262	48	13	6	31	1.67
746992--747031	20	2.0	21	90	5	64	45	15	5	35	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
747045--747083	20	2.0	20	94	0	69	41	17	5	35	1.72
746935--747084	52	2.9	52	95	3	266	48	13	6	32	1.66
752165--752212	18	2.8	17	84	6	62	37	6	27	29	1.81
752952--753010	26	2.3	26	96	0	109	28	33	10	27	1.89
765404--765438	15	2.2	16	90	5	54	2	31	28	37	1.72
765624--766037	51	7.9	51	88	4	463	28	26	15	28	1.96
767392--767497	26	4.2	25	68	17	69	6	18	0	73	1.10
767471--767507	19	1.9	18	89	10	56	8	16	0	75	1.02
767471--767508	10	3.8	10	86	10	51	7	15	0	76	1.01
774048--774092	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
776042--776084	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
776042--776211	65	2.6	66	85	6	202	27	25	28	18	1.98
776515--776586	29	2.5	29	90	0	108	37	11	12	38	1.79
776601--776659	30	1.9	31	86	3	84	37	6	22	33	1.80
776879--776945	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
782975--783017	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
782997--783147	67	2.3	67	88	2	214	25	27	28	18	1.98
783449--783520	29	2.5	29	90	0	108	37	11	12	38	1.79
783535--783593	30	1.9	31	86	3	84	37	6	22	33	1.80
783813--783879	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
784559--784621	13	5.5	13	68	27	61	20	25	26	26	1.99
784546--784634	22	4.0	22	95	0	151	21	25	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787906--787950	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
789307--789369	13	5.5	13	68	27	61	20	26	26	25	1.99
789294--789382	22	4.0	22	98	0	160	21	26	26	24	1.99
793845--793988	45	3.1	45	88	5	200	38	20	12	28	1.89
796832--796866	15	2.2	16	95	5	63	0	31	31	37	1.58
808362--808455	44	2.1	44	92	0	152	20	7	27	44	1.78
820645--820688	18	2.4	18	82	10	54	22	2	2	72	1.07
820643--820686	14	2.9	15	80	10	54	22	2	2	72	1.07
826321--826690	184	2.0	184	95	3	674	41	16	13	27	1.86
826875--826912	18	2.2	18	85	4	51	5	26	7	60	1.46
829975--830330	180	2.0	176	97	2	676	34	20	14	29	1.93
832970--833010	16	2.3	18	84	12	50	29	9	17	43	1.80
833007--833040	9	3.7	9	88	4	50	52	17	5	23	1.66
833046--833416	175	2.1	176	91	5	594	47	8	2	41	1.49
835880--836073	95	2.0	96	96	1	363	28	24	16	30	1.96
848714--848738	13	1.9	13	100	0	50	56	4	0	40	1.18
849197--849388	96	2.0	96	95	0	348	28	27	16	28	1.97
857188--857232	20	2.3	20	88	3	65	48	4	2	44	1.35
857386--857415	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
868438--868499	30	2.1	30	96	0	115	22	12	12	51	1.74
876309--876747	55	8.1	54	82	9	395	29	25	16	28	1.97
876340--876747	109	3.8	110	79	10	416	29	25	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
876335--876747	164	2.6	161	83	7	502	29	25	16	28	1.97
876764--876833	37	1.9	36	88	8	106	21	20	17	41	1.90
878112--878216	14	7.5	13	69	13	57	8	15	0	76	1.02
887741--887875	45	2.8	48	76	13	127	37	21	11	29	1.89
898571--898619	3	15.7	3	79	8	53	40	0	0	59	0.98
898563--898608	22	2.1	22	88	8	67	47	0	0	52	1.00
898563--898637	19	3.8	19	76	20	66	45	0	0	54	0.99
900024--900105	35	2.5	33	77	12	89	36	3	1	58	1.24
909723--909834	54	2.1	54	91	0	179	40	16	19	24	1.91
910206--910260	22	2.5	22	87	0	83	34	14	14	36	1.87
911001--911684	76	9.0	76	95	1	1146	21	20	22	35	1.96
911841--911888	3	15.3	3	78	8	51	41	0	0	58	0.98
911833--911878	22	2.1	22	88	8	67	47	0	0	52	1.00
911843--911901	16	3.6	16	79	6	66	44	0	0	55	0.99
911832--911904	28	2.6	28	80	10	78	47	0	0	52	1.00
913301--913369	35	2.0	35	82	5	86	34	2	1	60	1.20
922814--922856	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
923325--923384	22	2.7	22	71	5	59	65	0	1	33	1.03
924256--924310	16	3.4	16	77	7	58	58	0	0	41	0.98
924290--924348	30	1.9	32	89	6	95	55	3	0	40	1.16
928865--928955	37	2.4	39	77	17	109	43	0	4	51	1.21
930358--930494	69	2.0	69	97	1	258	29	21	26	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
930512--930591	26	3.1	26	96	0	142	12	8	40	38	1.74
936795--936832	19	2.0	19	94	0	67	5	18	15	60	1.53
939852--939897	20	2.3	20	92	7	76	50	13	2	34	1.53
939861--939911	20	2.8	18	80	11	59	50	13	5	29	1.65
950498--950550	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
952047--952097	22	2.3	22	93	0	84	27	19	37	15	1.92
952587--952943	172	2.1	171	88	3	540	39	5	17	37	1.72
955611--955645	18	1.9	18	100	0	70	28	28	17	25	1.97
957095--957135	16	2.6	16	88	3	57	29	21	12	36	1.90
969946--970006	22	2.8	22	90	2	97	13	11	11	63	1.51
970032--970076	21	2.1	21	83	0	54	55	2	8	33	1.43
975089--975171	31	2.6	31	82	5	94	48	0	6	45	1.27
980721--980768	24	1.9	26	83	8	64	25	20	2	52	1.58
981162--981201	21	1.9	21	84	0	53	32	32	15	20	1.93
986883--986951	30	2.2	30	85	15	95	34	5	17	42	1.73
986892--986951	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
987033--987152	8	17.0	8	68	25	67	25	33	15	25	1.95
987033--987151	20	5.8	20	86	8	150	25	33	15	25	1.95
987104--987148	12	4.0	12	75	24	53	31	28	15	24	1.96
987061--987135	13	5.4	14	72	20	59	28	30	16	25	1.96
987171--987237	20	3.3	19	86	12	89	19	29	20	29	1.97
987593--987662	34	2.1	32	89	5	104	31	15	31	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
990454--990522	30	2.2	30	85	15	95	34	5	17	42	1.73
990463--990522	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
990604--990703	8	14.0	8	67	24	55	25	34	16	25	1.95
990604--990702	21	4.7	21	83	12	123	24	34	16	25	1.95
990632--990699	13	5.0	13	70	19	50	27	30	16	25	1.96
991141--991210	34	2.1	32	89	5	104	31	15	31	21	1.95
993787--994037	130	1.9	129	91	0	412	40	9	7	41	1.67
995523--995570	20	2.4	21	82	10	64	31	22	12	33	1.91
995555--995680	20	6.4	20	67	17	68	27	24	11	35	1.91
995531--995662	60	2.2	60	78	5	142	29	24	12	34	1.91

Tables:   1   2   3   4   5