genome.fa.s8090.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008090.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110600_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  750292

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16923--16976	21	2.6	21	100	0	108	20	16	33	29	1.95
17071--17121	20	2.5	20	93	0	84	25	27	21	25	1.99
17680--17842	20	8.9	19	72	18	132	11	21	22	44	1.84
17681--17758	39	2.0	39	87	5	113	8	19	26	44	1.80
17730--17817	33	2.6	33	90	1	131	11	23	25	39	1.88
19896--19962	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
19840--19962	42	2.9	42	80	4	115	23	36	17	22	1.94
21317--21353	14	2.6	14	88	12	58	29	0	21	48	1.50
21460--21513	20	2.8	19	91	5	90	46	20	20	12	1.83
21461--21553	19	4.8	19	78	2	51	36	19	19	24	1.95
21515--21613	33	3.0	33	91	2	155	17	21	20	41	1.90
21518--21613	19	5.6	19	66	22	77	14	21	20	42	1.88
25200--25297	20	4.9	20	98	0	187	36	24	23	15	1.93
25448--25484	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
27349--27415	19	3.5	19	79	4	80	37	22	23	16	1.94
27444--27501	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
27427--27517	32	2.8	33	94	3	166	12	18	21	47	1.81
27502--27556	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
28038--28082	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
29402--29444	20	2.2	20	95	0	77	53	18	18	9	1.70
29724--29767	22	2.0	22	100	0	88	18	13	45	22	1.84
29955--30027	20	3.7	20	92	0	119	26	19	28	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30038--30113	21	3.7	21	76	3	91	15	23	18	42	1.89
30020--30130	41	2.7	41	90	4	170	18	21	17	43	1.88
30038--30130	20	4.6	20	74	4	78	18	23	17	40	1.90
33439--33503	31	2.1	31	83	11	80	44	7	7	40	1.62
33454--33513	32	1.9	31	83	10	77	40	11	8	40	1.72
43868--43984	42	2.8	42	94	0	207	16	17	20	45	1.86
44173--44215	21	2.0	22	86	4	61	48	0	0	51	1.00
44187--44324	49	2.8	52	76	15	139	42	1	2	53	1.21
44275--44320	22	2.0	23	87	4	67	43	0	0	56	0.99
44460--44497	18	2.0	20	85	10	53	60	0	0	39	0.97
44642--44680	20	2.0	20	84	0	51	33	17	7	41	1.79
44654--44726	30	2.5	30	93	2	130	31	19	6	42	1.77
44654--44726	15	4.9	15	79	3	94	31	19	6	42	1.77
44786--44846	25	2.4	25	97	0	113	37	16	6	39	1.75
44927--44962	18	2.1	18	89	5	56	27	19	8	44	1.79
45680--45768	32	2.9	31	84	3	117	16	15	11	56	1.67
50875--51107	75	3.1	75	85	0	315	27	19	20	33	1.97
53414--53493	41	2.0	41	89	0	124	36	16	25	22	1.94
59007--59075	32	2.2	32	83	0	84	39	10	10	40	1.73
62848--62892	23	2.0	23	82	8	56	35	0	0	64	0.94
66354--66394	20	2.0	20	86	9	57	56	4	12	26	1.56
67674--67727	18	2.8	20	70	16	51	31	0	9	59	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67734--67796	19	3.1	19	73	20	63	28	4	6	60	1.42
70194--70266	25	2.9	25	78	10	76	47	10	9	31	1.71
78490--78548	31	1.9	31	92	0	100	42	5	8	44	1.57
78572--78825	22	11.5	22	89	2	395	48	11	0	40	1.39
84651--84754	24	4.3	24	78	4	93	21	56	10	11	1.64
84650--84742	48	1.9	48	88	0	141	19	56	10	12	1.65
84722--85012	36	8.4	36	68	17	195	22	54	8	14	1.67
84702--84875	96	1.8	96	91	0	285	24	55	7	13	1.63
84794--84901	24	4.5	24	71	9	94	23	54	8	13	1.66
84873--85025	30	4.9	30	77	12	148	22	54	9	14	1.68
84877--85006	66	2.0	66	96	0	242	23	53	9	13	1.68
84877--85049	30	5.6	30	76	11	145	23	54	8	14	1.66
85035--85138	42	2.5	42	82	0	118	24	57	11	6	1.57
102065--102129	32	2.0	32	96	0	121	12	18	26	43	1.85
104338--104365	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
114419--114480	31	2.1	30	90	6	99	45	6	6	41	1.55
114856--114900	3	15.0	3	100	0	90	0	66	0	33	0.92
120839--120872	9	3.9	9	88	7	52	52	0	8	38	1.33
120988--121509	130	4.0	130	99	0	1026	39	22	18	20	1.93
133223--133262	21	2.0	20	85	14	55	42	7	0	50	1.30
133754--133811	13	4.5	13	73	4	64	24	18	0	56	1.41
133760--133810	19	2.7	19	81	6	59	23	19	0	56	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136706--136807	50	2.0	50	81	10	120	41	0	4	53	1.22
138099--138320	63	3.5	63	86	0	282	26	21	28	23	1.99
142081--142460	150	2.5	150	93	1	647	28	22	26	22	1.99
145929--146153	63	3.6	63	84	0	270	24	28	21	25	1.99
150260--150291	15	2.1	15	94	5	55	21	0	0	78	0.76
150403--150449	17	2.6	17	83	9	58	63	0	0	36	0.94
154321--154361	21	2.0	21	95	0	73	43	14	0	41	1.45
156028--156062	15	2.3	15	100	0	70	14	22	34	28	1.93
161695--161769	21	3.9	21	66	28	58	16	30	34	18	1.93
161697--161768	36	2.0	36	100	0	144	16	30	33	19	1.94
163812--163867	28	2.0	27	86	3	76	19	8	30	41	1.82
168535--168593	3	20.0	3	89	3	93	64	0	1	33	1.04
169473--169510	3	12.3	3	94	5	67	65	0	0	34	0.93
170605--170761	60	2.6	60	81	4	174	33	14	17	35	1.90
170669--170798	60	2.2	60	83	2	154	31	16	17	34	1.92
175004--175045	21	2.0	21	100	0	84	23	38	14	23	1.92
184760--184919	60	2.7	60	95	2	279	41	15	13	29	1.86
184885--184950	30	2.2	31	86	8	91	45	21	15	18	1.85
187606--187655	19	2.7	18	81	6	64	54	10	2	34	1.45
189493--189542	14	3.6	14	70	20	50	54	10	2	34	1.45
189488--189546	28	2.1	28	96	0	109	49	8	3	38	1.50
189760--189873	60	1.9	60	82	7	142	32	12	18	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190882--190953	34	2.2	33	84	2	90	33	15	27	23	1.95
192923--192978	24	2.3	24	96	3	103	35	0	42	21	1.53
193318--193378	21	3.0	21	78	2	61	16	39	26	18	1.91
197209--197249	20	2.0	20	86	9	57	26	0	2	70	0.99
202247--202822	148	4.0	148	85	9	859	28	24	22	23	2.00
204505--204577	29	2.4	30	80	8	78	53	8	4	34	1.50
207364--207450	43	2.0	43	93	0	147	21	28	20	28	1.98
213652--213691	19	2.0	20	90	4	64	47	12	12	27	1.77
216956--217095	69	2.1	65	88	5	199	20	16	15	47	1.83
219571--219622	25	2.1	25	88	0	77	13	9	38	38	1.77
219594--219717	44	2.8	44	84	4	169	17	14	34	33	1.90
221416--221492	30	2.6	30	78	0	73	22	49	11	16	1.78
221467--221571	48	2.2	48	86	6	142	20	45	6	27	1.75
221504--221607	51	2.1	48	80	8	111	23	46	3	26	1.69
221578--221651	30	2.5	30	81	0	85	25	56	5	12	1.56
222494--222579	42	2.0	42	81	0	100	23	59	5	11	1.54
222545--222669	30	4.2	30	89	2	153	19	58	9	12	1.61
222701--222804	30	3.5	30	80	2	111	20	50	5	23	1.69
222689--222843	30	5.2	30	77	3	96	22	50	5	21	1.68
222851--223249	30	13.3	30	79	0	393	22	50	8	18	1.73
222851--223249	90	4.4	90	81	0	447	22	50	8	18	1.73
223235--223306	30	2.4	30	92	0	117	20	59	8	11	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223046--223279	60	3.9	60	80	6	154	22	51	6	18	1.70
245836--245907	33	2.2	34	80	12	87	29	6	5	58	1.47
248414--248446	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
256296--256328	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
257720--257758	20	2.0	19	85	5	51	43	10	17	28	1.82
263184--263224	6	6.8	6	100	0	82	0	65	0	34	0.93
270510--271710	84	14.4	82	77	9	970	39	13	27	19	1.89
270510--271583	252	4.3	251	80	5	1087	38	13	27	20	1.89
270511--271710	252	4.8	249	79	6	1083	39	13	27	19	1.89
271638--272170	189	2.8	187	81	5	619	37	12	25	23	1.91

Tables:   1   2   3