genome.fa.s8106.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008106.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110641_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  540947

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 272 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4589--4639	21	2.4	21	90	0	84	7	31	39	21	1.82
12671--12715	21	2.1	21	88	8	65	46	0	0	53	1.00
15847--15878	3	10.3	3	93	6	55	65	0	0	34	0.93
16464--16655	37	5.6	37	68	23	141	42	16	14	26	1.86
16497--16618	30	3.8	30	71	19	86	39	15	14	30	1.88
16270--16831	65	8.6	67	86	4	672	41	14	16	28	1.86
18297--18388	13	7.1	13	75	14	50	4	10	4	80	0.99
18288--18388	25	4.0	23	75	12	69	3	10	4	80	1.00
18322--18375	14	3.9	14	78	7	56	5	9	3	81	0.97
20899--20946	21	2.3	22	78	10	55	45	4	2	47	1.33
23586--23850	131	2.0	131	83	4	338	27	16	29	26	1.97
24421--24473	3	17.3	3	92	3	88	64	0	1	33	1.05
26900--26930	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
28611--28637	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
28963--29340	138	2.7	137	88	2	553	26	14	29	28	1.95
29291--29380	40	2.2	40	96	0	162	21	11	38	28	1.87
29408--29785	66	5.7	66	88	4	482	39	13	17	28	1.88
29590--29691	30	3.2	30	70	20	98	42	15	15	26	1.87
29408--29730	131	2.5	131	90	3	488	40	13	16	28	1.87
29408--29785	197	1.9	197	86	3	537	39	13	17	28	1.88
29408--29785	131	2.9	126	84	8	470	39	13	17	28	1.88
29738--29836	37	2.7	37	85	6	130	38	12	21	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29751--29866	37	3.2	37	80	8	121	37	12	17	31	1.88
33301--33346	6	7.2	6	83	11	56	50	13	19	17	1.78
40689--40737	14	3.6	14	81	10	57	48	22	2	26	1.61
41328--41378	14	3.8	13	77	15	50	43	5	0	50	1.26
41502--41527	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
42197--42287	2	45.5	2	97	0	173	48	0	1	50	1.08
51150--51179	11	2.7	11	94	0	51	40	0	20	40	1.52
53647--54052	139	2.9	139	85	6	576	24	22	18	34	1.96
54871--55281	54	7.6	54	81	6	384	41	16	10	30	1.82
54978--55238	109	2.4	108	87	3	366	41	16	9	32	1.80
61999--62078	20	3.8	21	75	16	67	23	32	25	18	1.97
61997--62057	20	2.9	20	82	7	68	22	31	26	19	1.98
64337--64398	30	2.1	30	90	0	97	33	6	25	33	1.82
66559--66609	7	7.6	7	73	8	52	54	17	11	15	1.70
66550--66611	20	3.1	20	97	0	115	51	24	9	14	1.72
66668--66794	58	2.2	59	78	7	134	27	25	18	28	1.98
74268--74329	28	2.2	29	79	2	72	30	20	8	40	1.82
76300--76388	17	5.5	15	71	17	63	0	19	3	77	0.91
76298--76398	18	5.8	18	68	16	61	0	16	3	78	0.96
76298--76398	34	3.0	33	78	12	98	0	16	3	78	0.96
79221--79252	10	3.1	11	91	8	50	75	0	0	25	0.81
79437--79466	11	2.7	11	94	0	51	40	0	20	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87997--88058	30	2.1	30	81	6	72	33	4	17	43	1.71
89961--90007	19	2.5	19	96	0	85	38	19	27	14	1.91
96516--96557	12	3.4	12	86	3	57	50	21	23	4	1.68
97819--97884	33	2.0	33	84	0	87	34	3	9	53	1.48
98986--99161	36	4.8	36	86	6	212	43	25	9	21	1.82
104463--104513	19	2.6	19	78	3	57	49	9	11	29	1.72
107533--107605	18	3.9	18	77	7	83	21	20	28	28	1.98
113019--113064	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
114291--114363	18	3.9	18	84	7	101	20	21	30	27	1.98
115071--115534	77	5.8	77	74	10	358	36	9	18	35	1.84
115155--115199	19	2.4	19	100	0	90	35	15	20	28	1.93
115078--115276	96	2.1	96	88	0	290	37	9	18	34	1.83
115176--115534	153	2.3	153	87	1	497	36	9	18	35	1.84
115176--115534	77	4.7	76	82	5	386	36	9	18	35	1.84
115888--115931	23	2.0	22	82	8	54	56	9	9	25	1.59
115947--116076	70	1.9	69	87	7	192	29	11	12	46	1.76
116655--116707	20	2.7	20	87	0	70	28	16	24	30	1.97
117648--117751	41	2.5	41	92	1	154	26	36	12	24	1.91
117659--117751	41	2.2	42	96	1	170	25	36	13	23	1.92
117959--118011	28	2.0	26	85	7	70	24	24	20	30	1.99
118294--118329	18	2.0	18	100	0	72	33	33	0	33	1.58
119430--119807	77	4.8	79	78	8	333	38	15	7	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119503--119667	84	2.0	84	85	0	222	35	11	11	41	1.78
119676--119779	37	2.7	40	72	11	108	42	14	3	39	1.64
119431--119738	161	1.9	161	82	4	388	38	14	8	38	1.77
119979--120063	28	2.8	31	71	10	86	30	4	9	55	1.52
121325--121361	17	2.1	19	90	10	60	67	5	0	27	1.12
123113--123168	21	2.6	22	77	2	60	53	1	1	42	1.21
124032--124142	39	2.8	40	78	9	113	35	21	10	32	1.88
123953--124110	19	8.0	19	75	8	102	35	25	11	27	1.90
125077--125130	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
127853--127902	25	2.0	25	96	0	91	26	8	22	44	1.80
128288--128324	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
129425--129486	29	2.1	29	81	0	70	32	16	27	24	1.96
129499--129600	20	5.1	20	84	0	123	23	17	22	36	1.95
129488--129600	40	2.8	40	79	0	136	23	19	22	34	1.96
129669--129786	37	3.5	37	69	21	112	50	16	1	30	1.55
129657--129813	64	2.5	64	94	2	271	51	17	1	29	1.56
131170--131288	21	5.7	21	78	3	114	23	18	35	22	1.96
131170--131291	42	2.9	41	85	4	154	23	18	35	22	1.96
133431--133512	20	4.2	20	89	7	114	48	18	18	14	1.81
133520--133560	20	2.0	20	100	0	82	12	14	19	53	1.72
133528--133571	20	2.2	20	87	0	61	13	13	20	52	1.74
133898--133955	22	2.7	22	78	5	66	24	10	43	22	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134110--134195	20	4.3	20	92	0	145	17	13	23	45	1.84
134110--134260	40	3.8	40	78	12	123	19	13	25	40	1.89
134110--134259	60	2.5	60	79	9	146	20	14	25	40	1.89
138668--138740	27	2.7	27	89	0	92	39	13	2	43	1.59
140124--140177	24	2.2	24	83	3	63	38	16	22	22	1.93
140170--140234	23	2.8	23	76	0	67	38	24	15	21	1.92
146071--146147	23	3.3	23	79	0	100	32	24	23	19	1.97
151630--151747	59	2.0	59	91	0	191	25	17	21	35	1.95
156838--156865	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
159220--159244	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
167839--167890	3	18.3	3	77	18	58	65	0	1	32	1.04
167839--167955	16	7.5	15	70	15	62	54	3	4	37	1.37
167836--167890	10	4.9	11	75	16	51	65	0	1	32	1.03
167997--168070	16	4.6	16	70	6	51	54	5	1	39	1.32
179087--179121	17	2.1	17	88	0	52	68	2	20	8	1.29
180189--180249	24	2.6	23	73	14	54	68	4	9	16	1.34
182798--182871	36	2.1	36	89	5	114	29	8	27	35	1.85
185463--185846	198	1.9	200	91	4	634	32	17	17	32	1.94
190031--190124	16	6.5	15	78	18	94	56	2	2	39	1.23
190032--190124	19	5.2	19	76	17	92	55	2	2	39	1.24
190032--190230	5	38.6	5	70	23	87	54	6	2	37	1.39
190047--190135	2	48.5	2	69	27	56	52	3	2	41	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190038--190145	16	6.7	16	75	19	84	52	4	2	39	1.36
191559--191632	36	2.1	36	89	5	114	29	8	27	35	1.85
192650--192699	23	2.2	23	92	0	82	16	22	2	60	1.46
198226--198254	12	2.5	12	94	5	51	27	0	10	62	1.28
198235--198363	60	2.2	60	78	4	136	24	4	17	53	1.62
198365--198393	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
204192--204274	44	1.9	43	92	2	139	27	18	12	42	1.85
204236--204306	36	2.0	36	88	0	106	33	21	9	35	1.86
204536--204789	65	3.8	66	84	3	296	29	16	14	38	1.89
204791--205176	137	2.8	135	77	5	346	28	28	16	26	1.97

Tables:   1   2   3