genome.fa.s8113.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008113.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110652_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  992058

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
667494--667536	2	22.0	2	95	4	79	48	0	0	51	1.00
667536--667576	2	20.5	2	100	0	82	0	0	48	51	1.00
667733--667791	32	1.9	30	86	6	82	42	3	8	45	1.51
667792--667872	38	2.0	41	88	6	123	48	3	6	41	1.46
667897--667969	31	2.4	31	79	9	85	43	2	6	46	1.44
667973--668010	3	12.3	3	94	5	67	31	0	0	68	0.90
669245--669287	22	2.0	22	86	9	61	18	4	2	74	1.10
671246--671287	19	2.2	19	95	0	75	11	14	9	64	1.50
674640--675237	84	7.2	84	83	6	720	29	25	21	24	1.99
674651--675311	249	2.7	248	88	6	939	29	25	20	24	1.99
674640--675226	165	3.5	165	82	7	706	29	25	21	24	1.99
675336--675566	36	6.4	36	81	8	245	28	21	12	37	1.90
675336--675566	112	2.1	107	83	7	288	28	21	12	37	1.90
675554--675621	27	2.5	27	92	7	111	30	17	11	39	1.86
675631--675810	84	2.1	86	86	5	251	28	25	21	23	1.99
676427--676503	33	2.3	35	81	6	95	42	5	7	44	1.55
676524--676622	33	2.9	34	83	10	114	47	5	4	43	1.44
676690--676723	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
679964--680005	19	2.2	19	95	0	75	11	14	9	64	1.50
683377--683977	84	7.2	84	84	5	747	29	25	21	24	1.99
683388--684072	249	2.8	248	89	5	983	29	25	20	24	1.99
684076--684308	36	6.4	36	80	9	231	28	21	12	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
684296--684364	29	2.5	28	92	4	113	31	17	11	39	1.85
684374--684554	85	2.1	86	87	4	260	28	25	22	23	1.99
685181--685400	35	6.1	35	75	18	136	44	5	6	44	1.52
685194--685424	35	6.6	34	73	17	133	45	4	6	43	1.50
685283--685384	38	2.9	35	80	15	104	48	4	3	43	1.43
685451--685491	3	13.3	3	94	5	73	31	0	0	68	0.90
688156--688223	23	3.0	23	86	0	91	17	27	26	27	1.98
688521--688555	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
700951--700977	6	4.5	6	100	0	54	55	0	0	44	0.99
701536--701584	24	2.0	24	100	0	98	59	4	12	24	1.50
702881--705033	106	20.3	106	94	0	3573	22	18	24	33	1.96
702881--705039	527	4.1	529	94	0	3581	22	18	24	33	1.96
702881--705039	422	5.1	423	95	0	3624	22	18	24	33	1.96
708617--708643	6	4.5	6	100	0	54	55	0	0	44	0.99
709187--709234	23	2.1	23	100	0	96	58	4	12	25	1.52
713567--713600	16	2.1	16	89	10	52	35	0	0	64	0.94
713788--713823	16	2.2	17	90	5	56	50	2	0	47	1.15
714074--714120	24	2.0	24	91	0	76	19	14	34	31	1.92
715072--715114	17	2.7	15	83	13	59	32	2	4	60	1.30
715076--715112	17	2.2	17	95	0	65	35	2	5	56	1.36
715160--715209	23	2.2	23	85	0	64	40	10	8	42	1.68
715764--715821	26	2.2	27	87	3	82	37	1	8	51	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
715764--715828	26	2.5	25	82	9	76	40	3	7	49	1.47
715741--715863	60	2.0	60	82	9	149	42	3	7	47	1.47
715805--716110	35	8.4	34	74	20	198	43	2	6	47	1.44
715899--715950	29	1.9	27	81	14	63	40	3	5	50	1.45
715940--715969	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
715874--716038	83	2.0	81	89	6	253	44	2	5	47	1.39
715836--716073	118	2.0	119	89	5	367	44	2	5	46	1.42
716131--716160	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
716850--717036	30	6.2	30	99	0	365	32	24	19	23	1.98
717438--717480	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
721303--721549	30	8.2	30	100	0	494	33	23	19	23	1.97
721949--721977	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
724176--724214	19	2.2	18	86	9	53	23	23	2	51	1.61
724306--724357	20	2.7	19	85	11	63	21	7	0	71	1.11
728816--728983	34	4.5	34	75	21	156	50	18	4	26	1.67
728864--728990	42	3.0	42	92	0	218	50	18	3	26	1.65
728940--729007	34	2.1	34	84	13	90	55	14	1	27	1.48
730477--730517	14	2.6	16	77	22	50	36	26	14	21	1.93
730483--730511	14	2.0	15	93	6	51	41	31	13	13	1.84
730497--731815	84	15.8	84	86	1	1632	34	22	18	24	1.96
730497--731815	167	7.9	168	85	1	1650	34	22	18	24	1.96
732249--732648	35	11.5	35	80	12	398	44	3	7	45	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
732421--732550	60	2.2	60	88	6	201	44	3	6	46	1.44
732456--732514	24	2.4	25	85	5	84	47	0	5	47	1.24
732674--732701	14	2.0	14	100	0	56	28	0	0	71	0.86
733182--733244	21	3.2	21	65	17	62	58	25	9	6	1.53
733778--733810	8	4.1	8	88	11	50	12	0	0	87	0.53
733778--733820	15	2.7	15	80	20	52	11	0	4	83	0.78
733765--733819	13	4.3	13	76	19	53	12	1	5	80	0.97
733835--733894	3	19.3	3	94	3	102	31	1	0	66	1.01
733903--733951	20	2.5	20	72	0	53	22	0	4	73	1.00
739118--739167	23	2.2	23	85	0	64	40	10	8	42	1.68
748950--748975	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
748992--749049	29	2.0	29	100	0	116	27	6	24	41	1.80
751529--751560	16	2.0	16	100	0	64	25	6	37	31	1.81
752198--752280	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
756936--757018	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
758681--758731	17	3.0	17	100	0	102	41	11	0	47	1.40
759738--759762	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
764508--764575	23	3.0	23	86	0	91	30	25	26	17	1.97
764482--764575	46	2.0	46	83	0	116	34	22	23	20	1.97
767966--768007	18	2.3	18	87	0	57	19	42	19	19	1.89
770296--770359	24	2.7	24	85	4	76	20	14	18	46	1.83
773266--773443	18	9.9	18	88	0	266	19	21	30	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
773267--773443	36	4.9	36	94	0	300	19	22	29	28	1.98
779728--779763	11	3.5	11	92	7	58	63	0	0	36	0.94
781686--782500	182	4.5	182	88	0	1150	28	15	12	43	1.83
781686--782500	364	2.2	362	91	0	1297	28	15	12	43	1.83
794269--794305	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
795569--795611	20	2.2	20	86	0	59	30	13	20	34	1.92
805228--805267	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
805295--805337	21	2.0	21	95	0	77	27	27	20	23	1.99
805376--805414	20	2.0	20	100	0	78	17	30	35	15	1.91
805449--805511	21	3.0	21	90	4	101	12	28	36	22	1.91
805590--805649	29	2.0	31	93	6	106	43	16	6	33	1.74
808445--808514	34	2.1	32	92	5	113	20	31	17	31	1.95
808797--808839	21	2.0	21	95	0	77	27	27	20	23	1.99
808875--808916	20	2.1	20	100	0	84	14	28	42	14	1.84
808950--809028	21	4.0	21	78	18	98	12	27	36	22	1.91
808972--809001	15	2.0	15	100	0	60	13	26	33	26	1.93
808951--809022	36	2.0	36	94	0	126	13	27	34	23	1.93
809105--809175	29	2.4	29	82	15	83	46	14	5	33	1.67
809118--809176	29	2.0	30	90	6	93	44	15	5	35	1.68
809324--809384	30	2.1	29	84	3	77	13	31	11	44	1.79
818669--818702	16	2.1	16	88	0	50	20	2	0	76	0.92
823300--823337	20	1.9	20	84	10	51	57	10	5	26	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827594--827633	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
835736--835777	22	1.9	22	85	9	59	45	0	0	54	0.99
835907--835963	29	1.9	30	85	3	80	43	7	10	38	1.66
837604--837957	178	2.0	176	97	1	672	26	11	22	39	1.88
837820--838104	120	2.4	118	81	7	332	24	11	21	42	1.86
839554--839599	20	2.3	20	85	3	67	13	28	23	34	1.92
839870--839915	20	2.3	20	85	7	58	52	4	4	39	1.41
840723--840749	6	4.5	6	100	0	54	33	51	14	0	1.43
841717--841811	41	2.3	41	92	5	156	36	24	18	20	1.95
841717--841791	21	3.6	21	75	10	91	38	22	18	20	1.93

Tables:   1   2   3   4   5