genome.fa.s8121.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008121.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110674_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1116347

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
965--1006	21	1.9	23	85	9	61	33	0	4	61	1.17
1973--2045	37	2.0	35	82	10	85	49	4	1	45	1.29
8247--8334	43	2.0	43	95	0	158	36	32	2	28	1.70
13998--14951	105	9.1	105	93	0	1523	33	25	17	24	1.97
13998--14951	316	3.0	316	92	0	1552	33	25	17	24	1.97
15263--15493	84	2.8	82	82	3	286	29	24	21	25	1.99
15515--15710	36	5.4	36	90	1	295	24	23	15	35	1.94
22176--22244	34	2.0	34	94	0	120	17	21	27	33	1.96
24710--24744	18	2.0	18	88	5	54	45	20	22	11	1.82
29490--29561	30	2.4	30	85	0	99	23	31	8	36	1.85
30492--30535	23	1.9	23	90	0	70	20	22	27	29	1.99
31307--31346	21	1.9	21	89	0	62	25	17	27	30	1.97
40091--40147	25	2.2	25	82	14	64	40	3	0	56	1.17
40308--40376	31	2.2	31	87	7	95	50	10	5	33	1.60
47246--47312	33	2.1	32	91	2	107	13	8	37	40	1.76
50291--50329	21	2.0	20	85	10	53	33	0	43	23	1.54
62120--62159	18	2.2	18	90	0	62	25	5	15	55	1.60
64098--64140	20	2.3	19	88	11	70	23	30	9	37	1.86
64103--64140	20	1.9	20	100	0	76	23	28	10	36	1.88
74917--74950	17	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
74946--75006	13	4.8	13	74	11	63	27	0	1	70	0.97
74950--74994	17	2.7	17	82	3	56	26	0	2	71	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74918--74992	8	9.1	8	70	11	53	26	0	4	69	1.06
74928--75005	38	2.0	39	87	2	113	28	0	3	67	1.07
74922--75010	21	4.3	21	72	13	69	26	0	3	69	1.04
75062--75124	18	3.6	17	76	18	58	26	0	3	69	1.03
75052--75105	11	4.8	11	78	13	56	24	0	5	70	1.08
75054--75123	34	2.1	33	86	2	95	24	0	4	71	1.04
74925--75269	113	3.0	114	92	3	557	29	4	7	58	1.46
75158--75234	37	2.0	39	87	5	113	29	1	2	66	1.13
75180--75222	16	2.7	16	88	0	59	25	0	2	72	0.97
75176--75240	21	3.4	19	73	20	55	27	1	1	69	1.07
77192--77272	33	2.4	34	93	2	137	40	0	1	58	1.06
99245--99273	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
101224--101302	34	2.3	34	97	0	149	25	15	8	50	1.72
102103--102201	36	2.8	37	87	6	159	39	11	15	34	1.82
102207--102243	13	2.8	13	100	0	74	67	0	8	24	1.17
106417--106454	14	2.7	14	100	0	76	15	5	26	52	1.64
106969--106998	13	2.2	14	94	5	53	53	0	0	46	1.00
107088--107122	14	2.4	15	95	4	63	40	0	0	60	0.97
112092--112199	52	2.1	52	91	3	173	32	11	13	42	1.80
117340--117427	21	4.0	21	72	18	72	45	3	9	42	1.52
119986--120025	21	2.0	21	90	5	64	32	5	7	55	1.50
122562--122659	51	1.9	51	97	0	187	32	21	12	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123181--123345	54	3.1	54	86	3	224	33	15	22	28	1.95
131472--131515	21	2.1	21	87	4	63	34	2	22	40	1.67
136836--136862	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
139697--140088	186	2.1	186	92	2	646	43	3	8	45	1.49
141027--141094	31	2.2	32	86	7	95	52	10	2	33	1.50
153232--153627	197	2.0	199	98	1	769	32	22	13	31	1.92
167318--167395	24	3.3	23	71	18	61	35	7	52	3	1.48
167329--167363	18	1.9	18	88	0	52	37	8	54	0	1.31
177250--177274	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
178031--178092	18	3.6	18	91	6	101	50	0	0	50	1.00
178078--178128	18	2.8	18	87	3	66	47	0	1	50	1.12
183370--183432	27	2.2	28	83	10	76	34	11	6	47	1.64
184096--184162	21	3.1	21	71	16	57	49	2	4	43	1.38
188080--188116	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
190142--190214	30	2.4	30	86	0	101	32	16	26	24	1.96
190195--190266	28	2.5	28	86	2	90	33	22	27	16	1.95
201982--202031	24	2.1	23	85	10	66	32	12	2	54	1.49
202659--202800	30	4.7	30	80	0	131	31	15	23	28	1.95
203315--203344	12	2.5	12	94	0	51	73	0	0	26	0.84
203635--203662	14	2.0	14	100	0	56	21	42	28	7	1.79
203631--203707	34	2.3	33	88	2	109	23	33	32	10	1.89
203649--203706	20	2.7	21	82	12	73	24	32	32	10	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203629--203740	33	3.4	33	84	1	125	25	29	34	10	1.89
203629--203749	10	11.1	10	66	16	53	24	29	35	9	1.88
203667--203752	33	2.6	33	84	0	109	26	26	36	10	1.89
203749--203814	29	2.3	29	94	0	114	22	31	33	12	1.91
203873--203957	29	2.9	29	94	3	145	24	28	32	14	1.94
205076--205125	21	2.5	21	83	6	68	16	12	2	70	1.26
210133--210157	5	5.0	5	100	0	50	20	20	20	40	1.92
210202--210246	23	2.0	23	86	0	63	46	0	4	48	1.22
210320--210357	16	2.4	16	90	0	58	47	0	0	52	1.00
210588--210722	30	4.6	30	75	10	127	58	11	8	21	1.59
211587--211621	3	12.0	3	87	6	54	62	0	0	37	0.95
212774--212799	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
213012--213108	35	2.8	34	83	7	124	41	25	3	29	1.71
213262--213553	148	2.0	147	92	0	485	36	6	9	47	1.62
214058--214134	35	2.2	36	92	2	129	35	0	23	41	1.55
218165--218323	37	4.3	38	79	6	137	42	5	6	45	1.54
221017--221179	37	4.4	37	72	4	112	44	6	6	42	1.55
221994--222166	20	8.6	20	87	3	233	33	26	19	20	1.96
222546--222616	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
222696--222802	21	5.6	20	73	17	102	46	18	21	13	1.83
222757--222813	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
222750--222829	33	2.4	33	95	0	142	47	22	21	8	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222825--222952	19	7.1	19	71	19	87	10	25	18	45	1.82
222847--222903	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
222830--222952	33	3.5	33	88	10	165	10	24	18	46	1.81
222888--222952	21	3.1	21	82	4	96	10	26	15	47	1.78
223123--223169	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
223862--224032	20	8.6	20	84	6	136	22	17	23	36	1.95
223862--224032	60	2.8	60	84	3	193	22	17	23	36	1.95
223862--224051	40	4.8	40	86	6	199	20	17	24	37	1.94
223999--224070	20	3.6	20	81	7	67	15	19	26	38	1.91
223862--224070	60	3.5	59	79	6	188	20	17	24	37	1.93
224064--224134	21	3.4	20	75	13	54	25	18	22	33	1.96
224702--224754	16	3.4	15	72	27	56	54	3	18	22	1.59
224691--224754	32	2.0	32	100	0	128	53	3	18	25	1.59
224884--224940	22	2.7	21	78	5	69	49	8	10	31	1.68
226834--226894	10	5.7	10	78	14	68	49	16	14	19	1.80
226834--226899	22	3.0	22	97	0	123	48	18	13	19	1.81
227628--227711	23	3.7	23	90	0	114	35	23	23	16	1.95
227832--227875	23	1.9	23	85	0	61	31	27	22	18	1.97
228518--228559	22	1.9	22	85	9	59	40	14	2	42	1.58
228517--228563	22	2.2	21	79	17	53	40	14	2	42	1.58
230771--230820	12	4.2	12	84	0	55	34	22	16	28	1.95
230785--230819	4	8.8	4	93	0	61	28	25	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231495--231528	2	18.0	2	88	11	54	50	0	0	50	1.00
231952--231989	10	3.8	10	83	13	51	31	26	0	42	1.56
232117--232449	111	3.0	111	97	0	630	36	7	10	45	1.68
234281--234332	27	1.9	27	84	0	68	34	19	32	13	1.90
234444--234514	25	2.8	25	68	23	67	23	5	4	66	1.31
234551--234631	35	2.3	32	77	20	83	25	8	9	55	1.61
249063--249113	16	3.3	15	86	8	57	37	3	21	37	1.72
249075--249119	16	2.8	16	93	0	72	37	4	17	40	1.70
251112--251141	12	2.5	12	94	0	51	63	16	10	10	1.51
252241--252273	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4