genome.fa.s8121.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008121.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110674_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1116347

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
637866--637892	12	2.2	12	100	0	54	51	14	7	25	1.68
637900--638182	21	13.8	21	82	4	299	33	25	19	20	1.96
637900--638268	82	4.6	82	78	8	355	34	25	19	20	1.96
637900--638182	103	2.7	101	83	4	350	33	25	19	20	1.96
637961--638268	124	2.6	116	89	6	433	32	25	19	21	1.97
638132--638238	53	2.0	53	96	0	196	36	22	20	20	1.95
638220--638268	21	2.3	21	92	0	80	30	28	20	20	1.98
648211--648258	14	3.5	14	74	5	53	22	16	10	50	1.76
648207--648260	27	2.0	27	96	0	99	20	18	11	50	1.77
653652--653752	35	2.9	35	100	0	202	43	16	10	28	1.82
659223--659264	22	1.9	22	85	0	57	40	7	11	40	1.69
660166--660234	24	2.9	25	79	18	76	52	2	1	43	1.25
660303--660347	16	2.9	16	80	12	58	44	0	0	55	0.99
661449--661499	23	2.2	23	85	0	66	31	19	9	39	1.84
661459--661508	23	2.2	23	88	0	73	32	16	12	40	1.84
661441--661651	86	2.4	87	89	2	327	31	12	11	44	1.78
661622--661695	23	3.2	23	96	0	130	32	20	8	39	1.82
661622--661704	23	3.6	23	91	0	121	32	18	8	40	1.80
661536--661791	110	2.3	110	89	0	370	33	12	10	43	1.77
661645--661891	87	2.8	86	88	1	368	34	12	9	43	1.74
661732--661791	23	2.6	23	83	0	75	36	13	8	41	1.74
661819--661878	23	2.6	23	84	5	68	36	15	6	41	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
677946--677984	17	2.2	17	86	4	51	61	5	2	30	1.31
678247--678288	20	2.1	20	100	0	84	33	26	16	23	1.96
686274--686356	41	2.0	41	83	2	105	33	19	12	34	1.88
687601--687659	31	1.9	31	86	6	84	42	1	0	55	1.09
688113--688170	26	2.1	28	81	6	66	43	6	8	41	1.62
688391--688441	21	2.3	23	80	6	61	15	17	13	52	1.74
701008--701041	14	2.3	15	95	5	61	47	8	38	5	1.59
702880--703061	59	3.0	60	74	8	167	41	3	20	34	1.69
704113--704319	104	2.0	104	86	0	288	32	16	16	33	1.92
704146--704341	104	1.9	104	83	0	248	34	14	15	35	1.88
711796--712142	42	8.4	41	73	12	171	29	15	21	32	1.95
711796--712108	84	3.8	84	75	10	247	30	16	22	30	1.96
711958--712146	84	2.2	84	80	8	215	31	13	21	33	1.92
724862--724886	13	1.9	13	100	0	50	68	16	0	16	1.22
724562--725252	337	2.0	343	95	3	1250	53	12	15	17	1.72
725199--725223	13	1.9	13	100	0	50	68	16	0	16	1.22
727021--727073	20	2.6	21	88	8	74	28	18	24	28	1.98
727023--727073	21	2.5	20	87	9	68	27	19	23	29	1.98
733383--733512	24	5.4	24	73	12	77	23	17	18	40	1.91
739006--739037	16	2.0	16	93	0	55	43	6	9	40	1.62
746309--746344	2	18.5	2	88	5	56	44	0	2	52	1.15
748433--748504	36	2.1	34	89	5	108	41	2	4	51	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
748437--748504	19	3.7	19	75	20	72	41	2	4	51	1.37
749946--750092	71	2.1	72	98	1	287	35	19	14	29	1.92
753416--753476	23	2.7	23	76	0	68	29	24	24	21	1.99
755442--755498	21	2.7	21	97	0	105	28	22	29	19	1.98
758710--758734	8	3.1	8	100	0	50	60	0	0	40	0.97
759489--759536	23	2.1	23	92	0	78	29	10	16	43	1.81
760579--760966	184	2.1	184	91	1	636	41	2	8	46	1.49
767500--767532	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
768454--768494	21	2.0	21	90	9	66	17	36	29	17	1.92
768623--768664	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
768693--768732	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
769856--769903	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
771520--771559	21	1.9	21	94	0	71	25	15	30	30	1.95
771590--771629	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
771844--771913	34	2.1	32	86	5	95	31	15	30	22	1.95
783540--783702	58	2.8	59	75	9	154	42	3	16	36	1.66
798145--798186	22	2.0	21	90	4	66	35	0	9	54	1.33
799651--799886	125	1.9	126	96	0	438	24	25	21	28	1.99
800191--800226	2	19.0	2	88	11	58	50	0	0	50	1.00
806124--806167	12	3.8	12	90	3	63	11	9	47	31	1.71
806122--806167	24	2.0	24	91	4	76	10	10	47	30	1.73
806187--806243	24	2.3	25	77	17	66	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806373--806397	6	4.2	6	100	0	50	0	64	16	20	1.30
808000--808108	35	3.1	35	89	2	157	45	19	0	33	1.56
812587--812699	35	3.2	36	86	5	149	44	15	4	35	1.67
816270--816309	21	1.9	21	89	0	62	57	22	5	15	1.57
816458--816513	18	3.1	19	77	12	64	57	0	3	39	1.16
816737--816794	19	3.1	19	69	16	57	58	0	3	37	1.15
817102--817210	32	3.4	32	73	12	98	43	28	10	18	1.82
818658--818702	17	2.6	17	89	0	63	31	11	20	37	1.87
826756--826823	21	3.2	21	83	6	75	41	1	1	55	1.18
826765--826823	10	5.6	11	80	15	63	42	0	0	57	0.98
827494--827535	10	4.6	9	82	11	50	23	2	0	73	0.94
827494--827538	22	2.0	23	91	4	74	26	2	0	71	0.98
827492--827551	27	2.2	26	80	8	66	30	1	0	68	0.99
836905--837042	59	2.3	59	90	2	206	39	13	10	37	1.78
837607--837686	41	2.0	41	97	0	151	31	13	20	35	1.91
840156--840188	12	2.8	12	90	4	50	63	6	0	30	1.18
840215--840247	17	1.9	17	88	11	50	60	3	0	36	1.12
840266--840290	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
852541--853398	299	2.9	295	84	6	1010	24	14	20	40	1.90
864133--864265	66	2.0	66	95	0	239	18	8	33	39	1.81
868278--868331	24	2.3	23	83	3	63	46	9	0	44	1.35
871086--871110	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
871110--871140	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
874955--875000	23	2.0	24	82	4	58	58	2	4	34	1.30
876342--876425	17	4.8	17	82	4	87	46	10	9	33	1.71
876342--876433	35	2.7	34	83	5	105	45	9	8	35	1.68
878675--878746	27	2.7	27	91	0	117	19	5	13	61	1.52
878879--878943	16	3.9	17	84	11	91	0	44	0	55	0.99
878887--878937	12	4.4	12	75	9	61	0	45	0	54	0.99
889322--889627	149	2.1	148	92	0	504	26	16	22	35	1.94
889603--889663	23	2.7	23	82	12	81	21	26	26	26	1.99
896097--896131	15	2.3	15	100	0	70	14	22	34	28	1.93
902958--902992	15	2.3	15	95	0	61	14	20	34	31	1.92
903765--903825	23	2.7	23	94	2	106	21	26	26	26	1.99
907164--907216	27	2.0	27	85	7	72	45	16	3	33	1.66
912280--912320	18	2.3	18	87	8	57	36	0	0	63	0.95
912810--912855	24	2.0	23	91	4	74	43	17	2	36	1.61
914702--914759	24	2.3	26	79	5	66	36	0	1	62	1.06
914719--914785	31	2.2	31	86	5	91	31	1	2	64	1.18
921597--921631	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
935026--935067	20	2.3	19	88	12	61	23	30	9	35	1.87
935509--935563	12	4.6	12	83	0	74	12	16	47	23	1.81
935566--935667	32	3.2	32	78	12	102	47	0	0	52	1.00
935669--935712	13	3.5	13	87	3	63	15	15	50	18	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
949139--949220	41	2.0	41	87	0	119	34	18	19	28	1.95
957845--957873	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
970227--970299	30	2.4	30	80	8	103	60	0	5	34	1.20
970361--970386	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
971976--972004	14	2.1	14	100	0	58	27	20	24	27	1.99
972898--972935	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
976102--976147	24	1.9	24	86	8	67	4	47	8	39	1.54
981597--981635	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
982415--982473	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
987091--987149	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78

Tables:   1   2   3   4