genome.fa.s8122.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008122.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110676_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2511854

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
724373--724466	5	18.8	5	96	0	152	3	40	38	18	1.66
724464--724572	6	18.2	6	98	0	200	1	16	49	32	1.56
730417--730465	5	9.8	5	93	0	71	4	40	36	18	1.70
730463--730523	6	10.2	6	96	0	86	6	16	49	27	1.70
730798--730852	22	2.5	22	75	0	56	29	9	23	38	1.85
731357--731604	130	1.9	130	91	0	406	37	14	12	35	1.85
732072--732105	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
735341--735429	45	2.0	45	95	0	160	31	31	13	23	1.93
736809--736855	15	3.1	15	75	9	51	29	0	0	70	0.88
737632--737665	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
737704--737739	16	2.1	18	90	10	58	25	2	5	66	1.27
738111--738162	20	2.6	20	81	6	61	42	28	17	11	1.84
738149--738339	20	9.6	20	81	4	206	35	24	17	21	1.95
738111--738339	40	5.7	40	84	3	144	37	25	17	20	1.94
739032--739078	24	2.0	24	83	8	60	25	12	21	40	1.89
739253--739277	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
741572--741838	33	7.7	33	78	14	177	46	17	22	13	1.83
741572--741860	53	5.5	53	86	11	334	46	17	22	13	1.83
741572--741866	72	4.2	72	80	11	376	45	17	22	14	1.84
741716--741770	14	3.6	14	73	21	56	45	20	23	10	1.82
741837--741952	53	2.2	52	86	3	160	18	23	18	38	1.93
741856--741972	53	2.2	53	98	1	227	13	23	17	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
741875--741972	19	5.4	19	84	13	143	14	22	17	45	1.84
742079--742115	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
744037--744176	19	7.6	19	80	8	146	45	24	20	10	1.81
744188--744246	14	3.9	14	76	20	64	6	16	28	47	1.72
744172--744295	33	3.7	33	91	1	185	8	17	27	45	1.78
744172--744263	19	5.4	18	72	24	83	7	17	28	46	1.75
744221--744277	14	3.7	14	72	20	51	8	22	24	43	1.81
744466--744498	17	1.9	17	88	11	50	45	15	15	24	1.84
744393--744708	93	3.4	93	96	0	587	45	18	13	22	1.84
746395--746458	20	3.2	20	82	4	92	46	15	25	12	1.81
746393--746457	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
746442--746498	14	3.7	14	70	20	51	43	21	24	10	1.83
746393--746515	33	3.5	33	88	8	156	46	17	24	11	1.81
746434--746517	33	2.5	33	98	0	159	46	17	23	11	1.82
746532--746588	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
746516--746595	33	2.4	33	95	0	142	8	21	22	47	1.78
746576--746649	21	3.5	21	80	7	96	14	20	17	47	1.83
746729--746799	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
747179--747371	20	9.6	20	83	5	228	19	18	26	35	1.95
747889--748136	130	1.9	130	91	0	406	35	12	15	36	1.86
748534--748609	35	2.2	35	90	4	118	38	1	21	39	1.62
749024--749099	35	2.2	35	90	4	118	40	21	1	36	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
749496--749743	130	1.9	130	92	0	415	36	15	12	35	1.86
749510--749774	130	2.0	129	81	4	300	39	13	13	33	1.84
750212--750245	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
751529--751903	157	2.4	156	87	3	536	29	17	6	46	1.73
754779--754874	7	13.6	7	74	18	56	65	0	1	33	1.00
754784--754892	35	3.2	32	81	16	114	62	0	0	35	1.08
754784--754872	42	2.1	43	85	6	119	64	0	1	34	1.01
754779--754886	14	7.1	14	65	25	51	64	0	0	34	1.00
754932--755208	72	3.8	73	80	11	266	43	10	3	42	1.57
754905--755190	37	7.8	37	79	9	268	43	10	4	41	1.58
755220--755264	24	1.9	24	86	4	65	51	11	0	37	1.38
755425--755464	21	1.9	21	94	0	71	65	2	0	32	1.06
756146--756210	35	1.9	35	84	6	89	46	0	4	49	1.22
762976--763035	2	30.5	2	96	3	113	50	0	0	50	1.00
763801--763833	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
764334--764401	2	34.0	2	100	0	136	50	0	0	50	1.00
771902--771997	21	4.7	20	77	7	79	30	31	14	23	1.95
772112--772177	27	2.4	27	100	0	132	48	13	4	33	1.63
772408--772592	79	2.4	78	86	3	273	31	11	25	31	1.92
783704--783746	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
784296--784604	150	2.1	150	97	0	591	26	16	21	35	1.94
784580--784624	23	2.0	23	81	0	54	22	26	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
790529--790571	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
791121--791437	150	2.1	150	98	1	618	25	17	21	34	1.96
791405--791449	23	2.0	23	86	0	63	20	26	26	26	1.99
797759--797803	22	2.0	22	100	0	90	35	20	13	31	1.91
806425--806465	20	2.0	21	90	4	66	51	0	0	48	1.00
806906--806953	18	2.7	18	93	0	78	33	2	4	60	1.27
808000--808063	27	2.4	27	83	0	74	53	0	3	43	1.16
808021--808108	24	3.4	26	75	18	62	50	0	4	45	1.22
808043--808099	24	2.3	24	82	14	64	50	0	7	42	1.29
809993--810026	7	4.9	7	100	0	68	41	0	14	44	1.45
810093--810202	57	1.9	57	88	1	168	26	12	7	53	1.64
810643--810706	31	2.0	33	84	6	87	21	20	9	48	1.77
812959--813008	13	3.8	13	78	21	52	30	6	0	64	1.18
813086--813127	21	2.0	22	81	13	52	14	2	4	78	1.01
825637--825662	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
826237--826290	23	2.3	23	90	6	83	16	22	12	48	1.80
828923--828953	14	2.2	14	94	0	53	32	0	6	61	1.21
834149--834181	14	2.4	14	90	10	50	78	0	0	21	0.75
834253--834322	25	2.8	25	80	2	88	48	5	1	44	1.35
834253--834323	23	3.0	23	78	10	79	47	5	1	45	1.35
834285--834362	32	2.5	32	85	6	108	47	7	0	44	1.31
834238--834349	53	2.1	52	80	9	120	49	5	0	44	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
834238--834349	55	2.1	53	81	6	127	49	5	0	44	1.31
836869--836932	32	2.0	32	100	0	128	34	12	18	34	1.89
840297--840347	19	2.6	19	81	3	57	33	29	13	23	1.93
840297--840414	20	5.9	20	69	6	71	35	26	15	22	1.94
840360--840541	77	2.4	77	79	5	215	39	24	15	19	1.91
840474--840582	57	1.9	57	94	0	191	41	22	17	18	1.90
840494--840583	29	3.1	29	60	9	67	38	22	18	20	1.93
840657--840685	13	2.1	14	93	6	51	48	17	20	13	1.81
842160--842202	22	2.0	22	90	0	68	46	11	16	25	1.80
842141--842258	54	2.2	54	89	0	173	50	12	13	22	1.75
842235--842314	32	2.5	32	91	0	115	46	17	15	21	1.84
847489--848089	112	5.3	112	90	2	864	32	12	11	43	1.79
848170--848414	72	3.4	72	89	4	359	32	11	15	39	1.84
848170--848414	74	3.4	72	90	3	368	32	11	15	39	1.84
848475--848789	134	2.4	134	89	2	454	33	12	10	43	1.77
848763--848812	23	2.2	23	88	0	73	32	16	14	38	1.88
848628--848947	158	2.0	158	93	0	550	34	11	11	42	1.77
850071--850126	23	2.4	23	93	0	94	30	21	21	26	1.98
850656--850821	82	2.0	82	94	2	289	29	18	25	25	1.98
854340--854373	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
855124--855155	15	2.1	16	94	5	57	50	18	25	6	1.70
862707--862759	25	2.1	25	100	0	106	9	11	22	56	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
863116--863149	17	2.0	17	100	0	68	17	23	23	35	1.95
864332--864358	12	2.2	12	100	0	54	14	14	7	62	1.51
865863--865952	39	2.3	39	88	1	126	22	34	5	37	1.77
867649--867814	78	2.1	78	100	0	332	35	36	1	27	1.65
869872--869898	12	2.2	12	100	0	54	14	14	7	62	1.51
872723--872749	6	4.5	6	100	0	54	14	14	33	37	1.88
874832--874877	14	3.1	14	82	11	56	47	0	10	41	1.38
875747--875779	18	1.9	17	88	11	50	54	0	3	42	1.15
876687--876768	29	2.8	29	90	1	128	32	13	9	43	1.77
881388--881469	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8