genome.fa.s8122.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008122.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110676_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2511854

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

This is table  8  of  8  ( 956 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2265932--2265981	21	2.4	21	86	3	66	52	22	2	24	1.58
2266144--2266183	21	1.9	21	89	0	62	40	5	7	47	1.54
2266214--2266441	65	3.5	66	76	14	222	42	4	2	50	1.36
2266268--2266329	14	4.4	14	74	11	54	46	8	1	43	1.42
2266173--2266462	131	2.2	131	80	11	328	43	4	2	49	1.37
2266203--2266426	31	6.8	31	70	22	106	42	5	2	49	1.39
2266387--2266472	43	2.0	43	84	8	113	47	2	0	50	1.14
2266396--2266472	28	2.7	27	74	20	59	48	1	0	50	1.09
2269120--2269158	16	2.4	16	91	0	60	33	17	28	20	1.96
2304825--2304877	25	2.2	24	83	12	72	47	5	3	43	1.45
2310580--2310656	41	1.9	41	86	2	111	24	12	7	54	1.64
2310455--2310668	85	2.6	83	80	8	231	24	15	6	53	1.65
2310351--2310691	43	8.0	42	71	15	204	25	14	7	52	1.67
2313326--2313677	120	2.9	120	96	0	632	44	19	11	25	1.83
2330961--2330993	15	2.1	16	88	5	50	9	24	15	51	1.72
2331739--2331773	16	2.1	17	94	5	63	34	25	8	31	1.86
2340619--2340749	62	2.1	62	92	0	217	39	15	24	20	1.91
2343783--2344143	192	1.9	192	92	0	605	37	21	14	26	1.92
2350169--2350215	12	3.9	12	83	5	60	27	0	0	72	0.85
2351169--2351209	3	14.0	3	94	5	75	34	0	0	65	0.93
2352048--2352073	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2352797--2352826	7	4.3	7	100	0	60	30	30	0	40	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2355656--2355697	22	1.9	22	85	9	59	11	26	14	47	1.78
2357269--2357310	22	2.0	22	85	4	59	54	0	0	45	0.99
2357695--2357737	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2359333--2359386	28	1.9	28	84	0	72	33	5	9	51	1.57
2362650--2362736	43	2.0	43	88	0	129	42	10	12	34	1.77
2363811--2363914	7	14.9	7	71	11	61	22	0	32	45	1.53
2363821--2363918	21	4.7	21	76	15	87	23	0	30	45	1.53
2363800--2363872	35	2.1	35	85	10	96	28	0	27	43	1.55
2363808--2363900	42	2.2	42	84	3	116	24	0	31	44	1.54
2365610--2365677	26	2.6	26	97	0	127	0	22	25	52	1.47
2366048--2366084	17	2.2	17	95	0	65	24	16	29	29	1.96
2366069--2366120	11	4.6	11	90	4	77	28	21	23	26	1.99
2366069--2366120	23	2.3	22	90	3	77	28	21	23	26	1.99
2368870--2369170	101	3.0	101	97	0	557	40	19	13	26	1.89
2383238--2383314	31	2.5	31	84	0	100	46	6	11	35	1.66
2384925--2384973	20	2.5	20	89	0	71	34	34	18	12	1.88
2385029--2385076	22	2.2	22	92	0	78	16	14	25	43	1.86
2387775--2387815	21	2.0	21	85	9	57	63	0	4	31	1.15
2391703--2391733	16	1.9	16	93	0	53	45	19	9	25	1.81
2394045--2394089	21	2.1	21	84	8	56	44	24	2	28	1.66
2398291--2398340	24	2.1	24	88	7	75	58	14	2	26	1.47
2403868--2403917	24	2.1	24	88	7	75	58	14	2	26	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2404963--2405041	38	2.1	38	80	0	86	51	25	10	12	1.70
2409568--2409667	44	2.3	42	76	11	103	58	4	17	21	1.55
2413637--2413679	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
2414221--2414536	150	2.1	150	95	1	564	26	17	21	34	1.95
2414504--2414548	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
2418055--2418121	28	2.4	28	92	2	118	43	34	8	13	1.75
2418445--2418534	44	2.0	44	100	0	180	52	8	6	32	1.59
2420638--2420670	13	2.5	13	100	0	66	42	0	0	57	0.98
2438140--2438214	38	2.0	37	82	10	91	46	4	1	48	1.29
2440772--2441129	122	2.9	123	87	2	492	41	16	19	21	1.90
2442137--2442191	15	3.6	14	77	15	56	34	0	1	63	1.05
2443701--2443750	26	1.9	26	84	8	66	34	20	6	40	1.77
2444745--2444798	3	19.0	3	88	7	78	72	0	0	27	0.85
2444736--2444866	18	7.4	18	71	19	75	71	0	5	22	1.10
2444735--2444864	22	5.7	23	74	19	78	72	0	4	22	1.08
2445977--2446019	16	2.9	15	80	13	54	65	0	0	34	0.93
2445968--2446021	13	3.9	14	83	9	58	62	0	1	35	1.06
2446386--2446545	84	1.9	84	89	2	250	22	18	27	31	1.97
2446546--2446625	31	2.4	34	87	8	121	33	10	13	42	1.78
2446609--2446907	37	8.5	36	77	9	235	40	14	20	25	1.90
2446715--2446846	34	4.1	31	75	17	108	40	12	20	27	1.88
2446754--2446810	15	3.5	15	69	17	51	38	14	24	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2446646--2446833	99	1.9	102	85	4	265	38	12	20	28	1.89
2446748--2446907	36	4.5	36	84	4	182	40	14	21	23	1.90
2446613--2446967	172	2.1	173	90	1	570	39	14	20	26	1.90
2446751--2446905	73	2.2	69	84	9	195	41	14	21	22	1.89
2446839--2447074	121	2.0	121	93	1	411	41	14	19	24	1.88
2447348--2447721	106	3.7	99	82	7	369	23	18	23	34	1.96
2447465--2447721	106	2.4	106	92	1	426	22	16	24	35	1.95
2448356--2448439	32	2.6	31	80	10	89	34	23	11	29	1.91
2449498--2449567	29	2.4	29	77	9	72	1	11	8	78	1.02
2449503--2449562	22	2.7	21	80	12	59	1	11	6	80	0.98
2451551--2451604	5	10.6	5	97	2	99	79	0	1	18	0.82
2452639--2452666	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
2453834--2453867	3	11.3	3	87	12	52	61	0	0	38	0.96
2453822--2453870	16	2.8	18	79	20	59	61	0	2	36	1.08
2454519--2454768	87	2.9	87	96	0	455	42	9	14	33	1.78
2458346--2458588	120	2.0	120	91	0	387	38	15	13	32	1.86
2458177--2458767	303	2.0	303	95	0	1056	35	16	13	34	1.88
2458462--2459050	183	3.2	183	95	1	1020	34	16	14	34	1.89
2460260--2460313	3	18.0	3	88	0	81	27	33	1	37	1.68
2460261--2460330	12	5.8	12	91	0	86	24	32	4	38	1.75
2462070--2462135	33	2.0	33	87	0	96	24	46	0	28	1.52
2462169--2462233	21	3.1	21	93	0	103	16	30	10	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2464490--2464827	161	2.1	162	90	1	527	28	16	14	40	1.88
2465801--2465838	15	2.5	15	86	0	58	21	2	26	50	1.62
2467101--2467138	20	1.9	20	88	0	58	36	34	26	2	1.71
2473639--2473679	18	2.3	18	86	0	55	2	43	4	48	1.37
2475976--2476010	13	2.7	13	100	0	70	0	48	11	40	1.39
2476889--2476927	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
2476956--2477114	81	2.0	81	83	6	205	44	9	3	43	1.52
2476952--2477121	40	4.3	39	72	11	132	44	8	2	43	1.50
2477239--2477273	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
2477239--2477277	10	3.8	11	93	6	57	53	0	0	46	1.00
2479418--2479450	17	1.9	17	88	11	50	75	3	0	21	0.93
2488698--2488722	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
2492939--2493158	64	3.5	64	81	6	207	34	20	17	26	1.95
2492983--2493158	63	2.8	64	88	3	248	34	21	17	26	1.96
2493812--2493965	31	5.0	31	93	3	242	19	18	22	39	1.92
2493812--2493965	61	2.5	61	90	4	240	19	18	22	39	1.92
2494258--2494299	6	7.0	6	100	0	84	33	0	16	50	1.46
2497797--2497859	31	2.0	31	84	6	83	20	17	23	38	1.93
2498895--2498931	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
2498893--2498950	24	2.4	25	82	11	75	48	13	3	34	1.60
2499307--2499356	25	2.0	25	92	0	82	44	22	6	28	1.76
2502073--2502124	24	2.2	23	86	3	77	38	15	19	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2503049--2503155	20	5.4	19	76	17	69	35	13	22	28	1.92
2503128--2503297	20	8.4	20	70	6	101	27	14	23	34	1.94
2503173--2503286	41	2.8	41	94	0	201	29	16	20	33	1.95
2503128--2503322	20	9.6	20	68	11	85	26	14	24	34	1.94
2507490--2507535	14	3.3	14	75	0	56	67	13	4	15	1.38
2507963--2508003	21	2.0	20	90	4	64	70	0	0	29	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8

The End!